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faq:chimie:lammps [2020/06/22 15:16] – [Submission script] tjiangfaq:chimie:lammps [2022/03/03 16:29] (Version actuelle) – [Submission script] tjiang
Ligne 18: Ligne 18:
  
 # donné par le système de batch # donné par le système de batch
-HOSTFILE=${TMPDIR}/machines +HOSTFILE="${TMPDIR}/machines"
  
 if [[ -d "/scratch" ]] if [[ -d "/scratch" ]]
Ligne 26: Ligne 25:
     if [[ -e "/scratch/Lake/lake-gfs-scratch" ]]     if [[ -e "/scratch/Lake/lake-gfs-scratch" ]]
     then     then
-    SCRATCHDIR=/scratch/Lake/$USER/$JOB_ID/+    SCRATCHDIR="/scratch/Lake/${USER}/${JOB_ID}/"
     ### for E5N scratch / E5* queues     ### for E5N scratch / E5* queues
     elif [[ -e "/scratch/E5N/E5N-gfs-scratch" ]]     elif [[ -e "/scratch/E5N/E5N-gfs-scratch" ]]
     then     then
-    SCRATCHDIR=/scratch/E5N/$USER/$JOB_ID/+    SCRATCHDIR="/scratch/E5N/${USER}/${JOB_ID}/"
     ### for Chimie scratch     ### for Chimie scratch
     elif [[ -e "/scratch/Chimie/chimie-gfs-scratch" ]]     elif [[ -e "/scratch/Chimie/chimie-gfs-scratch" ]]
     then     then
-    SCRATCHDIR=/scratch/Chimie/$USER/$JOB_ID/+    SCRATCHDIR="/scratch/Chimie/${USER}/${JOB_ID}/"
     else     else
     echo "/scratch not found, cannot create ${SCRATCHDIR}"     echo "/scratch not found, cannot create ${SCRATCHDIR}"
Ligne 45: Ligne 44:
  
 # Using /tmp as scratch instead # Using /tmp as scratch instead
-# SCRATCHDIR=/tmp/$USER/$JOB_ID/+# SCRATCHDIR="/tmp/${USER}/${JOB_ID/}"
  
-echo $SCRATCHDIR +echo "Creating scratch for this job: ${SCRATCHDIR}" 
-/bin/mkdir -p $SCRATCHDIR+/bin/mkdir -p "${SCRATCHDIR}"
  
 # modifier les noms des fichiers # modifier les noms des fichiers
-cd ${SGE_O_WORKDIR} +cd "${SGE_O_WORKDIR}" || { echo "cannot cd to ${SGE_O_WORKDIR}"; exit 1; 
-cp -f in*.lmp data*.lmp ${SCRATCHDIR}/+cp -f in*.lmp data*.lmp "${SCRATCHDIR}" 
 +#cp -f in*.lmp data*.lmp pair*.lmp "${SCRATCHDIR}"
  
  
 # modifier noms des fichiers # modifier noms des fichiers
-cd ${SCRATCHDIR} +cd "${SCRATCHDIR}" || { echo "cannot cd to ${SCRATCHDIR}"; exit 1; 
-mpirun -v -hostfile ${HOSTFILE} -np ${NSLOTS} lammps.sse -in in.eq.lmp > out.lmp +mpirun -v -hostfile "${HOSTFILE}-np "${NSLOTS}lammps.sse -in in.eq.lmp > out.lmp 
-cp -rpf *  ${SGE_O_WORKDIR}/ +cp -rpf -- outputfiles_only "${SGE_O_WORKDIR}" 
-rm -f ${SCRATCHDIR}/+rm -f "${SCRATCHDIR}
 </code> </code>
faq/chimie/lammps.1592838990.txt.gz · Dernière modification : 2020/08/25 15:58 (modification externe)