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faq:chimie:lammps [2020/07/15 09:22] – [Submission script] tjiangfaq:chimie:lammps [2022/03/03 16:29] (Version actuelle) – [Submission script] tjiang
Ligne 46: Ligne 46:
 # SCRATCHDIR="/tmp/${USER}/${JOB_ID/}" # SCRATCHDIR="/tmp/${USER}/${JOB_ID/}"
  
-echo "${SCRATCHDIR}"+echo "Creating scratch for this job: ${SCRATCHDIR}"
 /bin/mkdir -p "${SCRATCHDIR}" /bin/mkdir -p "${SCRATCHDIR}"
  
Ligne 58: Ligne 58:
 cd "${SCRATCHDIR}" || { echo "cannot cd to ${SCRATCHDIR}"; exit 1; } cd "${SCRATCHDIR}" || { echo "cannot cd to ${SCRATCHDIR}"; exit 1; }
 mpirun -v -hostfile "${HOSTFILE}" -np "${NSLOTS}" lammps.sse -in in.eq.lmp > out.lmp mpirun -v -hostfile "${HOSTFILE}" -np "${NSLOTS}" lammps.sse -in in.eq.lmp > out.lmp
-cp -rpf -- "${SGE_O_WORKDIR}/"+cp -rpf -- outputfiles_only "${SGE_O_WORKDIR}"
 rm -f "${SCRATCHDIR}" rm -f "${SCRATCHDIR}"
  
 </code> </code>
faq/chimie/lammps.1594804938.txt.gz · Dernière modification : 2020/08/25 15:58 (modification externe)