Différences

Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.

Lien vers cette vue comparative

Prochaine révision
Révision précédente
faq:chimie:namd [2018/07/23 15:43]
tjiang créée
faq:chimie:namd [2021/10/08 15:51] (Version actuelle)
tjiang [Submission script NAMD]
Ligne 1: Ligne 1:
 ====== NAMD ====== ====== NAMD ======
 +===== Submission script NAMD =====
 +<code bash sub_namd.sh>​
 +#!/bin/bash
 +#$ -S /bin/bash
 +#$ -N  mutm_ap-oxog
 +#$ -q  E5-2670gpuK20deb128
 +#$ -pe mpi_debian 16
 +#$ -cwd
 +#$ -V
  
 +# Loading modules to set up environment
 +module load NAMD/​multicore+CUDA/​2.12
 +
 +# Setting up home and scratch directories
 +HOMEDIR="​${SGE_O_WORKDIR}"​
 +cd "​${HOMEDIR}"​ || { echo "​cannot cd to ${HOMEDIR}";​ exit 1; }
 +
 +if [[ -d "/​scratch/​Chimie"​ ]]
 +then
 +    SCRATCHDIR="/​scratch/​Chimie/​${USER}/​${JOB_ID}/"​
 +elif [[ -d "/​scratch/​Lake"​ ]]
 +then
 +    SCRATCHDIR="/​scratch/​Lake/​${USER}/​${JOB_ID}/"​
 +elif [[ -d "/​scratch/​E5N"​ ]]
 +then
 +    SCRATCHDIR="/​scratch/​E5N/​${USER}/​${JOB_ID}/"​
 +
 +else
 +    echo "/​scratch not found, cannot create ${SCRATCHDIR}"​
 +    exit 1
 +fi
 +# Using /tmp as scratch instead
 +# SCRATCHDIR="/​tmp/​${USER}/​${JOB_ID}/"​
 +
 +/bin/mkdir -p "​${SCRATCHDIR}"​
 +HOSTFILE="​${TMPDIR}/​machines"​
 +cp "​${HOSTFILE}"​ .  # we are supposed to be in ${HOMEDIR}
 +sed -i -e '​s/​^/​host\ /' machines
 +
 +# Please provide the following files for namd
 +CONFIGFILE="​run2.namd"​
 +TOPFILE="​DDB2_CT_hmr.prmtop"​
 +PDBFILE="​DDB2_CT_run1_0.coor"​
 +FIXFILE="​DDB2_CT_new.fix"​
 +COLVARSFILE="​dihedral_run1.in"​
 +LOGFILE="​run2.out"​
 +
 +# Copying files to scratchdir
 +rsync -c "​${CONFIGFILE}"​ "​${TOPFILE}"​ "​${PDBFILE}"​ "​${FIXFILE}"​ "​${COLVARSFILE}"​ machines runscript "​${SCRATCHDIR}"​
 +
 +# The executables for mpirun and namd2
 +MPIRUN="​mpirun"​
 +
 +# Go to scratch directory and run calculation there
 +cd "​${SCRATCHDIR}"​ || { echo "​cannot cd to ${SCRATCHDIR}";​ exit 1; }
 +echo 'group main ++shell ssh' > nodelist
 +cat machines >> nodelist
 +
 +namd2 +idlepoll +p "​${NSLOTS}"​ +devices 0,1 "​${CONFIGFILE}"​ > "​${LOGFILE}"​
 +
 +# Copy back data
 +rsync -c --exclude "​${CONFIGFILE} ${TOPFILE} ${PDBFILE} ${COLVARSFILE}"​ -- * "​${HOMEDIR}"​
 +cd "​${HOMEDIR}"​ || { echo "​cannot cd to ${HOMEDIR}";​ exit 1; }
 +
 +# Cleaning up scratch directory and hostfile
 +rm -fr "​${SCRATCHDIR}"​
 +
 +</​code>​
faq/chimie/namd.1532353384.txt.gz · Dernière modification: 2020/08/25 17:58 (modification externe)