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faq:chimie:vasp

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faq:chimie:vasp [2020/11/17 11:03] – [Submission script] tjiangfaq:chimie:vasp [2022/03/01 12:36] (Version actuelle) – [Submission script] tjiang
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 # Choose the version of vasp by loading the module file accordingly # Choose the version of vasp by loading the module file accordingly
 module use /home/tjiang/modules/lmod/ module use /home/tjiang/modules/lmod/
 +
 +#choose a version of vasp by uncommenting the corresponding section below
 +
 +# vasp 5.4.1
 +module load vasp/5.4.1_ompi1.8.8_intel15.0.2
  
 #For vasp 5.4.4, we need to source the intel mpi mpivars script to properly set environment #For vasp 5.4.4, we need to source the intel mpi mpivars script to properly set environment
Ligne 17: Ligne 22:
 #source /applis/PSMN/debian9/software/Compiler/intel/2019.5/impi/2019.5.281/intel64/bin/mpivars.sh #source /applis/PSMN/debian9/software/Compiler/intel/2019.5/impi/2019.5.281/intel64/bin/mpivars.sh
  
-module load vasp/5.4.1_ompi1.8.8_intel15.0.2 +#For vasp 6.2.0, we need to source the intel mpi mpivars script to properly set environment 
-#module load vasp/5.3.5+#module load vasp/6.2.0_intel_suite2019.5 
 +#source /applis/PSMN/debian9/software/Compiler/intel/2019.5/impi/2019.5.281/intel64/bin/mpivars.sh 
  
 # for OpenMP + multithreaded MKL # for OpenMP + multithreaded MKL
Ligne 46: Ligne 53:
  
 else else
-    echo "/scratch not found, cannot create ${SCRATCHDIR}, fall back to current directory" +    echo "/scratch not found, cannot create ${SCRATCHDIR}" 
-    SCRATCHDIR="${SGE_O_WORKDIR}/scratch/"+    exit 1
 fi fi
 # Using /tmp as scratch instead # Using /tmp as scratch instead
Ligne 56: Ligne 63:
  
 cd "${HOMEDIR}" || { echo "cannot cd to ${HOMEDIR}"; exit 1; } cd "${HOMEDIR}" || { echo "cannot cd to ${HOMEDIR}"; exit 1; }
 +#Creating POTCAR, contribution of Stephan
 +rm POTCAR ; for i in `awk '{if(NR==6){print $0}}' POSCAR`  ; do cat ~tjiang/vasp/PSEUDOS_DATABASIS/2013/gw/potpaw/pbe/$i/POTCAR >> POTCAR ; done:w
 +
 +
 #for normal calculation #for normal calculation
 /bin/cp -f INCAR KPOINTS POTCAR POSCAR WAVECAR "${SCRATCHDIR}/" /bin/cp -f INCAR KPOINTS POTCAR POSCAR WAVECAR "${SCRATCHDIR}/"
Ligne 76: Ligne 87:
 #cp -- WAVECAR CHG* OUTCAR POSCAR OSZICAR XDATCAR CONTCAR vasprun.xml "${HOMEDIR}/" #cp -- WAVECAR CHG* OUTCAR POSCAR OSZICAR XDATCAR CONTCAR vasprun.xml "${HOMEDIR}/"
 # Minimum copy back # Minimum copy back
-cp -rf OUTCAR POSCAR OSZICAR XDATCAR CONTCAR "${HOMEDIR}/"+ 
 +bzip2 OUTCAR 
 +#gzip OUTCAR 
 +cp -rf OUTCAR.bz2 POSCAR OSZICAR XDATCAR CONTCAR "${HOMEDIR}/"
 # copy back for neb calculation, numbering depends on the number of images # copy back for neb calculation, numbering depends on the number of images
 #cp -rf OUTCAR POSCAR OSZICAR XDATCAR CONTCAR 00 01 02 "${HOMEDIR}/" #cp -rf OUTCAR POSCAR OSZICAR XDATCAR CONTCAR 00 01 02 "${HOMEDIR}/"
 # Zip OUTCAR to save space # Zip OUTCAR to save space
 cd "${HOMEDIR}/" || { echo "cannot cd to ${HOMEDIR}"; exit 1; } cd "${HOMEDIR}/" || { echo "cannot cd to ${HOMEDIR}"; exit 1; }
-bzip2 OUTCAR 
-#gzip OUTCAR 
  
 # Cleaning up # Cleaning up
faq/chimie/vasp.1605611022.txt.gz · Dernière modification : 2020/11/17 11:03 de tjiang
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