PUBLICATIONS : Olivier ALI

Olivier ALI

olivier.ali
(33) 4 72 72 XX XX
CRCN INRIA

Publications HAL

2021

titre
BVPy: A FEniCS-based Python package to ease the expression and study of boundary value problems in Biology.
auteur
Florian Gacon, Christophe Godin, Olivier Ali
article
Journal of Open Source Software, Open Journals, 2021, 6 (59), pp.1-6. ⟨10.21105/joss.02831⟩
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2020

titre
Microtubule-Mediated Wall Anisotropy Contributes to Leaf Blade Flattening
auteur
Feng Zhao, Fei Du, Hadrien Oliveri, Lüwen Zhou, Olivier Ali, Wenqian Chen, Shiliang Feng, Qingqing Wang, Shouqin Lü, Mian Long, René Schneider, Arun Sampathkumar, Christophe Godin, Jan Traas, Yuling Jiao
article
Current Biology - CB, Elsevier, 2020, 30 (20), pp.3972. ⟨10.1016/j.cub.2020.07.076⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02370615/file/604710.full.pdf BibTex

2019

titre
Regulation of plant cell wall stiffness by mechanical stress: a mesoscale physical model
auteur
Hadrien Oliveri, Jan Traas, Christophe Godin, Olivier Ali
article
Journal of Mathematical Biology, Springer Verlag (Germany), 2019, 78 (3), pp.625-653. ⟨10.1007/s00285-018-1286-y⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01691110/file/oliveri_et_al2018_regulation.pdf BibTex
titre
Simulating Turgor-Induced Stress Patterns in Multilayered Plant Tissues
auteur
Olivier Ali, Hadrien Oliveri, Jan Traas, Christophe Godin
article
Bulletin of Mathematical Biology, Springer Verlag, 2019, 81 (8), pp.1-23. ⟨10.1007/s11538-019-00622-z⟩
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https://hal.inria.fr/hal-02154814/file/alietal_2019_Author_proof.pdf BibTex

2018

titre
Transcriptional induction of cell wall remodelling genes is coupled to microtubule-driven growth isotropy at the shoot apex in Arabidopsis
auteur
Alessia Armezzani, Ursula Abad, Olivier Ali, Amélie Andres Robin, Laetitia Vachez, Antoine Larrieu, Ewa Mellerowicz, Ludivine Taconnat, Virginie Battu, Thomas Stanislas, Mengying Liu, Teva Vernoux, Jan Traas, Massimiliano Sassi
article
Development (Cambridge, England), Company of Biologists, 2018, 145 (11), ⟨10.1242/dev.162255⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01894645/file/CA51A8F3-17C5-40B9-8066-171241C3A773.pdf BibTex

2017

titre
DRACO-STEM: An Automatic Tool to Generate High-Quality 3D Meshes of Shoot Apical Meristem Tissue at Cell Resolution
auteur
Guillaume Cerutti, Olivier Ali, Christophe Godin
article
Frontiers in Plant Science, Frontiers, 2017, 8, pp.353. ⟨10.3389/fpls.2017.00353⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01573521/file/A7240E82-59A1-4A0A-8B53-B6C53DB424AA.pdf BibTex

2016

titre
Force-Driven Polymerization and Turgor-Induced Wall Expansion
auteur
Olivier Ali, Jan Traas
article
Trends in Plant Science, Elsevier, 2016, 21 (5), pp.398 - 409. ⟨10.1016/j.tplants.2016.01.019⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01396586/file/TRPLSC_1404_HAL.pdf BibTex
titre
Force-Driven Polymerization and Turgor-Induced Wall Expansion
auteur
Olivier Ali, Jan Traas
article
Trends in Plant Science, Elsevier, 2016, 21 (5), pp.398 - 409. ⟨10.1016/j.tplants.2016.01.019⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01398409/file/TRPLSC_1404_HAL.pdf BibTex

2015

titre
A Computational Framework for 3D Mechanical Modeling of Plant Morphogenesis with Cellular Resolution
auteur
Frédéric Boudon, Jérôme Chopard, Olivier Ali, Benjamin Gilles, Olivier Hamant, Arezki Boudaoud, Jan Traas, Christophe Godin
article
PLoS Computational Biology, Public Library of Science, 2015, 11 (1), pp.1-16. ⟨10.1371/journal.pcbi.1003950⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01142486/file/boudon-plos-compbiol15.pdf BibTex

2014

titre
Physical Models of Plant Development
auteur
Olivier Ali, Vincent Mirabet, Christophe Godin, Jan Traas
article
Annual Review of Cell and Developmental Biology, Annual Reviews, 2014, 30 (1), pp.59 - 78. ⟨10.1146/annurev-cellbio-101512-122410⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01894658/file/CB30CH02-Traas%5B001-020%5D.pdf BibTex
titre
An Auxin-Mediated Shift toward Growth Isotropy Promotes Organ Formation at the Shoot Meristem in Arabidopsis
auteur
Massimiliano Sassi, Olivier Ali, Frédéric Boudon, Gladys Cloarec, Ursula Abad, Coralie Cellier, Xu Chen, Benjamin Gilles, Pascale Milani, Jìrí Friml, Teva Vernoux, Christophe Godin, Olivier Hamant, Jan Traas
article
Current Biology - CB, Elsevier, 2014, 24 (19), pp.2335-2342. ⟨10.1016/j.cub.2014.08.036⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01074821/file/Sassi2014-2.pdf BibTex

2011

titre
Cooperativity between Integrin Activation and Mechanical Stress Leads to Integrin Clustering.
auteur
Olivier Ali, Hervé Guillou, Olivier Destaing, Corinne Albiges-Rizo, Marc Block, Bertrand Fourcade
article
Biophysical Journal, Biophysical Society, 2011, 100 (11), pp.2595-604. ⟨10.1016/j.bpj.2011.03.028⟩
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https://www.hal.inserm.fr/inserm-00605002/file/paper.pdf BibTex
titre
Cooperativity between integrin activation and mechanical stress leads to integrin clustering
auteur
Olivier Ali, Hervé Guillou, Olivier Destaing, Corinne Albiges-Rizo, Marc R Block, Bertrand Fourcade
article
Biophysical Journal, Biophysical Society, 2011, 100 (11), pp.2595-2604. ⟨10.1016/j.bpj.2011.03.028⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00963622/file/Ali-Biophysical_Journal-2011.pdf BibTex

2009

titre
Excitable waves at the margin of the contact area between a cell and a substrate.
auteur
Olivier Ali, Corinne Albiges-Rizo, Marc Block, Bertrand Fourcade
article
Physical Biology, Institute of Physics: Hybrid Open Access, 2009, 6 (2), pp.25010. ⟨10.1088/1478-3975/6/2/025010⟩
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https://www.hal.inserm.fr/inserm-00410942/file/prl-final-olivier.pdf https://www.hal.inserm.fr/inserm-00410942/file/inserm-00410942_edited.pdf BibTex

2008

titre
Physical model for membrane protrusions during spreading.
auteur
François Chamaraux, Olivier Ali, Sébastien Keller, Franz Bruckert, Bertrand Fourcade
article
Physical Biology, Institute of Physics: Hybrid Open Access, 2008, 5 (3), pp.36009. ⟨10.1088/1478-3975/5/3/036009⟩
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https://www.hal.inserm.fr/inserm-00347311/file/spreading_pre.pdf BibTex