PUBLICATIONS : Christophe GODIN

Christophe GODIN

christophe.godin
(33) 4 72 72 XX XX
DR INRIA

Publications HAL

2021

titre
BVPy: A FEniCS-based Python package to ease the expression and study of boundary value problems in Biology.
auteur
Florian Gacon, Christophe Godin, Olivier Ali
article
Journal of Open Source Software, Open Journals, 2021, 6 (59), pp.1-6. ⟨10.21105/joss.02831⟩
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titre
A multiscale analysis of early flower development in Arabidopsis provides an integrated view of molecular regulation and growth control
auteur
Yassin Refahi, Argyris Zardilis, Gaël Michelin, Raymond Wightman, Bruno Leggio, Jonathan Legrand, Emmanuel Faure, Laetitia Vachez, Alessia Armezzani, Anne-Evodie Risson, Feng Zhao, Pradeep Das, Nathanaël Prunet, Elliot M. Meyerowitz, Christophe Godin, Grégoire Malandain, Henrik Jönsson, Jan Traas
article
Developmental Cell, Elsevier, 2021, 56 (4), pp.540-556.e8. ⟨10.1016/j.devcel.2021.01.019⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-03299500/file/2020.09.25.313312v1.full.pdf BibTex
titre
Cauliflower fractal forms arise from perturbations of floral gene networks
auteur
Eugenio Azpeitia, Gabrielle Tichtinsky, Marie Le Masson, Antonio Serrano-Mislata, Jérémy Lucas, Veronica Gregis, Carlos Gimenez, Nathanaël Prunet, Etienne Farcot, Martin Kater, Desmond Bradley, Francisco Madueño, Christophe Godin, Francois Parcy
article
Science, American Association for the Advancement of Science, 2021, 373 (6551), pp.192-197. ⟨10.1126/science.abg5999⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03291136/file/Azpeitia%20et%20al_main_final.pdf BibTex

2020

titre
Phyllotaxis as geometric canalization during plant development
auteur
Christophe Godin, Christophe Golé, Stéphane Douady
article
Development (Cambridge, England), Company of Biologists, 2020, 147 (19), pp.1-45. ⟨10.1242/dev.165878⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03014239/file/Manuscript%20%2B%20suppmat.pdf BibTex
titre
Contact area-dependent cell communication and the morphological invariance of ascidian embryogenesis
auteur
Léo Guignard, Ulla-Maj Fiuza, Bruno Leggio, Julien Laussu, Emmanuel Faure, Gaël Michelin, Kilian Biasuz, Lars Hufnagel, Grégoire Malandain, Christophe Godin, Patrick Lemaire
article
Science, American Association for the Advancement of Science, 2020, ⟨10.1126/science.aar5663⟩
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titre
Skeletonization of Plant Point Cloud Data Using Stochastic Optimization Framework
auteur
Ayan Chaudhury, Christophe Godin
article
Frontiers in Plant Science, Frontiers, 2020, 11, ⟨10.3389/fpls.2020.00773⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03029993/file/2020_Chaudhury_Front_Plant_Sci.pdf BibTex
titre
Temporal integration of auxin information for the regulation of patterning
auteur
Carlos Galvan-Ampudia, Guillaume Cerutti, Jonathan Legrand, Geraldine Brunoud, Raquel Martin Arevalillo, Romain Azaïs, Vincent Bayle, Steven Moussu, Christian Wenzl, Yvon Jaillais, Jan U Lohmann, Christophe Godin, Teva Vernoux
article
eLife, eLife Sciences Publication, 2020, 9, ⟨10.7554/eLife.55832⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02368529/file/elife-55832-v1%20%283%29.pdf BibTex
titre
Cellular Heterogeneity in Pressure and Growth Emerges from Tissue Topology and Geometry
auteur
Yuchen Long, Ibrahim Cheddadi, Gabriella Mosca, Vincent Mirabet, Mathilde Dumond, Annamaria Kiss, Jan Traas, Christophe Godin, Arezki Boudaoud
article
Current Biology - CB, Elsevier, 2020, 30 (8), pp.1504-1516.e8. ⟨10.1016/j.cub.2020.02.027⟩
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titre
Cytokinesis: An Anillin–RhoGEF Module Sets the Stage for Septin Double Ring Assembly
auteur
Léo Guignard, Ulla-Maj Fiúza, Bruno Leggio, Julien Laussu, Emmanuel Faure, Gaël Michelin, Kilian Biasuz, Lars Hufnagel, Christophe Godin, Patrick Lemaire, Simonetta Piatti
article
Current Biology - CB, Elsevier, 2020, 30 (8), pp.R347-R349. ⟨10.1016/j.cub.2020.02.035⟩
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titre
Sugar availability suppresses the auxin-induced strigolactone pathway to promote bud outgrowth
auteur
Jessica Bertheloot, Francois Barbier, Fréderic Boudon, Maria Dolores Perez-Garcia, Thomas Peron, Sylvie Citerne, Elizabeth Dun, Christine Beveridge, Christophe Godin, Soulaiman Sakr
article
New Phytologist, Wiley, 2020, 225 (2), pp.866-879. ⟨10.1111/nph.16201⟩
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https://hal-agrocampus-ouest.archives-ouvertes.fr/hal-02402977/file/Bertheloot_et_al-2019-New_Phytologist%281%29.pdf BibTex
titre
Microtubule-Mediated Wall Anisotropy Contributes to Leaf Blade Flattening
auteur
Feng Zhao, Fei Du, Hadrien Oliveri, Lüwen Zhou, Olivier Ali, Wenqian Chen, Shiliang Feng, Qingqing Wang, Shouqin Lü, Mian Long, René Schneider, Arun Sampathkumar, Christophe Godin, Jan Traas, Yuling Jiao
article
Current Biology - CB, Elsevier, 2020, 30 (20), pp.3972. ⟨10.1016/j.cub.2020.07.076⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02370615/file/604710.full.pdf BibTex
titre
Cortical tension overrides geometrical cues to orient microtubules in confined protoplasts
auteur
Leia Colin, Antoine Chevallier, Satoru Tsugawa, Florian Gacon, Christophe Godin, Virgile Viasnoff, Timothy Saunders, Olivier Hamant
article
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America , National Academy of Sciences, 2020, 117 (51), pp.32731-32738. ⟨10.1073/pnas.2008895117⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03063893/file/Colin%20PNAS%202020.pdf BibTex

2019

titre
Geometry Reconstruction of Plants
auteur
Ayan Chaudhury, Christophe Godin
article
2019
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02414486/file/GeometryModelling_bookChapter.pdf BibTex
titre
Phyllotaxis: a remarkable example of developmental canalization in plants
auteur
Christophe Godin, Christophe Golé, Stéphane Douady
article
2019
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02370969/file/PhyllotaxisPrimer%28r%29.pdf BibTex
titre
Multiscale mechanical model for cell division orientation in developing biological systems
auteur
Bruno Leggio, Julien Laussu, Emmanuel Faure, Patrick Lemaire, Christophe Godin
article
2019
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02367600/file/785337.full.pdf BibTex
titre
Introduction
auteur
Mark Alber, Christophe Godin, Philip K. Maini, Roeland M.H. Merks, Eric Mjolsness
article
Bulletin of Mathematical Biology, Springer Verlag, 2019, pp.3214-3218. ⟨10.1007/s11538-019-00649-2⟩
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titre
Coupling water fluxes with cell wall mechanics in a multicellular model of plant development
auteur
Ibrahim Cheddadi, Michel Génard, Nadia Bertin, Christophe Godin
article
PLoS Computational Biology, Public Library of Science, 2019, 15 (6), pp.e1007121. ⟨10.1371/journal.pcbi.1007121⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02196768/file/plosComp2019.pdf BibTex
titre
Coupling water fluxes with cell wall mechanics in a multicellular model of plant development: Supplementary info for the main article
auteur
Ibrahim Cheddadi, Michel Génard, Nadia Bertin, Christophe Godin
article
2019
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https://hal.inrae.fr/hal-02788248/file/Cheddadi-Biorxiv-2019_1.pdf BibTex
titre
Regulation of plant cell wall stiffness by mechanical stress: a mesoscale physical model
auteur
Hadrien Oliveri, Jan Traas, Christophe Godin, Olivier Ali
article
Journal of Mathematical Biology, Springer Verlag (Germany), 2019, 78 (3), pp.625-653. ⟨10.1007/s00285-018-1286-y⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01691110/file/oliveri_et_al2018_regulation.pdf BibTex
titre
Coupling water fluxes with cell wall mechanics in a multicellular model of plant development
auteur
Ibrahim Cheddadi, Michel Génard, Nadia Bertin, Christophe Godin
article
PLoS Computational Biology, Public Library of Science, 2019, 15 (6), ⟨10.1371/journal.pcbi.1007121⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02166490/file/2019_Cheddadiet_plosOne.pdf BibTex
titre
Simulating Turgor-Induced Stress Patterns in Multilayered Plant Tissues
auteur
Olivier Ali, Hadrien Oliveri, Jan Traas, Christophe Godin
article
Bulletin of Mathematical Biology, Springer Verlag, 2019, 81 (8), pp.1-23. ⟨10.1007/s11538-019-00622-z⟩
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https://hal.inria.fr/hal-02154814/file/alietal_2019_Author_proof.pdf BibTex
titre
Light Regulation of Axillary Bud Outgrowth Along Plant Axes: An Overview of the Roles of Sugars and Hormones
auteur
Anne Schneider, Christophe Godin, Frédéric Boudon, Sabine Demotes-Mainard, Soulaiman Sakr, Jessica Bertheloot
article
Frontiers in Plant Science, Frontiers, 2019, 10, pp.1-17. ⟨10.3389/fpls.2019.01296⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02327576/file/Schneider%20et%20al%202019%20Frontiers%20Pl%20Sci.pdf BibTex
titre
MorphoNet: an interactive online morphological browser to explore complex multi-scale data
auteur
Bruno Leggio, Julien Laussu, Axel Carlier, Christophe Godin, Patrick Lemaire, Emmanuel Faure
article
Nature Communications, Nature Publishing Group, 2019, 10 (2812), pp.1-8. ⟨10.1038/s41467-019-10668-1⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01938153/file/s41467-019-10668-1.pdf BibTex

2018

titre
From spatio-temporal morphogenetic gradients to rhythmic patterning at the shoot apex
auteur
Carlos Galvan-Ampudia, Guillaume Cerutti, Jonathan Legrand, Romain Azaïs, Geraldine Brunoud, Steven Moussu, Christian Wenzl, Jan Lohmann, Christophe Godin, Teva Vernoux
article
2018
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https://hal.inria.fr/hal-01937928/file/469718.full.pdf BibTex

2017

titre
DRACO-STEM: An Automatic Tool to Generate High-Quality 3D Meshes of Shoot Apical Meristem Tissue at Cell Resolution
auteur
Guillaume Cerutti, Olivier Ali, Christophe Godin
article
Frontiers in Plant Science, Frontiers, 2017, 8, pp.353. ⟨10.3389/fpls.2017.00353⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01573521/file/A7240E82-59A1-4A0A-8B53-B6C53DB424AA.pdf BibTex

2016

titre
Integrating Physiology and Architecture in Models of Fruit Expansion
auteur
Mikolaj Cieslak, Ibrahim Cheddadi, Frédéric Boudon, Valentina Baldazzi, Michel Génard, Christophe Godin, Nadia Bertin
article
Frontiers in Plant Science, Frontiers, 2016, 7, pp.19. ⟨10.3389/fpls.2016.01739⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01400062/file/Cieslak-fpls-2016-07-01739.pdf BibTex
titre
A stochastic multicellular model identifies biological watermarks from disorders in self-organized patterns of phyllotaxis
auteur
Yassin Refahi, Géraldine Brunoud, Etienne Farcot, Alain Jean-Marie, Minna Pulkkinen, Teva Vernoux, Christophe Godin
article
eLife, eLife Sciences Publication, 2016, 71, pp.50. ⟨10.7554/eLife.14093.001⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01390155/file/Refahi2016%20eLife.pdf BibTex
titre
A multi-scale model of the interplay between cell signalling and hormone transport in specifying the root meristem of Arabidopsis thaliana
auteur
Daniele Muraro, Antoine Larrieu, M. Lucas, J Chopard, H Byrne, Christophe Godin, J King
article
Journal of Theoretical Biology, Elsevier, 2016, 404, pp.182 - 205. ⟨10.1016/j.jtbi.2016.04.036⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01412252/file/Muraro.pdf BibTex
titre
Algorithmic Height Compression of Unordered Trees
auteur
Farah Ben-Naoum, Christophe Godin
article
Journal of Theoretical Biology, Elsevier, 2016, 389, pp.237 - 252. ⟨10.1016/j.jtbi.2015.10.030⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01412215/file/height-tree-compression.pdf BibTex
titre
Phyllotaxis: from patterns of organogenesis at the meristem to shoot architecture
auteur
Carlos Galvan-­‐ampudia, Anaïs Chaumeret, Christophe Godin, Teva Vernoux
article
Wiley Interdisciplinary Reviews: Developmental Biology, Wiley, 2016, 5 (4), pp.460 - 473. ⟨10.1002/wdev.231⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01413095/file/WIRE_Galvan-Ampudia_%26_Chaumeret.pdf BibTex

2015

titre
An introduction to modelling flower primordium initiation
auteur
Christophe Godin, Eugenio Azpeitia, Etienne Farcot
article
From Molecules to Living Organisms: An Interplay Between Biology and Physics, 102, 2015, Lecture Notes of the Les Houches School of Physics
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https://hal.inria.fr/hal-01254880/file/ChapMaster.pdf BibTex
titre
Lossy compression of unordered rooted trees
auteur
Romain Azaïs, Jean-Baptiste Durand, Christophe Godin
article
2015
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BibTex
titre
L'importance capitale du travail de fourmi des chercheurs
auteur
Christophe Godin
article
1024 : Bulletin de la Société Informatique de France, Société Informatique de France, 2015, pp.10
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BibTex
titre
A Computational Framework for 3D Mechanical Modeling of Plant Morphogenesis with Cellular Resolution
auteur
Frédéric Boudon, Jérôme Chopard, Olivier Ali, Benjamin Gilles, Olivier Hamant, Arezki Boudaoud, Jan Traas, Christophe Godin
article
PLoS Computational Biology, Public Library of Science, 2015, 11 (1), pp.1-16. ⟨10.1371/journal.pcbi.1003950⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01142486/file/boudon-plos-compbiol15.pdf BibTex
titre
Root System Markup Language: toward a unified root architecture description language
auteur
Guillaume Lobet, Michael P. Pound, Julien Diener, Christophe Pradal, Xavier Draye, Christophe Godin, Mathieu Javaux, Daniel Leitner, Félicien Meunier, Philippe Nacry, Tony P. Pridmore, Andrea Schnepf
article
Plant Physiology, American Society of Plant Biologists, 2015, 167 (3), pp.617-627. ⟨10.1104/pp.114.253625⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01113767/file/pp.114.253625.1.full.pdf BibTex

2014

titre
Physical Models of Plant Development
auteur
Olivier Ali, Vincent Mirabet, Christophe Godin, Jan Traas
article
Annual Review of Cell and Developmental Biology, Annual Reviews, 2014, 30 (1), pp.59 - 78. ⟨10.1146/annurev-cellbio-101512-122410⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01894658/file/CB30CH02-Traas%5B001-020%5D.pdf BibTex
titre
An Auxin-Mediated Shift toward Growth Isotropy Promotes Organ Formation at the Shoot Meristem in Arabidopsis
auteur
Massimiliano Sassi, Olivier Ali, Frédéric Boudon, Gladys Cloarec, Ursula Abad, Coralie Cellier, Xu Chen, Benjamin Gilles, Pascale Milani, Jìrí Friml, Teva Vernoux, Christophe Godin, Olivier Hamant, Jan Traas
article
Current Biology - CB, Elsevier, 2014, 24 (19), pp.2335-2342. ⟨10.1016/j.cub.2014.08.036⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01074821/file/Sassi2014-2.pdf BibTex
titre
In vivo quantitative NMR imaging of fruit tissues during growth using Spoiled Gradient Echo sequence
auteur
Samir Kenouche, Marine Perrier, Nadia Bertin, Joulia Larionova, Abderrahmanne Ayadi, Michel Zanca, Jérôme Long, Nacer Bezzi, Paul C. Stein, Yannick Guari, Mikolaj Cieslak, Christophe Godin, Christophe Goze-Bac
article
Magnetic Resonance Imaging, Elsevier, 2014, 32 (32), pp.1418-1427. ⟨10.1016/j.mri.2014.08.005⟩
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BibTex
titre
Quantitative assessment of automatic reconstructions of branching systems obtained from laser scanning.
auteur
Frédéric Boudon, Chakkrit Preuksakarn, Pascal Ferraro, Julien Diener, Philippe Nacry, Eero Nikinmaa, Christophe Godin
article
Annals of Botany, Oxford University Press (OUP), 2014, 114 (4), epub ahead of print. ⟨10.1093/aob/mcu062⟩
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BibTex
titre
Integration of hormonal signaling networks and mobile microRNAs is required for vascular patterning in Arabidopsis roots
auteur
Daniele Muraro, Nathan Mellor, Michael P. Pound, Hanna Help, Mikaël Lucas, Jérôme Chopard, Helen M. Byrne, Christophe Godin, T. Charlie Hodgman, John R. King, Tony P. Pridmore, Ykä Helariutta, Malcolm J. Bennett, Anthony Bishopp
article
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America , National Academy of Sciences, 2014, 111 (2), pp.857-862. ⟨10.1073/pnas.1221766111⟩
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https://hal.inria.fr/hal-00941028/file/Muraro14.pdf BibTex
titre
Cytokinin signalling inhibitory fields provide robustness to phyllotaxis
auteur
Fabrice Besnard, Yassin Refahi, Valérie Morin, Benjamin Marteaux, Géraldine Brunoud, Pierre Chambrier, Frédérique Rozier, Vincent Mirabet, Jonathan Legrand, Stéphanie Lainé, Emmanuel Thévenon, Etienne Farcot, Coralie Cellier, Pradeep Das, Anthony Bishopp, Renaud Dumas, François Parcy, Ykä Helariutta, Arezki Boudaoud, Christophe Godin, Jan Traas, Yann Guédon, Teva Vernoux
article
Nature, Nature Publishing Group, 2014, 505 (7483), pp.417-421. ⟨10.1038/nature12791⟩
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titre
Functional – structural plant models: a growing paradigm for plant studies
auteur
Risto Sievänen, Christophe Godin, Ted de Jong, Eero Nikinmaa
article
Annals of Botany, Oxford University Press (OUP), 2014, 114 (4), pp.599-603. ⟨10.1093/aob/mcu175⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01075790/file/2059DC78-27E0-4D86-8415-13B6C33FB095.pdf BibTex
titre
Systems analysis of auxin transport in the Arabidopsis root apex
auteur
Leah R. Band, Darren M. Wells, John A. Fozard, Teodor Ghetiu, Andrew P. French, Michael P. Pound, Michael H. Wilson, Lei Yu, Wenda Li, Hussein I. Hijazi, Jaesung Oh, Simon P. Pearce, Miguel A. Perez-Amador, Jeonga Yun, Eric Kramer, Jose M. Alonso, Christophe Godin, Teva Vernoux, T. Charlie Hodgman, Tony P. Pridmore, Ranjan Swarup, John R. King, Malcolm J. Bennett
article
The Plant cell, American Society of Plant Biologists (ASPB), 2014, 26 (3), pp.862-875. ⟨10.1105/tpc.113.119495⟩
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2013

titre
Lateral root morphogenesis is dependent on the mechanical properties of the overlaying tissues
auteur
Mikaël Lucas, Kim Kenobi, Daniel von Wangenheim, Ute Voß, Kamal Swarup, Ive de Smet, Daniël van Damme, Tara Lawrence, Benjamin Péret, Eric Moscardi, Daniel Barbeau, Christophe Godin, David Salt, Soazig Guyomarc'H, Ernst H K Stelzer, Alexis Maizel, Laurent Laplaze, Malcolm J Bennett
article
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America , National Academy of Sciences, 2013, 110 (13), pp.5229-5234. ⟨10.1073/pnas.1210807110⟩
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https://hal-cea.archives-ouvertes.fr/cea-00848569/file/2013%20Lucas%20PNAS_1.pdf BibTex
titre
Du jardin au modèle informatique : la phyllotaxie
auteur
Christophe Godin, Joanna Jongwane
article
Interstices, INRIA, 2013
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titre
Flexible Tactile Sensors for Multidigital Dexterous In-hand Manipulation
auteur
M. Boukallel, H. Yousef, Christophe Godin, C. Coutier
article
Flexible Robotics: Applications to Multiscale Manipulations, wiley, pp.181-242, 2013, 9781118572016; 9781848215207. ⟨10.1002/9781118572016.ch6⟩
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BibTex
titre
Pattern identification and characterization reveal permutations of organs as a key genetically controlled property of post-meristematic phyllotaxis
auteur
Yann Guédon, Yassin Refahi, Fabrice Besnard, Etienne Farcot, Christophe Godin, Teva Vernoux
article
Journal of Theoretical Biology, Elsevier, 2013, 338, pp.94-110. ⟨10.1016/j.jtbi.2013.07.026⟩
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BibTex
titre
The Flux-Based PIN Allocation Mechanism Can Generate Either Canalyzed or Diffuse Distribution Patterns Depending on Geometry and Boundary Conditions
auteur
Michael L. Walker, Etienne Farcot, Jan Traas, Christophe Godin
article
PLoS ONE, Public Library of Science, 2013, 8 (1), pp.1-16. ⟨10.1371/journal.pone.0054802⟩
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https://hal.inria.fr/hal-00850845/file/jwalker13.pdf BibTex

2012

titre
L-Py: an L-system simulation framework for modeling plant architecture development based on a dynamic language
auteur
Frédéric Boudon, Christophe Pradal, Thomas Cokelaer, Przemyslaw Prusinkiewicz, Christophe Godin
article
Frontiers in Plant Science, Frontiers, 2012, 3 (76), doi: 10.3389/fpls.2012.00076. ⟨10.3389/fpls.2012.00076⟩
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http://hal.cirad.fr/cirad-00703085/file/Boudon12.pdf BibTex
titre
Understanding patchy landscape dynamics: Towards a landscape language
auteur
Cédric Gaucherel, Frédéric Boudon, Thomas Houet, Mathieu Castets, Christophe Godin
article
PLoS ONE, Public Library of Science, 2012, 7 (9), pp.16. ⟨10.1371/journal.pone.0046064⟩
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https://halshs.archives-ouvertes.fr/halshs-00750971/file/Gaucherel_al-PONE.pdf BibTex
titre
Simple envelope-based reconstruction methods can infer light partitioning among individual plants in sparse and dense herbaceous canopies
auteur
Gaëtan Louarn, David da Silva, Christophe Godin, Didier Combes
article
Agricultural and Forest Meteorology, Elsevier Masson, 2012, 166-167, pp.98-112. ⟨10.1016/j.agrformet.2012.06.014⟩
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https://hal.inria.fr/hal-00828848/file/AGRFORMET-S-12-00175_1_.pdf BibTex
titre
Modeling of light transmission under heterogeneous forest canopy: an appraisal of the effect of the precision level of crown description
auteur
David da Silva, Philippe Balandier, Frédéric Boudon, André Marquier, Christophe Godin
article
Annals of Forest Science, Springer Nature (since 2011)/EDP Science (until 2010), 2012, 69 (2), pp.181-193. ⟨10.1007/s13595-011-0139-2⟩
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https://hal.inria.fr/hal-00828845/file/DaSilva_et_al_AFS.pdf BibTex
titre
Systems analysis of shoot apical meristem growth and development: integrating hormonal and mechanical signaling
auteur
James Murray, Angharad Jones, Christophe Godin, Jan Traas
article
The Plant cell, American Society of Plant Biologists (ASPB), 2012, 24 (10), pp.3907 - 3919. ⟨10.1105/tpc.112.102194⟩
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BibTex
titre
Multiscale systems analysis of root growth and development: modeling beyond the network and cellular scales
auteur
Leach R. Band, John A. Fozard, Christophe Godin, Olivier E. Jensen, Tony Pridmore, Malcolm Bennett, John King
article
The Plant cell, American Society of Plant Biologists (ASPB), 2012, 14 (10), pp.3892-3906. ⟨10.1105/tpc.112.101550⟩
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2011

titre
How young trees cope with the removal of whole or part of shoots: an analysis of local and distant responses to pruning in 1-year-old apple (Malus × domestica; Rosaceae) trees
auteur
Damien Fumey, Pierre-Eric Lauri, Yann Guédon, Christophe Godin, Evelyne Costes
article
American Journal of Botany, Botanical Society of America, 2011, 98 (11), pp.1737--1751. ⟨10.3732/ajb.1000231⟩
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titre
A data-driven integrative model of sepal primordium polarity in Arabidopsis
auteur
Camillo La Rota, Jérôme Chopard, Pradeep Das, Sandrine Paindavoine, Frédérique Rozier, Etienne Farcot, Christophe Godin, Jan Traas, Françoise Monéger
article
The Plant cell, American Society of Plant Biologists (ASPB), 2011, 23 (12), pp.4318-433. ⟨10.1105/tpc.111.092619⟩
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https://hal.inria.fr/hal-00828854/file/Plant%20Cell-2011-La%20Rota-4318-33_1.pdf BibTex
titre
A novel profile based model for virtual representation of quasi-symmetric plant organs
auteur
H. K. Mebatsion, Frédéric Boudon, Christophe Godin, Christophe Pradal, M. Genard, Christophe Goze-Bac, N. Bertin
article
Computers and Electronics in Agriculture, Elsevier, 2011, 75 (1), pp.113-124. ⟨10.1016/j.compag.2010.10.006⟩
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titre
The auxin signalling network translates dynamic input into robust patterning at the shoot apex
auteur
Teva Vernoux, Géraldine Brunoud, Etienne Farcot, Valérie Morin, Hilde Daele, Jonathan Legrand, Marina Oliva, Pradeep Das, Antoine Larrieu, Darren Wells, Yann Guédon, Lynne Armitage, Franck Picard, Soazig Guyomarch, Coralie Cellier, Geraint Parry, Rachil Koumproglou, John H. Doonan, Mark Estelle, Christophe Godin, Stefan Kepinski, Malcolm Bennett, Lieven Veylder, Jan Traas
article
Molecular Systems Biology, EMBO Press, 2011, 7 (508), ⟨10.1038/msb.2011.39⟩
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https://hal.inria.fr/hal-00828880/file/msb201139.pdf BibTex

2010

titre
Quantifying the degree of self-nestedness of trees. Application to the structural analysis of plants
auteur
Christophe Godin, Pascal Ferraro
article
IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, Institute of Electrical and Electronics Engineers, 2010, 7 (4), pp.688--703
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00365885/file/IEEE_TCBB.pdf BibTex
titre
Du gène à la fleur
auteur
Christophe Godin, Jan Traas
article
Les Cahiers de l'INRIA - La Recherche, INRIA, 2010, Les 10 découvertes de l'année
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https://hal.inria.fr/inria-00511497/file/inria-n437-janv10.pdf BibTex
titre
Imaging plant growth in 4D : robust tissue reconstruction and lineaging at cell resolution.
auteur
R. Fernandez, Pradeep Das, V. Mirabet, E. Moscardi, Jan Traas, J.-L. Verdeil, Grégoire Malandain, Christophe Godin
article
Nature Methods, Nature Publishing Group, 2010, pp.547-553. ⟨10.1038/NMETH.1472⟩
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BibTex
titre
Quantifying the degree of self-nestedness of trees: application to the structural analysis of plants
auteur
Christophe Godin, Pascal Ferraro
article
IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, Institute of Electrical and Electronics Engineers, 2010, 7 (4), pp.688-703. ⟨10.1109/tcbb.2009.29⟩
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2009

titre
Structure from silhouettes: a new paradigm for fast sketch-based design of trees
auteur
Jamie Wither, Frédéric Boudon, Marie-Paule Cani, Christophe Godin
article
Computer Graphics Forum, Wiley, 2009, 28 (2), pp.541-550. ⟨10.1111/j.1467-8659.2009.01394.x⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00366289/file/tree_sketching.pdf BibTex
titre
PlantGL: A Python-based geometric library for 3D plant modelling at different scales
auteur
Christophe Pradal, Frédéric Boudon, Christophe Nouguier, Jérôme Chopard, Christophe Godin
article
Graphical Models, Elsevier, 2009, 71 (1), 1--21, posted-at = 2008-11-04 14:10:07. ⟨10.1016/j.gmod.2008.10.001⟩
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https://hal.inria.fr/hal-00850782/file/plantgl.pdf BibTex

2008

titre
Modéliser les plantes et leurs utilisations
auteur
Fabien Campillo, Christophe Godin, Alain Rapaport
article
LISA (Lettre de l'INRIA Sophia Antipolis), n.p., 2008
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titre
An auxin transport-based model of root branching in Arabidopsis thaliana
auteur
Mikaël Lucas, Yann Guédon, Christian Jay-Allemand, Christophe Godin, Laurent Laplaze
article
PLoS ONE, Public Library of Science, 2008, 3 (11), ⟨10.1371/journal.pone.0003673⟩
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https://hal.inria.fr/hal-00831804/file/PLoSONElucasGuedonJayAllemandGodinLaplaze2008.pdf BibTex
titre
Multiscale Framework for Modeling and Analyzing Light Interception by Trees
auteur
David da Silva, Frédéric Boudon, Christophe Godin, Hervé Sinoquet
article
Multiscale Modeling and Simulation: A SIAM Interdisciplinary Journal, Society for Industrial and Applied Mathematics, 2008, 7 (2), pp.910-933. ⟨10.1137/08071394X⟩
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https://hal.inria.fr/hal-00831810/file/ms_framework.pdf BibTex
titre
Auxin fluxes in the root apex co-regulate gravitropism and lateral root initiation
auteur
Mikaël Lucas, Christophe Godin, Christian Jay-Allemand, Laurent Laplaze
article
Journal of Experimental Botany, Oxford University Press (OUP), 2008, 59 (1), pp.55-66
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https://hal.inria.fr/hal-00831806/file/Auxin_fluxes.pdf BibTex
titre
MAppleT : simulation of apple tree development using mixed stochastic and biomechanical models
auteur
Evelyne Costes, Colin Smith, Michael Renton, Yann Guédon, Prusinkiewicz Przemyslaw, Christophe Godin
article
Functional Plant Biology, CSIRO Publishing, 2008, 35 (10), pp.936-950. ⟨10.1071/FP08081⟩
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titre
MAppleT: simulation of apple tree development using mixed stochastic and biomechanical models
auteur
Evelyne Costes, Colin Smith, Michael Renton, Yann Guédon, Premyslaw Prusinkiewicz, Christophe Godin
article
Functional Plant Biology, CSIRO Publishing, 2008, 35 (10), pp.936-950
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https://hal.inria.fr/hal-00831809/file/preprint_MAppleT_FPB08.pdf BibTex
titre
OpenAlea: A visual programming and component-based software platform for plant modeling
auteur
Christophe Pradal, Samuel Dufour-Kowalski, Frédéric Boudon, Christian Fournier, Christophe Godin
article
Functional Plant Biology, CSIRO Publishing, 2008, 35 (10), pp.751-760. ⟨10.1071/FP08084⟩
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https://hal.inria.fr/hal-00831811/file/openalea_paper.pdf BibTex
titre
Flux based transport enhancement as a plausible unifying mechanism for Auxin transport in meristem development
auteur
Szymon Stoma, M. Lucas, Jérôme Chopard, Marianne Schaedel, Jan Traas, Christophe Godin
article
PLoS Computational Biology, Public Library of Science, 2008, 4 (10), pp.1000207. ⟨10.1371/journal.pcbi.1000207⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00412857/file/2008_Stoma_Computational%20Biology_1.pdf BibTex
titre
Auxin fluxes in the root apex co-regulate gravitropism and lateral root initiation
auteur
Michaël Lucas, Christophe Godin, C. Jay-Allemand, Laurent Laplaze
article
Journal of Experimental Botany, Oxford University Press (OUP), 2008, 59 (1), pp.55-66. ⟨10.1093/jxb/erm171⟩
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2006

titre
Modelling of complex biological systems in the context of genomics: an account of a multidisciplinary thematic seminar held in Montpellier (France) in April 2005
auteur
Alain Thierry, François Képès, Patrick Amar, Georgia Barlovatz-Meimon, Gilles Bernot, Marie Beurton-Aimar, Marie Dutreix, Jean-Louis Giavitto, Janine Guespin, Jean-Pierre Mazat, Vic Norris, Vincent Schafter, Philippe Tracqui, Christophe Godin, Franck Molina
article
Journal of Biological Physics and Chemistry, Basel, Switzerland : Collegium Basilea (Institute of Advanced Study) ; Tbilisi : Association of Modern Scientific Investigation (AMSI), 2006, 6, pp.103-107
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https://hal.inria.fr/hal-00830064/file/thierry06.pdf BibTex
titre
Computer simulations reveal novel properties of the cell-cell signaling network at the shoot apex in /Arabidopsis
auteur
Pierre Barbier de Reuille, Isabelle Bohn-Courseau, Karen Ljung, Halima Morin, Nicola Carraro, Christophe Godin, Jan Traas
article
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America , National Academy of Sciences, 2006, 103 (5) (5), p. 1627-1632. ⟨10.1073/pnas.0510130103⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00023247/file/barbier06_preprint.pdf BibTex
titre
Similarities and gradients in growth unit branching patterns during ontogeny in "Fuji" apple trees: a stochastic approach
auteur
M. Renton, Yann Guédon, Christophe Godin, Evelyne Costes
article
Journal of Experimental Botany, Oxford University Press (OUP), 2006, 57 (2), pp.3131-3143. ⟨10.1093/jxb/erl075⟩
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titre
Des plantes virtuelles pour comprendre les plantes réelles
auteur
Christophe Godin, Hervé Sinoquet, Evelyne Costes, Jan Traas
article
Pour la science, Société Pour la Science 2006, 52, pp.76-81
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titre
Genetic study on the physical properties of Coffea arabica L. wood
auteur
C. Cilas, Christophe Godin, B. Bertrand, H. Baillères
article
Trees - Structure and Function, Springer Verlag, 2006, 20 (5), pp.587-592. ⟨10.1007/s00468-006-0073-3⟩
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titre
Definition of Architectural Ideotypes for Good Yield Capacity in Coffea canephora
auteur
C. Cilas, Avner Bar-Hen, C. Montagnon, Christophe Godin
article
Annals of Botany, Oxford University Press (OUP), 2006, 97 (3) (3), pp.405-411. ⟨10.1093/aob/mcj053⟩
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titre
Estimating the fractal dimension of plants using the two-surface method: An analysis based on 3D-digitized tree foliage
auteur
Frédéric Boudon, Christophe Godin, Christophe Pradal, Olivier Puech, Hervé Sinoquet
article
Fractals, World Scientific Publishing, 2006, 14 (3), pp.149-163. ⟨10.1142/S0218348X06003179⟩
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titre
Estimating the fractal dimension of plants using the two-surface method: An analysis based on 3D-digitized tree foliage
auteur
Frédéric Boudon, Christophe Godin, Christophe Pradal, Olivier Puech, Hervé Sinoquet
article
Fractals, World Scientific Publishing, 2006, 14 (3), pp.149-163
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BibTex
titre
La modélisation comme outils d'analyse pour la biologie du développement
auteur
Pierre Barbier de Reuille, Isabelle Bohn-Courseau, Christophe Godin, Jan Traas
article
médecine/sciences, EDP Sciences, 2006, 22 (10), pp.814-816. ⟨10.1051/medsci/20062210814⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00120228/file/2006_Godin_Medecine%20Sciences_1.pdf BibTex

2005

titre
Modéliser le vivant : créer des plantes virtuelles pour comprendre, simuler, tester
auteur
Christophe Godin, Hervé Sinoquet, Evelyne Costes, Jan Traas
article
Interstices, INRIA, 2005
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titre
Foliage randomness and light interception in 3D digitized trees:an analysis of 3D discretization of the canopy
auteur
Hervé Sinoquet, Gabriela Sonohat, Jessada Phattaralerphong, Christophe Godin
article
Plant, Cell and Environment, Wiley, 2005, 29 (9), pp.1158-1170. ⟨10.1111/j.1365-3040.2005.01353.x⟩
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titre
Functional-Structural Plant modelling
auteur
Christophe Godin, Hervé Sinoquet
article
New Phytologist, Wiley, 2005, 166 (3), pp.705-708. ⟨10.1111/j.1469-8137.2005.01445.x⟩
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BibTex
titre
A protocol to analyse cellular dynamics during plant development
auteur
Pierre Barbier de Reuille, Isabelle Bohn-Courseau, Christophe Godin, Jan Trass
article
Plant Journal, Wiley, 2005, 44 (6) (6), pp.1045-1053. ⟨10.1111/j.1365-313X.2005.02576.x⟩
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BibTex
titre
Toward a quantification of self-similarity in plants
auteur
Pascal Ferraro, Christophe Godin, Przemylaw Prusinkiewicz
article
Fractals, World Scientific Publishing, 2005, 13, pp.91-109. ⟨10.1142/S0218348X05002805⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00307402/file/view.pdf BibTex
titre
Plant architecture modelling - virtual plants, dynamic and complex systems
auteur
Christophe Godin, Evelyne Costes, Hervé Sinoquet
article
Turnbull, C. Plant architecture and its manipulation, Blackwell Publishing, pp.238-287, 2005, Annual Plant Reviews
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BibTex
titre
Plant architecture modelling. Virtual plants and complex systems
auteur
Christophe Godin, Evelyne Costes, Hervé Sinoquet
article
Plant architecture and its manipulation, 17, CRC Press, 2005, Annual Plant Reviews, 978-1-4051-2128-6
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BibTex
titre
Functional-structural plant modelling
auteur
Christophe Godin, Hervé Sinoquet
article
New Phytologist, Wiley, 2005, 166, pp.705-708
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BibTex

2003

titre
Optimal mappings with minimun number of connected components in tree-to-tree comparison problems
auteur
Pascal Ferraro, Christophe Godin
article
Journal of Algorithms in Cognition, Informatics and Logic, Elsevier, 2003, 48, pp.385-406
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00306620/file/view.pdf BibTex
titre
Interactive design of bonsai tree models
auteur
Frédéric Boudon, Premyslaw Prusinkiewicz, Pavol Federl, Christophe Godin, Radoslaw Karwowski
article
Computer Graphics Forum, Wiley, 2003, 22 (3), pp.591-599. ⟨10.1111/1467-8659.t01-2-00707⟩
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https://hal.inria.fr/hal-00827461/file/bonsai.pdf BibTex
titre
Exploring within-tree architectural development of two apple tree cultivars over 6 years.
auteur
Evelyne Costes, Hervé Sinoquet, J.J. Kelner, Christophe Godin
article
Annals of Botany, Oxford University Press (OUP), 2003, 91, pp.91-104. ⟨10.1093/aob/mcg010⟩
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BibTex
titre
Modelling and simulation of biological processes in the context of genomics
auteur
Victor Norris, Patrick Amar, Gilles Bernot, Jean-Louis Giavitto, Christophe Godin, Janine Guespin, Hélène Pollard, Philippe Tracqui, François Képès
article
Journal of Biological Physics and Chemistry, Basel, Switzerland : Collegium Basilea (Institute of Advanced Study) ; Tbilisi : Association of Modern Scientific Investigation (AMSI), 2003, 3, pp.106-110
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BibTex
titre
An edit distance between quotiented trees
auteur
Pascal Ferraro, Christophe Godin
article
Algorithmica, Springer Verlag, 2003, 36, pp.1-39
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00307409/file/s00453-002-1002-5-1.pdf BibTex

2002

titre
Hyperstructures, genome analysis and i-cell
auteur
V. Norris, P. Amar, P. Ballet, G. Bernot, Y. Bouligand, P. Bourguine, J.-M. Delosme, M. Demarty, I. Fishov, J. Fralick, J.-L. Giavitto, B. Gleyse, Christophe Godin, R. Incitti, C. Lange, L. Le Sceller, C. Loutellier, O. Michel, F. Molina, C. Monnier, C. Moreno, N. Orange, H. Pollard, D. Raine, A. Rambourg, J. Ramsden, C. Ripoll, J. Rouviere-Yaniv, M. Saier Jnr., P. Soler, M. Thellier, Ph. Tracqui, D. Ussery, J.-M. Valleton, J.-P. Vannier, P. Wiggins, A. Zemirline, F. Képès
article
Acta Biotheoretica, Springer Verlag, 2002, 50, pp.357-373
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BibTex
titre
Variability in the rigidity of Coffea canephora Pierre stems determined by acoustic analysis
auteur
Christian Cilas, Christophe Godin, David Grenier, Christophe Montagnon, Henri Baillères
article
Trees - Structure and Function, Springer Verlag, 2002, 16 (1), pp.23-37. ⟨10.1007/s00468-001-0140-8⟩
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BibTex
titre
Hyperstructures, genome analysis and I-Cells
auteur
Patrick Amar, Pascal Ballet, Georgia Barlovatz-Meimon, Arndt Benecke, Gilles Bernot, Yves Bouligand, Paul Bourguine, Franck Delaplace, Jean-Marc Delosme, Maurice Demarty, Itzhak Fishov, Jean Fourmentin-Guilbert, Joe Fralick, Jean-Louis Giavitto, Bernard Gleyse, Christophe Godin, Roberto. Incitti, François Képès, Catherine Lange, Lois Le Sceller, Corinne Loutellier, Franck Molina, Chantal Monnier, René Natowicz, Vic Norris, Nicole Orange, Hélène Pollard, Derek Raine, Camille Ripoll, Josette Rouviere-Yaniv, Milton Saier, Paul Soler, Pierre Tambourin, Michel Thellier, Philippe Tracqui, Dave Ussery, Jean-Claude Vincent, Jean-Pierre Vannier, Philippa Wiggins, Abdallah Zemirline, Olivier Michel
article
Acta Biotheoretica, Springer Verlag, 2002, 50 (4), pp.357-373. ⟨10.1023/A:1022629004589⟩
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2000

titre
Representing and encoding plant architecture: A review
auteur
Christophe Godin
article
Annals of Forest Science, Springer Nature (since 2011)/EDP Science (until 2010), 2000, 57 (5), pp.413-438. ⟨10.1051/forest:2000132⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00883351/file/hal-00883351.pdf BibTex
titre
A distance measure between plant architectures
auteur
Pascal Ferraro, Christophe Godin
article
Annals of Forest Science, Springer Nature (since 2011)/EDP Science (until 2010), 2000, 57 (5), pp.445-461. ⟨10.1051/forest:2000134⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00883353/file/hal-00883353.pdf BibTex
titre
Wood elasticity of several Coffea canephora Pierre clones. A new trait to be included in selection schemes
auteur
Christian Cilas, Christophe Montagnon, Benoit Bertrand, Christophe Godin
article
Agronomie, EDP Sciences, 2000, 20 (4), pp.439-444. ⟨10.1051/agro:2000140⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00886051/file/hal-00886051.pdf BibTex
titre
A distance measure between plant architecture
auteur
Pascal Ferraro, Christophe Godin
article
Annals of Forest Science, Springer Nature (since 2011)/EDP Science (until 2010), 2000, 57, pp.445-461
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00306621/file/view.pdf BibTex
titre
Wood elasticity of several Coffea canephora Pierre clones. A new trait to be included in selection schemes
auteur
Christian Cilas, Christophe Montagnon, Benoit Bertrand, Christophe Godin
article
Agronomie, EDP Sciences, 2000, 20 (4), pp.439-444. ⟨10.1051/agro:2000140⟩
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BibTex
titre
A distance measure between plant architectures
auteur
Pascal Ferraro, Christophe Godin
article
Annals of Forest Science, Springer Nature (since 2011)/EDP Science (until 2010), 2000, 57 (5/6), pp.445-461. ⟨10.1051/forest:2000134⟩
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https://hal.inria.fr/hal-00827474/file/2000_ferraro_annals_of_forest_science_1.pdf BibTex
titre
Representing and encoding plant architecture: a review
auteur
Christophe Godin
article
Annals of Forest Science, Springer Nature (since 2011)/EDP Science (until 2010), 2000, 57 (5-6), pp.413-438. ⟨10.1051/forest:2000132⟩
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https://hal.inria.fr/hal-00827475/file/2000_godin_annals_of_forest_science_1.pdf BibTex

1999

titre
Exploration of a plant architecture database with the AMAPmod software illustrated on an apple tree hybrid family
auteur
Christophe Godin, Yann Guédon, Evelyne Costes
article
Agronomie, EDP Sciences, 1999, 19 (3-4), pp.163-184
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00885923/file/hal-00885923.pdf BibTex
titre
A method for describing plant architecture which integrates topology and geometry
auteur
Christophe Godin, Evelyne Costes, Hervé Sinoquet
article
Annals of Botany, Oxford University Press (OUP), 1999, 84 (3), pp.343-357. ⟨10.1006/anbo.1999.0923⟩
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titre
Characterisation of structural tree root architecture using 3D digitising and AMAPmod software.
auteur
Frédéric Danjon, Hervé Sinoquet, Christophe Godin, F. Colin, Michael Drexhage
article
Plant and Soil, Springer Verlag, 1999, 211 (2), pp.241-258. ⟨10.1023/A:1004680824612⟩
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titre
Exploration of plant architecture databases with the AMAPmod software illustrated on an apple-tree hybrid family
auteur
Christophe Godin, Yann Guédon, Evelyne Costes
article
Agronomie, EDP Sciences, 1999, 19 (3-4), pp.163-184. ⟨10.1051/agro:19990301⟩
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1998

titre
A multiscale model of plant topological structures
auteur
Christophe Godin, Yves Caraglio
article
Journal of Theoretical Biology, Elsevier, 1998, 191 (1), pp.1-46. ⟨10.1006/jtbi.1997.0561⟩
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titre
Interactions between light and plant architecture in an agroforestry walnut tree
auteur
Hervé Sinoquet, A. Adam, Pierre Rivet, Christophe Godin
article
Agroforestry Forum, U.K Agroforestry Research Forum, 1998, 8 (2), pp.37-40
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1997

titre
Measuring and analyzing plants with the AMAPmod software
auteur
Christophe Godin, Yann Guédon, Evelyne Costes, Yves Caraglio
article
Michalewicz, M.T. Plants to ecosystems - Advances in Computational Life Sciences, 2nd International Symposium on Computer Challenges in Life Science, CSIRO Australia, pp.53-84, 1997
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titre
Exploring plant topology structure with the AMAPmod software : an outline
auteur
Christophe Godin, Evelyne Costes, Yves Caraglio
article
Silva Fennica, Suomen Metsätieteellinen Seura ry, 1997, 31 (3), pp.355-366
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titre
Assessment of the three-dimensional architecture of walnut trees using digitising
auteur
Hervé Sinoquet, Pierre Rivet, Christophe Godin
article
Silva Fennica, Suomen Metsätieteellinen Seura ry, 1997, 31 (3), pp.265-273
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1996

titre
Ivermectin-based control of onchocerciasis in northern Cameroon: individual factors influencing participation in community treatment.
auteur
J. Gardon, J. M. Macé, Emmanuelle Cadot, C. Ogil, Christophe Godin, Michel Boussinesq
article
Transactions of The Royal Society of Tropical Medicine and Hygiene, Oxford University Press (OUP), 1996, 90 (3), pp.218-22
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