2023

titre

BOSC 2023, the 24th annual Bioinformatics Open Source Conference [editorial]

auteur

Nomi Harris, Christopher Fields, Karsten Hokamp, Jérémy Just, Radhika Khetani, Jessica Maia, Hervé Ménager, Monica Munoz-Torres, Deepak Unni, Jason Williams

article

F1000Research, 2023, 12, pp.1568. ⟨10.12688/f1000research.143015.1⟩

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2021

titre

Cell layer-specific expression of the B-class MADS-box gene PhDEF drives petal tube or limb development in petunia flowers

auteur

M. Chopy, Q. Cavallini-Speisser, P. Chambrier, P. Morel, J. Just, V. Hugouvieux, S. Rodrigues Bento, C. Zubieta, M. Vandenbussche, M. Monniaux

article

2021

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2020

titre

The molecular signatures of compatible and incompatible pollination

auteur

Chie Kodera, Jérémy Just, Martine da Rocha, Antoine Larrieu, Lucie Riglet, Jonathan Legrand, Frédérique Rozier, Thierry Gaude, Isabelle Fobis-Loisy

article

2020

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titre

Transcriptomics at Maize Embryo/Endosperm Interfaces Identifies a Transcriptionally Distinct Endosperm Subdomain Adjacent to the Embryo Scutellum

auteur

Nicolas Doll, Jérémy Just, Véronique Brunaud, José Caïus, Aurélie Grimault, Nathalie Depège-Fargeix, Eddi Esteban, Asher Pasha, Nicholas Provart, Gwyneth Ingram, Peter Rogowsky, Thomas Widiez

article

The Plant cell, 2020, 32 (4), pp.833-852. ⟨10.1105/tpc.19.00756⟩

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titre

Rosa spp.

auteur

Jérémy Just, Mohammed Bendahmane

article

Trends in Genetics, 2020, 36 (2), pp.146-147. ⟨10.1016/j.tig.2019.11.002⟩

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2019

titre

Single and multiple gene knockouts by CRISPR–Cas9 in maize

auteur

Nicolas M Doll, Laurine Gilles, Marie-France Gerentes, Christelle Richard, Jérémy Just, Yannick Fierlej, Virginia Borrelli, Ghislaine Gendrot, Gwyneth Ingram, Peter Rogowsky, Thomas Widiez

article

Plant Cell Reports, 2019, 38 (4), pp.487-501. ⟨10.1007/s00299-019-02378-1⟩

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titre

The development of a high-density genetic map significantly improves the quality of reference genome assemblies for rose

auteur

Shubin Li, Guoqian Yang, Shuhua Yang, Jérémy Just, Huijun Yan, Ningning Zhou, Hongying Jian, Qigang Wang, Min Chen, Xianqin Qiu, Hao Zhang, Xue Dong, Xiaodong Jiang, Yibo Sun, Micai Zhong, Mohammed Bendahmane, Guogui Ning, Hong Ge, Jin-Yong Hu, Kaixue Tang

article

Scientific Reports, 2019, 9 (1), ⟨10.1038/s41598-019-42428-y⟩

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2018

titre

The Rosa genome provides new insights into the domestication of modern roses

auteur

Olivier Raymond, Jerome Gouzy, Jérémy Just, Hélène Badouin, Marion Verdenaud, Arnaud Lemainque, Philippe Vergne, Sandrine Moja, Nathalie Choisne, Caroline C. Pont, Sébastien Carrere, Jean Claude Caissard, Arnaud Couloux, Ludovic Cottret, Jean-Marc Aury, Judit Szécsi, David D. Latrasse, Mohammed Madoui, Léa Francois, Xiaopeng Fu, Shu-Hua Yang, Annick Dubois, Florence Piola, Antoine Larrieu, Magali Perez, Karine Labadie, Lauriane Perrier, Benjamin Govetto, Yoan Labrousse, Priscilla Villand, Claudia Bardoux, Véronique Boltz, Celine Lopez-Roques, Pascal Heitzler, Teva Vernoux, Michiel Vandenbussche, Hadi Quesneville, Adnane Boualem, Abdelhafid Bendahmane, Chang Liu, Manuel Le Bris, Jérôme Salse, Sylvie Baudino, Moussa Benhamed, Patrick Wincker, Mohammed Bendahmane

article

Nature Genetics, 2018, 50 (6), pp.772-777. ⟨10.1038/s41588-018-0110-3⟩

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titre

A miR172 target-deficient AP2-like gene correlates with the double flower phenotype in roses

auteur

Léa François, Marion Verdenaud, Xiaopeng Fu, Darcy Ruleman, Annick Dubois, Michiel Vandenbussche, Abdelhafid Bendahmane, Olivier Raymond, Jérémy Just, Mohammed Bendahmane

article

Scientific Reports, 2018, 8, pp.12912. ⟨10.1038/s41598-018-30918-4⟩

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2017

titre

Outils chimiques, bio-informatiques et bases de données en écologie chimique

auteur

Nicolas Barthes, Jean Claude Caissard, Jérémy Just, Xavier Fernandez

article

Écologie chimique, , 2017, 978-1-78405-186-0

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2016

titre

The rosa chinensis cv. viridiflora phyllody phenotype Is associated with misexpression of flower organ identity genes

auteur

Huijun Yan, Hao Zhang, Qigang Wang, Hongying Jian, Xianqin Qiu, Sylvie Baudino, Jérémy Just, Olivier Raymond, Lianfeng Gu, Jihua Wang, Mohammed Bendahmane, Kaixue Tang

article

Frontiers in Plant Science, 2016, 7, ⟨10.3389/fpls.2016.00996⟩

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2014

titre

Early allopolyploid evolution in the post-Neolithic Brassica napus oilseed genome

auteur

Boulos Chalhoub, France Denoeud, Shengyi Liu, Isobel A. P. Parkin, Haibao Tang, Xiyin Wang, Julien Chiquet, Harry Belcram, Chaobo Tong, Birgit Samans, Margot Corréa, Corinne da Silva, Jérémy Just, Cyril Falentin, Chu Shin Koh, Isabelle Le Clainche, Maria Bernard, Pascal Bento, Benjamin Noel, Karine Labadie, Adriana A. Alberti, Mathieu Charles, Dominique Arnaud, Hui Guo, Christian Daviaud, Salman Alamery, Kamel Jabbari, Meixia Zhao, Patrick P. Edger, Houda Chelaifa-Ammari, David Tack, Gilles Lassalle, Imen Mestiri, Nicolas Schnel, Marie-Christine Le Paslier, Chuchuan Fan, Guangyi Fan, Victor Renault, Philippe E. Bayer, Agnieszka A. Golicz, Sahana Manoli, Tae-Ho Lee, Vinh Ha Dinh Thi, Smahane Chalabi, Qiong Hu, Reece Tollenaere, Yunhai Lu, Christophe Battail, Jinxiong Shen, Christine H. D. Sidebottom, Xinfa Wang, Aurelie Canaguier, Aurelie Chauveau, Aurélie Berard, Gwenaëlle Deniot, Mei Guan, Zhongsong Liu, Fengming Sun, Yong Pyo Lim, Eric Lyons, Christopher D. Town, Ian Bancroft, Xiaowu Wang, Jinling Meng, Jianxin Ma, J. Chris Pires, Graham J. King, Dominique Brunel, Régine Delourme, Michel Renard, Jean-Marc Aury, Keith L. Adams, Patrick Wincker, Jacqueline Batley, Rod J. Snowdon, Jörg Tost, David Edwards, Yongming Zhou, Wei Hua, Andrew G. Sharpe, Andrew H. Paterson, Chunyun Guan

article

Science, 2014, 345 (6199), pp.950-953. ⟨10.1126/science.1253435⟩

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titre

Sixteen cytosolic glutamine synthetase genes identified in the Brassica napus L. genome are differentially regulated depending on nitrogen regimes and leaf senescence

auteur

Mathilde Orsel Baldwin, Michaël Moison, Vanessa Clouet, Justine Thomas, Françoise Leprince, Anne-Sophie Canoy, Jérémy Just, Boulos Chalhoub, Celine Masclaux-Daubresse

article

Journal of Experimental Botany, 2014, 65 (14), pp.3927-3947. ⟨10.1093/jxb/eru041⟩

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titre

Transcriptome and methylome profiling reveals relics of genome dominance in the mesopolyploid Brassica oleracea

auteur

Isobel A. P. Parkin, Chushin Koh, Haibao Tang, Stephen J. Robinson, Sateesh Kagale, Wayne E. Clarke, Chris D. Town, John Nixon, Vivek Krishnakumar, Shelby L. Bidwell, France Denoeud, Harry H. Belcram, Matthew G. Links, Jérémy Just, Carling Clarke, Tricia Bender, Terry Huebert, Annaliese S. Mason, J. Chris Pires, Guy Barker, Jonathan Moore, Peter G. Walley, Sahana Manoli, Jacqueline Batley, David Edwards, Matthew N. Nelson, Xiyin Wang, Andrew H. Paterson, Graham King, Ian Bancroft, Boulos Chalhoub, Andrew G. Sharpe

article

Genome Biology, 2014, 15 (6), 18 p. ⟨10.1186/gb-2014-15-6-r77⟩

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2012

titre

Prevalence of gene expression additivity in genetically stable wheat allohexaploids

auteur

Houda Chelaifa-Ammari, Veronique Chague, Smahane Chalabi, Imen Mestiri, Dominique Arnaud, Denise Deffains, Yunhai Lu, Harry Belcram, Virginie Huteau, Julien Chiquet, Olivier Coriton, Jérémy Just, Joseph Jahier, Paul Chalhoub

article

New Phytologist, 2012, 197 (3), pp.730 - 736. ⟨10.1111/nph.12108⟩

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titre

A Dominant Point Mutation in a RINGv E3 Ubiquitin Ligase Homoeologous Gene Leads to Cleistogamy in Brassica napus

auteur

Yun-Hai Lu, Dominique Arnaud, Harry Belcram, Cyril Falentin, Patricia Rouault, Nathalie Piel, Marie-Odile Lucas, Jérémy Just, Michel Renard, Régine Delourme, Boulos Chalhoub

article

The Plant cell, 2012, 24 (12), pp.4875 - 4891. ⟨10.1105/tpc.112.104315⟩

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2011

titre

Duplication and partitioning in evolution and function of homoeologous Q loci governing domestication characters in polyploid wheat

auteur

Zengcui Zhanga, Harry H. Belcram, Piotr Gornickic, Mathieu Charles, Jérémy Just, Cécile C. Huneau, Ghislaine Magdelenat, Arnaud Couloux, Sylvie Samaind, Bikram S. Gille, Jack B. Rasmussena, Valérie Barbed, Justin D. Faris, Boulos Chalhoub

article

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2011, 108 (46), pp.18737 - 18742. ⟨10.1073/pnas.1110552108⟩

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2010

titre

Genome-wide gene expression changes in genetically stable synthetic and natural wheat allohexaploids

auteur

Veronique Chague, Jérémy Just, Imen Mestiri, Sandrine Balzergue, Anne-Marie A.-M. Tanguy, Cécile C. Huneau, Virginie Huteau, Harry H. Belcram, Olivier O. Coriton, Joseph J. Jahier, Boulos Chalhoub

article

New Phytologist, 2010, 187 (4), pp.1181-1194. ⟨10.1111/j.1469-8137.2010.03339.x⟩

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titre

Impact of transposable elements on the organization and function of allopolyploid genomes

auteur

Christian Parisod, Karine Alix, Jérémy Just, Maud Petit, Véronique Sarilar, Corinne Mhiri, Malika Ainouche, Boulos Chalhoub, Marie Angele Grandbastien

article

New Phytologist, 2010, 186 (1), pp.37-45. ⟨10.1111/j.1469-8137.2009.03096.x⟩

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2008

titre

Dynamics and Differential Proliferation of Transposable Elements During the Evolution of the B and A Genomes of Wheat

auteur

Mathieu Charles, Harry H. Belcram, Jérémy Just, Cécile C. Huneau, Agnès Viollet, Arnaud Couloux, Béatrice Ségurens, Meredith Carter, Virginie Huteau, Olivier O. Coriton, Rudi Appels, Sylvie Samain, Paul P. Chalhoub

article

Genetics, 2008, 180 (2), pp.1071-1086

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2003

titre

GénoPlante-Info (GPI): a collection of databases and bioinformatics resources for plant genomics

auteur

Dylan Samson, F. Legeai, Emmanuelle Karsenty, Sébastien Reboux, J.B. Veyrieras, J. Just, Emmanuel Barillot

article

Nucleic Acids Research, 2003, 31 (1), pp.179-182. ⟨10.1093/nar/gkg060⟩

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