Agenda En savoir plus

Biophysique et développement

Personnel du RDP

Arezki BOUDAOUD

arezki.boudaoud
(33) 4 72 72 88 75
PR ENS

Françoise MONEGER

francoise.moneger
(33) 4 72 72 89 85
DR2 CNRS

Pradeep DAS

pradeep.das
(33) 4 72 72 89 37
MC ENS

Annamaria KISS

annamaria.kiss
(33) 4 72 72 89 37
IR2 INRA

Simone BOVIO

simone.bovio
(33) 4 72 72 87 62
IE ENS

Virginie BATTU

virginie.battu
(33) 4 72 72 86 07
TR UCBL

Yuchen LONG

yuchen.long
(33) 4 72 72 88 25
Postdoc ENS

Antoine FRULEUX

antoine.fruleux
(33) 4 72 72 38 32
Postdoc ENS

Svenja MAGER

svenja.mager
(33) 4 72 72 89 37
Postdoc ENS

Valeria HERNANDEZ

valeria.hernandez
(33) 4 72 72 88 74
Thèse



2019


Long Y, Boudaoud A "Emergence of robust patterns from local rules during plant development". Current Opinion in Plant Biology 127-137 (2019)
PMID : 30577002

Fruleux A, Boudaoud A. "Modulation of tissue growth heterogeneity by responses to mechanical stress.". Proc Natl Acad Sci U S A 16 1940-1945 (2019)
PMID : 30674660

2018


Fruleux A, Boudaoud A "Modulation of tissue growth heterogeneity by responses to mechanical stress". bioRXiv (2018)
https://doi.org/10.1101/425355

S. Verger, Y. Long, A. Boudaoud & O. Hamant* "A tension-adhesion feedback loop in plant epidermis". eLIFE 7 e34460 (2018)
PMID : 29683428

J.-D. Julien & A. Boudaoud* "Elongation and shape changes in organisms with cell walls : a dialogue between experiments and models". The Cell Surface 1 34–42 (2018)
V. Mirabet*, P. Krupinski, O. Hamant, E.M. Meyerowitz, H. Jönsson & A. Boudaoud.* "The self-organization of plant microtubules inside the cell volume yields their cortical localization, stable alignment, and sensitivity to external cues". PLoS Comput. Biol. 14 e1006011 (2018)
PMID : 29462151

L. Hong#, M. Dumond#, M. Zhu, S. Tsugawa, C.-B. Li, A. Boudaoud, O. Hamant & A.H.K. Roeder* "Heterogeneity and Robustness in Plant Morphogenesis : From Cells to Organs". Annual Reviews of Plant Biology 69 469–495 (2018)
PMID : 29505739

V. Davì, H. Tanimoto, D. Ershov, A. Haupt, H. De Belly, R. Le Borgne, E. Couturier, A. Boudaoud* & Nicolas Minc* "Mechanosensation dynamically coordinates polar growth and cell wall assembly to promote survival". Dev. Cell 45 170–182 (2018)
PMID : 29689193

Amélie Andres-Robin, Mathieu Reymond, Antoine Dupire, Virginie Battu, Nelly Dubrulle, Grégory Mouille, Valérie Lefebvre, Jerome Pelloux, Arezki Boudaoud, Jan Traas, Charles Patrick Scutt, Françoise Monéger "Evidence for the control of Arabidopsis gynoecium morphogenesis by ETTIN via cell wall dynamics". Plant Physiology American Society of Plant Biologists (2018)
PMID : 30237208

2017


P. Durand-Smet, E. Gauquelin, N. Chastrette, A. Boudaoud & A. Asnacios*. "Estimation of turgor pressure through comparison between single plant cell and pressurized shell mechanics. ". Physical Biol 14, 055002 (2017)
https://doi.org/10.1186/s13007-017-0264-5.

S. Tsugawa, N. Hervieux, D. Kierzkowski, A.-L. Routier-Kierzkowska, A. Sapala, O. Hamant, R. S. Smith, A. H. K. Roeder, A. Boudaoud & C.-B. Li*. "Clones of cells switch from reduction to enhancement of size variability in Arabidopsis sepals.". Development. 144 4398-4405 (2017)
PMID : 29183944

J. Chlasta, P. Milani, G. Runel, J.-L. Duteyrat, L. Arias, L.-A. Lamiré, A. Boudaoud & M. Grammont* "Variations in basement membrane mechanics are linked to epithelial morphogenesis". Development 144 4350–4362 (2017)
PMID : 29038305

Hervieux N, Tsugawa S, Fruleux A, Dumond M, Routier-Kierzkowska AL, Komatsuzaki T, Boudaoud A, Larkin JC, Smith RS, Li CB, Hamant O. "Mechanical shielding of rapidly growing cell buffers growth heterogeneity and contributes to organ shape reproducibility.". Curr Biol. 27 3468-3479.e4 (2017)
PMID : 29129534

"Prunet N, W Yang, P Das, EM Meyerowitz and TP...". (2017)
Prunet N, W Yang, P Das, EM Meyerowitz and TP Jack. SUPERMAN prevents class B gene expression and promotes stem cell termination in the fourth whorl of Arabidopsis thaliana flowers. PNAS 114 : 7166 (2017).

A.Kiss, T.Moreau, V. Mirabet, C. I.Calugaru, A. Boudaoud, P. Das "Segmentation of 3D images of plant tissues at multiple scales using the level set method". Plant Methods 13 (2017)
PMID : 29296118

2016


Bar-Sinai Y, Julien JD, Sharon E, Armon S, Nakayama N, Adda-Bedia M, Boudaoud A. "Mechanical Stress Induces Remodeling of Vascular Networks in Growing Leaves.". PLoS Comput Biol. 12 (2016)
PMID : 27074136

N. Hervieux, M. Dumond, A. Sapala, A.-L. Routier-Kierzkowska, D. Kierzkowski, A. Roeder, R.S. Smith, A. Boudaoud* & O. Hamant* "A mechanical feedback restricts sepal growth and shape in Arabidopsis". Curr Biol. 26 1019–1028 (2016)
PMID : 27151660

Tsugawa S, Hervieux N, Hamant O, Boudaoud A, Smith RS, Li CB, Komatsuzaki T. "Extracting subcellular fibrillar alignment with error estimation : Application to microtubules.". Biophys J. 110 1836-1844 (2016)
PMID : 27119643

Hong L, Dumond M, Tsugawa S, Sapala A, Routier-Kierzkowska AL, Zhou Y, Chen C, Kiss A, Zhu M, Hamant O, Smith RS, Komatsuzaki T, Li CB, Boudaoud A, Roeder AH. "Variable cell growth yields reproducible organ development through spatiotemporal averaging
.". Dev Cell. 38 15-32 (2016)
PMID : 27404356

Fourquin C, Beauzamy L, Chamot S, Creff A, Goodrich J, Boudaoud A, Ingram G. "Mechanical stress mediated by both endosperm softening and embryo growth underlies endosperm elimination in Arabidopsis seeds.". Development. 143 3300-5 (2016)
PMID : 27287798

Louveaux M, Rochette S, Beauzamy L, Boudaoud A, Hamant O. "The impact of mechanical compression on cortical microtubules in Arabidopsis : a quantitative pipeline.". Plant J. 88 328-342 (2016)
PMID : 27482848

E. Biot+, M. Cortizo+, J. Burguet+*, A. Kiss+, M. Oughou, A. Maugarny-Calès, B. Gonçalves, B. Adroher, P. Andrey, A. Boudaoud* & P. Laufs*. "Multiscale quantification of morphodynamics : MorphoLeaf software for 2D shape analysis. ". Development 143 3417-28 (2016)
PMID : 27387872

"F. Kateryna, B. Landrein & O. Hamant*....". (2016)
F. Kateryna, B. Landrein & O. Hamant*. Interplay between miRNA regulation and mechanical stress for CUC gene expression at the shoot apical meristem. Plant Signal. Behav. 11, e1127497 (2016).

Alim K, Armon S, Shraiman BI, Boudaoud A. "Leaf growth is conformal.". Phys Biol. 13 (2016)
PMID : 27597439

R. Malgat, F. Faure & A. Boudaoud* "A mechanical model to interpret cell-scale indentation experiments on plant tissues in terms of cell wall elasticity and turgor pressure.". Front Plant Sci. 7 1351 (2016)
PMID : 27656191

Ezquer I, Mizzotti C, Nguema-Ona E, Gotté M, Beauzamy L, Viana VE, Dubrulle N, Costa de Oliveira A, Caporali E, Koroney AS, Boudaoud A, Driouich A, Colombo L. "The developmental regulator STK controls the structure and mechanical properties of the Arabidopsis seed coat.". Plant Cell. 28 2478-2492 (2016)
PMID : 27624758

Beauzamy L, Fourquin C, Dubrulle N, Boursiac Y, Boudaoud A, Ingram G. "Endosperm turgor pressure decreases during early Arabidopsis seed development.". Development. 143 3295-9 (2016)
PMID : 27287811

Louveaux M, Julien JD, Mirabet V, Boudaoud A, Hamant O. "Cell division plane orientation based on tensile stress in Arabidopsis thaliana.". Proc Natl Acad Sci U S A. 113 E4294-303 (2016)
PMID : 27436908

2015


"J. Chopin*, A. Boudaoud & M. Adda-Bedia....". (2015)
J. Chopin*, A. Boudaoud & M. Adda-Bedia. Morphology and dynamics of a crack front propagating in a model disordered material. J. Mech. Phys. Solids 74, 38–48 (2015).

Boudon F, Chopard J, Ali O, Gilles B, Hamant O, Boudaoud A, Traas J, Godin C. "A computational framework for 3D mechanical modeling of plant morphogenesis with cellular resolution.". PLoS Comput Biol. 11 e1003950 (2015)
PMID : 25569615

Beauzamy L, Derr J, Boudaoud A. "Quantifying Hydrostatic Pressure in Plant Cells by using Indentation with an Atomic Force Microscope". Biophys J. 108 2448-2456 (2015)
PMID : 25992723

Beauzamy L, Louveaux M, Hamant O, Boudaoud A. "Mechanically, the shoot apical meristem of Arabidopsis behaves like a shell inflated by a pressure of about 1 MPa.". Front Plant Sci. 6 (2015)
PMID : 27074136

Barbier de Reuille P, Routier-Kierzkowska AL, Kierzkowski D, Bassel GW, Schüpbach T, Tauriello G, Bajpai N, Strauss S, Weber A, Kiss A, Burian A, Hofhuis H, Sapala A, Lipowczan M, Heimlicher MB, Robinson S, Bayer EM, Basler K, Koumoutsakos P, Roeder AH, Aegerter-Wilmsen T, Nakayama N, Tsiantis M, Hay A, Kwiatkowska D, Xenarios I, Kuhlemeier C, Smith RS. "MorphoGraphX : A platform for quantifying morphogenesis in 4D.". Elife 4 (2015)
PMID : 25946108

"Klein-Cosson C, Chambrier P, Rogowsky PM,...". (2015)
Klein-Cosson C, Chambrier P, Rogowsky PM, Vernoud V.
Regulation of a maize HD-ZIP IV transcription factor by a non-conventional RDR2-dependent small RNA.
Plant J. 2015 [PMID:25619590]

Landrein B, Refahi Y, Besnard F, Hervieux N, Mirabet V, Boudaoud A, Vernoux T, Hamant O. "Meristem size contributes to the robustness of phyllotaxis in Arabidopsis.". Journal of Experimental Botany 66 1317-24 (2015)
PMID : 25504644

Landrein B, Kiss A, Sassi M, Chauvet A, Das P, Cortizo M, Laufs P, Takeda S, Aida M, Traas J, Vernoux T, Boudaoud A, Hamant O. "Mechanical stress contributes to the expression of the STM homeobox gene in Arabidopsis shoot meristems.". Elife 4 (2015)
PMID : 26623515
Featured in F1000 (2★)

2014


"Ali, O., Mirabet, V., Godin, C., Traas, J....". (2014)
Ali, O., Mirabet, V., Godin, C., Traas, J. (2014). Physical Models of Plant Development. ANNUAL REVIEW OF CELL AND DEVELOPMENTAL BIOLOGY 30, 59-78.

"Collaudin, S. and Mirabet, V. (2014). Models...". (2014)
Collaudin, S. and Mirabet, V. (2014). Models to reconcile plant science and stochasticity. FRONTIERS IN PLANT SCIENCE 5, 643.

Beauzamy L, Nakayama N, Boudaoud A. "Flowers under pressure : ins and outs of turgor regulation in development.". Ann Bot. 114 1517-33 (2014)
PMID : 25288632

Durand-Smet P, Chastrette N, Guiroy A, Richert A, Berne-Dedieu A, Szecsi J, Boudaoud A, Frachisse JM, Bendahmane M, Hamant O, Asnacios A. "A comparative mechanical analysis of plant and animal cells reveals convergence across kingdoms". Biophys J. 107 2237-44 (2014)
PMID : 25418292

Oftadeh R, Haghpanah B, Vella D, Boudaoud A, Vaziri A. "Optimal Fractal-like Hierarchical Honeycombs.". Phys Rev Lett. 113 104301 (2014)
PMID : 25238362

"Sassi M, Ali O, Boudon F, Cloarec G, Abad U,...". (2014)
Sassi M, Ali O, Boudon F, Cloarec G, Abad U, Cellier C, Milani P, Chen X, Friml J, Vernoux T, Godin C, Hamant O & Traas J (2014) An auxin-mediated shift towards growth isotropy promotes organ formation at the shoot apical meristem in Arabidopsis. CURRENT BIOLOGY 24:2335-2342

"Rozier F, Mirabet V, Vernoux T & Das P (2014)...". (2014)
Rozier F, Mirabet V, Vernoux T & Das P (2014) Analysis of 3-D gene expression patterns in plants using whole-mount RNA in situ hybridization. NATURE PROTOCOLS 9 : 2464-2475

Milani P, Mirabet V, Cellier C, Rozier F, Hamant O, Das P, Boudaoud A. "Matching patterns of gene expression to mechanical stiffness at cell resolution through quantitative tandem epifluorescence and nanoindentation.". Plant Physiol. 165 1399-1408 (2014)
PMID : 24924426

Sampathkumar A, Krupinski P, Wightman R, Milani P, Berquand A, Boudaoud A, Hamant O, Jönsson H, Meyerowitz EM. "Sub-cellular and supra-cellular mechanical stress prescribes cytoskeleton behavior in Arabidopsis cotyledon pavement cells". Elife. 3 e01967 (2014)
PMID : 24740969

Bonazzi D, Julien JD, Romao M, Seddiki R, Piel M, Boudaoud A, Minc N. "Symmetry breaking in spore germination relies on an interplay between polar cap stability and spore wall mechanics. ". Dev Cell. 46 388 (2014)
PMID : 24636258

Ebrahimi H, Ajdari A, Vella D, Boudaoud A, Vaziri A. "Anisotropic Blistering Instability of Highly Ellipsoidal Shells.". Phys Rev Lett. 112 094302 (2014)
PMID : 24655258

"Bayart, E., Boudaoud, A., and Adda-Bedia, M....". (2014)
Bayart, E., Boudaoud, A., and Adda-Bedia, M. (2014). Tuning the ordered states of folded rods by isotropic confinement. PHYSICAL REVIEW E 89, 012407.

Boudaoud A, Burian A, Borowska-Wykręt D, Uyttewaal M, Wrzalik R, Kwiatkowska D, Hamant O. "FibrilTool, an ImageJ plugin to quantify fibrillar structures in raw microscopy images.". Nat Protoc. 9 457-63 (2014)
PMID : 24481272

"Hamant, O., Das, P. Burian, A. (2014)....". (2014)
Hamant, O., Das, P. Burian, A. (2014). Time-lapse imaging of developing meristems using confocal laser scanning microscope. METHODS IN MOLECULAR BIOLOGY 1080, 111.

"Landrein B. and Vernoux T. (2014) Auxin,...". (2014)
Landrein B. and Vernoux T. (2014) Auxin, chief architect of the shoot Apex. In Auxin and its role in plant development, Zazimalova et al., eds (Springer-Verlag Wien), pp. 191-212

"Widiez T, Symeonidi A, Luo C, Lam E, Lawton...". (2014)
Widiez T, Symeonidi A, Luo C, Lam E, Lawton M, Rensing SA
The chromatin landscape of the moss Physcomitrella patens and its dynamics during development and drought stress. Plant Journal 2014 [PMID : 24779858]

Besnard, F., Refahi, Y., Morin, V., Marteaux, B., Brunoud, G., Chambrier, P., Rozier F., Mirabet V., Legrand J., Lainé S., Thévenon E., Farcot E., Cellier C., Das P., Bishopp A., Dumas R., Parcy F., Helariutta Y., Boudaoud A., Godin C., Traas J., Guédon Y., & Vernoux, T. "Cytokinin signalling inhibitory fields provide robustness to phyllotaxis.". Nature. 505 417-21 (2014)
PMID : 24336201
Featured in F1000 (2★)

2013


"Landrein B, Hamant O. How mechanical stress...". (2013)
Landrein B, Hamant O. How mechanical stress controls microtubule behavior and morphogenesis in plants : history, experiments and revisited theories. PLANT J. 75, 324-38

"Louveaux, M. and Hamant, O. (2013). The...". (2013)
Louveaux, M. and Hamant, O. (2013). The mechanics behind cell division. CURRENT OPINION IN PLANT BIOLOGY 16, 774.

"Hamant, O. (2013). Cell Biology : Cytoskeleton...". (2013)
Hamant, O. (2013). Cell Biology : Cytoskeleton Network Topology Feeds Back on Its Regulation. CURRENT BIOLOGY 23, R963.

"Hamant, O. (2013). Widespread mechanosensing...". (2013)
Hamant, O. (2013). Widespread mechanosensing controls the structure behind the architecture in plants. CURRENT OPINION IN PLANT BIOLOGY 16, 654.

"de Bossoreille de Ribou, S., Douam, F.,...". (2013)
de Bossoreille de Ribou, S., Douam, F., Hamant, O., Frohlich, M.W. and Negrutiu I. (2013). Plant science and agricultural productivity : why are we hitting the yield ceiling ? PLANT SCIENCE 210, 159.

"Hamant, O. (2013). Integrative Cell Biology ;...". (2013)
Hamant, O. (2013). Integrative Cell Biology ; Katanin at the Crossroads. CURRENT BIOLOGY 23, R206.

"Burian, A., Ludynia, M., Uyttewaal, M.,...". (2013)
Burian, A., Ludynia, M., Uyttewaal, M., Traas, J., Boudaoud, A., Hamant, O. and Kwiatkowska, D. (2013). A correlative microscopy approach relates microtubule behaviour, local organ geometry, and cell growth at the Arabidopsis shoot apical meristem. JOURNAL OF EXPERIMENTAL BOTANY 64, 5753.

"Milani, P., Braybrook, S.A. and Boudaoud, A....". (2013)
Milani, P., Braybrook, S.A. and Boudaoud, A. (2013). Shrinking the hammer : micromechanical approaches to morphogenesis. JOURNAL OF EXPERIMENTAL BOTANY 64, 4651.

"O’Maoileidigh, D.S., Wuest, S.E., Rae, L.,...". (2013)
O’Maoileidigh, D.S., Wuest, S.E., Rae, L., Raganelli, A., Ryan, P.T., Kwasniewska, K., Das, P., Lohan, A.J., Loftus, B., Graciet, E., Wellmer, F. (2013). Control of Reproductive Floral Organ Identity Specification in Arabidopsis by the C Function Regulator AGAMOUS. PLANT CELL 25, 2482.

"Landrein, B., Lathe, R., Bringmann, M.,...". (2013)
Landrein, B., Lathe, R., Bringmann, M., Vouillot, C., Ivakov, A., Boudaoud, A., Persson, S., and Hamant, O. (2013). Impaired Cellulose Synthase Guidance Leads to Stem Torsion and Twists Phyllotactic Patterns in Arabidopsis. CURRENT BILOGY 23, 895.

"Deboeuf, S., Katzav, E., Boudaoud, A., Bonn,...". (2013)
Deboeuf, S., Katzav, E., Boudaoud, A., Bonn, D. and Adda-Bedia, M. (2013). Comparative Study of Crumpling and Folding of Thin Sheets. PHYSICAL REVIEW LETTERS 110, 104301.

2012


"Bringmann M, Landrein B, Schudoma C, Hamant...". (2012)
Bringmann M, Landrein B, Schudoma C, Hamant O, Hauser MT, Persson S. (2012) Cracking the elusive alignment hypothesis : the microtubule-cellulose synthase nexus unraveled. TRENDS PLANT SCI. 17, 666-74

"Vella, D., Ajdari, A., Vaziri, A. and...". (2012)
Vella, D., Ajdari, A., Vaziri, A. and Boudaoud, A. (2012). Indentation of ellipsoidal and cylindrical elastic shells. PHYSICAL REVIEW LETTERS 109, 144302.
Asnacios, A., Hamant, O. (2012). The mechanics behind cell polarity. TRENDS IN CELL BIOLOGY 22, 584.

"Alim, K., Hamant, O. and Boudaoud, A. (2012)....". (2012)
Alim, K., Hamant, O. and Boudaoud, A. (2012). Regulatory role of cell division rules on tissue growth heterogeneity. FRONTIERS IN PLANT SCIENCES 3,174.

"Proctor, S.A., Minc, N., Boudaoud, A. and...". (2012)
Proctor, S.A., Minc, N., Boudaoud, A. and Chang, F. (2012). Contributions of Turgor Pressure, the Contractile Ring, and Septum Assembly to Forces in Cytokinesis in Fission Yeast. CURRENT BIOLOGY 22, 1601.

"Nakayama, N., Smith, R.S., Mandel,T.,...". (2012)
Nakayama, N., Smith, R.S., Mandel,T., Robinson, S. , Kimura, S. , Boudaoud, A. and Kuhlemeier, C. (2012). Mechanical regulation of auxin-mediated growth. CURRENT BIOLOGY 22, 1468.

"Uyttewaal, M., Burian, A., Alim, K., Landrein,". (2012)
Uyttewaal, M., Burian, A., Alim, K., Landrein, B., Borowska-Wykret, D., Dedieu, A., Peaucelle, A., Ludynia, M., Traas, J., Boudaoud, A., Kwiatkowska, D. and Hamant, O. (2012) Mechanical Stress Acts via Katanin to Amplify Differences in Growth Rate between Adjacent Cells in Arabidopsis. CELL 149, 439.

"Uyttewaal, M., Burian, A., Alim, K., Landrein,". (2012)
Uyttewaal, M., Burian, A., Alim, K., Landrein, B., Borowska-Wykret, D., Dedieu, A., Peaucelle, A., Ludynia, M., Traas, J., Boudaoud, A., Kwiatkowska, D. and Hamant, O. (2012) Mechanical Stress Acts via Katanin to Amplify Differences in Growth Rate between Adjacent Cells in Arabidopsis. CELL 149, 439.

"Vella, D., Ajdari, A., Vaziri, A. and...". (2012)
Vella, D., Ajdari, A., Vaziri, A. and Boudaoud, A. (2012). The indentation of pressurized elastic shells : from polymeric capsules to yeast cells. JOURNAL OF THE ROYAL SOCIETY INTERFACE 9, 448.

"Mirabet, V., Besnard, F., Vernoux and T.,...". (2012)
Mirabet, V., Besnard, F., Vernoux and T., Boudaoud, A. (2012). Noise and robustness in phyllotaxis. PLOS COMPUTATIONAL BIOLOGY 8,e1002389.

2011


"Hamant O, Meyerowitz EM, Traas J. (2011) Is...". (2011)
Hamant O, Meyerowitz EM, Traas J. (2011) Is cell polarity under mechanical control in plants ? Plant Signal Behav. Jan 1 ;6(1)

"Hasson A, Plessis A, Blein T, Adroher B,...". (2011)
Hasson A, Plessis A, Blein T, Adroher B, Grigg S, Tsiantis M, Boudaoud A, Damerval C, Laufs P. (2011) Evolution and Diverse Roles of the CUP-SHAPED COTYLEDON Genes in Arabidopsis Leaf Development. Plant Cell 23(1):54-68.

"Vernoux T, Brunoud G, Farcot E, Morin V, Van...". (2011)
Vernoux T, Brunoud G, Farcot E, Morin V, Van den Daele H, Legrand J, Oliva M, Das P, Larrieu A, Wells D, Guédon Y, Armitage L, Picard F, Guyomarc’h S, Cellier C, Parry G, Koumproglou R, Doonan JH, Estelle M, Godin C, Kepinski S, Bennett M, De Veylder L, Traas J (2011) The auxin signalling network translates dynamic input into robust patterning at the shoot apex. Mol Syst Biol. 7:508.

"Mirabet V, Das P, Boudaoud A, Hamant O....". (2011)
Mirabet V, Das P, Boudaoud A, Hamant O. (2011) The role of mechanical forces in plant morphogenesis. Annu Rev Plant Biol. 62:365-85.

"Milani P, Gholamirad M, Traas J, Arnéodo A,...". (2011)
Milani P, Gholamirad M, Traas J, Arnéodo A, Boudaoud A, Argoul F, Hamant O.
(2011) In vivo analysis of local wall stiffness at the shoot apical meristem in Arabidopsis using atomic force microscopy. Plant J. 67(6):1116-23.

"Bayart E, Boudaoud A, Adda-Bedia M. (2011)...". (2011)
Bayart E, Boudaoud A, Adda-Bedia M. (2011) Finite-distance singularities in the tearing of thin sheets. Phys Rev Lett. 106(19):194301.

"Romanel E, Das P, Amasino RM, Traas J,...". (2011)
Romanel E, Das P, Amasino RM, Traas J, Meyerowitz E, Alves-Ferreira M. (2011) Reproductive Meristem22 is a unique marker for the early stages of stamen development. Int J Dev Biol. 55(6):657-64.

"Chopin J, Prevost A, Boudaoud A, Adda-Bedia...". (2011)
Chopin J, Prevost A, Boudaoud A, Adda-Bedia M. (2011) Crack Front Dynamics across a Single Heterogeneity. Phys Rev Lett. 107(14):144301.

"Vella D, Ajdari A, Vaziri A, Boudaoud A....". (2011)
Vella D, Ajdari A, Vaziri A, Boudaoud A. (2011) Wrinkling of pressurized elastic shells. (2011) Phys Rev Lett. 107(17):174301.

"Besnard F, Vernoux T, Hamant O. (2011)...". (2011)
Besnard F, Vernoux T, Hamant O. (2011) Organogenesis from stem cells in planta : multiple feedback loops integrating molecular and mechanical signals. Cell Mol Life Sci. 2011 Sep ;68(17):2885-906.

"Seizilles G, Bayart E, Adda-Bedia M, Boudaoud...". (2011)
Seizilles G, Bayart E, Adda-Bedia M, Boudaoud A. (2011) Bending waves in crumpled sheets. Phys Rev E Stat Nonlin Soft Matter Phys. 84(6-2):065602.

La Rota C, Chopard J, Das P, Paindavoine S, Rozier F, Farcot E, Godin C, Traas J, Monéger F "A data-driven integrative model of sepal primordium polarity in Arabidopsis". Plant Cell 23 4318-33 (2011)
La Rota C, Chopard J, Das P, Paindavoine S, Rozier F, Farcot E, Godin C, Traas J, Monéger F. (2011) A data-driven integrative model of sepal primordium polarity in Arabidopsis. Plant Cell 23(12):4318-33.

2010


"Hamant O, Traas J (2010) The mechanics behind...". (2010)
Hamant O, Traas J (2010) The mechanics behind plant development – Tansley review. New Phytol.185(2):369-85.

"Hamant O, Pautot V. (2010) Plant development :...". (2010)
Hamant O, Pautot V. (2010) Plant development : a TALE story. C R Biol. 333(4):371-81.

"Fernandez R, Das P, Mirabet V, Moscardi E,...". (2010)
Fernandez R, Das P, Mirabet V, Moscardi E, Traas J, Verdeil JL, Malandain G, Godin C. (2010) Imaging plant growth in 4D : robust tissue reconstruction and lineaging at cell resolution. Nat Methods. 7(7):547-53.

"Boudaoud A. (2010) An introduction to the...". (2010)
Boudaoud A. (2010) An introduction to the mechanics of morphogenesis for plant biologists. Trends Plant Sci. 15(6):353-60.

"Cadot O, Touzé C, Boudaoud A. (2010) Linear...". (2010)
Cadot O, Touzé C, Boudaoud A. (2010) Linear versus nonlinear response of a forced wave turbulence system. Phys Rev E Stat Nonlin Soft Matter Phys. 82(4 Pt 2):046211.

"Hamant O, Traas J, Boudaoud A. (2010)...". (2010)
Hamant O, Traas J, Boudaoud A. (2010) Regulation of shape and patterning in plant development. Curr Opin Genet Dev. 20(4):454-9.

"Heisler MG, Hamant O, Krupinski P, Uyttewaal...". (2010)
Heisler MG, Hamant O, Krupinski P, Uyttewaal M, Ohno C, Jönsson H, Traas J, Meyerowitz EM. (2010) Alignment between PIN1 polarity and microtubule orientation in the shoot apical meristem reveals a tight coupling between morphogenesis and auxin transport. PLoS Biol. 8(10):e1000516.

Fernandez R, Das P, Mirabet V, Moscardi E, Traas J, Verdeil JL, Malandain G, Godin C. "Imaging plant growth in 4D : robust tissue reconstruction and lineaging at cell resolution.". Nat Methods. 7 547-53 (2010)


2009


"Das, P., Toshiro Ito, Frank Wellmer, Teva...". (2009)
Das, P., Toshiro Ito, Frank Wellmer, Teva Vernoux, Annick Dedieu, Jan Traas, Elliot M. Meyerowitz (2009). Floral stem cell termination involves the direct regulation of AGAMOUS by PERIANTHIA. Development 136, 1605-1611

"Traas J, Hamant O (2009) From genes to shape :...". (2009)
Traas J, Hamant O (2009) From genes to shape : understanding the control of morphogenesis at the shoot meristem in higher plants using systems biology. C R Biol. 332 : 974-985.

"Corson F, Hamant O, Bohn S, Traas J, Boudaoud...". (2009)
Corson F, Hamant O, Bohn S, Traas J, Boudaoud A, Couder Y (2009). Turning a plant tissue into a living cell froth through isotropic growth. Proc Natl Acad Sci USA 106:8453-8458

"Uyttewaal M, Traas J, Hamant O (2009)...". (2009)
Uyttewaal M, Traas J, Hamant O (2009) Integrating physical stress, growth, and development. Curr Opin Plant Biol. 13(1):46-52.

2008


"Hamant O., Heisler MG., Jonsson H., Krupinski...". (2008)
Hamant O., Heisler MG., Jonsson H., Krupinski P., Uyttewaal M., Bokov P., Corson F., Sahlin P., Boudaoud A., Meyerowitz EM., Couder Y., Traas J. (2008) Developmental patterning by mechanical signals in Arabidopsis. Science 322 (5908), 1650-1655


Minc N, Boudaoud A, Chang F. "Mechanical Forces of Fission Yeast Growth.". Curr Biol. 24 1436
PMID : 28903054



Nous étudions la morphogenèse chez les plantes, notamment à l’apex caulinaire d’Arabdopsis. Nous nous focalisons sur la robustesse de la morphogenèse, en analysant la variabilité cellulaire et en explorant les mécanismes qui amplifient ou tamponnent cette variabilité. Pour ce faire, nous combinons des approches de biologie moléculaire, d’imagerie du vivant, de biophysique, d’analyse de donnée et de modélisation. Nous déclinons ces questions et approches selon quatre thématiques principales :
- Mécanique de la morphogénèse
- Patrons de croissance florale
- Réseaux d’interaction moléculaire
- Modélisation de la morphogénèse

Infos utiles


Mécanique de la morphogénèse

Responsable : Arezki Boudaoud

La morphogenèse est le remarquable processus par lequel un organisme en développement acquiert sa forme. Alors que les études moléculaires et génétiques ont rencontré de grands succès permettant d’expliquer la base cellulaire du développement et le rôle des gradients biochimiques dans la coordination des destins cellulaires, la compréhension de la morphogenèse demeure un défi, à la fois pour la biologie du développement et pour la biophysique. En effet, la forme est imposée par les éléments structuraux de l’organisme ; l’étude de la morphogenèse doit s’attaquer à comment ces éléments sont régulés à l’échelle de la cellule, et à comment les propriétés mécaniques de ces éléments conduisent à des patrons de croissance bien définis. En utilisant les plantes comme systèmes modèles, nous abordons les questions suivantes. (i) L’identité moléculaire et génétique d’une cellule correspond-elle à une identité mécanique ? (ii) Les propriétés mécaniques des domaines cellulaires prédisent-elles les changements de forme ? (iii) Comment la stochasticité intrinsèque de la mécanique et de la croissance cellulaire laisse-t-elle place à des formes reproductibles ?

Patrons de croissance florale

Responsable : Pradeep Das

L’émergence des formes et tailles stéréotypes des tissues et organes suppose une régulation coordonnée d’un patron de croissance très spécifique en temps et espace toute au long du développement. Nous cherchons à avoir une compréhension claire de comment les évenements moléculaires, génétiques et physiques gouvernent la croissance. Nous avons développé lors des dernières années une pipeline automatique qui permet de suivre la croissance à une résolution cellulaire et en 4 dimensions (espace et temps) lors du développement des fleurs (Fernandez et al., Nature Methods, 2010). D’autre part nous examinons les liens entre les patrons de croissance, d’expression et de propriétés mécaniques.

Réseaux d’interaction moléculaire

Responsable : Françoise Monéger

Nous travaillons également sur la modélisation des réseaux d’interaction moléculaire et développons des approches visant à intégrer différents types de données (patrons d’expression, interactions directes, interactions génétiques) dans un modèle cohérent et intégré. Plus récemment, nous avons décidé de nous focaliser sur la paroi et en particulier sur les enzymes de remodelage de la paroi afin de comprendre comment les réseaux d’interaction et en particulier les facteurs de transcription de la fleur contrôlent la morphogénèse. Pour cela, notre projet consiste à identifier parmi une trentaine de facteurs de transcription exprimés dans la fleur, les gènes cibles codant des protéines impliquées dans la paroi et tenter de comprendre comment la régulation de l’expression de ces gènes permet de contrôler les formes florales.

Modélisation de la morphogénèse

Responsable : Annamaria Kiss

Afin de pouvoir modéliser l’émergence de la forme des organes d’une plante, il est primordiale de commencer par l’analyse des données en lien avec la morphogenèse. Pour cela nous développons des outils de segmentation d’images (level set, MARS sur Openalea) et d’analyse de données (plugin MorphoGraphX), et en particulier nous faisons l’analyse quantitative et statistique des images d’organes en développement (feuilles, fleurs, méristemes...) aussi bien au niveau tissulaire qu’au niveau cellulaire. D’autre part, nous étudions des modèles mécaniques des tissues biologiques. L’objectif est d’abord d’inférer sur les propriétés mécaniques à partir d’images, puis en utilisant ces propriétés nous cherchons à reproduire par modélisation l’émergence des formes au niveau tissulaire.

Articles de cette rubrique

  • Tools

    , par yfesseli

    Images Fiji - http://fiji.sc/Fiji Inkscape - rudiments, basics, advanced, other tutorials... Gimp - http://www.gimp.org, http://openclassrooms.com, https://www.youtube.com Plant Illustrations- a collection of illustrations and pictures of plants, roots, shoots, inflorescences,
    Statistics (...)

  • Useful links

    , par yfesseli

    Tools developed in the team on the Forge of the CBP
    A collection of general softwares
    ENS useful IT informations
    Le Wiki du RIB (service informatique du RDP/LBMC/CIRI)
    How to make figures and presentations that are friendly to Colorblind people
    Resident permit for (...)

  • Publications

    , par yfesseli

    2017 Kiss, A. ; Moreau, T. ; Mirabet, V. ; Calugaru, C. I. ; Boudaoud, A. & Das, P. Segmentation of 3D images of plant tissues at multiple scales using the level set method. Plant Methods, 13, 114 ( 2017), https://doi.org/10.1186/s13007-017-0264-5. Prunet N, W Yang, P Das, EM Meyerowitz and (...)