Sélection de logiciels gratuits pour la PCR

 

La liste ci-dessous présente des logiciels librement utilisables, essentiellement destinés à facciliter le travail de conception des amorces oligonucléotidiques.

Certains présentent leurs résultats sous la forme de cartes éventuellement utilisables en TD.

Nous souhaitons voir évoluer cette liste. N'hésitez pas à nous signaler des logiciels (librement utilisables) dans ce domaine, surtout s'ils sont en français.

désigne un logiciel DOS ou Windows, désigne un logiciel Macintosh, désigne un logiciel Linux (ou autre Unix)

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LOGICIEL
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Amplify 1.2

Amplify 1.2

Logiciel d'aide à la définition des amorces oligonucléotidiques et de simulation de PCR. Le logiciel analyse les différentes combinaisons possibles entre les oligonucléotide et détermine quelle(s) région(s) de la matrice ont le plus de chance d'être amplifiées.
Le résultat obtenu est une carte redimensionnable de l'ADN avec les positions des segments les plus probablement amplifiés.

Engels, W. R. (1993). Contributing software to the Internet: the
Amplify program. Trends in Biochemical Sciences 18, 448-450.

L'auteur, Bill Engels, peut être joint à l'adresse suivante: WREngels@macc.wisc.edu.

Logiciel pour MacOS
Nous avons demandé à l'auteur l'autorisation de traduire son logiciel en français. Il nous a donné son autorisation.Nous cherchons l'aide d'un (de) connaisseur(s) du logiciel ResEdit pour Macintosh afin d'effectuer cette traduction "proprement", directement dans les ressources du logiciel lui-même (écrivez-nous).

La version 2 (MacOS 8.1 uniquement pour l'instant) prévoit le calcul des Tm et même la simulation d'une électrophorèse en gel d'agarose.

Attention: pour avoir essayé la version 2-beta, elle est effectivement très très instable sur MacOS 8.5, 8.6, 9.04 et 9.1. Si vous souhaitez en savoir plus, consultez régulièrement la page d'accueil dédiée au logiciel Amplify.

PC-Rare

PC-Rare

Logiciel d'aide au choix des amorces.
Version PC sous Windows

MacOS

A évaluer : écrivez nous.

N'hésitez pas à consulter régulièrement la rubrique nouveautés si ce logiciel vous intéresse.

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