PCR ET ANALYSE DES RÉPÉTITIONS
Contrairement à la majorité des maladies génétiques qui peuvent être dues à une grande diversité de mutations, les maladies à trinucléotides semblent fondées sur un mécanisme de mutations largement prédominant (le principe de ces mutations est brièvement décrit dans les pages précédentes Bases moléculaires ).

Aussi, la mesure  sde l'expansion trinucléotidique par analyse de l'ADN semble être l'outil idéal pour le diagnostic moléculaire de ces maladies. La taille de la région instable (et éventuellement d'autres caractéristiques qui ne seront pas abordées ici), détermine le diagnostic moléculaire. L'analyse par Southern-blotting à l'aide d'une sonde s'hybridant à la région instable est une méthode assez généralement utilisée. L'analyse par PCR peut parfois compléter le résultat en mesurant de façon plus précise (jusqu'à une paire de base de différence), la taille de la région instable (diagnostic moléculaire du retard mental lié à l'X fragile ou de la maladie de Steinert par exemple).

Comment comparer des longueurs d'ADN par PCR ?
En principe, quelle que soit la taille de la région variable, les séquences qui la bornent en 5-prime et en 3-prime ne sont pas modifiées. Elles peuvent donc servir à l'élaboration d'amorces d'une grande spécificité pour la région étudiée.

Dans l'exemple ci-contre, les quatre ADN analysés ne sont différents que par la longueur de la région instable (en bleu, n = nombre de trinucléotides).
Les deux amorces (flèches rouges, N° 1 et 2) s'hybrident chacune à une séquence unique de l'ADN à analyser et encadrent la région des répétitions trinucléotidiques. En ce sens, la PCR permet une analyse spécifique d'un segment d'ADN.
La taille des fragments amplifiés est déterminée par la distance séparant l'amorce N°1 de l'amorce N°2, donc par le nombre de répétitions.
Après la réaction, les produits d'amplification sont séparés par électrophorèse dans des gels d'agarose ou d'acrylamide puis colorés.

Dans l'exemple ci-contre, l'électrophorèse en gel d'acrylamide permet de séparer les ADN de 6 à 90 répétitions. Noter qu'il est aussi possible de distinguer 42 répétitions de 43 répétitions. En ce sens, la PCR permet de mesurer la taille des régions variables avec une grande précision si nécessaire.

( Par souci de simplification, un seul allèle a été représenté. )

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