Les chauve-souris représentant un réservoir important pour de nombreux virus pathogènes pour l’homme, un ensemble d’études en évolution moléculaire converge vers l’évidence d’une forte pression de sélection au niveau de gènes impliqués dans l’immunité dans l’ordre Chiroptera. En particulier, les chauves-souris du genre Pteropus hébergent des virus de la famille Henipavirus: Nipah et Hendra. Ces virus sont responsables d'épidémies en Asie du sud-ouest, et bien qu'ayant un taux d'incidence bas, les maladies résultantes de l'infection ont un taux de létalité allant de 40% à 90% chez l'homme. L’infection atteint aussi la plupart des mammifères avec des symptômes clinique graves, (e.g. porc ou cheval : espèces d’intérêt agronomique). La particularité du genre Pteropus est de ne pas développer ces symptômes cliniques d’infection. Afin d'en identifier les bases génétiques, nous avons utilisé l'analyse de sélection positive sur l’ensemble du génome codant sans restreindre notre analyse à des gènes de l’immunité. Nous avons mis en place les outils informatiques innovants et nécessaires au déploiement de cette démarche. Ces analyses, reposent sur des séquences de références pour les génomes de différentes espèces, et en absence du génome de référence pour P. giganteus, nous l’avons préalablement séquencé et assemblé. Or, tous les gènes sous sélection ne sont pas forcément liés à notre phénotype d’intérêt mais possiblement à d’autres (e.g. capacité de vol). Nous avons mis en place un algorithme afin d’établir un lien fonctionnel potentiel entre ces gènes identifiés sous sélection positive et un phénotype d’intérêt, qui ouvre des nouvelles perspectives dans l’étude phylogénomique.
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