Le laboratoire de biologie et modélisation de la cellule (LBMC) conduit une série de recherches destinée à clarifier les bases moléculaires du fonctionnement et de la programmation des cellules (division, prolifération, apoptose, sénescence, différenciation...).

Une large variété de thématiques en chimie et en physico-chimie est abordée dans le Laboratoire de Chimie. Celui-ci développe des projets de recherche interdisciplinaires à la frontière avec la biologie, les sciences des matériaux et la physique.

L’UMR 5600 « Environnement Ville Société » (EVS) traite des modalités par lesquelles les sociétés contemporaines et passées aménagent et ménagent leurs environnements, modalités observées sous l’angle du changement, de l’action, de la transformation, de l’évolution, du devenir.

Les activités du Laboratoire de Géologie de Lyon : Terre, Planètes, Environnement s'exercent dans des directions variées qui obéissent à une stratégie résolument pluridisciplinaire : tectonique, tectonophysique, géochimie profonde et de surface, planétologie, géophysique, pétrologie, géodynamique et minéralogie à haute pression.

Les recherches qui sont menées au laboratoire Histoire et Sources des Mondes Antiques concernent les mondes anciens, abordés à travers les disciplines spécialisées des Sciences de l'Antiquité que sont l'archéologie, l'histoire, les études littéraires, la philologie, l'épigraphie, la numismatique, l’iconographie, sur une très longue période qui s'étend de l'Ancien Empire pharaonique à la fin de l'Antiquité tardive, et dans un espace géographique cohérent qui correspond principalement aux civilisations de la Méditerranée antique.

Le projet du Laboratoire de l'Informatique du Parallélisme (LIP) s'inscrit dans l'étude du monde numérique futur et de ses fondements théoriques, dans l'optique d'inventer de nouveaux concepts informatiques et d'anticiper leur répercussion sur les autres sciences.

Les activités du Laboratoire de Physique couvrent des domaines très variés, allant de la physique statistique à la turbulence hydrodynamique, en incluant aussi la physique mathématique et le traitement du signal, mais aussi la matière molle ou condensée.

Le Laboratoire de Recherche Historique Rhône-Alpes est spécialisé en histoire moderne et contemporaine.

Le Laboratoire Reproduction et Développement des Plantes étudie les mécanismes qui président à la reproduction sexuée des plantes supérieures conduisant à la formation de la graine contenue dans un fruit.

Le laboratoire Triangle est une Unité Mixe de Recherche clairement pluridisciplinaire.