====== LAMMPS ======
^ Version ^ Compilateur ^ Interconnexion ^ chemin d'accès ^ OS ^
| 11Nov13 | openmpi-1.6.4-intel-14.0.1 | Infiniband | /applis/PSMN/debian7/Lammps-11Nov13/intel-14.0.1/openmpi-1.6.4/bin/lammps | Debian 7 |
| | **modèle tsch** : /applis/PSMN/modeles/Lammps-11Nov13-debian7.csh ||||
| | **modèle bash** : /applis/PSMN/modeles/Lammps-11Nov13-debian7.sh ||||
| | **modulefile** : Lammps/11Nov13-mpi-1.6.4-intel-14.0.1 ||||
| 28Jun14 | openmpi-1.6.4-intel-14.0.1 | Infiniband | /applis/PSMN/debian7/Lammps/28Jun14/intel-14.0.1/openmpi-1.6.4/bin/lammps | Debian 7 |
| | **modèle tsch** : /applis/PSMN/modeles/Lammps-28Jun14-debian7.csh ||||
| | **modèle bash** : /applis/PSMN/modeles/Lammps-28Jun14-debian7.sh ||||
| | **modulefile** : Lammps/28Jun14-mpi-1.6.4-intel-14.0.1 ||||
| 28Jun14 | openmpi-1.8.4-intel-14.0.1 | Infiniband | /applis/PSMN/debian7/Lammps/28Jun14/intel-14.0.1/openmpi-1.8.4/bin/lammps | Debian 7 |
| | **modulefile** : Lammps/28Jun14-mpi-1.8.4-intel-14.0.1 ||||
| 15May15 | openmpi-1.8.4-intel-14.0.1 | Infiniband | /applis/PSMN/debian7/Lammps/15May15/intel-14.0.1/openmpi-1.8.4/bin/lammps | Debian 7 |
| | **modulefile** : Lammps/15May15-mpi-1.8.4-intel-14.0.1 ||||
| 7Dec15 | openmpi-1.8.4-intel-14.0.1 | Infiniband | /applis/PSMN/debian7/Lammps/7Dec15/intel-14.0.1/openmpi-1.8.4/bin/lammps | Debian 7 |
| | **modulefile** : Lammps/7Dec15-mpi-1.8.4-intel-14.0.1 ||||
| 11Aug17 | openmpi-3.0.0-intel/2017.4 | Infiniband | /applis/PSMN/debian9/software/Local/LAMMPS/11Aug17/iomkl-2017.4b-3.0.0/bin/ | Debian 7 |
| | **modulefile** : LAMMPS/11Aug17-iomkl-2017.4-3.0.0 ||||
| 22Aug2018 | openmpi-3.0.0-intel/2017.4 | Infiniband | /applis/PSMN/debian9/software/Local/LAMMPS/22Aug2018/iomkl-2017.4b-3.0.0/bin/ | Debian 9 |
| | **modulefile** : LAMMPS/22Aug2018-iomkl-2017.4-3.0.0 ||||
| 15Nov2018 | openmpi-3.0.0-intel/2017.4 | Infiniband | /applis/PSMN/debian9/software/Local/LAMMPS/15Nov2018/iomkl-2017.4b-3.0.0/bin/ | Debian 9 |
| | **modulefile** : LAMMPS/15Nov2018-iomkl-2017.4-3.0.0 ||||
| 19Sep2019 | openmpi-3.0.0-intel/2017.4 | Infiniband | /applis/PSMN/debian9/software/Local/LAMMPS/19Sep19/iomkl-2017.4-3.0.0/bin/ | Debian 9 |
| | **modulefile** : LAMMPS/19Sep2019-iomkl-2017.4-3.0.0 ||||
| 3Mar20 | openmpi-3.0.0-intel/2017.4 | Infiniband | /applis/PSMN/debian9/software/Local/LAMMPS/3Mar20/iomkl-2017.4-3.0.0/bin/ | Debian 9 |
| | **modulefile** : LAMMPS/3Mar20-iomkl-2017.4-3.0.0 ||||
| 3Mar20 avec GAP et QUIP | openmpi-3.0.0-intel/2017.4 | Infiniband | /applis/PSMN/debian9/software/Local/LAMMPS/3Mar20-quip-gap/iomkl-2017.4-3.0.0/bin/ | Debian 9 |
| | **modulefile** : LAMMPS/3Mar20-quip-gap-iomkl-2017.4-3.0.0 ||||
Pour utiliser les modules, consulter [[documentation:tools:modules|Environment Modules]]
* Chemin d'installation (pour la doc, exemples, etc.) :
/applis/PSMN/debian7/Lammps/28Jun14/intel-14.0.1/openmpi-1.6.4
* Test de fonctionnement (version 28Jun14)
$ cp -r /applis/PSMN/debian7/Lammps/28Jun14/intel-14.0.1/openmpi-1.8.4/bench/ /home/nom_login/bench_lammps
$ cd /home/nom_login/bench_lammps
$ source /usr/share/modules/init/tcsh # éventuellement (si pas déjà fait) ; pour un autre shell (bash) utiliser le fichier correspondant
$ module use /applis/PSMN/Modules # éventuellement (si pas déjà fait)
$ module load Base/psmn # éventuellement (si pas déjà fait)
$ module load Lammps/28Jun14-mpi-1.8.4-intel-14.0.1
$ mpirun -np 4 lammps < in.lj > log.out
Vous pouvez alors consulter le fichier log.out (et le fichier log.lammps).
Dans ce qui précède, remplacer nom_login par votre login PSMN, le shell utilisé est tcsh (ou csh) et on charge le modulefile ''Lammps/28Jun14-mpi-1.8.4-intel-14.0.1'' pour configurer l'environnement d'éxecution.
===== Doc admin-sys PSMN =====
==== LAMMPS_28Jun14 ====
* Construction avec Intel 14.0.1 et OpenMPI 1.6.4
cd lammps-28Jun14
cp MAKE/Makefile.linux MAKE/Makefile.openmpi-1.6.4-intel-14.0.1-debian7
CC = mpic++
CCFLAGS = -O2
LINK = mpic++
MPI_INC, MPI_PATH, MPI_LIB =
FFT_INC, FFT_PATH, FFT_LIB =
$ make yes-class2
$ make yes-molecule
$ make yes-rigid
$ make yes-user-cg-cmm
$ make yes-user-omp
make openmpi-1.6.4-intel-14.0.1-debian7
===== Exemples d'utilisation au PSMN =====
L' exemple décri le mode d'utilisation de LAMMPS en mode parallèle MPI.
- créer un répertoire de test et travailler dedans :
mkdir $HOME/Test_LAMMPS
cd $HOME/Test_LAMMPS
- copier l'un des fichier test dans votre répertoire de test :
cp /applis/PSMN/debian9/software/Local/LAMMPS/15Nov2018/iomkl-2017.4-3.0.0/bench/in.lj .
- exécuter LAMMPS avec un script de soumission SGE et de soumettre ce script :
ccalugar@e5-2670comp1:~/Tests/Test_LAMMPS$ vi script_LAMMPS
#!/bin/bash
#$ -S /bin/bash
#$ -N Test_Lammps
#$ -q E5_test
#$ -pe test_debian 4
#$ -cwd
#$ -V
HOSTFILE=${TMPDIR}/machines
cd ${SGE_O_WORKDIR}
### configurer l'environnement
module purge
module load LAMMPS/15Nov2018-iomkl-2017.4-3.0.0
### au besoin, forcer l'env OpenMPI
PREFIX="/applis/PSMN/debian9/software/Compiler/IntelComp/2017.4/Core/OpenMPI/3.0.0"
MPIRUN="${PREFIX}/bin/mpirun"
$MPIRUN -v -x LD_LIBRARY_PATH -hostfile ${HOSTFILE} -np ${NSLOTS} lammps < in.lj > lammps_in.log
# fin
ccalugar@e5-2670comp1:~/Tests/Test_LAMMPS$ qsub script_LAMMPS
Your job 2534457 ("Test_Lammps") has been submitted
ccalugar@e5-2670comp1:~/Tests/Test_LAMMPS$ qstat
job-ID prior name user state submit/start at queue slots ja-task-ID
-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------
2534457 0.00000 Test_Lammp ccalugar qw 03/27/2019 17:07:45 4
ccalugar@e5-2670comp1:~/Tests/Test_LAMMPS$ qstat
job-ID prior name user state submit/start at queue slots ja-task-ID
-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------
2534457 0.07384 Test_Lammp ccalugar r 03/27/2019 17:07:55 E5_test@c8220node123 4
ccalugar@e5-2670comp1:~/Tests/Test_LAMMPS$ qstat
job-ID prior name user state submit/start at queue slots ja-task-ID
ccalugar@e5-2670comp1:~/Tests/Test_LAMMPS$ ls -ltr
total 11
-rw-r--r-- 1 ccalugar cbp 494 Mar 27 17:01 script_LAMMPS
-rw-r--r-- 1 ccalugar cbp 470 Mar 27 17:08 in.lj
-rw-r--r-- 1 ccalugar cbp 0 Mar 27 17:08 Test_Lammps.pe2534457
-rw-r--r-- 1 ccalugar cbp 0 Mar 27 17:08 Test_Lammps.o2534457
-rw-r--r-- 1 ccalugar cbp 0 Mar 27 17:08 Test_Lammps.e2534457
-rw-r--r-- 1 ccalugar cbp 2602 Mar 27 17:08 log.lammps
-rw-r--r-- 1 ccalugar cbp 2046 Mar 27 17:08 lammps_in.log
-rw-r--r-- 1 ccalugar cbp 51 Mar 27 17:08 Test_Lammps.po2534457