La contamination des échantillons par de l'ADN
génomique est une des principales difficulté de cette technique.
En effet, l'ADN génomique peut entrer en compétition
avec l'ADNc pour lors de l'étape d'hybridation des amorces.
Diverses parades sont alors utilisées :
• Des ARNm eucaryotes polyadénylés peuvent
être purifiés par chromatographie de l'ARN cellulaire total
sur une colonne où sont immobilisés des oligo-dT (oligonucléotides
constitués de désoxythymidines).
• Les ADN présents dans l'échantillon peuvent
être détruits par ajout d'une activité désoxyribonucléase
(dépourvue d'activité ribonucléase).
• Il est aussi parfois possible de choisir les amorces
aux bornes d'un intron. Ainsi, les produits d'amplification issus de l'ADNc
et ceux issus d'ADN génomique contaminant seront distingués
selon leur taille : les fragments issus de l'ADN génomique (contenant
l'intron) auront une taille supérieure aux fragments d'amplification
issus de l'ADNc (ne contenant pas l'intron). |
