En fin de réaction PCR, il y a beaucoup de monde dans le tube :
  la matrice ADN
  les copies
  les reliquats d'amorces et de nucléotides
  l'enzyme et de nombreux sels

Pour les étapes suivantes du sous clonage, nous utiliserons d'autres enzymes, or chaque enzyme nécessite des conditions de pureté et de salinité particulières. Il est donc nécessaire de purifier les copies du gène gfpuv.

Pour le séparer du reste et notamment de la matrice, nous réalisons une migration électrophotétique sur gel d'agarose (contre du tampon TAE : Tris Acétate EDTA) puis la bande correspondante est découpée au scalpel et placée dans un boudin de dialyse avec un minimum de volume de tampon TAE (<1ml). Le boudin est refermée et la migration se poursuit jusqu'à ce que toute la fluorescence du BET (fixé à l'ADN) soit sortie du morceau de gel. Une courte migration en sens inverse est alors nécessaire pour décrocher l'ADN qui a pu se coller à la membrane.

L'ADN en solution est alors récupéré et précipité à froid par 1 volume d'isopropanol absolu et 1/10 volume de LiCl 5M. Cette précipitation permet d'éliminer les impuretés du gel d'agarose. Après lavage avec 1 volume d'éthanol 70%, l'ADN est resupendu dans un petit volume de tampon Tris 10mM EDTA 1mM et conservé à -20°C.
Un dosage spectrophotométrique à 260nm permet d'estimer la concentration d'ADN par la formule empirique : (DO * facteur de dilution * 50)/µl dosés = ng ADN/µl.

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