Équipes de recherche
- Développement de la graine
- Epigénétique, chromatine et développement
- Evolution et développement de la fleur
- Méchanotransduction et développement
- Morphogénèse florale
- Signalisation cellulaire et endomembranes
- Signalisation hormonale et développement
- MOrphogenesis Simulation and Analysis In siliCo (MOSAIC)
Christophe GODIN
christophe.godin
(33) 4 72 72 XX XX
DR INRIA
Publications
Olivier ALI
olivier.ali
(33) 4 72 72 XX XX
CRCN INRIA
Publications
Romain AZAIS
romain.azais
(33) 4 72 72 XX XX
CRCN INRIA
Publications
Annamaria KISS
annamaria.kiss
(33) 4 72 72 89 37
IR INRAE
Publications
Jonathan LEGRAND
jonathan.legrand
(33)4 72 72 86 04
IR CNRS
Publications
Ali FARNUDI
ali.farnudi
Postdoc
André-Claude CLAPSON
andre-claude.clapson
Ingénieur CDD - ANR Hydrofield
Arthur LUCIANI
arthur.luciani
Ingénieur Inria - CDD Naviscope
Corentin BISOT
AMOLF - Amsterdam
Thèse
Elsa GASCON
elsa.gascon
Thèse
Guillaume CERUTTI
guillaume.cerutti
(33) 4 72 72 XX XX
IR INRAe
Publications
Guillaume MESTDAGH
guillaume.mestdagh
Post doc INRIA
Ibrahim CHEDDADI
Université Grenoble Alpes
Enseignant-Chercheur
Jeanne ABITBOL-SPANGARO
jeanne.abitbolspangaro
Thèse
Julien DERR
julien.derr
Professeur ENS
Publications
Karamoko SAMASSA
karamoko.samassa
Ingénieur Inria - CDD Naviscope
Landry DUGUET
landry.duguet
Thèse
Lucie POUPARDIN
lucie.poupardin
Thèse
Manuel PETIT
manuel.petit
Thèse
2024
Journal articles
- titre
- The role of Imp and Syp RBPs in precise neuronal elimination by apoptosis through the regulation of TFs
- auteur
- Wenyue Guan, Ziyan Nie, Anne Laurençon, Mathilde Bouchet, Christophe Godin, Kabir Chérif, Aurélien Darnas, Jonathan Enriquez
- article
- eLife, 2024, 12 (RP91634), ⟨10.7554/eLife.91634.2⟩
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- titre
- A mechanohydraulic model supports a role for plasmodesmata in cotton fiber elongation
- auteur
- Valeria Hernández-Hernández, Olivier C Marchand, Annamaria Kiss, Arezki Boudaoud
- article
- PNAS Nexus, 2024, 3, ⟨10.1093/pnasnexus/pgae256⟩
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- titre
- Spatiotemporally distinct responses to mechanical forces shape the developing seed of Arabidopsis
- auteur
- Amélie Bauer, Olivier Ali, Camille Bied, Sophy Boeuf, Simone Bovio, Adrien Delattre, Gwyneth Ingram, John F Golz, Benoit Landrein
- article
- EMBO Journal, 2024, 43 (13), pp.2733-2758. ⟨10.1038/s44318-024-00138-w⟩
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- titre
- A quantitative gibberellin signaling biosensor reveals a role for gibberellins in internode specification at the shoot apical meristem
- auteur
- Bihai Shi, Amelia Felipo Benavent, Guillaume Cerutti, Carlos Galvan-Ampudia, Lucas Jilli, Geraldine Brunoud, Jérôme Mutterer, Elody Vallet, Lali Sakvarelidze-Achard, Jean-Michel Davière, Alejandro Navarro-Galiano, Ankit Walia, Shani Lazary, Jonathan Legrand, Roy Weinstain, Alexander M. Jones, Salomé Prat, Patrick Achard, Teva Vernoux
- article
- Nature Communications, 2024, 15 (1), pp.3895. ⟨10.1038/s41467-024-48116-4⟩
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- titre
- Detection of common subtrees with identical label distribution
- auteur
- Romain Azaïs, Florian Ingels
- article
- Theoretical Computer Science, 2024, 988, ⟨10.1016/j.tcs.2023.114366⟩
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- titre
- Water fluxes pattern growth and identity in shoot meristems
- auteur
- Juan Alonso-Serra, Ibrahim Cheddadi, Annamaria Kiss, Guillaume Cerutti, Marianne Lang, Sana Dieudonné, Claire Lionnet, Christophe Godin, Olivier Hamant
- article
- Nature Communications, 2024, 15 (1), pp.6944. ⟨10.1038/s41467-024-51099-x⟩
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Preprints, Working Papers, ...
- titre
- Maximum likelihood estimation for spinal-structured trees
- auteur
- Romain Azaïs, Benoît Henry
- article
- 2024
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- titre
- Riemannian L-systems: Modeling growing forms in curved spaces
- auteur
- Christophe Godin, Frédéric Boudon
- article
- 2024
- Accès au bibtex
- titre
- Geometry and cell wall mechanics guide early pollen tube growth in Arabidopsis thaliana
- auteur
- Lucie Riglet, Catherine Quilliet, Christophe Godin, Karin John, Isabelle Fobis-Loisy
- article
- 2024
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2023
Journal articles
- titre
- Characterization of random walks on space of unordered trees using efficient metric simulation
- auteur
- Farah Ben-Naoum, Christophe Godin, Romain Azaïs
- article
- Discrete Applied Mathematics, 2023, 341, pp.290-307. ⟨10.1016/j.dam.2023.07.028⟩
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- titre
- Multiscale Modeling and Analysis of Growth of Plant Tissues
- auteur
- Arezki Boudaoud, Annamaria Kiss, Mariya Ptashnyk
- article
- SIAM Journal on Applied Mathematics, 2023, 83 (6), pp.2354-2389. ⟨10.1137/23M1553315⟩
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- titre
- Expression of cell-wall related genes is highly variable and correlates with sepal morphology
- auteur
- Diego A Hartasánchez, Annamaria Kiss, Virginie Battu, Charline Soraru, Abigail Delgado-Vaquera, Florian Massinon, Marina Brasó-Vives, Corentin Mollier, Marie-Laure Martin-Magniette, Arezki Boudaoud, Françoise Monéger
- article
- Peer Community Journal, 2023, 3 (93), ⟨10.24072/pcjournal.327⟩
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- titre
- Evidence that endosperm turgor pressure both promotes and restricts seed growth and size
- auteur
- Audrey Creff, Olivier Ali, Camille Bied, Vincent Bayle, Gwyneth Ingram, Benoit Landrein
- article
- Nature Communications, 2023, 14 (1), pp.67. ⟨10.1038/s41467-022-35542-5⟩
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- titre
- Cauliflowers or how the perseverance of a plant to make flowers produces an amazing fractal structure
- auteur
- Eugenio Azpeitia, François Parcy, Christophe Godin
- article
- Comptes Rendus. Biologies, 2023, 346 (G1), pp.75-83. ⟨10.5802/crbiol.120⟩
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- titre
- Revisiting the relationship between turgor pressure and plant cell growth
- auteur
- Olivier Ali, Ibrahim Cheddadi, Benoit Landrein, Yuchen Long
- article
- New Phytologist, 2023, 238 (1), pp.62-69. ⟨10.1111/nph.18683⟩
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Preprints, Working Papers, ...
- titre
- Growth directions and stiffness across cell layers determine whether tissues stay smooth or buckle
- auteur
- Avilash Yadav, Lilan Hong, Patrick Klees, Annamaria Kiss, Xi He, Iselle Barrios, Michelle Heeney, Anabella Maria D. Galang, Richard Smith, Arezki Boudaoud, Adrienne H.K. Roeder
- article
- 2023
- Accès au bibtex
- titre
- A mechanohydraulic model supports a role for plasmodesmata in cotton fiber elongation
- auteur
- Valeria Hernández-Hernández, Olivier Marchand, Annamaria Kiss, Arezki Boudaoud
- article
- 2023
- Accès au bibtex
- titre
- Water fluxes contribute to growth patterning in shoot meristems
- auteur
- Juan Alonso-Serra, Ibrahim Cheddadi, Annamaria Kiss, Guillaume Cerutti, Claire Lionnet, Christophe Godin, Olivier Hamant
- article
- 2023
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2022
Journal articles
- titre
- A Graph-Based Approach for Simultaneous Semantic and Instance Segmentation of Plant 3D Point Clouds
- auteur
- Katia Mirande, Christophe Godin, Marie Tisserand, Julie Charlaix, Fabrice Besnard, Franck Hétroy-Wheeler
- article
- Frontiers in Plant Science, 2022, 13, pp.1-20. ⟨10.3389/fpls.2022.1012669⟩
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- titre
- bHLH heterodimer complex variations regulate cell proliferation activity in the meristems of Arabidopsis thaliana
- auteur
- Eliana Mor, Markéta Pernisová, Max Minne, Guillaume Cerutti, Dagmar Ripper, Jonah Nolf, Jennifer Andres, Laura Ragni, Matias D Zurbriggen, Bert de Rybel, Teva Vernoux
- article
- iScience, 2022, 25 (11), pp.105364. ⟨10.1016/j.isci.2022.105364⟩
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- titre
- Phenotyping and modeling of root hydraulic architecture reveal critical determinants of axial water transport
- auteur
- Yann Boursiac, Christophe Pradal, Fabrice Bauget, Mikaël Lucas, Stathis Delivorias, Christophe Godin, Christophe Maurel
- article
- Plant Physiology, 2022, 190 (2), pp.1289-1306. ⟨10.1093/plphys/kiac281⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
- titre
- Enumeration of Irredundant Forests
- auteur
- Florian Ingels, Romain Azaïs
- article
- Theoretical Computer Science, 2022, 922, pp.312-334. ⟨10.1016/j.tcs.2022.04.033⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
- titre
- Benchmarking of deep learning algorithms for 3D instance segmentation of confocal image datasets
- auteur
- Anuradha Kar, Manuel Petit, Yassin Refahi, Guillaume Cerutti, Christophe Godin, Jan Traas
- article
- PLoS Computational Biology, 2022, 18 (4), pp.e1009879. ⟨10.1371/journal.pcbi.1009879⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
- titre
- Dandelion pappus morphing is actuated by radially patterned material swelling
- auteur
- Madeleine Seale, Annamaria Kiss, Simone Bovio, Ignazio Maria Viola, Enrico Mastropaolo, Arezki Boudaoud, Naomi Nakayama
- article
- Nature Communications, 2022, 13 (1), pp.2498. ⟨10.1038/s41467-022-30245-3⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
- titre
- cvmgof: an R package for Cramér-von Mises goodness-of-fit tests in regression models
- auteur
- Romain Azaïs, Sandie Ferrigno, Marie-José Martinez
- article
- Journal of Statistical Computation and Simulation, 2022, 92 (6), pp.1246-1266. ⟨10.1080/00949655.2021.1991346⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
- titre
- Post-transcriptional regulation of transcription factor codes in immature neurons drives neuronal diversity
- auteur
- Wenyue Guan, Stéphanie Bellemin, Mathilde Bouchet, Lalanti Venkatasubramanian, Camille Guillermin, Anne Laurençon, Chérif Kabir, Aurélien Darnas, Christophe Godin, Séverine Urdy, Richard Mann, Jonathan Enriquez
- article
- Cell Reports, 2022, 39 (13), pp.110992. ⟨10.1016/j.celrep.2022.110992⟩
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Book sections
- titre
- Introduction to to Computational Modeling of Multicellular Tissues
- auteur
- Jean-Louis Dinh, Christophe Godin, Eugenio Azpeitia
- article
- Plant Systems Biology, 2395, Springer New York, pp.107-145, 2022, Methods in Molecular Biology, ⟨10.1007/978-1-0716-1816-5_7⟩
- Accès au bibtex
Preprints, Working Papers, ...
- titre
- Robustness of organ morphology is associated with modules of co-expressed genes related to plant cell wall
- auteur
- Diego A Hartasánchez, Annamaria Kiss, Virginie Battu, Mathilde Dumond, Charline Soraru, Abigail Delgado-Vaquera, Florian Massinon, Marina Brasó-Vives, Corentin Mollier, Nelly Dubrulle, Fabien Sénéchal, Marie-Laure Martin-Magniette, Arezki Boudaoud, Françoise Monéger
- article
- 2022
- Accès au texte intégral et bibtex
2021
Journal articles
- titre
- What shoots can teach about theories of plant form
- auteur
- Teva Vernoux, Fabrice Besnard, Christophe Godin
- article
- Nature Plants, 2021, 7 (6), pp.716-724. ⟨10.1038/s41477-021-00930-0⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
- titre
- BVPy: A FEniCS-based Python package to ease the expression and study of boundary value problems in Biology.
- auteur
- Florian Gacon, Christophe Godin, Olivier Ali
- article
- Journal of Open Source Software, 2021, 6 (59), pp.1-6. ⟨10.21105/joss.02831⟩
- Accès au bibtex
- titre
- A multiscale analysis of early flower development in Arabidopsis provides an integrated view of molecular regulation and growth control
- auteur
- Yassin Refahi, Argyris Zardilis, Gaël Michelin, Raymond Wightman, Bruno Leggio, Jonathan Legrand, Emmanuel Faure, Laetitia Vachez, Alessia Armezzani, Anne-Evodie Risson, Feng Zhao, Pradeep Das, Nathanaël Prunet, Elliot Meyerowitz, Christophe Godin, Grégoire Malandain, Henrik Jönsson, Jan Traas
- article
- Developmental Cell, 2021, 56 (4), pp.540-556.e8. ⟨10.1016/j.devcel.2021.01.019⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
- titre
- Cauliflower fractal forms arise from perturbations of floral gene networks
- auteur
- Eugenio Azpeitia, Gabrielle Tichtinsky, Marie Le Masson, Antonio Serrano-Mislata, Jérémy Lucas, Veronica Gregis, Carlos Gimenez, Nathanaël Prunet, Etienne Farcot, Martin Kater, Desmond Bradley, Francisco Madueño, Christophe Godin, Francois Parcy
- article
- Science, 2021, 373 (6551), pp.192-197. ⟨10.1126/science.abg5999⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
- titre
- Organ geometry channels reproductive cell fate in the Arabidopsis ovule primordium
- auteur
- Elvira Hernandez-Lagana, Gabriella Mosca, Ethel Mendocilla-Sato, Nuno Pires, Anja Frey, Alejandro Giraldo-Fonseca, Caroline Michaud, Ueli Grossniklaus, Olivier Hamant, Christophe Godin, Arezki Boudaoud, Daniel Grimanelli, Daphné Autran, Célia Baroux
- article
- eLife, 2021, 10, pp.e66031. ⟨10.7554/eLife.66031⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
- titre
- A network of transcriptional repressors modulates auxin responses.
- auteur
- Jekaterina Truskina, Jingyi Han, Elina Chrysanthou, Carlos Galvan-Ampudia, Stéphanie Lainé, Geraldine Brunoud, Julien Macé, Simon Bellows, Jonathan Legrand, Anne-Maarit Bågman, Margot Smit, Ondrej Smetana, Arnaud Stigniani, Silvana Porco, Malcom J. Bennett, Ari Pekka Mähönen, Francois Parcy, Etienne Farcot, François Roudier, Siobhan M Brady, Anthony Bishopp, Teva Vernoux
- article
- Nature, 2021, 589 (7840), pp.116-119. ⟨10.1038/s41586-020-2940-2⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
Preprints, Working Papers, ...
- titre
- Endosperm turgor pressure both promotes and restricts seed growth and size
- auteur
- Audrey Creff, Olivier Ali, Vincent Bayle, Gwyneth Ingram, Benoit Landrein
- article
- 2021
- Accès au bibtex
- titre
- A quantitative gibberellin signalling biosensor reveals a role for gibberellins in internode specification at the shoot apical meristem
- auteur
- Teva Vernoux, Bihai Shi, Amelia Felipo-Benavent, Guillaume Cerutti, Carlos Galvan-Ampudia, Lucas Jilli, Geraldine Brunoud, Jérome Mutterer, Lali Sakvarelidze-Achard, Jean-Michel Davière, Alejandro Navarro-Galiano, Ankit Walia, Shani Lazary, Jonathan Legrand, Roy Weinstein, Alexander Jones, Salomé Prat, Patrick Achard
- article
- 2021
- Accès au bibtex
- titre
- Dandelion pappus morphing is actuated by radially patterned material swelling
- auteur
- Madeleine Seale, Annamaria Kiss, Simone Bovio, Ignazio Maria Viola, Enrico Mastropaolo, Arezki Boudaoud, Naomi Nakayama
- article
- 2021
- Accès au bibtex
2020
Journal articles
- titre
- Gradient in cytoplasmic pressure in germline cells controls overlying epithelial cell morphogenesis
- auteur
- Laurie-Anne Lamiré, Pascale Milani, Gaël Runel, Annamaria Kiss, Leticia Arias, Blandine Vergier, Stève de Bossoreille, Pradeep Das, David Cluet, Arezki Boudaoud, Muriel Grammont
- article
- PLoS Biology, 2020, 18 (11), pp.e3000940. ⟨10.1371/journal.pbio.3000940⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
- titre
- Phyllotaxis as geometric canalization during plant development
- auteur
- Christophe Godin, Christophe Golé, Stéphane Douady
- article
- Development (Cambridge, England), 2020, 147 (19), pp.1-45. ⟨10.1242/dev.165878⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
- titre
- Contact area-dependent cell communication and the morphological invariance of ascidian embryogenesis
- auteur
- Léo Guignard, Ulla-Maj Fiuza, Bruno Leggio, Julien Laussu, Emmanuel Faure, Gaël Michelin, Kilian Biasuz, Lars Hufnagel, Grégoire Malandain, Christophe Godin, Patrick Lemaire
- article
- Science, 2020, 369 (6500), pp.158. ⟨10.1126/science.aar5663⟩
- Accès au bibtex
- titre
- Skeletonization of Plant Point Cloud Data Using Stochastic Optimization Framework
- auteur
- Ayan Chaudhury, Christophe Godin
- article
- Frontiers in Plant Science, 2020, 11, ⟨10.3389/fpls.2020.00773⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
- titre
- Temporal integration of auxin information for the regulation of patterning
- auteur
- Carlos Galvan-Ampudia, Guillaume Cerutti, Jonathan Legrand, Geraldine Brunoud, Raquel Martin Arevalillo, Romain Azaïs, Vincent Bayle, Steven Moussu, Christian Wenzl, Yvon Jaillais, Jan U Lohmann, Christophe Godin, Teva Vernoux
- article
- eLife, 2020, 9, ⟨10.7554/eLife.55832⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
- titre
- Cellular Heterogeneity in Pressure and Growth Emerges from Tissue Topology and Geometry
- auteur
- Yuchen Long, Ibrahim Cheddadi, Gabriella Mosca, Vincent Mirabet, Mathilde Dumond, Annamaria Kiss, Jan Traas, Christophe Godin, Arezki Boudaoud
- article
- Current Biology - CB, 2020, 30 (8), pp.1504-1516.e8. ⟨10.1016/j.cub.2020.02.027⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
- titre
- The Weight Function in the Subtree Kernel is Decisive
- auteur
- Romain Azaïs, Florian Ingels
- article
- Journal of Machine Learning Research, 2020, 21, pp.1-36
- Accès au texte intégral et bibtex
- titre
- Sugar availability suppresses the auxin-induced strigolactone pathway to promote bud outgrowth
- auteur
- Jessica Bertheloot, Francois Barbier, Fréderic Boudon, Maria Dolores Perez-Garcia, Thomas Peron, Sylvie Citerne, Elizabeth Dun, Christine Beveridge, Christophe Godin, Soulaiman Sakr
- article
- New Phytologist, 2020, 225 (2), pp.866-879. ⟨10.1111/nph.16201⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
- titre
- Cortical tension overrides geometrical cues to orient microtubules in confined protoplasts
- auteur
- Leia Colin, Antoine Chevallier, Satoru Tsugawa, Florian Gacon, Christophe Godin, Virgile Viasnoff, Timothy Saunders, Olivier Hamant
- article
- Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2020, 117 (51), pp.32731-32738. ⟨10.1073/pnas.2008895117⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
- titre
- Microtubule-Mediated Wall Anisotropy Contributes to Leaf Blade Flattening
- auteur
- Feng Zhao, Fei Du, Hadrien Oliveri, Lüwen Zhou, Olivier Ali, Wenqian Chen, Shiliang Feng, Qingqing Wang, Shouqin Lü, Mian Long, René Schneider, Arun Sampathkumar, Christophe Godin, Jan Traas, Yuling Jiao
- article
- Current Biology - CB, 2020, 30 (20), pp.3972. ⟨10.1016/j.cub.2020.07.076⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
2019
Journal articles
- titre
- Introduction
- auteur
- Mark Alber, Christophe Godin, Philip K. Maini, Roeland M.H. Merks, Eric Mjolsness
- article
- Bulletin of Mathematical Biology, 2019, pp.3214-3218. ⟨10.1007/s11538-019-00649-2⟩
- Accès au bibtex
- titre
- Treex : a Python package for manipulating rooted trees
- auteur
- Romain Azaïs, Guillaume Cerutti, Didier Gemmerlé, Florian Ingels
- article
- Journal of Open Source Software, 2019, 4 (38), pp.1-2. ⟨10.21105/joss.01351⟩
- Accès au bibtex
- titre
- Estimation of the average number of continuous crossings for non-stationary non-diffusion processes
- auteur
- Romain Azaïs, Alexandre Genadot
- article
- Journal of Statistical Planning and Inference, 2019, 198, pp.119-138. ⟨10.1016/j.jspi.2018.04.002⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
- titre
- Regulation of plant cell wall stiffness by mechanical stress: a mesoscale physical model
- auteur
- Hadrien Oliveri, Jan J. Traas, Christophe Godin, Olivier Ali
- article
- Journal of Mathematical Biology, 2019, 78 (3), pp.625-653. ⟨10.1007/s00285-018-1286-y⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
- titre
- Inference for conditioned Galton-Watson trees from their Harris path
- auteur
- Romain Azaïs, Alexandre Genadot, Benoît Henry
- article
- ALEA : Latin American Journal of Probability and Mathematical Statistics, 2019, 16 (1), pp.1-45. ⟨10.30757/ALEA.v16-21⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
- titre
- Simulating Turgor-Induced Stress Patterns in Multilayered Plant Tissues
- auteur
- Olivier Ali, Hadrien Oliveri, Jan Traas, Christophe Godin
- article
- Bulletin of Mathematical Biology, 2019, 81 (8), pp.1-23. ⟨10.1007/s11538-019-00622-z⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
- titre
- Nearest embedded and embedding self-nested trees
- auteur
- Romain Azaïs
- article
- Algorithms, 2019, 12 (9), pp.1-16. ⟨10.3390/a12090180⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
- titre
- Light Regulation of Axillary Bud Outgrowth Along Plant Axes: An Overview of the Roles of Sugars and Hormones
- auteur
- Anne Schneider, Christophe Godin, Frédéric Boudon, Sabine Demotes-Mainard, Soulaiman Sakr, Jessica Bertheloot
- article
- Frontiers in Plant Science, 2019, 10, pp.1-17. ⟨10.3389/fpls.2019.01296⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
- titre
- MorphoNet: an interactive online morphological browser to explore complex multi-scale data
- auteur
- Bruno Leggio, Julien Laussu, Axel Carlier, Christophe Godin, Patrick Lemaire, Emmanuel Faure
- article
- Nature Communications, 2019, 10 (2812), pp.1-8. ⟨10.1038/s41467-019-10668-1⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
Preprints, Working Papers, ...
- titre
- Coupling water fluxes with cell wall mechanics in a multicellular model of plant development: Supplementary info for the main article
- auteur
- Ibrahim Cheddadi, Michel Génard, Nadia Bertin, Christophe Godin
- article
- 2019
- Accès au texte intégral et bibtex
2018
Journal articles
- titre
- Transcriptional induction of cell wall remodelling genes is coupled to microtubule-driven growth isotropy at the shoot apex in Arabidopsis
- auteur
- Alessia Armezzani, Ursula Abad, Olivier Ali, Amélie Andres Robin, Laetitia Vachez, Antoine Larrieu, Ewa Mellerowicz, Ludivine Taconnat, Virginie Battu, Thomas Stanislas, Mengying Liu, Teva Vernoux, Jan Traas, Massimiliano Sassi
- article
- Development (Cambridge, England), 2018, 145 (11), ⟨10.1242/dev.162255⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
- titre
- Bark and Leaf Fusion Systems to Improve Automatic Tree Species Recognition
- auteur
- Sarah Bertrand, Rihab Ben Ameur, Guillaume Cerutti, Didier Coquin, Lionel Valet, Laure Tougne
- article
- Ecological Informatics, 2018, ⟨10.1016/j.ecoinf.2018.05.007⟩
- Accès au bibtex
- titre
- An image analysis pipeline to quantify emerging cracks in materials or adhesion defects in living tissues
- auteur
- Stéphane Verger, Guillaume Cerutti, Olivier Hamant
- article
- Bio-protocol , 2018, 8 (19), pp.1-16. ⟨10.21769/BioProtoc.3036⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
- titre
- An Image Analysis Pipeline to Quantify Emerging Cracks in Materials or Adhesion Defects in Living Tissues
- auteur
- Stéphane Verger, Guillaume Cerutti, Olivier Hamant
- article
- Bio-protocol , 2018, 8 (19)
- Accès au texte intégral et bibtex
Book sections
- titre
- Rupture detection in fatigue crack propagation
- auteur
- Romain Azaïs, Anne Gégout-Petit, Florine Greciet
- article
- Romain Azaïs; Florian Bouguet. Statistical Inference for Piecewise-deterministic Markov Processes, Wiley, pp.173-207, 2018, 978-1-786-30302-8. ⟨10.1002/9781119507338.ch6⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
- titre
- Level Crossings and Absorption of an Insurance Model
- auteur
- Romain Azaïs, Alexandre Genadot
- article
- Romain Azaïs; Florian Bouguet. Statistical Inference for Piecewise-deterministic Markov Processes, Wiley, pp.65-105, 2018, 978-1-786-30302-8. ⟨10.1002/9781119507338.ch3⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
Preprints, Working Papers, ...
- titre
- From spatio-temporal morphogenetic gradients to rhythmic patterning at the shoot apex
- auteur
- Carlos Galvan-Ampudia, Guillaume Cerutti, Jonathan Legrand, Romain Azaïs, Geraldine Brunoud, Steven Moussu, Christian Wenzl, Jan U Lohmann, Christophe Godin, Teva Vernoux
- article
- 2018
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Contexte scientifique
L’équipe MOSAIC s’intéresse à la morphogenèse des formes de vie telles que les plantes et les embryons d’animaux. Nous nous concentrons sur la façon dont les processus biochimiques et biophysiques interagissent pour façonner les organismes. Pour répondre à la complexité des mécanismes sous-jacents et de leurs interactions, nous développons des modèles informatiques basés sur l’imagerie 3D du développement de formes. Notre objectif est de construire progressivement une approche inspirée de la théorie des systèmes dynamiques appliquée au développement des formes de vie.
Pour cela, l’équipe est amenée à développer et explorer l’utilisation de concepts computationnels et mathématiques dans une grande variété de domaines : algèbre des formes, ODE/PDE, systèmes dynamiques, fractales, processus stochastiques, mécanique des milieux continus, FEM, théorie de l’information, théorie des graphes , géométrie computationnelle, langages de programmation non conventionnels. L’équipe collabore étroitement avec plusieurs équipes de biologistes avec qui elle partage des questions biologiques et développe de nouvelles méthodes.
Principaux résultats :
– Modèle stochastique de phyllotaxie : nous avons revisité le modèle déterministe classique de phyllotaxie pour intégrer une composante stochastique capable de refléter la nature stochastique des processus moléculaires sous-jacents à l’initiation des organes à l’extrémité des tiges des plantes. Ce modèle récapitule tous les modèles de spirale et de verticille expliqués par le modèle classique précédent et explique précisément les modèles de perturbation stochastiques observés récemment dans diverses plantes. Ce travail a été réalisé en collaboration avec le groupe Teva Vernoux (RDP - ENS Lyon).
– Rétroaction entre contraintes mécaniques et anisotropie tissulaire dans les tissus végétaux en croissance : Nous avons développé un modèle multi-échelle de réponse tissulaire aux contraintes mécaniques qui s’accumulent dans les tissus au cours du développement, basé sur une description réaliste des processus de remodelage de la paroi cellulaire.
– Destin cellulaire au cours du développement de l’embryon d’Ascidie : En collaboration avec le groupe de Patrick Lemaire (CRBM - Univ. Montpellier), nous avons développé un nouveau pipeline d’imagerie pour imager des séquences à haut débit du développement de l’embryon d’ascidie. Nous avons utilisé ces séquences à haute résolution spatiale et temporelle pour développer un modèle d’acquisition du destin cellulaire au niveau de l’embryon et pour montrer que les surfaces de contact entre les cellules sont des variables explicatives essentielles de l’induction différentielle dans les cellules d’ascidies.
– Gnomon : L’équipe développe une plateforme de calcul pour analyser et simuler le développement des formes de vie en 3D.
Collaborateurs principaux :
- Teva Vernoux (RDP)
- Jan Traas (RDP)
- Annamaria Kiss (RDP)
- Emmanuel Faure (LIRMM - Univ. Montpellier)
- Peter Hannape (Sony CSL - Paris)
- Patrick Lemaire (CRBM - Univ. Montpellier)
- Grégoire Malandain (Morphem - Inria Sophia Antipolis)