MOrphogenesis Simulation and Analysis In siliCo (MOSAIC)

Personnel du RDP

Christophe GODIN

christophe.godin
(33) 4 72 72 XX XX
DR INRIA
Publications

Olivier ALI

olivier.ali
(33) 4 72 72 XX XX
CRCN INRIA
Publications

Jonathan LEGRAND

jonathan.legrand
(33)4 72 72 86 04
IR CNRS
Publications

Elsa GASCON

elsa.gascon
IE CNRS

Florian INGELS

florian.ingels
(33) 4 72 72 XX XX
Thèse
Publications

Guillaume CERUTTI

guillaume.cerutti
(33) 4 72 72 XX XX
IR INRAe
Publications

Jeanne ABITBOL-SPANGARO

jeanne.abitbolspangaro
(33) 4 72 72 XX XX
Thèse

Landry DUGUET

landry.duguet
(33) 4 72 72 XX XX
Thèse



Publications HAL du labo/EPI 1001887;772

2021

Journal articles

titre
cvmgof: an R package for Cramér-von Mises goodness-of-fit tests in regression models
auteur
Romain Azaïs, Sandie Ferrigno, Marie-José Martinez
article
Journal of Statistical Computation and Simulation, Taylor & Francis, 2021, ⟨10.1080/00949655.2021.1991346⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03101612/file/cvmgof_paper.pdf BibTex
titre
BVPy: A FEniCS-based Python package to ease the expression and study of boundary value problems in Biology.
auteur
Florian Gacon, Christophe Godin, Olivier Ali
article
Journal of Open Source Software, Open Journals, 2021, 6 (59), pp.1-6. ⟨10.21105/joss.02831⟩
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BibTex
titre
A multiscale analysis of early flower development in Arabidopsis provides an integrated view of molecular regulation and growth control
auteur
Yassin Refahi, Argyris Zardilis, Gaël Michelin, Raymond Wightman, Bruno Leggio, Jonathan Legrand, Emmanuel Faure, Laetitia Vachez, Alessia Armezzani, Anne-Evodie Risson, Feng Zhao, Pradeep Das, Nathanaël Prunet, Elliot M. Meyerowitz, Christophe Godin, Grégoire Malandain, Henrik Jönsson, Jan Traas
article
Developmental Cell, Elsevier, 2021, 56 (4), pp.540-556.e8. ⟨10.1016/j.devcel.2021.01.019⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inrae.fr/hal-03299500/file/2020.09.25.313312v1.full.pdf BibTex
titre
A network of transcriptional repressors modulates auxin responses.
auteur
Jekaterina Truskina, Jingyi Han, Elina Chrysanthou, Carlos Galvan-Ampudia, Stéphanie Lainé, Geraldine Brunoud, Julien Macé, Simon Bellows, Jonathan Legrand, Anne-Maarit Bågman, Margot Smit, Ondrej Smetana, Arnaud Stigniani, Silvana Porco, Malcom J. Bennett, Ari Pekka Mähönen, Francois Parcy, Etienne Farcot, François Roudier, Siobhan M Brady, Anthony Bishopp, Teva Vernoux
article
Nature, Nature Publishing Group, 2021, 589 (7840), pp.116-119. ⟨10.1038/s41586-020-2940-2⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03021204/file/Truskina_%20main_text_all-rev6_CorrLegendFig3_withallFig.pdf BibTex
titre
Cauliflower fractal forms arise from perturbations of floral gene networks
auteur
Eugenio Azpeitia, Gabrielle Tichtinsky, Marie Le Masson, Antonio Serrano-Mislata, Jérémy Lucas, Veronica Gregis, Carlos Gimenez, Nathanaël Prunet, Etienne Farcot, Martin Kater, Desmond Bradley, Francisco Madueño, Christophe Godin, Francois Parcy
article
Science, American Association for the Advancement of Science, 2021, 373 (6551), pp.192-197. ⟨10.1126/science.abg5999⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03291136/file/Azpeitia%20et%20al_main_final.pdf BibTex

Preprints, Working Papers, ...

titre
Enumeration of Unordered Forests
auteur
Florian Ingels, Romain Azaïs
article
2021
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02511901/file/main.pdf BibTex
titre
Maximum likelihood estimation for spinal-structured trees
auteur
Romain Azaïs, Benoît Henry
article
2021
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https://arxiv.org/pdf/2101.05099 BibTex

2020

Journal articles

titre
Phyllotaxis as geometric canalization during plant development
auteur
Christophe Godin, Christophe Golé, Stéphane Douady
article
Development (Cambridge, England), Company of Biologists, 2020, 147 (19), pp.1-45. ⟨10.1242/dev.165878⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03014239/file/Manuscript%20%2B%20suppmat.pdf BibTex
titre
Contact area-dependent cell communication and the morphological invariance of ascidian embryogenesis
auteur
Léo Guignard, Ulla-Maj Fiuza, Bruno Leggio, Julien Laussu, Emmanuel Faure, Gaël Michelin, Kilian Biasuz, Lars Hufnagel, Grégoire Malandain, Christophe Godin, Patrick Lemaire
article
Science, American Association for the Advancement of Science, 2020, ⟨10.1126/science.aar5663⟩
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BibTex
titre
Skeletonization of Plant Point Cloud Data Using Stochastic Optimization Framework
auteur
Ayan Chaudhury, Christophe Godin
article
Frontiers in Plant Science, Frontiers, 2020, 11, ⟨10.3389/fpls.2020.00773⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03029993/file/2020_Chaudhury_Front_Plant_Sci.pdf BibTex
titre
Temporal integration of auxin information for the regulation of patterning
auteur
Carlos Galvan-Ampudia, Guillaume Cerutti, Jonathan Legrand, Geraldine Brunoud, Raquel Martin Arevalillo, Romain Azaïs, Vincent Bayle, Steven Moussu, Christian Wenzl, Yvon Jaillais, Jan U Lohmann, Christophe Godin, Teva Vernoux
article
eLife, eLife Sciences Publication, 2020, 9, ⟨10.7554/eLife.55832⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02368529/file/elife-55832-v1%20%283%29.pdf BibTex
titre
Cellular Heterogeneity in Pressure and Growth Emerges from Tissue Topology and Geometry
auteur
Yuchen Long, Ibrahim Cheddadi, Gabriella Mosca, Vincent Mirabet, Mathilde Dumond, Annamaria Kiss, Jan Traas, Christophe Godin, Arezki Boudaoud
article
Current Biology - CB, Elsevier, 2020, 30 (8), pp.1504-1516.e8. ⟨10.1016/j.cub.2020.02.027⟩
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BibTex
titre
Sugar availability suppresses the auxin-induced strigolactone pathway to promote bud outgrowth
auteur
Jessica Bertheloot, Francois Barbier, Fréderic Boudon, Maria Dolores Perez-Garcia, Thomas Peron, Sylvie Citerne, Elizabeth Dun, Christine Beveridge, Christophe Godin, Soulaiman Sakr
article
New Phytologist, Wiley, 2020, 225 (2), pp.866-879. ⟨10.1111/nph.16201⟩
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https://hal-agrocampus-ouest.archives-ouvertes.fr/hal-02402977/file/Bertheloot_et_al-2019-New_Phytologist%281%29.pdf BibTex
titre
Microtubule-Mediated Wall Anisotropy Contributes to Leaf Blade Flattening
auteur
Feng Zhao, Fei Du, Hadrien Oliveri, Lüwen Zhou, Olivier Ali, Wenqian Chen, Shiliang Feng, Qingqing Wang, Shouqin Lü, Mian Long, René Schneider, Arun Sampathkumar, Christophe Godin, Jan Traas, Yuling Jiao
article
Current Biology - CB, Elsevier, 2020, 30 (20), pp.3972. ⟨10.1016/j.cub.2020.07.076⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02370615/file/604710.full.pdf BibTex
titre
Cortical tension overrides geometrical cues to orient microtubules in confined protoplasts
auteur
Leia Colin, Antoine Chevallier, Satoru Tsugawa, Florian Gacon, Christophe Godin, Virgile Viasnoff, Timothy Saunders, Olivier Hamant
article
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America , National Academy of Sciences, 2020, 117 (51), pp.32731-32738. ⟨10.1073/pnas.2008895117⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03063893/file/Colin%20PNAS%202020.pdf BibTex

2019

Journal articles

titre
Introduction
auteur
Mark Alber, Christophe Godin, Philip K. Maini, Roeland M.H. Merks, Eric Mjolsness
article
Bulletin of Mathematical Biology, Springer Verlag, 2019, pp.3214-3218. ⟨10.1007/s11538-019-00649-2⟩
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BibTex
titre
Treex : a Python package for manipulating rooted trees
auteur
Romain Azaïs, Guillaume Cerutti, Didier Gemmerlé, Florian Ingels
article
Journal of Open Source Software, Open Journals, 2019, 4 (38), pp.1-2. ⟨10.21105/joss.01351⟩
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BibTex
titre
Regulation of plant cell wall stiffness by mechanical stress: a mesoscale physical model
auteur
Hadrien Oliveri, Jan Traas, Christophe Godin, Olivier Ali
article
Journal of Mathematical Biology, Springer Verlag (Germany), 2019, 78 (3), pp.625-653. ⟨10.1007/s00285-018-1286-y⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01691110/file/oliveri_et_al2018_regulation.pdf BibTex
titre
Coupling water fluxes with cell wall mechanics in a multicellular model of plant development
auteur
Ibrahim Cheddadi, Michel Génard, Nadia Bertin, Christophe Godin
article
PLoS Computational Biology, Public Library of Science, 2019, 15 (6), ⟨10.1371/journal.pcbi.1007121⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02166490/file/2019_Cheddadiet_plosOne.pdf BibTex
titre
Simulating Turgor-Induced Stress Patterns in Multilayered Plant Tissues
auteur
Olivier Ali, Hadrien Oliveri, Jan Traas, Christophe Godin
article
Bulletin of Mathematical Biology, Springer Verlag, 2019, 81 (8), pp.1-23. ⟨10.1007/s11538-019-00622-z⟩
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https://hal.inria.fr/hal-02154814/file/alietal_2019_Author_proof.pdf BibTex
titre
Nearest embedded and embedding self-nested trees
auteur
Romain Azaïs
article
Algorithms, MDPI, 2019, 12 (9), pp.1-16. ⟨10.3390/a12090180⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01584078/file/main.pdf BibTex
titre
Inference for conditioned Galton-Watson trees from their Harris path
auteur
Romain Azaïs, Alexandre Genadot, Benoît Henry
article
ALEA : Latin American Journal of Probability and Mathematical Statistics, Instituto Nacional de Matemática Pura e Aplicada, 2019, 16 (1), pp.1-45. ⟨10.30757/ALEA.v16-21⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01360650/file/main.pdf BibTex
titre
MorphoNet: an interactive online morphological browser to explore complex multi-scale data
auteur
Bruno Leggio, Julien Laussu, Axel Carlier, Christophe Godin, Patrick Lemaire, Emmanuel Faure
article
Nature Communications, Nature Publishing Group, 2019, 10 (2812), pp.1-8. ⟨10.1038/s41467-019-10668-1⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01938153/file/s41467-019-10668-1.pdf BibTex
titre
Light Regulation of Axillary Bud Outgrowth Along Plant Axes: An Overview of the Roles of Sugars and Hormones
auteur
Anne Schneider, Christophe Godin, Frédéric Boudon, Sabine Demotes-Mainard, Soulaiman Sakr, Jessica Bertheloot
article
Frontiers in Plant Science, Frontiers, 2019, 10, pp.1-17. ⟨10.3389/fpls.2019.01296⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02327576/file/Schneider%20et%20al%202019%20Frontiers%20Pl%20Sci.pdf BibTex

Preprints, Working Papers, ...

titre
Coupling water fluxes with cell wall mechanics in a multicellular model of plant development: Supplementary info for the main article
auteur
Ibrahim Cheddadi, Michel Génard, Nadia Bertin, Christophe Godin
article
2019
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inrae.fr/hal-02788248/file/Cheddadi-Biorxiv-2019_1.pdf BibTex

2018

Journal articles

titre
Transcriptional induction of cell wall remodelling genes is coupled to microtubule-driven growth isotropy at the shoot apex in Arabidopsis
auteur
Alessia Armezzani, Ursula Abad, Olivier Ali, Amélie Andres Robin, Laetitia Vachez, Antoine Larrieu, Ewa Mellerowicz, Ludivine Taconnat, Virginie Battu, Thomas Stanislas, Mengying Liu, Teva Vernoux, Jan Traas, Massimiliano Sassi
article
Development (Cambridge, England), Company of Biologists, 2018, 145 (11), ⟨10.1242/dev.162255⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01894645/file/CA51A8F3-17C5-40B9-8066-171241C3A773.pdf BibTex
titre
Bark and Leaf Fusion Systems to Improve Automatic Tree Species Recognition
auteur
Sarah Bertrand, Rihab Ben Ameur, Guillaume Cerutti, Didier Coquin, Lionel Valet, Laure Tougne
article
Ecological Informatics, Elsevier, 2018, ⟨10.1016/j.ecoinf.2018.05.007⟩
Accès au bibtex
BibTex
titre
An Image Analysis Pipeline to Quantify Emerging Cracks in Materials or Adhesion Defects in Living Tissues
auteur
Stéphane Verger, Guillaume Cerutti, Olivier Hamant
article
Bio-protocol , Bio-protocol LCC, 2018, 8 (19)
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https://hal.inria.fr/hal-01940178/file/Bio-protocol3036.pdf BibTex
titre
An image analysis pipeline to quantify emerging cracks in materials or adhesion defects in living tissues
auteur
Stéphane Verger, Guillaume Cerutti, Olivier Hamant
article
Bio-protocol , Bio-protocol LCC, 2018, 8 (19), pp.1-16. ⟨10.21769/BioProtoc.3036⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02171434/file/2018_Verger_Bio_Protoc.pdf BibTex
titre
Estimation of the average number of continuous crossings for non-stationary non-diffusion processes
auteur
Romain Azaïs, Alexandre Genadot
article
Journal of Statistical Planning and Inference, Elsevier, In press
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01499914/file/crossings.pdf BibTex

Book sections

titre
Level Crossings and Absorption of an Insurance Model
auteur
Romain Azaïs, Alexandre Genadot
article
Romain Azaïs; Florian Bouguet. Statistical Inference for Piecewise-deterministic Markov Processes, Wiley, pp.65-105, 2018, 978-1-786-30302-8. ⟨10.1002/9781119507338.ch3⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01862266/file/chapter_ins.pdf BibTex
titre
Rupture detection in fatigue crack propagation
auteur
Romain Azaïs, Anne Gégout-Petit, Florine Greciet
article
Romain Azaïs; Florian Bouguet. Statistical Inference for Piecewise-deterministic Markov Processes, Wiley, pp.173-207, 2018, 978-1-786-30302-8. ⟨10.1002/9781119507338.ch6⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01862267/file/chapter_fcp.pdf BibTex

Preprints, Working Papers, ...

titre
From spatio-temporal morphogenetic gradients to rhythmic patterning at the shoot apex
auteur
Carlos Galvan-Ampudia, Guillaume Cerutti, Jonathan Legrand, Romain Azaïs, Geraldine Brunoud, Steven Moussu, Christian Wenzl, Jan Lohmann, Christophe Godin, Teva Vernoux
article
2018
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-01937928/file/469718.full.pdf BibTex


The MOSAIC team is interested in the morphogenesis of life forms such as plants and animal embryos. We focus on how the biochemical and biophysical processes interact to shape organisms. To address the complexity of the underlying mechanisms and of their interactions, we develop computational models based on 3D imaging of form development. Our aim is to progressively construct an approach inspired from the theory of dynamical systems applied to the development of life forms.

For this, the team is lead to develop and explore the use of computational and mathematical concepts within a large variety of domains : form algebra, ODE/PDE, dynamical systems, fractals, stochastic processes, continuum mechanics, FEM, information theory, graph theory, computational geometry, unconventional programming languages. The team collaborates tightly with several teams of biologists with whom it shares biological questions and develops new methods.

Main results :

 Stochastic model of phyllotaxis : we revisited the classical deterministic model of phyllotaxis to integrate a stochastic component able to reflect the stochastic nature of the molecular processes underlying the initiation of organs at the tip of plant stems. This model recapitulates all the spiral and whorl patterns explained by the previous classical model and explains precisely stochastic perturbation patterns observed recently in various plants. This work was done in collaboration with the Teva Vernoux’s group at RDP.

 Feedback between mechanical stresses and tissue anisotropy in growing plant tissues : We developed a multiscale model of tissue response to the mechanical stresses that built up within tissues during development, based on a realistic description of cell wall remodeling processes.

 Cell fate in Ascidian embryo development : In collaboration with Patrick Lemaire’s group, we developed a new imaging pipeline to image high-throughput sequences of ascidian embryo development. We used these high spatial and temporal resolution sequences to develop a model of cell fate acquisition at the level of the embryo and to show that contact surfaces between the cells are essential explicative variable of differential induction in ascidian cells.

 Gnomon : The team develops a computational platform to analyse and simulate the development of life forms in 3D.

Articles de cette rubrique

  • Publications

    , par yfesseli

    2010
    – Fernandez R, Das P, Mirabet V, Moscardi E, Traas J, Verdeil JL, Malandain G, Godin C. (2010) Imaging plant growth in 4D : robust tissue reconstruction and lineaging at cell resolution. Nat Methods. 7(7):547-53.