Biophysique et développement

Personnel du RDP

Arezki BOUDAOUD

arezki.boudaoud
(33) 4 72 72 88 75
PR ENS

Françoise MONEGER

francoise.moneger
(33) 4 72 72 89 85
DR2 CNRS
Publications

Pradeep DAS

pradeep.das
(33) 4 72 72 89 37
MC ENS

Annamaria KISS

annamaria.kiss
(33) 4 72 72 89 37
IR2 INRA
Publications

Simone BOVIO

simone.bovio
(33) 4 72 72 87 62
IE ENS
Publications

Virginie BATTU

virginie.battu
(33) 4 72 72 86 07
TR UCBL

Diego HARTASANCHEZ

diego.hartasanchez_frenk
Postdoc

Antoine FRULEUX

antoine.fruleux
(33) 4 72 72 38 32
Postdoc ENS

Corentin MOLLIER

corentin.mollier
(33) 4 72 72 89 37
Thèse

Abigail DELGADO-VAQUERA

abigail.delgado_vaquera
Thèse



Publications HAL du labo/EPI 1001887;772

2021

Preprints, Working Papers, ...

titre
Dandelion pappus morphing is actuated by radially patterned material swelling
auteur
Madeleine Seale, Annamaria Kiss, Simone Bovio, Ignazio Maria Viola, Enrico Mastropaolo, Arezki Boudaoud, Naomi Nakayama
article
2021
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BibTex

2020

Journal articles

titre
Gradient in cytoplasmic pressure in germline cells controls overlying epithelial cell morphogenesis
auteur
Laurie-Anne Lamiré, Pascale Milani, Gaël Runel, Annamaria Kiss, Leticia Arias, Blandine Vergier, Stève de Bossoreille, Pradeep Das, David Cluet, Arezki Boudaoud, Muriel Grammont
article
PLoS Biology, Public Library of Science, 2020, 18 (11), pp.e3000940. ⟨10.1371/journal.pbio.3000940⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03052289/file/2020_Lamir%C3%A9_Plos%20Biology.pdf BibTex
titre
Immediate targets of ETTIN suggest a key role for pectin methylesterase inhibitors in the control of Arabidopsis gynecium development
auteur
Amélie Andres Robin, Mathieu Reymond, Géraldine Brunoud, Marie-Laure Martin-Magniette, Françoise Moneger, C.P. Scutt
article
Plant Signaling and Behavior, Taylor & Francis, 2020, 15 (7), pp.1771937. ⟨10.1080/15592324.2020.1771937⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03068443/file/Paper%20HAL.pdf BibTex
titre
Robust organ size requires robust timing of initiation orchestrated by focused auxin and cytokinin signalling
auteur
Mingyuan Zhu, Weiwei Chen, Vincent Mirabet, Lilan Hong, Simone Bovio, Soeren Strauss, Erich Schwarz, Satoru Tsugawa, Zhou Wang, Richard Smith, Chun-Biu Li, Olivier Hamant, Arezki Boudaoud, Adrienne Roeder
article
Nature Plants, Nature Publishing Group, 2020, 6 (6), pp.686-698. ⟨10.1038/s41477-020-0666-7⟩
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BibTex
titre
Cellular Heterogeneity in Pressure and Growth Emerges from Tissue Topology and Geometry
auteur
Yuchen Long, Ibrahim Cheddadi, Gabriella Mosca, Vincent Mirabet, Mathilde Dumond, Annamaria Kiss, Jan Traas, Christophe Godin, Arezki Boudaoud
article
Current Biology - CB, Elsevier, 2020, 30 (8), pp.1504-1516.e8. ⟨10.1016/j.cub.2020.02.027⟩
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BibTex
titre
The Endosperm-Derived Embryo Sheath Is an Anti-adhesive Structure that Facilitates Cotyledon Emergence during Germination in Arabidopsis
auteur
Nicolas Doll, Simone Bovio, Angelo Gaiti, Anne-Charlotte Marsollier, Sophy Chamot, Steven Moussu, Thomas Widiez, Gwyneth Ingram
article
Current Biology - CB, Elsevier, 2020, 30 (5), pp.909-915.e4. ⟨10.1016/j.cub.2019.12.057⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03065544/file/embryo%20sheath%20current%20Biology%20ter.pdf BibTex

2019

Journal articles

titre
Xyloglucans and Microtubules Synergistically Maintain Meristem Geometry and Phyllotaxis
auteur
Feng Zhao, Wenqian Chen, Julien Sechet, Marjolaine Martin, Simone Bovio, Claire Lionnet, Yuchen Long, Virginie Battu, Grégory Mouille, Françoise Monéger, Jan Traas
article
Plant Physiology, American Society of Plant Biologists, 2019, 181 (3), pp.1191-1206. ⟨10.1104/pp.19.00608⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02351790/file/Zhao%20et%20al%2C%202019_HAL%20%281%29.pdf BibTex
titre
Use of Atomic Force Microscopy to Measure Mechanical Properties and Turgor Pressure of Plant Cells and Plant Tissues
auteur
Françoise Moneger, Simone Bovio, Yuchen Long
article
Journal of visualized experiments : JoVE, JoVE, 2019, ⟨10.3791/59674⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02351801/file/Bovio%20et%20al%2C%202019.pdf BibTex

2018

Book sections

titre
Séquençage d'ADN par la technique Sanger
auteur
Denis Tagu, Françoise Monéger
article
Principes des techniques de biologie moléculaire et génomique : 3e édition revue et augmentée, Quae, 2018, Savoir Faire, 978-2-7592-2389-3
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BibTex

2017

Journal articles

titre
Segmentation of 3D images of plant tissues at multiple scales using the level set method
auteur
Annamaria Kiss, Typhaine Moreau, Vincent Mirabet, Cerasela Iliana Calugaru, Arezki Boudaoud, Pradeep Das
article
Plant Methods, BioMed Central, 2017, 13 (1), ⟨10.1186/s13007-017-0264-5⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-02620094/file/2017_Kiss_Plant_Method_1.pdf BibTex

2016

Journal articles

titre
Multiscale quantification of morphodynamics: MorphoLeaf software for 2D shape analysis
auteur
Eric Biot, Millan Cortizo, Jasmine Burguet, Annamaria Kiss, Mohamed Oughou, Aude Maugarny Calès, Beatriz Goncalves, Bernard Adroher, Philippe Andrey, Arezki Boudaoud, Patrick Laufs
article
Development (Cambridge, England), Company of Biologists, 2016, pp.3417-3428. ⟨10.1242/dev.134619⟩
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BibTex
titre
Variable cell growth yields reproducible organ development through spatiotemporal averaging
auteur
Lilan Hong, Mathilde Dumond, Satoru Tsugawa, Aleksandra Sapala, Anne-Lise Routier-Kierzkowska, Yong Zhou, Catherine Chen, Annamaria Kiss, Mingyuan Zhu, Olivier Hamant, Richard s. Smith, Tamiki Komatsuzaki, Chun-Biu Li, Arezki Boudaoud, Adrienne h.K. Roeder
article
Developmental Cell, Elsevier, 2016, 38 (1), pp.15-32. ⟨10.1016/j.devcel.2016.06.016⟩
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BibTex

2015

Journal articles

titre
MorphoGraphX: A platform for quantifying morphogenesis in 4D
auteur
Pierre Barbier de Reuille, Anne-Lise Routier-Kierzkowska, Daniel Kierzkowski, George Bassel, Thierry Schüpbach, Gerardo Tauriello, Namrata Bajpai, Sören Strauss, Alain Weber, Annamaria Kiss, Agata Burian, Hugo Hofhuis, Aleksandra Sapala, Marcin Lipowczan, Maria Heimlicher, Sarah Robinson, Emmanuelle Bayer, Konrad Basler, Petros Koumoutsakos, Adrienne Hk Roeder, Tinri Aegerter-Wilmsen, Naomi Nakayama, Miltos Tsiantis, Angela Hay, Dorota Kwiatkowska, Ioannis Xenarios, Cris Kuhlemeier, Richard Smith
article
eLife, eLife Sciences Publication, 2015, 4, ⟨10.7554/eLife.05864⟩
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BibTex
titre
Mechanical stress contributes to the expression of the STM homeobox gene in Arabidopsis shoot meristems
auteur
Benoit Landrein, Annamaria Kiss, Massimiliano Sassi, Aurélie Chauvet, Pradeep Das, Millan Cortizo, Patrick Laufs, Seiji Takeda, Mitsuhiro Aida, Jan Traas, Teva Vernoux, Arezki Boudaoud, Olivier Hamant
article
eLife, eLife Sciences Publication, 2015, 4, pp.1-27. ⟨10.7554/eLife.07811⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-02631439/file/Landrein2015_1.pdf BibTex

2013

Journal articles

titre
Network function shapes network structure: the case of the Arabidopsis flower organ specification genetic network
auteur
Adrien Henry, Françoise Monéger, Areejit Samal, Olivier C. Martin
article
Molecular BioSystems, Royal Society of Chemistry, 2013, 9 (7), pp.1726 - 1735. ⟨10.1039/c3mb25562j⟩
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BibTex

2012

Journal articles

titre
A Light-Regulated Genetic Module Was Recruited to Carpel Development in Arabidopsis following a Structural Change to SPATULA
auteur
Matthieu Reymond, Geraldine Brunoud, Aurélie Chauvet, Jaime F. Martinez-Garcia, Marie-Laure Magniette, Françoise Monéger, C.P. Scutt
article
The Plant cell, American Society of Plant Biologists (ASPB), 2012, 24 (7), pp.2812 - 2825. ⟨10.1105/tpc.112.097915⟩
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Nous étudions la morphogenèse chez les plantes, notamment à l’apex caulinaire d’Arabdopsis. Nous nous focalisons sur la robustesse de la morphogenèse, en analysant la variabilité cellulaire et en explorant les mécanismes qui amplifient ou tamponnent cette variabilité. Pour ce faire, nous combinons des approches de biologie moléculaire, d’imagerie du vivant, de biophysique, d’analyse de donnée et de modélisation. Nous déclinons ces questions et approches selon quatre thématiques principales :
 Mécanique de la morphogénèse
 Patrons de croissance florale
 Réseaux d’interaction moléculaire
 Modélisation de la morphogénèse

Infos utiles


Mécanique de la morphogénèse

Responsable : Arezki Boudaoud

La morphogenèse est le remarquable processus par lequel un organisme en développement acquiert sa forme. Alors que les études moléculaires et génétiques ont rencontré de grands succès permettant d’expliquer la base cellulaire du développement et le rôle des gradients biochimiques dans la coordination des destins cellulaires, la compréhension de la morphogenèse demeure un défi, à la fois pour la biologie du développement et pour la biophysique. En effet, la forme est imposée par les éléments structuraux de l’organisme ; l’étude de la morphogenèse doit s’attaquer à comment ces éléments sont régulés à l’échelle de la cellule, et à comment les propriétés mécaniques de ces éléments conduisent à des patrons de croissance bien définis. En utilisant les plantes comme systèmes modèles, nous abordons les questions suivantes. (i) L’identité moléculaire et génétique d’une cellule correspond-elle à une identité mécanique ? (ii) Les propriétés mécaniques des domaines cellulaires prédisent-elles les changements de forme ? (iii) Comment la stochasticité intrinsèque de la mécanique et de la croissance cellulaire laisse-t-elle place à des formes reproductibles ?

Patrons de croissance florale

Responsable : Pradeep Das

L’émergence des formes et tailles stéréotypes des tissues et organes suppose une régulation coordonnée d’un patron de croissance très spécifique en temps et espace toute au long du développement. Nous cherchons à avoir une compréhension claire de comment les évenements moléculaires, génétiques et physiques gouvernent la croissance. Nous avons développé lors des dernières années une pipeline automatique qui permet de suivre la croissance à une résolution cellulaire et en 4 dimensions (espace et temps) lors du développement des fleurs (Fernandez et al., Nature Methods, 2010). D’autre part nous examinons les liens entre les patrons de croissance, d’expression et de propriétés mécaniques.

Réseaux d’interaction moléculaire

Responsable : Françoise Monéger

Nous travaillons également sur la modélisation des réseaux d’interaction moléculaire et développons des approches visant à intégrer différents types de données (patrons d’expression, interactions directes, interactions génétiques) dans un modèle cohérent et intégré. Plus récemment, nous avons décidé de nous focaliser sur la paroi et en particulier sur les enzymes de remodelage de la paroi afin de comprendre comment les réseaux d’interaction et en particulier les facteurs de transcription de la fleur contrôlent la morphogénèse. Pour cela, notre projet consiste à identifier parmi une trentaine de facteurs de transcription exprimés dans la fleur, les gènes cibles codant des protéines impliquées dans la paroi et tenter de comprendre comment la régulation de l’expression de ces gènes permet de contrôler les formes florales.

Modélisation de la morphogénèse

Responsable : Annamaria Kiss

Afin de pouvoir modéliser l’émergence de la forme des organes d’une plante, il est primordiale de commencer par l’analyse des données en lien avec la morphogenèse. Pour cela nous développons des outils de segmentation d’images (level set, MARS sur Openalea) et d’analyse de données (plugin MorphoGraphX), et en particulier nous faisons l’analyse quantitative et statistique des images d’organes en développement (feuilles, fleurs, méristemes...) aussi bien au niveau tissulaire qu’au niveau cellulaire. D’autre part, nous étudions des modèles mécaniques des tissues biologiques. L’objectif est d’abord d’inférer sur les propriétés mécaniques à partir d’images, puis en utilisant ces propriétés nous cherchons à reproduire par modélisation l’émergence des formes au niveau tissulaire.

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    , par yfesseli

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    , par yfesseli

    – Tools developed in the team on the Forge of the CBP
    – A collection of general software
    – Le Wiki du RIB (service informatique du RDP/LBMC/CIRI)
    – How to make figures and presentations that are friendly to Colorblind people