Epigénétique, chromatine et développement

Personnel du RDP

François ROUDIER

francois.roudier
(33) 4 72 72 86 04
PU ENS
Publications

Annick DUBOIS

annick.dubois
(33) 4 72 72 14 76
CR1 INRA
Publications

Aurélie VIALETTE

aurelie.vialette
(33) 4 72 72 14 79
AGPR ENS

Alice HUGUES

alice.hugues
Doctorante

Daniel BOUYER

daniel.bouyer
(33) 4 72 72 86 11
CRN CNRS

Jérémy JUST

jeremy.just
(33)4 72 72 86 11
IR2 CNRS
Publications

Julien MACE

julien.mace
(33) 4 72 72 14 70
Doctorant

Marie France GERENTES

marie-france.gerentes
(33) 4 72 72 14 77
AI ENS CDD

Nathalie MATHY-FRANCHET

nathalie.mathy-franchet
(33) 4 72 72 86 11
AI CNRS

Nicolas DALLE

nicolas.dalle
(33) 4 26 73 14 72
Doctorant



Publications HAL du labo/EPI 1001887;772

2021

Journal articles

titre
Deciphering Plant Chromatin Regulation via CRISPR/dCas9-Based Epigenome Engineering
auteur
Annick Dubois, François Roudier
article
Epigenomes, MDPI, 2021, 5 (3), pp.17. ⟨10.3390/epigenomes5030017⟩
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BibTex
titre
A network of transcriptional repressors modulates auxin responses.
auteur
Jekaterina Truskina, Jingyi Han, Elina Chrysanthou, Carlos Galvan-Ampudia, Stéphanie Lainé, Geraldine Brunoud, Julien Macé, Simon Bellows, Jonathan Legrand, Anne-Maarit Bågman, Margot Smit, Ondrej Smetana, Arnaud Stigniani, Silvana Porco, Malcom J. Bennett, Ari Pekka Mähönen, Francois Parcy, Etienne Farcot, François Roudier, Siobhan M Brady, Anthony Bishopp, Teva Vernoux
article
Nature, Nature Publishing Group, 2021, 589 (7840), pp.116-119. ⟨10.1038/s41586-020-2940-2⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03021204/file/Truskina_%20main_text_all-rev6_CorrLegendFig3_withallFig.pdf BibTex

2020

Journal articles

titre
Mitotic Inheritance of PRC2-Mediated Silencing: Mechanistic Insights and Developmental Perspectives
auteur
Alice Hugues, Chean Sern Jacobs, François Roudier
article
Frontiers in Plant Science, Frontiers, 2020, 11, ⟨10.3389/fpls.2020.00262⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03142734/file/2020_Hugues_Front_Plant_Sci.pdf BibTex
titre
ChIP-seq and RNA-seq for complex and low-abundance tree buds reveal chromatin and expression co-dynamics during sweet cherry bud dormancy
auteur
Noémie Vimont, Fu Xiang Quah, David Guillaume Schöpfer, François Roudier, Elisabeth Dirlewanger, Philip A. Wigge, Bénédicte Wenden, Sandra Cortijo
article
Tree Genetics and Genomes, Springer Verlag, 2020, 16 (1), pp.9. ⟨10.1007/s11295-019-1395-9⟩
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BibTex

2019

Journal articles

titre
Histone acetylation orchestrates wound-induced transcriptional activation and cellular reprogramming in Arabidopsis
auteur
Bart Rymen, Ayako Kawamura, Alice Lambolez, Soichi Inagaki, Arika Takebayashi, Akira Iwase, Yuki Sakamoto, Kaori Sako, David Favero, Momoko Ikeuchi, Takamasa Suzuki, Motoaki Seki, Tetsuji Kakutani, François Roudier, Keiko Sugimoto
article
Communications Biology, Nature Publishing Group, 2019, 2, ⟨10.1038/s42003-019-0646-5⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inrae.fr/hal-02526385/file/2019_Rymen_Com_Biol.pdf BibTex

Preprints, Working Papers, ...

titre
ChIP-seq and RNA-seq for complex and low-abundance tree buds reveal chromatin and expression co-dynamics during sweet cherry bud dormancy
auteur
Noémie Vimont, Fu Xiang Quah, David Guillaume-Schöpfer, François Roudier, Elisabeth Dirlewanger, Philip A. Wigge, Bénédicte Wenden, Sandra Cortijo
article
2019
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inrae.fr/hal-02788335/file/2019-Vimont-Bioxriv-Preprint_1.pdf BibTex

2018

Book sections

titre
Cell Type-Specific Profiling of Chromatin Modifications and Associated Proteins
auteur
Ana Karina Morao, Erwann Caillieux, Vincent Colot, François Roudier
article
Plant Chromatin Dynamics, pp.111-130, 2018, ⟨10.1007/978-1-4939-7318-7_8⟩
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BibTex
titre
Chromatin Immunoprecipitation Sequencing (ChIP-Seq) for Transcription Factors and Chromatin Factors in Arabidopsis thaliana Roots: From Material Collection to Data Analysis
auteur
Sandra Cortijo, Varodom Charoensawan, François Roudier, Philip A. Wigge
article
Root Development, pp.231-248, 2018, ⟨10.1007/978-1-4939-7747-5_18⟩
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BibTex

2017

Journal articles

titre
Epigenetic memory and cell fate reprogramming in plants
auteur
Kenneth D. Birnbaum, François Roudier
article
Regeneration, 2017, 4 (1), pp.15-20. ⟨10.1002/reg2.73⟩
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BibTex

2016

Journal articles

titre
Transcriptional Regulation of Arabidopsis Polycomb Repressive Complex 2 Coordinates Cell-Type Proliferation and Differentiation
auteur
Miguel De Lucas, Li Pu, Gina Turco, Allison Gaudinier, Ana Karina Morao, Hirofumi Harashima, Dahae Kim, Mily Ron, Keiko Sugimoto, François Roudier, Siobhan M. Brady
article
The Plant cell, American Society of Plant Biologists (ASPB), 2016, 28 (10), pp.2616-2631. ⟨10.1105/tpc.15.00744⟩
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BibTex
titre
Emerging concepts in chromatin-level regulation of plant cell differentiation: timing, counting, sensing and maintaining
auteur
Ana Karina Morao, Daniel Bouyer, François Roudier
article
Current Opinion in Plant Biology, Elsevier, 2016, 34, pp.27-34. ⟨10.1016/j.pbi.2016.07.010⟩
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Notre équipe s’intéresse à l’une des questions centrales de la biologie qui est de comprendre comment les cellules acquièrent et maintiennent des identités et fonctionnalités distinctes au cours du développement. Si l’identité cellulaire est largement dictée par le profil transcriptionnel résultant de l’activité de facteurs de transcription spécifiques, la robustesse de cet état dépend du contexte chromatinien dans lequel agissent ces facteurs. Ainsi la progression d’une cellule au travers de stades de différenciation successifs, depuis les cellules souches jusqu’aux cellules matures, est guidée par des changements de programmes transcriptionnels régulés via une interaction bidirectionnelle entre facteurs de transcription et organisation chromatinienne.

Afin de comprendre comment la dynamique de l’épigénome permet aux cellules de répondre sélectivement aux signaux développementaux et environnementaux, nous développons des approches complémentaires visant à caractériser l’impact des mécanismes chromatiniens et processus épigénétiques dans la régulation de la différenciation cellulaire au sein des méristèmes apicaux d’Arabidopsis. Nous portons un intérêt particulier aux voies de répression transcriptionnelle associées aux complexes formés par les protéines du groupe Polycomb (PcG).

Trois axes de recherche, inclus dans une démarche intégrée combinant des approches génétiques, moléculaires et génomiques à résolution cellulaire ainsi que d’imagerie, sont développés dans le but de :

 caractériser la dynamique de l’épigénome au cours de la différenciation et révéler le rôle spécifique de régulateurs chromatiniens dans le fonctionnement des niches de cellules souches, la spécification du destin cellulaire et le maintien de l’identité cellulaire.

 déterminer l’impact de la dynamique des états chromatiniens sur le répertoire des cibles de facteurs de transcription (et vice-versa) au sein de différentes populations cellulaires.

 évaluer comment la variation épigénomique contribue à façonner les programmes développementaux au cours de l’évolution.

Les membres de l'équipe .
François Roudier Professeur ENS (Group leader)
Annick Dubois Chargée de Recherche INRA
Daniel Bouyer Chargé de Recherche CNRS
Nathalie Franchet-Mathy Assistante Ingénieure CNRS
Jérémy Just Ingénieur de Recherche CNRS
Aurélie Vialette Agrégée Préparatrice ENS
Marie France Gérentes Ingénieure d’études CDD ENS
Julien Macé Doctorant bioinfo ENS (ED bmic)
Nicolas Dalle Doctorant (ED bmic)
Alice Hugues Doctorant (ED bmic)
Alumni
Allan Bernard Etudiant M2 Biosciences
Mohammad Muhieddine Etudiant M2 Biosciences
Julia Buttin Ingénieure d’études bioinfo CDD ENS
Goeffrey Schivre Etudiant M1 U. Montpellier
Alice Hugues Etudiante ENS M2 Biosciences
Chean Sern Jacobs Doctorant (ED bmic)
Marie Biharé Etudiante M1 U. Lille
Laure Cuby Etudiante ESTBB Lyon