2024

Journal articles

titre

The role of Imp and Syp RBPs in precise neuronal elimination by apoptosis through the regulation of TFs

auteur

Wenyue Guan, Ziyan Nie, Anne Laurençon, Mathilde Bouchet, Christophe Godin, Kabir Chérif, Aurélien Darnas, Jonathan Enriquez

article

eLife, 2024, 12 (RP91634), ⟨10.7554/eLife.91634.2⟩

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titre

A mechanohydraulic model supports a role for plasmodesmata in cotton fiber elongation

auteur

Valeria Hernández-Hernández, Olivier C Marchand, Annamaria Kiss, Arezki Boudaoud

article

PNAS Nexus, 2024, 3, ⟨10.1093/pnasnexus/pgae256⟩

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titre

Spatiotemporally distinct responses to mechanical forces shape the developing seed of Arabidopsis

auteur

Amélie Bauer, Olivier Ali, Camille Bied, Sophy Boeuf, Simone Bovio, Adrien Delattre, Gwyneth Ingram, John F Golz, Benoit Landrein

article

EMBO Journal, 2024, 43 (13), pp.2733-2758. ⟨10.1038/s44318-024-00138-w⟩

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titre

A quantitative gibberellin signaling biosensor reveals a role for gibberellins in internode specification at the shoot apical meristem

auteur

Bihai Shi, Amelia Felipo Benavent, Guillaume Cerutti, Carlos Galvan-Ampudia, Lucas Jilli, Geraldine Brunoud, Jérôme Mutterer, Elody Vallet, Lali Sakvarelidze-Achard, Jean-Michel Davière, Alejandro Navarro-Galiano, Ankit Walia, Shani Lazary, Jonathan Legrand, Roy Weinstain, Alexander M. Jones, Salomé Prat, Patrick Achard, Teva Vernoux

article

Nature Communications, 2024, 15 (1), pp.3895. ⟨10.1038/s41467-024-48116-4⟩

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titre

Detection of common subtrees with identical label distribution

auteur

Romain Azaïs, Florian Ingels

article

Theoretical Computer Science, 2024, 988, ⟨10.1016/j.tcs.2023.114366⟩

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titre

Water fluxes pattern growth and identity in shoot meristems

auteur

Juan Alonso-Serra, Ibrahim Cheddadi, Annamaria Kiss, Guillaume Cerutti, Marianne Lang, Sana Dieudonné, Claire Lionnet, Christophe Godin, Olivier Hamant

article

Nature Communications, 2024, 15 (1), pp.6944. ⟨10.1038/s41467-024-51099-x⟩

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Preprints, Working Papers, ...

titre

Maximum likelihood estimation for spinal-structured trees

auteur

Romain Azaïs, Benoît Henry

article

2024

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titre

Riemannian L-systems: Modeling growing forms in curved spaces

auteur

Christophe Godin, Frédéric Boudon

article

2024

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titre

Geometry and cell wall mechanics guide early pollen tube growth in Arabidopsis thaliana

auteur

Lucie Riglet, Catherine Quilliet, Christophe Godin, Karin John, Isabelle Fobis-Loisy

article

2024

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2023

Journal articles

titre

Characterization of random walks on space of unordered trees using efficient metric simulation

auteur

Farah Ben-Naoum, Christophe Godin, Romain Azaïs

article

Discrete Applied Mathematics, 2023, 341, pp.290-307. ⟨10.1016/j.dam.2023.07.028⟩

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titre

Multiscale Modeling and Analysis of Growth of Plant Tissues

auteur

Arezki Boudaoud, Annamaria Kiss, Mariya Ptashnyk

article

SIAM Journal on Applied Mathematics, 2023, 83 (6), pp.2354-2389. ⟨10.1137/23M1553315⟩

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titre

Expression of cell-wall related genes is highly variable and correlates with sepal morphology

auteur

Diego A Hartasánchez, Annamaria Kiss, Virginie Battu, Charline Soraru, Abigail Delgado-Vaquera, Florian Massinon, Marina Brasó-Vives, Corentin Mollier, Marie-Laure Martin-Magniette, Arezki Boudaoud, Françoise Monéger

article

Peer Community Journal, 2023, 3 (93), ⟨10.24072/pcjournal.327⟩

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titre

Cauliflowers or how the perseverance of a plant to make flowers produces an amazing fractal structure

auteur

Eugenio Azpeitia, François Parcy, Christophe Godin

article

Comptes Rendus. Biologies, 2023, 346 (G1), pp.75-83. ⟨10.5802/crbiol.120⟩

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titre

Evidence that endosperm turgor pressure both promotes and restricts seed growth and size

auteur

Audrey Creff, Olivier Ali, Camille Bied, Vincent Bayle, Gwyneth Ingram, Benoit Landrein

article

Nature Communications, 2023, 14 (1), pp.67. ⟨10.1038/s41467-022-35542-5⟩

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titre

Revisiting the relationship between turgor pressure and plant cell growth

auteur

Olivier Ali, Ibrahim Cheddadi, Benoit Landrein, Yuchen Long

article

New Phytologist, 2023, 238 (1), pp.62-69. ⟨10.1111/nph.18683⟩

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Preprints, Working Papers, ...

titre

Growth directions and stiffness across cell layers determine whether tissues stay smooth or buckle

auteur

Avilash Yadav, Lilan Hong, Patrick Klees, Annamaria Kiss, Xi He, Iselle Barrios, Michelle Heeney, Anabella Maria D. Galang, Richard Smith, Arezki Boudaoud, Adrienne H.K. Roeder

article

2023

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titre

A mechanohydraulic model supports a role for plasmodesmata in cotton fiber elongation

auteur

Valeria Hernández-Hernández, Olivier Marchand, Annamaria Kiss, Arezki Boudaoud

article

2023

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titre

Water fluxes contribute to growth patterning in shoot meristems

auteur

Juan Alonso-Serra, Ibrahim Cheddadi, Annamaria Kiss, Guillaume Cerutti, Claire Lionnet, Christophe Godin, Olivier Hamant

article

2023

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2022

Journal articles

titre

A Graph-Based Approach for Simultaneous Semantic and Instance Segmentation of Plant 3D Point Clouds

auteur

Katia Mirande, Christophe Godin, Marie Tisserand, Julie Charlaix, Fabrice Besnard, Franck Hétroy-Wheeler

article

Frontiers in Plant Science, 2022, 13, pp.1-20. ⟨10.3389/fpls.2022.1012669⟩

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titre

bHLH heterodimer complex variations regulate cell proliferation activity in the meristems of Arabidopsis thaliana

auteur

Eliana Mor, Markéta Pernisová, Max Minne, Guillaume Cerutti, Dagmar Ripper, Jonah Nolf, Jennifer Andres, Laura Ragni, Matias D Zurbriggen, Bert de Rybel, Teva Vernoux

article

iScience, 2022, 25 (11), pp.105364. ⟨10.1016/j.isci.2022.105364⟩

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titre

Phenotyping and modeling of root hydraulic architecture reveal critical determinants of axial water transport

auteur

Yann Boursiac, Christophe Pradal, Fabrice Bauget, Mikaël Lucas, Stathis Delivorias, Christophe Godin, Christophe Maurel

article

Plant Physiology, 2022, 190 (2), pp.1289-1306. ⟨10.1093/plphys/kiac281⟩

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titre

Enumeration of Irredundant Forests

auteur

Florian Ingels, Romain Azaïs

article

Theoretical Computer Science, 2022, 922, pp.312-334. ⟨10.1016/j.tcs.2022.04.033⟩

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titre

Benchmarking of deep learning algorithms for 3D instance segmentation of confocal image datasets

auteur

Anuradha Kar, Manuel Petit, Yassin Refahi, Guillaume Cerutti, Christophe Godin, Jan Traas

article

PLoS Computational Biology, 2022, 18 (4), pp.e1009879. ⟨10.1371/journal.pcbi.1009879⟩

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titre

Dandelion pappus morphing is actuated by radially patterned material swelling

auteur

Madeleine Seale, Annamaria Kiss, Simone Bovio, Ignazio Maria Viola, Enrico Mastropaolo, Arezki Boudaoud, Naomi Nakayama

article

Nature Communications, 2022, 13 (1), pp.2498. ⟨10.1038/s41467-022-30245-3⟩

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titre

cvmgof: an R package for Cramér-von Mises goodness-of-fit tests in regression models

auteur

Romain Azaïs, Sandie Ferrigno, Marie-José Martinez

article

Journal of Statistical Computation and Simulation, 2022, 92 (6), pp.1246-1266. ⟨10.1080/00949655.2021.1991346⟩

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titre

Post-transcriptional regulation of transcription factor codes in immature neurons drives neuronal diversity

auteur

Wenyue Guan, Stéphanie Bellemin, Mathilde Bouchet, Lalanti Venkatasubramanian, Camille Guillermin, Anne Laurençon, Chérif Kabir, Aurélien Darnas, Christophe Godin, Séverine Urdy, Richard Mann, Jonathan Enriquez

article

Cell Reports, 2022, 39 (13), pp.110992. ⟨10.1016/j.celrep.2022.110992⟩

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Book sections

titre

Introduction to to Computational Modeling of Multicellular Tissues

auteur

Jean-Louis Dinh, Christophe Godin, Eugenio Azpeitia

article

Plant Systems Biology, 2395, Springer New York, pp.107-145, 2022, Methods in Molecular Biology, ⟨10.1007/978-1-0716-1816-5_7⟩

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Preprints, Working Papers, ...

titre

Robustness of organ morphology is associated with modules of co-expressed genes related to plant cell wall

auteur

Diego A Hartasánchez, Annamaria Kiss, Virginie Battu, Mathilde Dumond, Charline Soraru, Abigail Delgado-Vaquera, Florian Massinon, Marina Brasó-Vives, Corentin Mollier, Nelly Dubrulle, Fabien Sénéchal, Marie-Laure Martin-Magniette, Arezki Boudaoud, Françoise Monéger

article

2022

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2021

Journal articles

titre

What shoots can teach about theories of plant form

auteur

Teva Vernoux, Fabrice Besnard, Christophe Godin

article

Nature Plants, 2021, 7 (6), pp.716-724. ⟨10.1038/s41477-021-00930-0⟩

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titre

BVPy: A FEniCS-based Python package to ease the expression and study of boundary value problems in Biology.

auteur

Florian Gacon, Christophe Godin, Olivier Ali

article

Journal of Open Source Software, 2021, 6 (59), pp.1-6. ⟨10.21105/joss.02831⟩

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titre

A multiscale analysis of early flower development in Arabidopsis provides an integrated view of molecular regulation and growth control

auteur

Yassin Refahi, Argyris Zardilis, Gaël Michelin, Raymond Wightman, Bruno Leggio, Jonathan Legrand, Emmanuel Faure, Laetitia Vachez, Alessia Armezzani, Anne-Evodie Risson, Feng Zhao, Pradeep Das, Nathanaël Prunet, Elliot Meyerowitz, Christophe Godin, Grégoire Malandain, Henrik Jönsson, Jan Traas

article

Developmental Cell, 2021, 56 (4), pp.540-556.e8. ⟨10.1016/j.devcel.2021.01.019⟩

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titre

Cauliflower fractal forms arise from perturbations of floral gene networks

auteur

Eugenio Azpeitia, Gabrielle Tichtinsky, Marie Le Masson, Antonio Serrano-Mislata, Jérémy Lucas, Veronica Gregis, Carlos Gimenez, Nathanaël Prunet, Etienne Farcot, Martin Kater, Desmond Bradley, Francisco Madueño, Christophe Godin, Francois Parcy

article

Science, 2021, 373 (6551), pp.192-197. ⟨10.1126/science.abg5999⟩

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titre

Organ geometry channels reproductive cell fate in the Arabidopsis ovule primordium

auteur

Elvira Hernandez-Lagana, Gabriella Mosca, Ethel Mendocilla-Sato, Nuno Pires, Anja Frey, Alejandro Giraldo-Fonseca, Caroline Michaud, Ueli Grossniklaus, Olivier Hamant, Christophe Godin, Arezki Boudaoud, Daniel Grimanelli, Daphné Autran, Célia Baroux

article

eLife, 2021, 10, pp.e66031. ⟨10.7554/eLife.66031⟩

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titre

A network of transcriptional repressors modulates auxin responses.

auteur

Jekaterina Truskina, Jingyi Han, Elina Chrysanthou, Carlos Galvan-Ampudia, Stéphanie Lainé, Geraldine Brunoud, Julien Macé, Simon Bellows, Jonathan Legrand, Anne-Maarit Bågman, Margot Smit, Ondrej Smetana, Arnaud Stigniani, Silvana Porco, Malcom J. Bennett, Ari Pekka Mähönen, Francois Parcy, Etienne Farcot, François Roudier, Siobhan M Brady, Anthony Bishopp, Teva Vernoux

article

Nature, 2021, 589 (7840), pp.116-119. ⟨10.1038/s41586-020-2940-2⟩

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Preprints, Working Papers, ...

titre

Endosperm turgor pressure both promotes and restricts seed growth and size

auteur

Audrey Creff, Olivier Ali, Vincent Bayle, Gwyneth Ingram, Benoit Landrein

article

2021

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titre

A quantitative gibberellin signalling biosensor reveals a role for gibberellins in internode specification at the shoot apical meristem

auteur

Teva Vernoux, Bihai Shi, Amelia Felipo-Benavent, Guillaume Cerutti, Carlos Galvan-Ampudia, Lucas Jilli, Geraldine Brunoud, Jérome Mutterer, Lali Sakvarelidze-Achard, Jean-Michel Davière, Alejandro Navarro-Galiano, Ankit Walia, Shani Lazary, Jonathan Legrand, Roy Weinstein, Alexander Jones, Salomé Prat, Patrick Achard

article

2021

Accès au bibtex

titre

Dandelion pappus morphing is actuated by radially patterned material swelling

auteur

Madeleine Seale, Annamaria Kiss, Simone Bovio, Ignazio Maria Viola, Enrico Mastropaolo, Arezki Boudaoud, Naomi Nakayama

article

2021

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2020

Journal articles

titre

Gradient in cytoplasmic pressure in germline cells controls overlying epithelial cell morphogenesis

auteur

Laurie-Anne Lamiré, Pascale Milani, Gaël Runel, Annamaria Kiss, Leticia Arias, Blandine Vergier, Stève de Bossoreille, Pradeep Das, David Cluet, Arezki Boudaoud, Muriel Grammont

article

PLoS Biology, 2020, 18 (11), pp.e3000940. ⟨10.1371/journal.pbio.3000940⟩

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titre

Phyllotaxis as geometric canalization during plant development

auteur

Christophe Godin, Christophe Golé, Stéphane Douady

article

Development (Cambridge, England), 2020, 147 (19), pp.1-45. ⟨10.1242/dev.165878⟩

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titre

Contact area-dependent cell communication and the morphological invariance of ascidian embryogenesis

auteur

Léo Guignard, Ulla-Maj Fiuza, Bruno Leggio, Julien Laussu, Emmanuel Faure, Gaël Michelin, Kilian Biasuz, Lars Hufnagel, Grégoire Malandain, Christophe Godin, Patrick Lemaire

article

Science, 2020, 369 (6500), pp.158. ⟨10.1126/science.aar5663⟩

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titre

Skeletonization of Plant Point Cloud Data Using Stochastic Optimization Framework

auteur

Ayan Chaudhury, Christophe Godin

article

Frontiers in Plant Science, 2020, 11, ⟨10.3389/fpls.2020.00773⟩

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titre

Temporal integration of auxin information for the regulation of patterning

auteur

Carlos Galvan-Ampudia, Guillaume Cerutti, Jonathan Legrand, Geraldine Brunoud, Raquel Martin Arevalillo, Romain Azaïs, Vincent Bayle, Steven Moussu, Christian Wenzl, Yvon Jaillais, Jan U Lohmann, Christophe Godin, Teva Vernoux

article

eLife, 2020, 9, ⟨10.7554/eLife.55832⟩

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titre

The Weight Function in the Subtree Kernel is Decisive

auteur

Romain Azaïs, Florian Ingels

article

Journal of Machine Learning Research, 2020, 21, pp.1-36

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titre

Cellular Heterogeneity in Pressure and Growth Emerges from Tissue Topology and Geometry

auteur

Yuchen Long, Ibrahim Cheddadi, Gabriella Mosca, Vincent Mirabet, Mathilde Dumond, Annamaria Kiss, Jan Traas, Christophe Godin, Arezki Boudaoud

article

Current Biology - CB, 2020, 30 (8), pp.1504-1516.e8. ⟨10.1016/j.cub.2020.02.027⟩

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titre

Sugar availability suppresses the auxin-induced strigolactone pathway to promote bud outgrowth

auteur

Jessica Bertheloot, Francois Barbier, Fréderic Boudon, Maria Dolores Perez-Garcia, Thomas Peron, Sylvie Citerne, Elizabeth Dun, Christine Beveridge, Christophe Godin, Soulaiman Sakr

article

New Phytologist, 2020, 225 (2), pp.866-879. ⟨10.1111/nph.16201⟩

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titre

Cortical tension overrides geometrical cues to orient microtubules in confined protoplasts

auteur

Leia Colin, Antoine Chevallier, Satoru Tsugawa, Florian Gacon, Christophe Godin, Virgile Viasnoff, Timothy Saunders, Olivier Hamant

article

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2020, 117 (51), pp.32731-32738. ⟨10.1073/pnas.2008895117⟩

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titre

Microtubule-Mediated Wall Anisotropy Contributes to Leaf Blade Flattening

auteur

Feng Zhao, Fei Du, Hadrien Oliveri, Lüwen Zhou, Olivier Ali, Wenqian Chen, Shiliang Feng, Qingqing Wang, Shouqin Lü, Mian Long, René Schneider, Arun Sampathkumar, Christophe Godin, Jan Traas, Yuling Jiao

article

Current Biology - CB, 2020, 30 (20), pp.3972. ⟨10.1016/j.cub.2020.07.076⟩

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2019

Journal articles

titre

Introduction

auteur

Mark Alber, Christophe Godin, Philip K. Maini, Roeland M.H. Merks, Eric Mjolsness

article

Bulletin of Mathematical Biology, 2019, pp.3214-3218. ⟨10.1007/s11538-019-00649-2⟩

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titre

Treex : a Python package for manipulating rooted trees

auteur

Romain Azaïs, Guillaume Cerutti, Didier Gemmerlé, Florian Ingels

article

Journal of Open Source Software, 2019, 4 (38), pp.1-2. ⟨10.21105/joss.01351⟩

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titre

Estimation of the average number of continuous crossings for non-stationary non-diffusion processes

auteur

Romain Azaïs, Alexandre Genadot

article

Journal of Statistical Planning and Inference, 2019, 198, pp.119-138. ⟨10.1016/j.jspi.2018.04.002⟩

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titre

Simulating Turgor-Induced Stress Patterns in Multilayered Plant Tissues

auteur

Olivier Ali, Hadrien Oliveri, Jan Traas, Christophe Godin

article

Bulletin of Mathematical Biology, 2019, 81 (8), pp.1-23. ⟨10.1007/s11538-019-00622-z⟩

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titre

Inference for conditioned Galton-Watson trees from their Harris path

auteur

Romain Azaïs, Alexandre Genadot, Benoît Henry

article

ALEA : Latin American Journal of Probability and Mathematical Statistics, 2019, 16 (1), pp.1-45. ⟨10.30757/ALEA.v16-21⟩

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titre

Nearest embedded and embedding self-nested trees

auteur

Romain Azaïs

article

Algorithms, 2019, 12 (9), pp.1-16. ⟨10.3390/a12090180⟩

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titre

Regulation of plant cell wall stiffness by mechanical stress: a mesoscale physical model

auteur

Hadrien Oliveri, Jan J. Traas, Christophe Godin, Olivier Ali

article

Journal of Mathematical Biology, 2019, 78 (3), pp.625-653. ⟨10.1007/s00285-018-1286-y⟩

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titre

Light Regulation of Axillary Bud Outgrowth Along Plant Axes: An Overview of the Roles of Sugars and Hormones

auteur

Anne Schneider, Christophe Godin, Frédéric Boudon, Sabine Demotes-Mainard, Soulaiman Sakr, Jessica Bertheloot

article

Frontiers in Plant Science, 2019, 10, pp.1-17. ⟨10.3389/fpls.2019.01296⟩

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titre

MorphoNet: an interactive online morphological browser to explore complex multi-scale data

auteur

Bruno Leggio, Julien Laussu, Axel Carlier, Christophe Godin, Patrick Lemaire, Emmanuel Faure

article

Nature Communications, 2019, 10 (2812), pp.1-8. ⟨10.1038/s41467-019-10668-1⟩

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Preprints, Working Papers, ...

titre

Coupling water fluxes with cell wall mechanics in a multicellular model of plant development: Supplementary info for the main article

auteur

Ibrahim Cheddadi, Michel Génard, Nadia Bertin, Christophe Godin

article

2019

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2018

Journal articles

titre

Transcriptional induction of cell wall remodelling genes is coupled to microtubule-driven growth isotropy at the shoot apex in Arabidopsis

auteur

Alessia Armezzani, Ursula Abad, Olivier Ali, Amélie Andres Robin, Laetitia Vachez, Antoine Larrieu, Ewa Mellerowicz, Ludivine Taconnat, Virginie Battu, Thomas Stanislas, Mengying Liu, Teva Vernoux, Jan Traas, Massimiliano Sassi

article

Development (Cambridge, England), 2018, 145 (11), ⟨10.1242/dev.162255⟩

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titre

Bark and Leaf Fusion Systems to Improve Automatic Tree Species Recognition

auteur

Sarah Bertrand, Rihab Ben Ameur, Guillaume Cerutti, Didier Coquin, Lionel Valet, Laure Tougne

article

Ecological Informatics, 2018, ⟨10.1016/j.ecoinf.2018.05.007⟩

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titre

An image analysis pipeline to quantify emerging cracks in materials or adhesion defects in living tissues

auteur

Stéphane Verger, Guillaume Cerutti, Olivier Hamant

article

Bio-protocol , 2018, 8 (19), pp.1-16. ⟨10.21769/BioProtoc.3036⟩

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titre

An Image Analysis Pipeline to Quantify Emerging Cracks in Materials or Adhesion Defects in Living Tissues

auteur

Stéphane Verger, Guillaume Cerutti, Olivier Hamant

article

Bio-protocol , 2018, 8 (19)

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Book sections

titre

Rupture detection in fatigue crack propagation

auteur

Romain Azaïs, Anne Gégout-Petit, Florine Greciet

article

Romain Azaïs; Florian Bouguet. Statistical Inference for Piecewise-deterministic Markov Processes, Wiley, pp.173-207, 2018, 978-1-786-30302-8. ⟨10.1002/9781119507338.ch6⟩

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titre

Level Crossings and Absorption of an Insurance Model

auteur

Romain Azaïs, Alexandre Genadot

article

Romain Azaïs; Florian Bouguet. Statistical Inference for Piecewise-deterministic Markov Processes, Wiley, pp.65-105, 2018, 978-1-786-30302-8. ⟨10.1002/9781119507338.ch3⟩

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Preprints, Working Papers, ...

titre

From spatio-temporal morphogenetic gradients to rhythmic patterning at the shoot apex

auteur

Carlos Galvan-Ampudia, Guillaume Cerutti, Jonathan Legrand, Romain Azaïs, Geraldine Brunoud, Steven Moussu, Christian Wenzl, Jan U Lohmann, Christophe Godin, Teva Vernoux

article

2018

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