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POURQUOI "VOULOIR" UTILISER LA PCR POUR LA RECHERCHE DE BACTERIES?

La PCR présente un certain nombre d'avantages ... et un certain nombre d'inconvénients par rapport aux techniques classiques (et de référence), utilisées dans la recherche et l'identification des bactéries. Que ce soit en milieu hospitalier, en écologie des sols, en archéologie etc., il ne s'agit pas de "vouloir" absolument utiliser la PCR, ni même remplacer les techniques traditionnelles. Il s'agit simplement d'effectuer quelques comparaisons très théoriques afin d'expliquer pourquoi, dans certains cas la PCR peut compléter très efficacement les techniques classiques. N'hésitez pas à vous exprimer sur le sujet.

Introduction
Quelques raisons rapidement (Chacune d'entre-elle pourra être discutée et approfondie en fonction de vos souhaits).

Introduction
L'un des buts de la microbiologie est l'identification et la classification des microorganismes en groupes d'affinité (taxons), afin de mieux appréhender leur extraordinaire diversité.
L'approche diagnostique concerne la détection d'un germe connu dans un prélèvement éventuellement polymicrobien (produit pathologique tel que des selles ou un pus)
L'approche taxonomique concerne l'identification et la classification de microorganismes, éventuellement inconnus.
Les deux approches utilisent des techniques de "recherche" des microorganismes.

Les techniques d'identification ainsi que les critères de classification mis à la disposition des microbiologistes évoluent sans cesse.
Le développement des techniques de biologie moléculaire a, en particulier, introduit de nouveaux critères d'identification basés sur l'étude de la présence de certains gènes, sur l'étude de leur séquence etc. L'extrème variété des génomes a permi la différenciation de germes jusqu'alors confondus, de définir des gènes ou des séquences d'ADN spécifiques (facteurs de virulences particuliers, résistance à une famille d'antibiotique etc.).

L'application des méthodes de biologie moléculaire au diagnostic classique se heurte principalement à un problème de sensibilité : les acides nucléiques bactériens sont souvent présents en trop faibles quanttés. Les techniques d'amplification telle que la PCR peuvent parfois permettre de contourner ce problème de sensibilité.

Quelques raisons rapidement

	LES TECHNIQUES DITES TRADITIONNELLES D'IDENTIFICATION Sans entrer dans les détails, pour identifier une bactérie dans un prélèvement il faut : - d'abord l'obtenir en culture pure (l'isoler des autres germes éventuellement présents dans le prélèvement), - puis déterminer certains de ses caractères morphologiques, biochimiques, antigéniques et culturaux. Les techniques traditionnelles d'identification des bactéries souffrent de certaines limitations : - existence de bactéries non cultivables de façon traditionnelle au laboratoire - importants délais (parfois plusieurs jours) imposés par la culture des microorganismes - nécessité d'un personnel spécialisé, elles sont difficilement automatisables.
	LA PCR DANS LE DIAGNOSTIC BACTÉRIOLOGIQUE La technique de PCR est a priori - très sensible; elle peut dans certains cas s'appliquer directement à l'échantillon à analyser, supprimant ainsi les délais de mise en culture et les problèmes liés aux germes non cultivables - très spécifique; elle reste (et cela peut, par contre, être considéré comme inconvénient), une démarche orientée, pour le moment disponible pour un nombre restreint de microorganismes - beaucoup plus rapide et automatisable.
	L'IDENTIFICATION FINALE Elle consiste à donner la position taxonomique de la bactérie. Mais, en pratique, ce n'est pas l'information la plus intéressante. Un médecin s'intéressera plus particulièrement au potentiel pathogène d'une bactérie (expression de facteurs de virulences, résistance à des antibiotiques). Ces informations, leur fiabilité ainsi que le délai nécessaire pour les obtenir sont aussi des critères importants pour évaluer.
	Comparaison (très théorique) des méthodes classiques d'identification des bactéries avec une approche par PCR. Les techniques traditionnelles d'identification des bactéries servent encore, la plupart du temps, de techniques de référence. Dans certains cas elles sont avantageusement remplacées et/ou complétées par la PCR

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