Epigénétique, chromatine et développement

Les membres de l'équipe

Personnel du RDP

François ROUDIER

francois.roudier
(33) 4 72 72 86 04
PU ENS
Publications

Annick DUBOIS

annick.dubois
(33) 4 72 72 14 76
CR1 INRA
Publications

Aurélie VIALETTE

aurelie.vialette
(33) 4 72 72 14 79
PRAG ENS
Publications

Virginie BATTU

virginie.battu
(33) 4 72 72 86 07
AI UCBL
Publications

Daniel BOUYER

daniel.bouyer
(33) 4 72 72 86 11
CRN CNRS
Publications

Laëtitia De Faria

laetitia.de_faria
Doctorante

Nathalie MATHY-FRANCHET

nathalie.mathy-franchet
(33) 4 72 72 86 11
AI CNRS

Valentin_Bernard

valentin.bernard
Doctorant

Nos publications

Publications HAL du labo/EPI 1001887;772

2025

Journal articles

titre: Polycomb Repressive Complex 2 facilitates the transition from heterotrophy to photoautotrophy during seedling emergence
auteur: Naseem Samo, María Guadalupe Trejo-Arellano, Lenka Gahurová, Alexander Erban, Alina Ebert, Quentin Rivière, Jiří Kubásek, Fatemeh Aflaki, Helena Hönig Mondeková, Armin Schlereth, Annick Dubois, Mingxi Zhou, Ondřej Novák, Jiří Šantrůček, Daniel Bouyer, Francois Roudier, Joachim Kopka, Iva Mozgová
article: The Plant cell, 2025, ⟨10.1093/plcell/koaf148⟩
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titre: Synthetic deconvolution of an auxin-dependent transcriptional code
auteur: Raquel Martin-Arevalillo, Bruno Guillotin, Jonas Schön, Alice Hugues, Marie-France Gerentes, Jeremy Lucas, Emmanuel Thevenon, Graeme Vissers, Mohammed Mohammed Ateequr, Carlos Galvan-Ampudia, Guillaume Cerutti, Jonathan Legrand, Coralie Cancé, Annick Dubois, François Parcy, Kenneth D. Birnbaum, Matias D Zurbriggen, Renaud Dumas, François Roudier, Teva Vernoux
article: Cell, 2025, 188 (11), ⟨10.1016/j.cell.2025.03.028⟩
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2024

Journal articles

titre: MIR164B ensures robust Arabidopsis leaf development by compensating for compromised POLYCOMB REPRESSIVE COMPLEX2 function
auteur: Aude Maugarny, Aurélie Vialette, Bernard Adroher, Anne-Sophie Sarthou, Nathalie Mathy-Franchet, Marianne Azzopardi, Antoine Nicolas, François Roudier, Patrick Laufs
article: The Plant cell, 2024, ⟨10.1093/plcell/koae260⟩
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Preprints, Working Papers, ...

titre: PRC2 facilitates the transition from heterotrophy to photoautotrophy during seedling emergence
auteur: Naseem Samo, María Guadalupe Trejo-Arellano, Lenka Gahurová, Alexander Erban, Alina Ebert, Quentin Rivière, Jiří Kubásek, Fatemeh Aflaki, Helena Hönig Mondeková, Armin Schlereth, Annick Dubois, Mingxi Zhou, Ondřej Novák, Jiří Šantrůček, Daniel Bouyer, Franҫois Roudier, Joachim Kopka, Iva Mozgová
article: 2024
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2023

Journal articles

titre: The Arabidopsis transcription factor NLP2 regulates early nitrate responses and integrates nitrate assimilation with energy and carbon skeleton supply
auteur: Mickaël Durand, Virginie Brehaut, Gilles Clement, Zsolt Kelemen, Julien Macé, Regina Feil, Garry Duville, Alexandra Launay-Avon, Christine Paysant-Le Roux, John Lunn, François Roudier, Anne Krapp
article: The Plant cell, 2023, 35 (5), pp.1429-1454. ⟨10.1093/plcell/koad025⟩
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Preprints, Working Papers, ...

titre: Compensation of compromised PRC2 regulation by a miRNA ensures robustness of Arabidopsis leaf development
auteur: Aude Maugarny, Aurélie Vialette, Bernard Adroher, Nathalie Mathy-Franchet, François Roudier, Patrick Laufs
article: 2023
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2021

Journal articles

titre: Deciphering Plant Chromatin Regulation via CRISPR/dCas9-Based Epigenome Engineering
auteur: Annick Dubois, François Roudier
article: Epigenomes, 2021, 5 (3), pp.17. ⟨10.3390/epigenomes5030017⟩
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titre: Editorial overview: Multifaceted dynamics and countless shades of green chromatin
auteur: Mary Gehring, François Roudier
article: Current Opinion in Plant Biology, 2021, 61, pp.102079. ⟨10.1016/j.pbi.2021.102079⟩
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titre: A network of transcriptional repressors modulates auxin responses.
auteur: Jekaterina Truskina, Jingyi Han, Elina Chrysanthou, Carlos Galvan-Ampudia, Stéphanie Lainé, Geraldine Brunoud, Julien Macé, Simon Bellows, Jonathan Legrand, Anne-Maarit Bågman, Margot Smit, Ondrej Smetana, Arnaud Stigniani, Silvana Porco, Malcom J. Bennett, Ari Pekka Mähönen, Francois Parcy, Etienne Farcot, François Roudier, Siobhan M Brady, Anthony Bishopp, Teva Vernoux
article: Nature, 2021, 589 (7840), pp.116-119. ⟨10.1038/s41586-020-2940-2⟩
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2020

Journal articles

titre: Mitotic Inheritance of PRC2-Mediated Silencing: Mechanistic Insights and Developmental Perspectives
auteur: Alice Hugues, Chean Sern Jacobs, François Roudier
article: Frontiers in Plant Science, 2020, 11, ⟨10.3389/fpls.2020.00262⟩
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titre: ChIP-seq and RNA-seq for complex and low-abundance tree buds reveal chromatin and expression co-dynamics during sweet cherry bud dormancy
auteur: Noémie Vimont, Fu Xiang Quah, David Guillaume Schöpfer, François Roudier, Elisabeth Dirlewanger, Philip A. Wigge, Bénédicte Wenden, Sandra Cortijo
article: Tree Genetics and Genomes, 2020, 16 (1), pp.9. ⟨10.1007/s11295-019-1395-9⟩
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2019

Journal articles

titre: Histone acetylation orchestrates wound-induced transcriptional activation and cellular reprogramming in Arabidopsis
auteur: Bart Rymen, Ayako Kawamura, Alice Lambolez, Soichi Inagaki, Arika Takebayashi, Akira Iwase, Yuki Sakamoto, Kaori Sako, David Favero, Momoko Ikeuchi, Takamasa Suzuki, Motoaki Seki, Tetsuji Kakutani, François Roudier, Keiko Sugimoto
article: Communications Biology, 2019, 2, ⟨10.1038/s42003-019-0646-5⟩
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titre: The m 6 A pathway protects the transcriptome integrity by restricting RNA chimera formation in plants
auteur: Dominique Pontier, Claire Picart, Moaine El Baidouri, François Roudier, Tao Xu, Sylvie Lahmy, Christel Llauro, Jacinthe Azevedo, Michèle Laudié, Aurore Attina, Christophe Hirtz, Marie-Christine Carpentier, Lisha Shen, Thierry Lagrange
article: Life Science Alliance, 2019, 2 (3), pp.e201900393. ⟨10.26508/lsa.201900393⟩
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Preprints, Working Papers, ...

titre: ChIP-seq and RNA-seq for complex and low-abundance tree buds reveal chromatin and expression co-dynamics during sweet cherry bud dormancy
auteur: Noémie Vimont, Fu Xiang Quah, David Guillaume-Schöpfer, François Roudier, Elisabeth Dirlewanger, Philip A. Wigge, Bénédicte Wenden, Sandra Cortijo
article: 2019
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2018

Book sections

titre: Cell Type-Specific Profiling of Chromatin Modifications and Associated Proteins
auteur: Ana Karina Morao, Erwann E. Caillieux, Vincent Colot, François Roudier
article: Plant Chromatin Dynamics, pp.111-130, 2018, ⟨10.1007/978-1-4939-7318-7_8⟩
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titre: Chromatin Immunoprecipitation Sequencing (ChIP-Seq) for Transcription Factors and Chromatin Factors in Arabidopsis thaliana Roots: From Material Collection to Data Analysis
auteur: Sandra S. Cortijo, Varodom Charoensawan, François Roudier, Philip A. Wigge
article: Root Development, pp.231-248, 2018, ⟨10.1007/978-1-4939-7747-5_18⟩
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2017

Journal articles

titre: Epigenetic memory and cell fate reprogramming in plants
auteur: Kenneth D. Birnbaum, François Roudier
article: Regeneration, 2017, 4 (1), pp.15-20. ⟨10.1002/reg2.73⟩
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2016

Journal articles

titre: A versatile Multisite Gateway-compatible promoter and transgenic line collection for cell type-specific functional genomics in Arabidopsis
auteur: Maria Mar Marquès-Bueno, Ana K. Morao, Anne Cayrel, Matthieu P. Platre, Marie Barberon, Erwann Caillieux, Vincent Colot, Yvon Jaillais, François Roudier, Grégory Vert
article: The Plant Journal, 2016, 85 (2), pp.320--333. ⟨10.1111/tpj.13099⟩
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À propos de notre équipe

Les travaux menés au sein de l’équipe EpiCDev visent à comprendre comment les régulations épigénétiques façonnent les programmes de développement chez les plantes, en particulier au niveau de la différenciation cellulaire. Pour comprendre comment la dynamique de la chromatine permet aux cellules de répondre de manière sélective aux signaux développementaux et environnementaux, nous mettons en oeuvre des approches innovantes et multi-échelles chez la plante à fleurs Arabidopsis thaliana et la mousse Physcomitrium patens.

Nos principaux axes de recherche portent sur :

La régulation de la transcription par les complexes Polycomb PRC2
L’influence de l’état chromatinien sur l’activité des facteurs de transcription
Le rôle de la méthylation de l’ADN sur la fertilité mâle et le succès reproducteur

En complément de ces activités de recherche, nous sommes activement engagés dans la formation et la médiation scientifique afin de mieux faire connaître le rôle de la biologie végétale dans la réponse aux grands défis globaux.

Axe de recherche 1 : Fonctions méristématiques et développementales de PRC2
Nous étudions comment l’activité des complexes répressifs PRC2 modulent l’expression des gènes lors de l’embryogenèse et de la rhizogenèse chez Arabidopsis ainsi qu’au cours du développement de la mousse Physcomitrium.

Axe de recherche 2 : Interface chromatine et facteurs de transcription
Cet axe, principalement mené de façon collaborative, étudie comment l’organisation de l’épigénome influence l’accès des facteurs de transcription à l’ADN, modulant ainsi les réponses transcriptionnelles aux signaux environnementaux et développementaux.

Axe de recherche 3 : Méthylation de l’ADN et fertilité mâle
Nous analysons comment la déméthylation active de l’ADN contribuent au succès reproducteur en régulant des gènes essentiels à la fonction du pollen et à la fertilité mâle chez Arabidopsis.

Les membres de l'équipe	.
François Roudier	Professeur ENS (Co-group leader)
Daniel Bouyer	Chargé de Recherche CNRS (Co-group leader)
Annick Dubois	Chargée de Recherche INRAe
Nathalie Franchet-Mathy	Assistante Ingénieure CNRS
Virginie Battu	Technicienne de Recherche UCBL
Laëtitia De Faria	Doctorante (ED bmic)
Valentin Bernard	Doctorant (ED BMIC)

Alumni

Doctorants et doctorantes - Post-doctorants et post-doctorantes
Chean Sern Jacobs (doctorant ED bmic)
Nicolas Dalle (Doctorant, ED bmic & ATER UCBL)
Alice Hugues (Doctorante, ED bmic)
Aurélie Vialette (Agrégée Préparatrice ENS - postdoc)

Support bioinformatique
Julia Buttin (IE bioinfo CDD ENS)
Julien Macé (IE Bioinfo CDD ENS)
Jérémy Just (40%) (IR bioinfo CNRS)
Bertrand Huguenin-Bizot (Ingénieur d’études bioinfo CDD CNRS)

Support biologie moléculaire et cellulaire
Marie France Gérentes (IE CDD ENS)

Stagiaires
Allan Bernard (M2 ENS)
Mohammad Muhieddine (M2 ENS)
Tristan Conot (L3 ENS)
Goeffrey Schivre (M1 U. Montpellier)
Alice Hugues (M2 ENS)
Marie Biharé (M1 U. Lille)
Laure Cuby (ESTBB Lyon)
Lucas Auroux (M2 U. Strasbourg)
Emma Désert (M1 UCBL1)
Colline Richard (L3 ENS)
Marjorie Sublet (ESTBB)
Mattéo Veyre (Sup Biotech)
Aleksandra Lefevre (M1 ENS)

Françoise Monéger (DR CNRS, Retraitée)

Articles de cette rubrique

Epigénétique, chromatine et développement
18 juillet 2019, par yfesseli

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