Équipes de recherche
- Développement de la graine
- Epigénétique, chromatine et développement
- Evolution et développement de la fleur
- Méchanotransduction et développement
- Morphogénèse florale
- Signalisation cellulaire et endomembranes
- Signalisation hormonale et développement
- MOrphogenesis Simulation and Analysis In siliCo (MOSAIC)
François ROUDIER
francois.roudier
(33) 4 72 72 86 04
PU ENS
Publications
Annick DUBOIS
annick.dubois
(33) 4 72 72 14 76
CR1 INRA
Publications
Françoise MONEGER
francoise.moneger
(33) 4 72 72 89 85
DR2 CNRS
Publications
Aurélie VIALETTE
aurelie.vialette
(33) 4 72 72 14 79
AGPR ENS
Virginie BATTU
virginie.battu
(33) 4 72 72 86 07
TR UCBL
Alice HUGUES
alice.hugues
Doctorante
Bertrand HUGUENIN-BIZOT
bertrand.huguenin-bizot
IE CNRS
Daniel BOUYER
daniel.bouyer
(33) 4 72 72 86 11
CRN CNRS
Publications
Jérémy JUST
jeremy.just
(33)4 72 72 86 11
IR CNRS
Publications
Marie France GERENTES
marie-france.gerentes
(33) 4 72 72 14 77
AI ENS CDD
Nathalie MATHY-FRANCHET
nathalie.mathy-franchet
(33) 4 72 72 86 11
AI CNRS
Nicolas DALLE
nicolas.dalle
(33) 4 26 73 14 72
Doctorant
2023
Journal articles
- titre
- The Arabidopsis transcription factor NLP2 regulates early nitrate responses and integrates nitrate assimilation with energy and carbon skeleton supply
- auteur
- Mickaël Durand, Virginie Brehaut, Gilles Clement, Zsolt Kelemen, Julien Macé, Regina Feil, Garry Duville, Alexandra Launay-Avon, Christine Paysant-Le Roux, John Lunn, François Roudier, Anne Krapp
- article
- The Plant cell, 2023, ⟨10.1093/plcell/koad025⟩
- Accès au bibtex
-
2021
Journal articles
- titre
- Deciphering Plant Chromatin Regulation via CRISPR/dCas9-Based Epigenome Engineering
- auteur
- Annick Dubois, François Roudier
- article
- Epigenomes, 2021, 5 (3), pp.17. ⟨10.3390/epigenomes5030017⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- A network of transcriptional repressors modulates auxin responses.
- auteur
- Jekaterina Truskina, Jingyi Han, Elina Chrysanthou, Carlos Galvan-Ampudia, Stéphanie Lainé, Geraldine Brunoud, Julien Macé, Simon Bellows, Jonathan Legrand, Anne-Maarit Bågman, Margot Smit, Ondrej Smetana, Arnaud Stigniani, Silvana Porco, Malcom J. Bennett, Ari Pekka Mähönen, Francois Parcy, Etienne Farcot, François Roudier, Siobhan M Brady, Anthony Bishopp, Teva Vernoux
- article
- Nature, 2021, 589 (7840), pp.116-119. ⟨10.1038/s41586-020-2940-2⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
2020
Journal articles
- titre
- Mitotic Inheritance of PRC2-Mediated Silencing: Mechanistic Insights and Developmental Perspectives
- auteur
- Alice Hugues, Chean Sern Jacobs, François Roudier
- article
- Frontiers in Plant Science, 2020, 11, ⟨10.3389/fpls.2020.00262⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- ChIP-seq and RNA-seq for complex and low-abundance tree buds reveal chromatin and expression co-dynamics during sweet cherry bud dormancy
- auteur
- Noémie Vimont, Fu Xiang Quah, David Guillaume Schöpfer, François Roudier, Elisabeth Dirlewanger, Philip A. Wigge, Bénédicte Wenden, Sandra Cortijo
- article
- Tree Genetics and Genomes, 2020, 16 (1), pp.9. ⟨10.1007/s11295-019-1395-9⟩
- Accès au bibtex
-
2019
Journal articles
- titre
- Histone acetylation orchestrates wound-induced transcriptional activation and cellular reprogramming in Arabidopsis
- auteur
- Bart Rymen, Ayako Kawamura, Alice Lambolez, Soichi Inagaki, Arika Takebayashi, Akira Iwase, Yuki Sakamoto, Kaori Sako, David Favero, Momoko Ikeuchi, Takamasa Suzuki, Motoaki Seki, Tetsuji Kakutani, François Roudier, Keiko Sugimoto
- article
- Communications Biology, 2019, 2, ⟨10.1038/s42003-019-0646-5⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Preprints, Working Papers, ...
- titre
- ChIP-seq and RNA-seq for complex and low-abundance tree buds reveal chromatin and expression co-dynamics during sweet cherry bud dormancy
- auteur
- Noémie Vimont, Fu Xiang Quah, David Guillaume-Schöpfer, François Roudier, Elisabeth Dirlewanger, Philip A. Wigge, Bénédicte Wenden, Sandra Cortijo
- article
- 2019
- Accès au texte intégral et bibtex
-
2018
Book sections
- titre
- Cell Type-Specific Profiling of Chromatin Modifications and Associated Proteins
- auteur
- Ana Karina Morao, Erwann E. Caillieux, Vincent Colot, François Roudier
- article
- Plant Chromatin Dynamics, pp.111-130, 2018, ⟨10.1007/978-1-4939-7318-7_8⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Chromatin Immunoprecipitation Sequencing (ChIP-Seq) for Transcription Factors and Chromatin Factors in Arabidopsis thaliana Roots: From Material Collection to Data Analysis
- auteur
- Sandra S. Cortijo, Varodom Charoensawan, François Roudier, Philip A. Wigge
- article
- Root Development, pp.231-248, 2018, ⟨10.1007/978-1-4939-7747-5_18⟩
- Accès au bibtex
-
2017
Journal articles
- titre
- Epigenetic memory and cell fate reprogramming in plants
- auteur
- Kenneth D. Birnbaum, François Roudier
- article
- Regeneration, 2017, 4 (1), pp.15-20. ⟨10.1002/reg2.73⟩
- Accès au bibtex
-
2016
Journal articles
- titre
- Transcriptional Regulation of Arabidopsis Polycomb Repressive Complex 2 Coordinates Cell-Type Proliferation and Differentiation
- auteur
- Miguel De Lucas, Li Pu, Gina Turco, Allison Gaudinier, Ana Karina Morao, Hirofumi Harashima, Dahae Kim, Mily Ron, Keiko Sugimoto, François Roudier, Siobhan M. Brady
- article
- The Plant cell, 2016, 28 (10), pp.2616-2631. ⟨10.1105/tpc.15.00744⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Emerging concepts in chromatin-level regulation of plant cell differentiation: timing, counting, sensing and maintaining
- auteur
- Ana Karina Morao, Daniel Bouyer, François Roudier
- article
- Current Opinion in Plant Biology, 2016, 34, pp.27-34. ⟨10.1016/j.pbi.2016.07.010⟩
- Accès au bibtex
-
Notre équipe s’intéresse à l’une des questions centrales de la biologie qui est de comprendre comment les cellules acquièrent et maintiennent des identités et fonctionnalités distinctes au cours du développement. Si l’identité cellulaire est largement dictée par le profil transcriptionnel résultant de l’activité de facteurs de transcription spécifiques, la robustesse de cet état dépend du contexte chromatinien dans lequel agissent ces facteurs. Ainsi la progression d’une cellule au travers de stades de différenciation successifs, depuis les cellules souches jusqu’aux cellules matures, est guidée par des changements de programmes transcriptionnels régulés via une interaction bidirectionnelle entre facteurs de transcription et organisation chromatinienne.
Afin de comprendre comment la dynamique de l’épigénome permet aux cellules de répondre sélectivement aux signaux développementaux et environnementaux, nous développons des approches complémentaires visant à caractériser l’impact des mécanismes chromatiniens et processus épigénétiques dans la régulation de la différenciation cellulaire au sein des méristèmes apicaux d’Arabidopsis. Nous portons un intérêt particulier aux voies de répression transcriptionnelle associées aux complexes formés par les protéines du groupe Polycomb (PcG).
Trois axes de recherche, inclus dans une démarche intégrée combinant des approches génétiques, moléculaires et génomiques à résolution cellulaire ainsi que d’imagerie, sont développés dans le but de :
– caractériser la dynamique de l’épigénome au cours de la différenciation et révéler le rôle spécifique de régulateurs chromatiniens dans le fonctionnement des niches de cellules souches, la spécification du destin cellulaire et le maintien de l’identité cellulaire.
– déterminer l’impact de la dynamique des états chromatiniens sur le répertoire des cibles de facteurs de transcription (et vice-versa) au sein de différentes populations cellulaires.
– évaluer comment la variation épigénomique contribue à façonner les programmes développementaux au cours de l’évolution.
| Les membres de l'équipe | . |
| François Roudier | Professeur ENS (Group leader) |
| Daniel Bouyer | Chargé de Recherche CNRS (co-group leader) |
| Françoise Monéger | Directrice de Recherche CNRS |
| Annick Dubois | Chargée de Recherche INRA |
| Nathalie Franchet-Mathy | Assistante Ingénieure CNRS |
| Virginie Battu | Technicienne de Recherche UCBL |
| Jérémy Just (40%) | Ingénieur de Recherche bioinfo CNRS |
| Aurélie Vialette | Agrégée Préparatrice ENS - postdoc |
| Marie France Gérentes | Ingénieure d’études CDD ENS |
| Bertrand Huguenin-Bizot | Ingénieur d’études bioinfo CDD CNRS |
| Nicolas Dalle | Doctorant (ED bmic) |
| Alice Hugues | Doctorante (ED bmic) |
| Alumni | |
|---|---|
| Allan Bernard | Etudiant M2 ENS |
| Mohammad Muhieddine | Etudiant M2 ENS |
| Tristan Conot | Etudiant L3 ENS |
| Julia Buttin | Ingénieure d’études bioinfo CDD ENS |
| Goeffrey Schivre | Etudiant M1 U. Montpellier |
| Alice Hugues | Etudiante M2 ENS |
| Chean Sern Jacobs | Doctorant (ED bmic) |
| Marie Biharé | Etudiante M1 U. Lille |
| Laure Cuby | Etudiante ESTBB Lyon |
| Lucas Auroux | Etudiant M2 U. Strasbourg |
| Emma Désert | Etudiante M1 UCBL1 |
| Colline Richard | Etudiante L3 ENS |
| Julien Macé | IE Bioinfo ENS |