MOrphogenesis Simulation and Analysis In siliCo (MOSAIC)

Personnel du RDP

Christophe GODIN

christophe.godin
(33) 4 72 72 XX XX
DR INRIA
Publications

Olivier ALI

olivier.ali
(33) 4 72 72 XX XX
CRCN INRIA
Publications

Romain AZAIS

romain.azais
(33) 4 72 72 XX XX
CRCN INRIA
Publications

Annamaria KISS

annamaria.kiss
(33) 4 72 72 89 37
IR INRAE
Publications

Jonathan LEGRAND

jonathan.legrand
(33)4 72 72 86 04
IR CNRS
Publications

Ali FARNUDI

ali.farnudi
Postdoc

André-Claude CLAPSON

andre-claude.clapson
Ingénieur CDD - ANR Hydrofield

Arthur LUCIANI

arthur.luciani
Ingénieur Inria - CDD Naviscope

Corentin BISOT

AMOLF - Amsterdam
Thèse

Elsa GASCON

elsa.gascon
Thèse

Guillaume CERUTTI

guillaume.cerutti
(33) 4 72 72 XX XX
IR INRAe
Publications

Guillaume MESTDAGH

guillaume.mestdagh
Post doc INRIA

Ibrahim CHEDDADI

Université Grenoble Alpes
Enseignant-Chercheur

Jeanne ABITBOL-SPANGARO

jeanne.abitbolspangaro
Thèse

Julien DERR

julien.derr
Professeur ENS
Publications

Karamoko SAMASSA

karamoko.samassa
Ingénieur Inria - CDD Naviscope

Landry DUGUET

landry.duguet
Thèse

Lucie POUPARDIN

lucie.poupardin
Thèse

Manuel PETIT

manuel.petit
Thèse



Publications HAL du labo/EPI 1001887;772

2024

Journal articles

titre
Spatiotemporally distinct responses to mechanical forces shape the developing seed of Arabidopsis
auteur
Amélie Bauer, Olivier Ali, Camille Bied, Sophy Boeuf, Simone Bovio, Adrien Delattre, Gwyneth Ingram, John F Golz, Benoit Landrein
article
EMBO Journal, 2024, Online ahead of print. ⟨10.1038/s44318-024-00138-w⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-04262711/file/Bauer%20et%20al%2C%202024%2C%20EmboJ.pdf BibTex
titre
Detection of common subtrees with identical label distribution
auteur
Romain Azaïs, Florian Ingels
article
Theoretical Computer Science, 2024, 988, ⟨10.1016/j.tcs.2023.114366⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-04171279/file/main.pdf BibTex

Preprints, Working Papers, ...

titre
Riemannian L-systems: Modeling growing forms in curved spaces
auteur
Christophe Godin, Frédéric Boudon
article
2024
Accès au bibtex
https://arxiv.org/pdf/2404.03270 BibTex
titre
Geometry and cell wall mechanics guide early pollen tube growth in Arabidopsis thaliana
auteur
Lucie Riglet, Catherine Quilliet, Christophe Godin, Karin John, Isabelle Fobis-Loisy
article
2024
Accès au bibtex
BibTex
titre
Maximum likelihood estimation for spinal-structured trees
auteur
Romain Azaïs, Benoît Henry
article
2024
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-03109867/file/paper.pdf BibTex

2023

Journal articles

titre
Characterization of random walks on space of unordered trees using efficient metric simulation
auteur
Farah Ben-Naoum, Christophe Godin, Romain Azaïs
article
Discrete Applied Mathematics, 2023, 341, pp.290-307. ⟨10.1016/j.dam.2023.07.028⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-03910080/file/main.pdf BibTex
titre
Multiscale Modeling and Analysis of Growth of Plant Tissues
auteur
Arezki Boudaoud, Annamaria Kiss, Mariya Ptashnyk
article
SIAM Journal on Applied Mathematics, 2023, 83 (6), pp.2354-2389. ⟨10.1137/23M1553315⟩
Accès au bibtex
https://arxiv.org/pdf/2302.08449 BibTex
titre
Expression of cell-wall related genes is highly variable and correlates with sepal morphology
auteur
Diego A Hartasánchez, Annamaria Kiss, Virginie Battu, Charline Soraru, Abigail Delgado-Vaquera, Florian Massinon, Marina Brasó-Vives, Corentin Mollier, Marie-Laure Martin-Magniette, Arezki Boudaoud, Françoise Monéger
article
Peer Community Journal, 2023, 3 (93), ⟨10.24072/pcjournal.327⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-04248384/file/Proofs-10_24072_pcjournal_327_V3.pdf BibTex
titre
Cauliflowers or how the perseverance of a plant to make flowers produces an amazing fractal structure
auteur
Eugenio Azpeitia, François Parcy, Christophe Godin
article
Comptes Rendus. Biologies, 2023, 346 (G1), pp.75-83. ⟨10.5802/crbiol.120⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-04242307/file/Azpeitia-2023-Comptes%20Rendus.%20Biologies.pdf BibTex
titre
Evidence that endosperm turgor pressure both promotes and restricts seed growth and size
auteur
Audrey Creff, Olivier Ali, Camille Bied, Vincent Bayle, Gwyneth Ingram, Benoit Landrein
article
Nature Communications, 2023, 14 (1), pp.67. ⟨10.1038/s41467-022-35542-5⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-03927054/file/Creff%20et%20al%2C%202023%2C%20Nature%20Communications.pdf BibTex
titre
Revisiting the relationship between turgor pressure and plant cell growth
auteur
Olivier Ali, Ibrahim Cheddadi, Benoit Landrein, Yuchen Long
article
New Phytologist, 2023, 238 (1), pp.62-69. ⟨10.1111/nph.18683⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-03918276/file/Ali%20et%20al%20Review%20Turgor%20v3%20Final%20for%20HAL.pdf BibTex

Preprints, Working Papers, ...

titre
Growth directions and stiffness across cell layers determine whether tissues stay smooth or buckle
auteur
Avilash Yadav, Lilan Hong, Patrick Klees, Annamaria Kiss, Xi He, Iselle Barrios, Michelle Heeney, Anabella Maria D. Galang, Richard Smith, Arezki Boudaoud, Adrienne H.K. Roeder
article
2023
Accès au bibtex
BibTex
titre
A mechanohydraulic model supports a role for plasmodesmata in cotton fiber elongation
auteur
Valeria Hernández-Hernández, Olivier Marchand, Annamaria Kiss, Arezki Boudaoud
article
2023
Accès au bibtex
BibTex
titre
The role of Imp and Syp RBPs in precise neuronal elimination by apoptosis through the regulation of TFs
auteur
Wenyue Guan, Ziyan Nie, Anne Laurencon, Mathilde Bouchet, Christophe Godin, Chérif Kabir, Aurélien Darnas, Jonathan Enriquez
article
2023
Accès au texte intégral et bibtex
https://cnrs.hal.science/hal-04246082/file/Guan-Elife-2023.pdf BibTex
titre
Water fluxes contribute to growth patterning in shoot meristems
auteur
Juan Alonso-Serra, Ibrahim Cheddadi, Annamaria Kiss, Guillaume Cerutti, Claire Lionnet, Christophe Godin, Olivier Hamant
article
2023
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-04254674/file/2023.08.27.554993v2.full.pdf BibTex

2022

Journal articles

titre
A Graph-Based Approach for Simultaneous Semantic and Instance Segmentation of Plant 3D Point Clouds
auteur
Katia Mirande, Christophe Godin, Marie Tisserand, Julie Charlaix, Fabrice Besnard, Franck Hétroy-Wheeler
article
Frontiers in Plant Science, 2022, 13, pp.1-20. ⟨10.3389/fpls.2022.1012669⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-03746572/file/Mirande-2022-Frontiers%20in%20Plant%20Science.pdf BibTex
titre
bHLH heterodimer complex variations regulate cell proliferation activity in the meristems of Arabidopsis thaliana
auteur
Eliana Mor, Markéta Pernisová, Max Minne, Guillaume Cerutti, Dagmar Ripper, Jonah Nolf, Jennifer Andres, Laura Ragni, Matias D Zurbriggen, Bert de Rybel, Teva Vernoux
article
iScience, 2022, 25 (11), pp.105364. ⟨10.1016/j.isci.2022.105364⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-03853788/file/1-s2.0-S2589004222016364-main.pdf BibTex
titre
Phenotyping and modeling of root hydraulic architecture reveal critical determinants of axial water transport
auteur
Yann Boursiac, Christophe Pradal, Fabrice Bauget, Mikaël Lucas, Stathis Delivorias, Christophe Godin, Christophe Maurel
article
Plant Physiology, 2022, 190 (2), pp.1289-1306. ⟨10.1093/plphys/kiac281⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inrae.fr/hal-03701955/file/BoursiacY.-et%20al-PostPrint-PlantPhysiol-2022.pdf BibTex
titre
Enumeration of Irredundant Forests
auteur
Florian Ingels, Romain Azaïs
article
Theoretical Computer Science, 2022, 922, pp.312-334. ⟨10.1016/j.tcs.2022.04.033⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-02511901/file/main.pdf BibTex
titre
Benchmarking of deep learning algorithms for 3D instance segmentation of confocal image datasets
auteur
Anuradha Kar, Manuel Petit, Yassin Refahi, Guillaume Cerutti, Christophe Godin, Jan Traas
article
PLoS Computational Biology, 2022, 18 (4), pp.e1009879. ⟨10.1371/journal.pcbi.1009879⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inrae.fr/hal-03659219/file/pcbi.1009879.pdf BibTex
titre
Dandelion pappus morphing is actuated by radially patterned material swelling
auteur
Madeleine Seale, Annamaria Kiss, Simone Bovio, Ignazio Maria Viola, Enrico Mastropaolo, Arezki Boudaoud, Naomi Nakayama
article
Nature Communications, 2022, 13 (1), pp.2498. ⟨10.1038/s41467-022-30245-3⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-03675564/file/s41467-022-30245-3.pdf BibTex
titre
cvmgof: an R package for Cramér-von Mises goodness-of-fit tests in regression models
auteur
Romain Azaïs, Sandie Ferrigno, Marie-José Martinez
article
Journal of Statistical Computation and Simulation, 2022, 92 (6), pp.1246-1266. ⟨10.1080/00949655.2021.1991346⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-03101612/file/cvmgof_paper.pdf BibTex
titre
Post-transcriptional regulation of transcription factor codes in immature neurons drives neuronal diversity
auteur
Wenyue Guan, Stéphanie Bellemin, Mathilde Bouchet, Lalanti Venkatasubramanian, Camille Guillermin, Anne Laurençon, Chérif Kabir, Aurélien Darnas, Christophe Godin, Séverine Urdy, Richard Mann, Jonathan Enriquez
article
Cell Reports, 2022, 39 (13), pp.110992. ⟨10.1016/j.celrep.2022.110992⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-03880028/file/1-s2.0-S2211124722007781-main.pdf BibTex

Book sections

titre
Introduction to to Computational Modeling of Multicellular Tissues
auteur
Jean-Louis Dinh, Christophe Godin, Eugenio Azpeitia
article
Plant Systems Biology, 2395, Springer New York, pp.107-145, 2022, Methods in Molecular Biology, ⟨10.1007/978-1-0716-1816-5_7⟩
Accès au bibtex
BibTex

Preprints, Working Papers, ...

titre
Robustness of organ morphology is associated with modules of co-expressed genes related to plant cell wall
auteur
Diego A Hartasánchez, Annamaria Kiss, Virginie Battu, Mathilde Dumond, Charline Soraru, Abigail Delgado-Vaquera, Florian Massinon, Marina Brasó-Vives, Corentin Mollier, Nelly Dubrulle, Fabien Sénéchal, Marie-Laure Martin-Magniette, Arezki Boudaoud, Françoise Monéger
article
2022
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-03832424/file/Hartasanchez%20et%20al%202022.pdf BibTex

2021

Journal articles

titre
What shoots can teach about theories of plant form
auteur
Teva Vernoux, Fabrice Besnard, Christophe Godin
article
Nature Plants, 2021, 7 (6), pp.716-724. ⟨10.1038/s41477-021-00930-0⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-03393502/file/Plant_Form_Perspective_Final_Ref_formatted.pdf BibTex
titre
BVPy: A FEniCS-based Python package to ease the expression and study of boundary value problems in Biology.
auteur
Florian Gacon, Christophe Godin, Olivier Ali
article
Journal of Open Source Software, 2021, 6 (59), pp.1-6. ⟨10.21105/joss.02831⟩
Accès au bibtex
BibTex
titre
A multiscale analysis of early flower development in Arabidopsis provides an integrated view of molecular regulation and growth control
auteur
Yassin Refahi, Argyris Zardilis, Gaël Michelin, Raymond Wightman, Bruno Leggio, Jonathan Legrand, Emmanuel Faure, Laetitia Vachez, Alessia Armezzani, Anne-Evodie Risson, Feng Zhao, Pradeep Das, Nathanaël Prunet, Elliot Meyerowitz, Christophe Godin, Grégoire Malandain, Henrik Jönsson, Jan Traas
article
Developmental Cell, 2021, 56 (4), pp.540-556.e8. ⟨10.1016/j.devcel.2021.01.019⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inrae.fr/hal-03299500/file/2020.09.25.313312v1.full.pdf BibTex
titre
Cauliflower fractal forms arise from perturbations of floral gene networks
auteur
Eugenio Azpeitia, Gabrielle Tichtinsky, Marie Le Masson, Antonio Serrano-Mislata, Jérémy Lucas, Veronica Gregis, Carlos Gimenez, Nathanaël Prunet, Etienne Farcot, Martin Kater, Desmond Bradley, Francisco Madueño, Christophe Godin, Francois Parcy
article
Science, 2021, 373 (6551), pp.192-197. ⟨10.1126/science.abg5999⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-03291136/file/Azpeitia%20et%20al_main_final.pdf BibTex
titre
Organ geometry channels reproductive cell fate in the Arabidopsis ovule primordium
auteur
Elvira Hernandez-Lagana, Gabriella Mosca, Ethel Mendocilla-Sato, Nuno Pires, Anja Frey, Alejandro Giraldo-Fonseca, Caroline Michaud, Ueli Grossniklaus, Olivier Hamant, Christophe Godin, Arezki Boudaoud, Daniel Grimanelli, Daphné Autran, Célia Baroux
article
eLife, 2021, 10, pp.e66031. ⟨10.7554/eLife.66031⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-03533741/file/elife-66031-v2.pdf BibTex
titre
A network of transcriptional repressors modulates auxin responses.
auteur
Jekaterina Truskina, Jingyi Han, Elina Chrysanthou, Carlos Galvan-Ampudia, Stéphanie Lainé, Geraldine Brunoud, Julien Macé, Simon Bellows, Jonathan Legrand, Anne-Maarit Bågman, Margot Smit, Ondrej Smetana, Arnaud Stigniani, Silvana Porco, Malcom J. Bennett, Ari Pekka Mähönen, Francois Parcy, Etienne Farcot, François Roudier, Siobhan M Brady, Anthony Bishopp, Teva Vernoux
article
Nature, 2021, 589 (7840), pp.116-119. ⟨10.1038/s41586-020-2940-2⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-03021204/file/Truskina_%20main_text_all-rev6_CorrLegendFig3_withallFig.pdf BibTex

Preprints, Working Papers, ...

titre
Endosperm turgor pressure both promotes and restricts seed growth and size
auteur
Audrey Creff, Olivier Ali, Vincent Bayle, Gwyneth Ingram, Benoit Landrein
article
2021
Accès au bibtex
BibTex
titre
A quantitative gibberellin signalling biosensor reveals a role for gibberellins in internode specification at the shoot apical meristem
auteur
Teva Vernoux, Bihai Shi, Amelia Felipo-Benavent, Guillaume Cerutti, Carlos Galvan-Ampudia, Lucas Jilli, Geraldine Brunoud, Jérome Mutterer, Lali Sakvarelidze-Achard, Jean-Michel Davière, Alejandro Navarro-Galiano, Ankit Walia, Shani Lazary, Jonathan Legrand, Roy Weinstein, Alexander Jones, Salomé Prat, Patrick Achard
article
2021
Accès au bibtex
BibTex
titre
Dandelion pappus morphing is actuated by radially patterned material swelling
auteur
Madeleine Seale, Annamaria Kiss, Simone Bovio, Ignazio Maria Viola, Enrico Mastropaolo, Arezki Boudaoud, Naomi Nakayama
article
2021
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BibTex

2020

Journal articles

titre
Gradient in cytoplasmic pressure in germline cells controls overlying epithelial cell morphogenesis
auteur
Laurie-Anne Lamiré, Pascale Milani, Gaël Runel, Annamaria Kiss, Leticia Arias, Blandine Vergier, Stève de Bossoreille, Pradeep Das, David Cluet, Arezki Boudaoud, Muriel Grammont
article
PLoS Biology, 2020, 18 (11), pp.e3000940. ⟨10.1371/journal.pbio.3000940⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-03052289/file/2020_Lamir%C3%A9_Plos%20Biology.pdf BibTex
titre
Phyllotaxis as geometric canalization during plant development
auteur
Christophe Godin, Christophe Golé, Stéphane Douady
article
Development (Cambridge, England), 2020, 147 (19), pp.1-45. ⟨10.1242/dev.165878⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-03014239/file/Manuscript%20%2B%20suppmat.pdf BibTex
titre
Contact area-dependent cell communication and the morphological invariance of ascidian embryogenesis
auteur
Léo Guignard, Ulla-Maj Fiuza, Bruno Leggio, Julien Laussu, Emmanuel Faure, Gaël Michelin, Kilian Biasuz, Lars Hufnagel, Grégoire Malandain, Christophe Godin, Patrick Lemaire
article
Science, 2020, 369 (6500), pp.158. ⟨10.1126/science.aar5663⟩
Accès au bibtex
BibTex
titre
Skeletonization of Plant Point Cloud Data Using Stochastic Optimization Framework
auteur
Ayan Chaudhury, Christophe Godin
article
Frontiers in Plant Science, 2020, 11, ⟨10.3389/fpls.2020.00773⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-03029993/file/2020_Chaudhury_Front_Plant_Sci.pdf BibTex
titre
Temporal integration of auxin information for the regulation of patterning
auteur
Carlos Galvan-Ampudia, Guillaume Cerutti, Jonathan Legrand, Geraldine Brunoud, Raquel Martin Arevalillo, Romain Azaïs, Vincent Bayle, Steven Moussu, Christian Wenzl, Yvon Jaillais, Jan U Lohmann, Christophe Godin, Teva Vernoux
article
eLife, 2020, 9, ⟨10.7554/eLife.55832⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-02368529/file/elife-55832-v1%20%283%29.pdf BibTex
titre
The Weight Function in the Subtree Kernel is Decisive
auteur
Romain Azaïs, Florian Ingels
article
Journal of Machine Learning Research, 2020, 21, pp.1-36
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-02097593/file/main.pdf BibTex
titre
Cellular Heterogeneity in Pressure and Growth Emerges from Tissue Topology and Geometry
auteur
Yuchen Long, Ibrahim Cheddadi, Gabriella Mosca, Vincent Mirabet, Mathilde Dumond, Annamaria Kiss, Jan Traas, Christophe Godin, Arezki Boudaoud
article
Current Biology - CB, 2020, 30 (8), pp.1504-1516.e8. ⟨10.1016/j.cub.2020.02.027⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-03029965/file/S0960982220302001.pdf BibTex
titre
Sugar availability suppresses the auxin-induced strigolactone pathway to promote bud outgrowth
auteur
Jessica Bertheloot, Francois Barbier, Fréderic Boudon, Maria Dolores Perez-Garcia, Thomas Peron, Sylvie Citerne, Elizabeth Dun, Christine Beveridge, Christophe Godin, Soulaiman Sakr
article
New Phytologist, 2020, 225 (2), pp.866-879. ⟨10.1111/nph.16201⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://institut-agro-rennes-angers.hal.science/hal-02402977/file/Bertheloot_et_al-2019-New_Phytologist%281%29.pdf BibTex
titre
Cortical tension overrides geometrical cues to orient microtubules in confined protoplasts
auteur
Leia Colin, Antoine Chevallier, Satoru Tsugawa, Florian Gacon, Christophe Godin, Virgile Viasnoff, Timothy Saunders, Olivier Hamant
article
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2020, 117 (51), pp.32731-32738. ⟨10.1073/pnas.2008895117⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-03063893/file/Colin%20PNAS%202020.pdf BibTex
titre
Microtubule-Mediated Wall Anisotropy Contributes to Leaf Blade Flattening
auteur
Feng Zhao, Fei Du, Hadrien Oliveri, Lüwen Zhou, Olivier Ali, Wenqian Chen, Shiliang Feng, Qingqing Wang, Shouqin Lü, Mian Long, René Schneider, Arun Sampathkumar, Christophe Godin, Jan Traas, Yuling Jiao
article
Current Biology - CB, 2020, 30 (20), pp.3972. ⟨10.1016/j.cub.2020.07.076⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-02370615/file/604710.full.pdf BibTex

2019

Journal articles

titre
Introduction
auteur
Mark Alber, Christophe Godin, Philip K. Maini, Roeland M.H. Merks, Eric Mjolsness
article
Bulletin of Mathematical Biology, 2019, pp.3214-3218. ⟨10.1007/s11538-019-00649-2⟩
Accès au bibtex
BibTex
titre
Treex : a Python package for manipulating rooted trees
auteur
Romain Azaïs, Guillaume Cerutti, Didier Gemmerlé, Florian Ingels
article
Journal of Open Source Software, 2019, 4 (38), pp.1-2. ⟨10.21105/joss.01351⟩
Accès au bibtex
BibTex
titre
Estimation of the average number of continuous crossings for non-stationary non-diffusion processes
auteur
Romain Azaïs, Alexandre Genadot
article
Journal of Statistical Planning and Inference, 2019, 198, pp.119-138. ⟨10.1016/j.jspi.2018.04.002⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-01499914/file/crossings.pdf BibTex
titre
Simulating Turgor-Induced Stress Patterns in Multilayered Plant Tissues
auteur
Olivier Ali, Hadrien Oliveri, Jan Traas, Christophe Godin
article
Bulletin of Mathematical Biology, 2019, 81 (8), pp.1-23. ⟨10.1007/s11538-019-00622-z⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-02154814/file/alietal_2019_Author_proof.pdf BibTex
titre
Inference for conditioned Galton-Watson trees from their Harris path
auteur
Romain Azaïs, Alexandre Genadot, Benoît Henry
article
ALEA : Latin American Journal of Probability and Mathematical Statistics, 2019, 16 (1), pp.1-45. ⟨10.30757/ALEA.v16-21⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-01360650/file/main.pdf BibTex
titre
Nearest embedded and embedding self-nested trees
auteur
Romain Azaïs
article
Algorithms, 2019, 12 (9), pp.1-16. ⟨10.3390/a12090180⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-01584078/file/main.pdf BibTex
titre
Regulation of plant cell wall stiffness by mechanical stress: a mesoscale physical model
auteur
Hadrien Oliveri, Jan J. Traas, Christophe Godin, Olivier Ali
article
Journal of Mathematical Biology, 2019, 78 (3), pp.625-653. ⟨10.1007/s00285-018-1286-y⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-01691110/file/oliveri_et_al2018_regulation.pdf BibTex
titre
Light Regulation of Axillary Bud Outgrowth Along Plant Axes: An Overview of the Roles of Sugars and Hormones
auteur
Anne Schneider, Christophe Godin, Frédéric Boudon, Sabine Demotes-Mainard, Soulaiman Sakr, Jessica Bertheloot
article
Frontiers in Plant Science, 2019, 10, pp.1-17. ⟨10.3389/fpls.2019.01296⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-02327576/file/Schneider%20et%20al%202019%20Frontiers%20Pl%20Sci.pdf BibTex
titre
MorphoNet: an interactive online morphological browser to explore complex multi-scale data
auteur
Bruno Leggio, Julien Laussu, Axel Carlier, Christophe Godin, Patrick Lemaire, Emmanuel Faure
article
Nature Communications, 2019, 10 (2812), pp.1-8. ⟨10.1038/s41467-019-10668-1⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-01938153/file/s41467-019-10668-1.pdf BibTex

Preprints, Working Papers, ...

titre
Coupling water fluxes with cell wall mechanics in a multicellular model of plant development: Supplementary info for the main article
auteur
Ibrahim Cheddadi, Michel Génard, Nadia Bertin, Christophe Godin
article
2019
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inrae.fr/hal-02788248/file/Cheddadi-Biorxiv-2019_1.pdf BibTex

2018

Journal articles

titre
Transcriptional induction of cell wall remodelling genes is coupled to microtubule-driven growth isotropy at the shoot apex in Arabidopsis
auteur
Alessia Armezzani, Ursula Abad, Olivier Ali, Amélie Andres Robin, Laetitia Vachez, Antoine Larrieu, Ewa Mellerowicz, Ludivine Taconnat, Virginie Battu, Thomas Stanislas, Mengying Liu, Teva Vernoux, Jan Traas, Massimiliano Sassi
article
Development (Cambridge, England), 2018, 145 (11), ⟨10.1242/dev.162255⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-01894645/file/CA51A8F3-17C5-40B9-8066-171241C3A773.pdf BibTex
titre
Bark and Leaf Fusion Systems to Improve Automatic Tree Species Recognition
auteur
Sarah Bertrand, Rihab Ben Ameur, Guillaume Cerutti, Didier Coquin, Lionel Valet, Laure Tougne
article
Ecological Informatics, 2018, ⟨10.1016/j.ecoinf.2018.05.007⟩
Accès au bibtex
BibTex
titre
An image analysis pipeline to quantify emerging cracks in materials or adhesion defects in living tissues
auteur
Stéphane Verger, Guillaume Cerutti, Olivier Hamant
article
Bio-protocol , 2018, 8 (19), pp.1-16. ⟨10.21769/BioProtoc.3036⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-02171434/file/2018_Verger_Bio_Protoc.pdf BibTex
titre
An Image Analysis Pipeline to Quantify Emerging Cracks in Materials or Adhesion Defects in Living Tissues
auteur
Stéphane Verger, Guillaume Cerutti, Olivier Hamant
article
Bio-protocol , 2018, 8 (19)
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-01940178/file/Bio-protocol3036.pdf BibTex

Book sections

titre
Rupture detection in fatigue crack propagation
auteur
Romain Azaïs, Anne Gégout-Petit, Florine Greciet
article
Romain Azaïs; Florian Bouguet. Statistical Inference for Piecewise-deterministic Markov Processes, Wiley, pp.173-207, 2018, 978-1-786-30302-8. ⟨10.1002/9781119507338.ch6⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-01862267/file/chapter_fcp.pdf BibTex
titre
Level Crossings and Absorption of an Insurance Model
auteur
Romain Azaïs, Alexandre Genadot
article
Romain Azaïs; Florian Bouguet. Statistical Inference for Piecewise-deterministic Markov Processes, Wiley, pp.65-105, 2018, 978-1-786-30302-8. ⟨10.1002/9781119507338.ch3⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-01862266/file/chapter_ins.pdf BibTex

Preprints, Working Papers, ...

titre
From spatio-temporal morphogenetic gradients to rhythmic patterning at the shoot apex
auteur
Carlos Galvan-Ampudia, Guillaume Cerutti, Jonathan Legrand, Romain Azaïs, Geraldine Brunoud, Steven Moussu, Christian Wenzl, Jan U Lohmann, Christophe Godin, Teva Vernoux
article
2018
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-01937928/file/469718.full.pdf BibTex


Contexte scientifique

L’équipe MOSAIC s’intéresse à la morphogenèse des formes de vie telles que les plantes et les embryons d’animaux. Nous nous concentrons sur la façon dont les processus biochimiques et biophysiques interagissent pour façonner les organismes. Pour répondre à la complexité des mécanismes sous-jacents et de leurs interactions, nous développons des modèles informatiques basés sur l’imagerie 3D du développement de formes. Notre objectif est de construire progressivement une approche inspirée de la théorie des systèmes dynamiques appliquée au développement des formes de vie.

Pour cela, l’équipe est amenée à développer et explorer l’utilisation de concepts computationnels et mathématiques dans une grande variété de domaines : algèbre des formes, ODE/PDE, systèmes dynamiques, fractales, processus stochastiques, mécanique des milieux continus, FEM, théorie de l’information, théorie des graphes , géométrie computationnelle, langages de programmation non conventionnels. L’équipe collabore étroitement avec plusieurs équipes de biologistes avec qui elle partage des questions biologiques et développe de nouvelles méthodes.

Principaux résultats :

 Modèle stochastique de phyllotaxie : nous avons revisité le modèle déterministe classique de phyllotaxie pour intégrer une composante stochastique capable de refléter la nature stochastique des processus moléculaires sous-jacents à l’initiation des organes à l’extrémité des tiges des plantes. Ce modèle récapitule tous les modèles de spirale et de verticille expliqués par le modèle classique précédent et explique précisément les modèles de perturbation stochastiques observés récemment dans diverses plantes. Ce travail a été réalisé en collaboration avec le groupe Teva Vernoux (RDP - ENS Lyon).

 Rétroaction entre contraintes mécaniques et anisotropie tissulaire dans les tissus végétaux en croissance : Nous avons développé un modèle multi-échelle de réponse tissulaire aux contraintes mécaniques qui s’accumulent dans les tissus au cours du développement, basé sur une description réaliste des processus de remodelage de la paroi cellulaire.

 Destin cellulaire au cours du développement de l’embryon d’Ascidie : En collaboration avec le groupe de Patrick Lemaire (CRBM - Univ. Montpellier), nous avons développé un nouveau pipeline d’imagerie pour imager des séquences à haut débit du développement de l’embryon d’ascidie. Nous avons utilisé ces séquences à haute résolution spatiale et temporelle pour développer un modèle d’acquisition du destin cellulaire au niveau de l’embryon et pour montrer que les surfaces de contact entre les cellules sont des variables explicatives essentielles de l’induction différentielle dans les cellules d’ascidies.

 Gnomon : L’équipe développe une plateforme de calcul pour analyser et simuler le développement des formes de vie en 3D.

Collaborateurs principaux :

  • Teva Vernoux (RDP)
  • Jan Traas (RDP)
  • Annamaria Kiss (RDP)
  • Emmanuel Faure (LIRMM - Univ. Montpellier)
  • Peter Hannape (Sony CSL - Paris)
  • Patrick Lemaire (CRBM - Univ. Montpellier)
  • Grégoire Malandain (Morphem - Inria Sophia Antipolis)