PUBLICATIONS : Epigenetics, Chromatin and Development
Publications HAL
2025
Journal articles
titre Polycomb Repressive Complex 2 facilitates the transition from heterotrophy to photoautotrophy during seedling emergence auteur Naseem Samo, María Guadalupe Trejo-Arellano, Lenka Gahurová, Alexander Erban, Alina Ebert, Quentin Rivière, Jiří Kubásek, Fatemeh Aflaki, Helena Hönig Mondeková, Armin Schlereth, Annick Dubois, Mingxi Zhou, Ondřej Novák, Jiří Šantrůček, Daniel Bouyer, Francois Roudier, Joachim Kopka, Iva Mozgová
article The Plant cell , 2025, ⟨10.1093/plcell/koaf148⟩ Accès au bibtex
titre Synthetic deconvolution of an auxin-dependent transcriptional code auteur Raquel Martin-Arevalillo, Bruno Guillotin, Jonas Schön, Alice Hugues, Marie-France Gerentes, Jeremy Lucas, Emmanuel Thevenon, Graeme Vissers, Mohammed Mohammed Ateequr, Carlos Galvan-Ampudia, Guillaume Cerutti, Jonathan Legrand, Coralie Cancé, Annick Dubois, François Parcy, Kenneth D. Birnbaum, Matias D Zurbriggen, Renaud Dumas, François Roudier, Teva Vernoux
article Cell , 2025, ⟨10.1016/j.cell.2025.03.028⟩ Accès au texte intégral et bibtex
2024
Journal articles
titre MIR164B ensures robust Arabidopsis leaf development by compensating for compromised POLYCOMB REPRESSIVE COMPLEX2 function auteur Aude Maugarny, Aurélie Vialette, Bernard Adroher, Anne-Sophie Sarthou, Nathalie Mathy-Franchet, Marianne Azzopardi, Antoine Nicolas, François Roudier, Patrick Laufs
article The Plant cell , 2024, ⟨10.1093/plcell/koae260⟩ Accès au texte intégral et bibtex
Preprints, Working Papers, ...
titre PRC2 facilitates the transition from heterotrophy to photoautotrophy during seedling emergence auteur Naseem Samo, María Guadalupe Trejo-Arellano, Lenka Gahurová, Alexander Erban, Alina Ebert, Quentin Rivière, Jiří Kubásek, Fatemeh Aflaki, Helena Hönig Mondeková, Armin Schlereth, Annick Dubois, Mingxi Zhou, Ondřej Novák, Jiří Šantrůček, Daniel Bouyer, Franҫois Roudier, Joachim Kopka, Iva Mozgová
article 2024
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2023
Journal articles
titre The Arabidopsis transcription factor NLP2 regulates early nitrate responses and integrates nitrate assimilation with energy and carbon skeleton supply auteur Mickaël Durand, Virginie Brehaut, Gilles Clement, Zsolt Kelemen, Julien Macé, Regina Feil, Garry Duville, Alexandra Launay-Avon, Christine Paysant-Le Roux, John Lunn, François Roudier, Anne Krapp
article The Plant cell , 2023, 35 (5), pp.1429-1454. ⟨10.1093/plcell/koad025⟩ Accès au bibtex
2021
Journal articles
titre Deciphering Plant Chromatin Regulation via CRISPR/dCas9-Based Epigenome Engineering auteur Annick Dubois, François Roudier
article Epigenomes , 2021, 5 (3), pp.17. ⟨10.3390/epigenomes5030017⟩ Accès au texte intégral et bibtex
titre Editorial overview: Multifaceted dynamics and countless shades of green chromatin auteur Mary Gehring, François Roudier
article Current Opinion in Plant Biology , 2021, 61, pp.102079. ⟨10.1016/j.pbi.2021.102079⟩ Accès au bibtex
titre A network of transcriptional repressors modulates auxin responses. auteur Jekaterina Truskina, Jingyi Han, Elina Chrysanthou, Carlos Galvan-Ampudia, Stéphanie Lainé, Geraldine Brunoud, Julien Macé, Simon Bellows, Jonathan Legrand, Anne-Maarit Bågman, Margot Smit, Ondrej Smetana, Arnaud Stigniani, Silvana Porco, Malcom J. Bennett, Ari Pekka Mähönen, Francois Parcy, Etienne Farcot, François Roudier, Siobhan M Brady, Anthony Bishopp, Teva Vernoux
article Nature , 2021, 589 (7840), pp.116-119. ⟨10.1038/s41586-020-2940-2⟩ Accès au texte intégral et bibtex
2020
Journal articles
titre Mitotic Inheritance of PRC2-Mediated Silencing: Mechanistic Insights and Developmental Perspectives auteur Alice Hugues, Chean Sern Jacobs, François Roudier
article Frontiers in Plant Science , 2020, 11, ⟨10.3389/fpls.2020.00262⟩ Accès au texte intégral et bibtex
titre ChIP-seq and RNA-seq for complex and low-abundance tree buds reveal chromatin and expression co-dynamics during sweet cherry bud dormancy auteur Noémie Vimont, Fu Xiang Quah, David Guillaume Schöpfer, François Roudier, Elisabeth Dirlewanger, Philip A. Wigge, Bénédicte Wenden, Sandra Cortijo
article Tree Genetics and Genomes , 2020, 16 (1), pp.9. ⟨10.1007/s11295-019-1395-9⟩ Accès au texte intégral et bibtex
2019
Journal articles
titre Histone acetylation orchestrates wound-induced transcriptional activation and cellular reprogramming in Arabidopsis auteur Bart Rymen, Ayako Kawamura, Alice Lambolez, Soichi Inagaki, Arika Takebayashi, Akira Iwase, Yuki Sakamoto, Kaori Sako, David Favero, Momoko Ikeuchi, Takamasa Suzuki, Motoaki Seki, Tetsuji Kakutani, François Roudier, Keiko Sugimoto
article Communications Biology , 2019, 2, ⟨10.1038/s42003-019-0646-5⟩ Accès au texte intégral et bibtex
titre The m 6 A pathway protects the transcriptome integrity by restricting RNA chimera formation in plants auteur Dominique Pontier, Claire Picart, Moaine El Baidouri, François Roudier, Tao Xu, Sylvie Lahmy, Christel Llauro, Jacinthe Azevedo, Michèle Laudié, Aurore Attina, Christophe Hirtz, Marie-Christine Carpentier, Lisha Shen, Thierry Lagrange
article Life Science Alliance , 2019, 2 (3), pp.e201900393. ⟨10.26508/lsa.201900393⟩ Accès au texte intégral et bibtex
Preprints, Working Papers, ...
titre ChIP-seq and RNA-seq for complex and low-abundance tree buds reveal chromatin and expression co-dynamics during sweet cherry bud dormancy auteur Noémie Vimont, Fu Xiang Quah, David Guillaume-Schöpfer, François Roudier, Elisabeth Dirlewanger, Philip A. Wigge, Bénédicte Wenden, Sandra Cortijo
article 2019
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2018
Journal articles
titre Genome-wide identification of RETINOBLASTOMA RELATED 1 binding sites in Arabidopsis reveals novel DNA damage regulators auteur Daniel Bouyer, Maren Heese, Poyu Chen, Hirofumi Harashima, François Roudier, Christian Grüttner, Arp Schnittger
article PLoS Genetics , 2018, 14 (11), pp.e1007797. ⟨10.1371/journal.pgen.1007797⟩ Accès au bibtex
titre Genome-wide identification of RETINOBLASTOMA RELATED 1 binding sites in Arabidopsis reveals novel DNA damage regulators auteur Daniel Bouyer, Maren Heese, Poyu Chen, Hirofumi Harashima, François Roudier, Christian Grüttner, Arp Schnittger
article PLoS Genetics , 2018, 14 (11), pp.e1007797. ⟨10.1371/journal.pgen.1007797⟩ Accès au texte intégral et bibtex
titre Genome-wide identification of RETINOBLASTOMA RELATED 1 binding sites in Arabidopsis reveals novel DNA damage regulators auteur Daniel Bouyer, Maren Heese, Poyu Chen, Hirofumi Harashima, François Roudier, Christian Grüttner, Arp Schnittger
article PLoS Genetics , 2018, 14 (11), pp.e1007797. ⟨10.1371/journal.pgen.1007797⟩ Accès au texte intégral et bibtex
titre Genome-wide identification of RETINOBLASTOMA RELATED 1 binding sites in Arabidopsis reveals novel DNA damage regulators auteur Daniel Bouyer, Maren Heese, Poyu Chen, Hirofumi Harashima, François Roudier, Christian Grüttner, Arp Schnittger
article PLoS Genetics , 2018, 14 (11), pp.e1007797. ⟨10.1371/journal.pgen.1007797⟩ Accès au texte intégral et bibtex
titre Polycomb Repressive Complex 2 attenuates the very high expression of the Arabidopsis gene NRT2.1. auteur Fanny Bellegarde, Léo Herbert, David Séré, Erwann E. Caillieux, Jossia Boucherez, Cécile Fizames, François Roudier, Alain Gojon, Antoine Martin
article Scientific Reports , 2018, ⟨10.1038/s41598-018-26349-w⟩ Accès au texte intégral et bibtex
Book sections
titre Cell Type-Specific Profiling of Chromatin Modifications and Associated Proteins auteur Ana Karina Morao, Erwann E. Caillieux, Vincent Colot, François Roudier
article Plant Chromatin Dynamics , pp.111-130, 2018, ⟨10.1007/978-1-4939-7318-7_8⟩ Accès au bibtex
titre Chromatin Immunoprecipitation Sequencing (ChIP-Seq) for Transcription Factors and Chromatin Factors in Arabidopsis thaliana Roots: From Material Collection to Data Analysis auteur Sandra S. Cortijo, Varodom Charoensawan, François Roudier, Philip A. Wigge
article Root Development , pp.231-248, 2018, ⟨10.1007/978-1-4939-7747-5_18⟩ Accès au bibtex
2017
Journal articles
titre Comparative epigenomics in the Brassicaceae reveals two evolutionarily conserved modes of PRC2-mediated gene regulation auteur Claudia Chica, Alexandra Louis, Hugues Roest Crollius, Vincent Colot, François Roudier
article Genome Biology , 2017, 18 (1), pp.1-15. ⟨10.1186/s13059-017-1333-9⟩ Accès au texte intégral et bibtex
titre DNA methylation dynamics during early plant life auteur Daniel Bouyer, Amira Kramdi, Mohamed Kassam, Maren Heese, Arp Schnittger, François Roudier, Vincent Colot
article Genome Biology , 2017, 18 (1), pp.1-12. ⟨10.1186/s13059-017-1313-0⟩ Accès au texte intégral et bibtex
titre Epigenetic memory and cell fate reprogramming in plants auteur Kenneth D. Birnbaum, François Roudier
article Regeneration , 2017, 4 (1), pp.15-20. ⟨10.1002/reg2.73⟩ Accès au texte intégral et bibtex
titre DNA methylation dynamics during early plant life auteur D. Bouyer, A. Kramdi, M. Kassam, M. Heese, A. Schnittger, François Roudier, V. Colot
article Genome Biology , 2017Accès au bibtex
titre DNA methylation dynamics during early plant life. auteur Daniel Johannes Bouyer, A Kramdi, M Kassam, Maren Heese, Arp Schnittger, François Roudier, V Colot
article Genome Biology , 2017, 18 (1), pp.179-179Accès au texte intégral et bibtex
titre Direct conversion of root primordium into shoot meristem relies on timing of stem cell niche development auteur Olga Rosspopoff, Liudmila Chelysheva, Julie Saffar, Lena Lecorgne, Delphine Gey, Erwann Caillieux, Vincent Colot, François Roudier, Pierre Hilson, Richard Berthomé, Marco da Costa, Philippe Rech
article Development (Cambridge, England) , 2017, 144 (7), pp.1187-1200. ⟨10.1242/dev.142570⟩ Accès au bibtex
2016
Journal articles
titre Emerging concepts in chromatin-level regulation of plant cell differentiation: timing, counting, sensing and maintaining auteur Daniel Bouyer, Ana Karina Morao, François Roudier
article Current Opinion in Plant Biology , 2016, 34, pp.27 - 34. ⟨10.1016/j.pbi.2016.07.010⟩ Accès au texte intégral et bibtex
titre A versatile Multisite Gateway-compatible promoter and transgenic line collection for cell type-specific functional genomics in Arabidopsis auteur Maria Mar Marquès-Bueno, Ana K. Morao, Anne Cayrel, Matthieu P. Platre, Marie Barberon, Erwann Caillieux, Vincent Colot, Yvon Jaillais, François Roudier, Grégory Vert
article The Plant Journal , 2016, 85 (2), pp.320--333. ⟨10.1111/tpj.13099⟩ Accès au texte intégral et bibtex
titre Transcriptional Regulation of Arabidopsis Polycomb Repressive Complex 2 Coordinates Cell-Type Proliferation and Differentiation auteur Miguel De Lucas, Li Pu, Gina Turco, Allison Gaudinier, Ana Karina Morao, Hirofumi Harashima, Dahae Kim, Mily Ron, Keiko Sugimoto, François Roudier, Siobhan M. Brady
article The Plant cell , 2016, 28 (10), pp.2616-2631. ⟨10.1105/tpc.15.00744⟩ Accès au texte intégral et bibtex
titre Emerging concepts in chromatin-level regulation of plant cell differentiation: timing, counting, sensing and maintaining auteur Ana Karina Morao, Daniel Bouyer, François Roudier
article Current Opinion in Plant Biology , 2016, 34, pp.27-34. ⟨10.1016/j.pbi.2016.07.010⟩ Accès au bibtex
