Publications HAL du labo/EPI 1001887;772
2022
Journal articles
titre Enumeration of Irredundant Forests auteur Florian Ingels, Romain Azaïs
article Theoretical Computer Science , Elsevier, 2022, ⟨10.1016/j.tcs.2022.04.033⟩ Accès au texte intégral et bibtex
titre Benchmarking of deep learning algorithms for 3D instance segmentation of confocal image datasets auteur Anuradha Kar, Manuel Petit, Yassin Refahi, Guillaume Cerutti, Christophe Godin, Jan Traas
article PLoS Computational Biology , Public Library of Science, 2022, 18 (4), pp.e1009879. ⟨10.1371/journal.pcbi.1009879⟩ Accès au bibtex
titre cvmgof: an R package for Cramér-von Mises goodness-of-fit tests in regression models auteur Romain Azaïs, Sandie Ferrigno, Marie-José Martinez
article Journal of Statistical Computation and Simulation , Taylor & Francis, 2022, 92 (6), pp.1246-1266. ⟨10.1080/00949655.2021.1991346⟩ Accès au texte intégral et bibtex
Book sections
titre Introduction to to Computational Modeling of Multicellular Tissues auteur Jean-Louis Dinh, Christophe Godin, Eugenio Azpeitia
article Plant Systems Biology , 2395, Springer New York, pp.107-145, 2022, Methods in Molecular Biology, ⟨10.1007/978-1-0716-1816-5_7⟩ Accès au bibtex
2021
Journal articles
titre What shoots can teach about theories of plant form auteur Teva Vernoux, Fabrice Besnard, Christophe Godin
article Nature Plants , Nature Publishing Group, 2021, 7 (6), pp.716-724. ⟨10.1038/s41477-021-00930-0⟩ Accès au texte intégral et bibtex
titre Organ geometry channels reproductive cell fate in the Arabidopsis ovule primordium auteur Elvira Hernandez-Lagana, Gabriella Mosca, Ethel Mendocilla-Sato, Nuno Pires, Anja Frey, Alejandro Giraldo-Fonseca, Caroline Michaud, Ueli Grossniklaus, Olivier Hamant, Christophe Godin, Arezki Boudaoud, Daniel Grimanelli, Daphné Autran, Célia Baroux
article eLife , eLife Sciences Publication, 2021, 10, ⟨10.7554/eLife.66031⟩ Accès au bibtex
titre BVPy: A FEniCS-based Python package to ease the expression and study of boundary value problems in Biology. auteur Florian Gacon, Christophe Godin, Olivier Ali
article Journal of Open Source Software , Open Journals, 2021, 6 (59), pp.1-6. ⟨10.21105/joss.02831⟩ Accès au bibtex
titre A multiscale analysis of early flower development in Arabidopsis provides an integrated view of molecular regulation and growth control auteur Yassin Refahi, Argyris Zardilis, Gaël Michelin, Raymond Wightman, Bruno Leggio, Jonathan Legrand, Emmanuel Faure, Laetitia Vachez, Alessia Armezzani, Anne-Evodie Risson, Feng Zhao, Pradeep Das, Nathanaël Prunet, Elliot Meyerowitz, Christophe Godin, Grégoire Malandain, Henrik Jönsson, Jan Traas
article Developmental Cell , Elsevier, 2021, 56 (4), pp.540-556.e8. ⟨10.1016/j.devcel.2021.01.019⟩ Accès au texte intégral et bibtex
titre Cauliflower fractal forms arise from perturbations of floral gene networks auteur Eugenio Azpeitia, Gabrielle Tichtinsky, Marie Le Masson, Antonio Serrano-Mislata, Jérémy Lucas, Veronica Gregis, Carlos Gimenez, Nathanaël Prunet, Etienne Farcot, Martin Kater, Desmond Bradley, Francisco Madueño, Christophe Godin, Francois Parcy
article Science , American Association for the Advancement of Science (AAAS), 2021, 373 (6551), pp.192-197. ⟨10.1126/science.abg5999⟩ Accès au texte intégral et bibtex
titre A network of transcriptional repressors modulates auxin responses. auteur Jekaterina Truskina, Jingyi Han, Elina Chrysanthou, Carlos Galvan-Ampudia, Stéphanie Lainé, Geraldine Brunoud, Julien Macé, Simon Bellows, Jonathan Legrand, Anne-Maarit Bågman, Margot Smit, Ondrej Smetana, Arnaud Stigniani, Silvana Porco, Malcom J. Bennett, Ari Pekka Mähönen, Francois Parcy, Etienne Farcot, François Roudier, Siobhan M Brady, Anthony Bishopp, Teva Vernoux
article Nature , Nature Publishing Group, 2021, 589 (7840), pp.116-119. ⟨10.1038/s41586-020-2940-2⟩ Accès au texte intégral et bibtex
Preprints, Working Papers, ...
titre Endosperm turgor pressure both promotes and restricts seed growth and size auteur Audrey Creff, Olivier Ali, Vincent Bayle, Gwyneth Ingram, Benoit Landrein
article 2021
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titre Isomorphic unordered labeled trees up to substitution ciphering auteur Florian Ingels, Romain Azaïs
article 2021
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titre Maximum likelihood estimation for spinal-structured trees auteur Romain Azaïs, Benoît Henry
article 2021
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2020
Journal articles
titre Phyllotaxis as geometric canalization during plant development auteur Christophe Godin, Christophe Golé, Stéphane Douady
article Development (Cambridge, England) , Company of Biologists, 2020, 147 (19), pp.1-45. ⟨10.1242/dev.165878⟩ Accès au texte intégral et bibtex
titre Contact area-dependent cell communication and the morphological invariance of ascidian embryogenesis auteur Léo Guignard, Ulla-Maj Fiuza, Bruno Leggio, Julien Laussu, Emmanuel Faure, Gaël Michelin, Kilian Biasuz, Lars Hufnagel, Grégoire Malandain, Christophe Godin, Patrick Lemaire
article Science , American Association for the Advancement of Science (AAAS), 2020, 369 (6500), pp.158. ⟨10.1126/science.aar5663⟩ Accès au bibtex
titre Skeletonization of Plant Point Cloud Data Using Stochastic Optimization Framework auteur Ayan Chaudhury, Christophe Godin
article Frontiers in Plant Science , Frontiers, 2020, 11, ⟨10.3389/fpls.2020.00773⟩ Accès au texte intégral et bibtex
titre Temporal integration of auxin information for the regulation of patterning auteur Carlos Galvan-Ampudia, Guillaume Cerutti, Jonathan Legrand, Geraldine Brunoud, Raquel Martin Arevalillo, Romain Azaïs, Vincent Bayle, Steven Moussu, Christian Wenzl, Yvon Jaillais, Jan U Lohmann, Christophe Godin, Teva Vernoux
article eLife , eLife Sciences Publication, 2020, 9, ⟨10.7554/eLife.55832⟩ Accès au texte intégral et bibtex
titre Cellular Heterogeneity in Pressure and Growth Emerges from Tissue Topology and Geometry auteur Yuchen Long, Ibrahim Cheddadi, Gabriella Mosca, Vincent Mirabet, Mathilde Dumond, Annamaria Kiss, Jan Traas, Christophe Godin, Arezki Boudaoud
article Current Biology - CB , Elsevier, 2020, 30 (8), pp.1504-1516.e8. ⟨10.1016/j.cub.2020.02.027⟩ Accès au bibtex
titre Sugar availability suppresses the auxin-induced strigolactone pathway to promote bud outgrowth auteur Jessica Bertheloot, Francois Barbier, Fréderic Boudon, Maria Dolores Perez-Garcia, Thomas Peron, Sylvie Citerne, Elizabeth Dun, Christine Beveridge, Christophe Godin, Soulaiman Sakr
article New Phytologist , Wiley, 2020, 225 (2), pp.866-879. ⟨10.1111/nph.16201⟩ Accès au texte intégral et bibtex
titre The Weight Function in the Subtree Kernel is Decisive auteur Romain Azaïs, Florian Ingels
article Journal of Machine Learning Research , Microtome Publishing, 2020, 21Accès au bibtex
titre Cortical tension overrides geometrical cues to orient microtubules in confined protoplasts auteur Leia Colin, Antoine Chevallier, Satoru Tsugawa, Florian Gacon, Christophe Godin, Virgile Viasnoff, Timothy Saunders, Olivier Hamant
article Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America , National Academy of Sciences, 2020, 117 (51), pp.32731-32738. ⟨10.1073/pnas.2008895117⟩ Accès au texte intégral et bibtex
titre Microtubule-Mediated Wall Anisotropy Contributes to Leaf Blade Flattening auteur Feng Zhao, Fei Du, Hadrien Oliveri, Lüwen Zhou, Olivier Ali, Wenqian Chen, Shiliang Feng, Qingqing Wang, Shouqin Lü, Mian Long, René Schneider, Arun Sampathkumar, Christophe Godin, Jan Traas, Yuling Jiao
article Current Biology - CB , Elsevier, 2020, 30 (20), pp.3972. ⟨10.1016/j.cub.2020.07.076⟩ Accès au texte intégral et bibtex
2019
Journal articles
titre Introduction auteur Mark Alber, Christophe Godin, Philip K. Maini, Roeland M.H. Merks, Eric Mjolsness
article Bulletin of Mathematical Biology , Springer Verlag, 2019, pp.3214-3218. ⟨10.1007/s11538-019-00649-2⟩ Accès au bibtex
titre Treex : a Python package for manipulating rooted trees auteur Romain Azaïs, Guillaume Cerutti, Didier Gemmerlé, Florian Ingels
article Journal of Open Source Software , Open Journals, 2019, 4 (38), pp.1-2. ⟨10.21105/joss.01351⟩ Accès au bibtex
titre Estimation of the average number of continuous crossings for non-stationary non-diffusion processes auteur Romain Azaïs, Alexandre Genadot
article Journal of Statistical Planning and Inference , Elsevier, 2019, 198, pp.119-138. ⟨10.1016/j.jspi.2018.04.002⟩ Accès au texte intégral et bibtex
titre Coupling water fluxes with cell wall mechanics in a multicellular model of plant development auteur Ibrahim Cheddadi, Michel Génard, Nadia Bertin, Christophe Godin
article PLoS Computational Biology , Public Library of Science, 2019, 15 (6), ⟨10.1371/journal.pcbi.1007121⟩ Accès au texte intégral et bibtex
titre Regulation of plant cell wall stiffness by mechanical stress: a mesoscale physical model auteur Hadrien Oliveri, Jan Traas, Christophe Godin, Olivier Ali
article Journal of Mathematical Biology , Springer Verlag (Germany), 2019, 78 (3), pp.625-653. ⟨10.1007/s00285-018-1286-y⟩ Accès au texte intégral et bibtex
titre Simulating Turgor-Induced Stress Patterns in Multilayered Plant Tissues auteur Olivier Ali, Hadrien Oliveri, Jan Traas, Christophe Godin
article Bulletin of Mathematical Biology , Springer Verlag, 2019, 81 (8), pp.1-23. ⟨10.1007/s11538-019-00622-z⟩ Accès au texte intégral et bibtex
titre Inference for conditioned Galton-Watson trees from their Harris path auteur Romain Azaïs, Alexandre Genadot, Benoît Henry
article ALEA : Latin American Journal of Probability and Mathematical Statistics , Instituto Nacional de Matemática Pura e Aplicada, 2019, 16 (1), pp.1-45. ⟨10.30757/ALEA.v16-21⟩ Accès au texte intégral et bibtex
titre Light Regulation of Axillary Bud Outgrowth Along Plant Axes: An Overview of the Roles of Sugars and Hormones auteur Anne Schneider, Christophe Godin, Frédéric Boudon, Sabine Demotes-Mainard, Soulaiman Sakr, Jessica Bertheloot
article Frontiers in Plant Science , Frontiers, 2019, 10, pp.1-17. ⟨10.3389/fpls.2019.01296⟩ Accès au texte intégral et bibtex
titre Nearest embedded and embedding self-nested trees auteur Romain Azaïs
article Algorithms , MDPI, 2019, 12 (9), pp.1-16. ⟨10.3390/a12090180⟩ Accès au texte intégral et bibtex
titre MorphoNet: an interactive online morphological browser to explore complex multi-scale data auteur Bruno Leggio, Julien Laussu, Axel Carlier, Christophe Godin, Patrick Lemaire, Emmanuel Faure
article Nature Communications , Nature Publishing Group, 2019, 10 (2812), pp.1-8. ⟨10.1038/s41467-019-10668-1⟩ Accès au texte intégral et bibtex
Preprints, Working Papers, ...
titre Coupling water fluxes with cell wall mechanics in a multicellular model of plant development: Supplementary info for the main article auteur Ibrahim Cheddadi, Michel Génard, Nadia Bertin, Christophe Godin
article 2019
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2018
Journal articles
titre Transcriptional induction of cell wall remodelling genes is coupled to microtubule-driven growth isotropy at the shoot apex in Arabidopsis auteur Alessia Armezzani, Ursula Abad, Olivier Ali, Amélie Andres Robin, Laetitia Vachez, Antoine Larrieu, Ewa Mellerowicz, Ludivine Taconnat, Virginie Battu, Thomas Stanislas, Mengying Liu, Teva Vernoux, Jan Traas, Massimiliano Sassi
article Development (Cambridge, England) , Company of Biologists, 2018, 145 (11), ⟨10.1242/dev.162255⟩ Accès au texte intégral et bibtex
titre Bark and Leaf Fusion Systems to Improve Automatic Tree Species Recognition auteur Sarah Bertrand, Rihab Ben Ameur, Guillaume Cerutti, Didier Coquin, Lionel Valet, Laure Tougne
article Ecological Informatics , Elsevier, 2018, ⟨10.1016/j.ecoinf.2018.05.007⟩ Accès au bibtex
titre An image analysis pipeline to quantify emerging cracks in materials or adhesion defects in living tissues auteur Stéphane Verger, Guillaume Cerutti, Olivier Hamant
article Bio-protocol , Bio-protocol LCC, 2018, 8 (19), pp.1-16. ⟨10.21769/BioProtoc.3036⟩ Accès au texte intégral et bibtex
titre An Image Analysis Pipeline to Quantify Emerging Cracks in Materials or Adhesion Defects in Living Tissues auteur Stéphane Verger, Guillaume Cerutti, Olivier Hamant
article Bio-protocol , Bio-protocol LCC, 2018, 8 (19)Accès au texte intégral et bibtex
Book sections
titre Level Crossings and Absorption of an Insurance Model auteur Romain Azaïs, Alexandre Genadot
article Romain Azaïs; Florian Bouguet. Statistical Inference for Piecewise-deterministic Markov Processes , Wiley, pp.65-105, 2018, 978-1-786-30302-8. ⟨10.1002/9781119507338.ch3⟩
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titre Rupture detection in fatigue crack propagation auteur Romain Azaïs, Anne Gégout-Petit, Florine Greciet
article Romain Azaïs; Florian Bouguet. Statistical Inference for Piecewise-deterministic Markov Processes , Wiley, pp.173-207, 2018, 978-1-786-30302-8. ⟨10.1002/9781119507338.ch6⟩
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Preprints, Working Papers, ...
titre From spatio-temporal morphogenetic gradients to rhythmic patterning at the shoot apex auteur Carlos Galvan-Ampudia, Guillaume Cerutti, Jonathan Legrand, Romain Azaïs, Geraldine Brunoud, Steven Moussu, Christian Wenzl, Jan Lohmann, Christophe Godin, Teva Vernoux
article 2018
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