Publications HAL du labo/EPI 1001887;772
2022
Journal articles
titre Enumeration of Irredundant Forests
auteur Florian Ingels, Romain Azaïs
article Theoretical Computer Science , Elsevier, 2022, ⟨10.1016/j.tcs.2022.04.033⟩
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titre Benchmarking of deep learning algorithms for 3D instance segmentation of confocal image datasets
auteur Anuradha Kar, Manuel Petit, Yassin Refahi, Guillaume Cerutti, Christophe Godin, Jan Traas
article PLoS Computational Biology , Public Library of Science, 2022, 18 (4), pp.e1009879. ⟨10.1371/journal.pcbi.1009879⟩
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titre cvmgof: an R package for Cramér-von Mises goodness-of-fit tests in regression models
auteur Romain Azaïs, Sandie Ferrigno, Marie-José Martinez
article Journal of Statistical Computation and Simulation , Taylor & Francis, 2022, 92 (6), pp.1246-1266. ⟨10.1080/00949655.2021.1991346⟩
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Book sections
titre Introduction to to Computational Modeling of Multicellular Tissues
auteur Jean-Louis Dinh, Christophe Godin, Eugenio Azpeitia
article Plant Systems Biology , 2395, Springer New York, pp.107-145, 2022, Methods in Molecular Biology, ⟨10.1007/978-1-0716-1816-5_7⟩
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2021
Journal articles
titre What shoots can teach about theories of plant form
auteur Teva Vernoux, Fabrice Besnard, Christophe Godin
article Nature Plants , Nature Publishing Group, 2021, 7 (6), pp.716-724. ⟨10.1038/s41477-021-00930-0⟩
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titre Organ geometry channels reproductive cell fate in the Arabidopsis ovule primordium
auteur Elvira Hernandez-Lagana, Gabriella Mosca, Ethel Mendocilla-Sato, Nuno Pires, Anja Frey, Alejandro Giraldo-Fonseca, Caroline Michaud, Ueli Grossniklaus, Olivier Hamant, Christophe Godin, Arezki Boudaoud, Daniel Grimanelli, Daphné Autran, Célia Baroux
article eLife , eLife Sciences Publication, 2021, 10, ⟨10.7554/eLife.66031⟩
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titre BVPy: A FEniCS-based Python package to ease the expression and study of boundary value problems in Biology.
auteur Florian Gacon, Christophe Godin, Olivier Ali
article Journal of Open Source Software , Open Journals, 2021, 6 (59), pp.1-6. ⟨10.21105/joss.02831⟩
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titre A multiscale analysis of early flower development in Arabidopsis provides an integrated view of molecular regulation and growth control
auteur Yassin Refahi, Argyris Zardilis, Gaël Michelin, Raymond Wightman, Bruno Leggio, Jonathan Legrand, Emmanuel Faure, Laetitia Vachez, Alessia Armezzani, Anne-Evodie Risson, Feng Zhao, Pradeep Das, Nathanaël Prunet, Elliot Meyerowitz, Christophe Godin, Grégoire Malandain, Henrik Jönsson, Jan Traas
article Developmental Cell , Elsevier, 2021, 56 (4), pp.540-556.e8. ⟨10.1016/j.devcel.2021.01.019⟩
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titre Cauliflower fractal forms arise from perturbations of floral gene networks
auteur Eugenio Azpeitia, Gabrielle Tichtinsky, Marie Le Masson, Antonio Serrano-Mislata, Jérémy Lucas, Veronica Gregis, Carlos Gimenez, Nathanaël Prunet, Etienne Farcot, Martin Kater, Desmond Bradley, Francisco Madueño, Christophe Godin, Francois Parcy
article Science , American Association for the Advancement of Science (AAAS), 2021, 373 (6551), pp.192-197. ⟨10.1126/science.abg5999⟩
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titre A network of transcriptional repressors modulates auxin responses.
auteur Jekaterina Truskina, Jingyi Han, Elina Chrysanthou, Carlos Galvan-Ampudia, Stéphanie Lainé, Geraldine Brunoud, Julien Macé, Simon Bellows, Jonathan Legrand, Anne-Maarit Bågman, Margot Smit, Ondrej Smetana, Arnaud Stigniani, Silvana Porco, Malcom J. Bennett, Ari Pekka Mähönen, Francois Parcy, Etienne Farcot, François Roudier, Siobhan M Brady, Anthony Bishopp, Teva Vernoux
article Nature , Nature Publishing Group, 2021, 589 (7840), pp.116-119. ⟨10.1038/s41586-020-2940-2⟩
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Preprints, Working Papers, ...
titre Endosperm turgor pressure both promotes and restricts seed growth and size
auteur Audrey Creff, Olivier Ali, Vincent Bayle, Gwyneth Ingram, Benoit Landrein
article 2021
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titre Isomorphic unordered labeled trees up to substitution ciphering
auteur Florian Ingels, Romain Azaïs
article 2021
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titre Maximum likelihood estimation for spinal-structured trees
auteur Romain Azaïs, Benoît Henry
article 2021
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2020
Journal articles
titre Phyllotaxis as geometric canalization during plant development
auteur Christophe Godin, Christophe Golé, Stéphane Douady
article Development (Cambridge, England) , Company of Biologists, 2020, 147 (19), pp.1-45. ⟨10.1242/dev.165878⟩
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titre Contact area-dependent cell communication and the morphological invariance of ascidian embryogenesis
auteur Léo Guignard, Ulla-Maj Fiuza, Bruno Leggio, Julien Laussu, Emmanuel Faure, Gaël Michelin, Kilian Biasuz, Lars Hufnagel, Grégoire Malandain, Christophe Godin, Patrick Lemaire
article Science , American Association for the Advancement of Science (AAAS), 2020, 369 (6500), pp.158. ⟨10.1126/science.aar5663⟩
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titre Skeletonization of Plant Point Cloud Data Using Stochastic Optimization Framework
auteur Ayan Chaudhury, Christophe Godin
article Frontiers in Plant Science , Frontiers, 2020, 11, ⟨10.3389/fpls.2020.00773⟩
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titre Temporal integration of auxin information for the regulation of patterning
auteur Carlos Galvan-Ampudia, Guillaume Cerutti, Jonathan Legrand, Geraldine Brunoud, Raquel Martin Arevalillo, Romain Azaïs, Vincent Bayle, Steven Moussu, Christian Wenzl, Yvon Jaillais, Jan U Lohmann, Christophe Godin, Teva Vernoux
article eLife , eLife Sciences Publication, 2020, 9, ⟨10.7554/eLife.55832⟩
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titre Cellular Heterogeneity in Pressure and Growth Emerges from Tissue Topology and Geometry
auteur Yuchen Long, Ibrahim Cheddadi, Gabriella Mosca, Vincent Mirabet, Mathilde Dumond, Annamaria Kiss, Jan Traas, Christophe Godin, Arezki Boudaoud
article Current Biology - CB , Elsevier, 2020, 30 (8), pp.1504-1516.e8. ⟨10.1016/j.cub.2020.02.027⟩
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titre Sugar availability suppresses the auxin-induced strigolactone pathway to promote bud outgrowth
auteur Jessica Bertheloot, Francois Barbier, Fréderic Boudon, Maria Dolores Perez-Garcia, Thomas Peron, Sylvie Citerne, Elizabeth Dun, Christine Beveridge, Christophe Godin, Soulaiman Sakr
article New Phytologist , Wiley, 2020, 225 (2), pp.866-879. ⟨10.1111/nph.16201⟩
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titre The Weight Function in the Subtree Kernel is Decisive
auteur Romain Azaïs, Florian Ingels
article Journal of Machine Learning Research , Microtome Publishing, 2020, 21
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titre Cortical tension overrides geometrical cues to orient microtubules in confined protoplasts
auteur Leia Colin, Antoine Chevallier, Satoru Tsugawa, Florian Gacon, Christophe Godin, Virgile Viasnoff, Timothy Saunders, Olivier Hamant
article Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America , National Academy of Sciences, 2020, 117 (51), pp.32731-32738. ⟨10.1073/pnas.2008895117⟩
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titre Microtubule-Mediated Wall Anisotropy Contributes to Leaf Blade Flattening
auteur Feng Zhao, Fei Du, Hadrien Oliveri, Lüwen Zhou, Olivier Ali, Wenqian Chen, Shiliang Feng, Qingqing Wang, Shouqin Lü, Mian Long, René Schneider, Arun Sampathkumar, Christophe Godin, Jan Traas, Yuling Jiao
article Current Biology - CB , Elsevier, 2020, 30 (20), pp.3972. ⟨10.1016/j.cub.2020.07.076⟩
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2019
Journal articles
titre Introduction
auteur Mark Alber, Christophe Godin, Philip K. Maini, Roeland M.H. Merks, Eric Mjolsness
article Bulletin of Mathematical Biology , Springer Verlag, 2019, pp.3214-3218. ⟨10.1007/s11538-019-00649-2⟩
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titre Treex : a Python package for manipulating rooted trees
auteur Romain Azaïs, Guillaume Cerutti, Didier Gemmerlé, Florian Ingels
article Journal of Open Source Software , Open Journals, 2019, 4 (38), pp.1-2. ⟨10.21105/joss.01351⟩
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titre Estimation of the average number of continuous crossings for non-stationary non-diffusion processes
auteur Romain Azaïs, Alexandre Genadot
article Journal of Statistical Planning and Inference , Elsevier, 2019, 198, pp.119-138. ⟨10.1016/j.jspi.2018.04.002⟩
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titre Coupling water fluxes with cell wall mechanics in a multicellular model of plant development
auteur Ibrahim Cheddadi, Michel Génard, Nadia Bertin, Christophe Godin
article PLoS Computational Biology , Public Library of Science, 2019, 15 (6), ⟨10.1371/journal.pcbi.1007121⟩
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titre Regulation of plant cell wall stiffness by mechanical stress: a mesoscale physical model
auteur Hadrien Oliveri, Jan Traas, Christophe Godin, Olivier Ali
article Journal of Mathematical Biology , Springer Verlag (Germany), 2019, 78 (3), pp.625-653. ⟨10.1007/s00285-018-1286-y⟩
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titre Simulating Turgor-Induced Stress Patterns in Multilayered Plant Tissues
auteur Olivier Ali, Hadrien Oliveri, Jan Traas, Christophe Godin
article Bulletin of Mathematical Biology , Springer Verlag, 2019, 81 (8), pp.1-23. ⟨10.1007/s11538-019-00622-z⟩
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titre Inference for conditioned Galton-Watson trees from their Harris path
auteur Romain Azaïs, Alexandre Genadot, Benoît Henry
article ALEA : Latin American Journal of Probability and Mathematical Statistics , Instituto Nacional de Matemática Pura e Aplicada, 2019, 16 (1), pp.1-45. ⟨10.30757/ALEA.v16-21⟩
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titre Light Regulation of Axillary Bud Outgrowth Along Plant Axes: An Overview of the Roles of Sugars and Hormones
auteur Anne Schneider, Christophe Godin, Frédéric Boudon, Sabine Demotes-Mainard, Soulaiman Sakr, Jessica Bertheloot
article Frontiers in Plant Science , Frontiers, 2019, 10, pp.1-17. ⟨10.3389/fpls.2019.01296⟩
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titre Nearest embedded and embedding self-nested trees
auteur Romain Azaïs
article Algorithms , MDPI, 2019, 12 (9), pp.1-16. ⟨10.3390/a12090180⟩
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titre MorphoNet: an interactive online morphological browser to explore complex multi-scale data
auteur Bruno Leggio, Julien Laussu, Axel Carlier, Christophe Godin, Patrick Lemaire, Emmanuel Faure
article Nature Communications , Nature Publishing Group, 2019, 10 (2812), pp.1-8. ⟨10.1038/s41467-019-10668-1⟩
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Preprints, Working Papers, ...
titre Coupling water fluxes with cell wall mechanics in a multicellular model of plant development: Supplementary info for the main article
auteur Ibrahim Cheddadi, Michel Génard, Nadia Bertin, Christophe Godin
article 2019
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2018
Journal articles
titre Transcriptional induction of cell wall remodelling genes is coupled to microtubule-driven growth isotropy at the shoot apex in Arabidopsis
auteur Alessia Armezzani, Ursula Abad, Olivier Ali, Amélie Andres Robin, Laetitia Vachez, Antoine Larrieu, Ewa Mellerowicz, Ludivine Taconnat, Virginie Battu, Thomas Stanislas, Mengying Liu, Teva Vernoux, Jan Traas, Massimiliano Sassi
article Development (Cambridge, England) , Company of Biologists, 2018, 145 (11), ⟨10.1242/dev.162255⟩
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titre Bark and Leaf Fusion Systems to Improve Automatic Tree Species Recognition
auteur Sarah Bertrand, Rihab Ben Ameur, Guillaume Cerutti, Didier Coquin, Lionel Valet, Laure Tougne
article Ecological Informatics , Elsevier, 2018, ⟨10.1016/j.ecoinf.2018.05.007⟩
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titre An image analysis pipeline to quantify emerging cracks in materials or adhesion defects in living tissues
auteur Stéphane Verger, Guillaume Cerutti, Olivier Hamant
article Bio-protocol , Bio-protocol LCC, 2018, 8 (19), pp.1-16. ⟨10.21769/BioProtoc.3036⟩
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titre An Image Analysis Pipeline to Quantify Emerging Cracks in Materials or Adhesion Defects in Living Tissues
auteur Stéphane Verger, Guillaume Cerutti, Olivier Hamant
article Bio-protocol , Bio-protocol LCC, 2018, 8 (19)
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Book sections
titre Level Crossings and Absorption of an Insurance Model
auteur Romain Azaïs, Alexandre Genadot
article Romain Azaïs; Florian Bouguet. Statistical Inference for Piecewise-deterministic Markov Processes , Wiley, pp.65-105, 2018, 978-1-786-30302-8. ⟨10.1002/9781119507338.ch3⟩
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titre Rupture detection in fatigue crack propagation
auteur Romain Azaïs, Anne Gégout-Petit, Florine Greciet
article Romain Azaïs; Florian Bouguet. Statistical Inference for Piecewise-deterministic Markov Processes , Wiley, pp.173-207, 2018, 978-1-786-30302-8. ⟨10.1002/9781119507338.ch6⟩
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Preprints, Working Papers, ...
titre From spatio-temporal morphogenetic gradients to rhythmic patterning at the shoot apex
auteur Carlos Galvan-Ampudia, Guillaume Cerutti, Jonathan Legrand, Romain Azaïs, Geraldine Brunoud, Steven Moussu, Christian Wenzl, Jan Lohmann, Christophe Godin, Teva Vernoux
article 2018
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