PUBLICATIONS : MOSAIC

Publications HAL du labo/EPI 1001887;772

2022

Journal articles

titre
Enumeration of Irredundant Forests
auteur
Florian Ingels, Romain Azaïs
article
Theoretical Computer Science, Elsevier, 2022, ⟨10.1016/j.tcs.2022.04.033⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02511901/file/main.pdf BibTex
titre
Benchmarking of deep learning algorithms for 3D instance segmentation of confocal image datasets
auteur
Anuradha Kar, Manuel Petit, Yassin Refahi, Guillaume Cerutti, Christophe Godin, Jan Traas
article
PLoS Computational Biology, Public Library of Science, 2022, 18 (4), pp.e1009879. ⟨10.1371/journal.pcbi.1009879⟩
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titre
cvmgof: an R package for Cramér-von Mises goodness-of-fit tests in regression models
auteur
Romain Azaïs, Sandie Ferrigno, Marie-José Martinez
article
Journal of Statistical Computation and Simulation, Taylor & Francis, 2022, 92 (6), pp.1246-1266. ⟨10.1080/00949655.2021.1991346⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03101612/file/cvmgof_paper.pdf BibTex

Book sections

titre
Introduction to to Computational Modeling of Multicellular Tissues
auteur
Jean-Louis Dinh, Christophe Godin, Eugenio Azpeitia
article
Plant Systems Biology, 2395, Springer New York, pp.107-145, 2022, Methods in Molecular Biology, ⟨10.1007/978-1-0716-1816-5_7⟩
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Preprints, Working Papers, ...

titre
A Graph-Based Approach for Simultaneous Semantic and Instance Segmentation of Plant 3D Point Clouds
auteur
Katia Mirande, Christophe Godin, Marie Tisserand, Julie Charlaix, Fabrice Besnard, Franck Hétroy-Wheeler
article
2022
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https://hal.inria.fr/hal-03746572/file/SegmentationPaperKatia-hal_3.pdf BibTex
titre
Endosperm turgor pressure both promotes and restricts seed growth and size
auteur
Audrey Creff, Olivier Ali, Vincent Bayle, Gwyneth Ingram, Benoit Landrein
article
2022
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2021

Journal articles

titre
What shoots can teach about theories of plant form
auteur
Teva Vernoux, Fabrice Besnard, Christophe Godin
article
Nature Plants, Nature Publishing Group, 2021, 7 (6), pp.716-724. ⟨10.1038/s41477-021-00930-0⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03393502/file/Plant_Form_Perspective_Final_Ref_formatted.pdf BibTex
titre
BVPy: A FEniCS-based Python package to ease the expression and study of boundary value problems in Biology.
auteur
Florian Gacon, Christophe Godin, Olivier Ali
article
Journal of Open Source Software, Open Journals, 2021, 6 (59), pp.1-6. ⟨10.21105/joss.02831⟩
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titre
A multiscale analysis of early flower development in Arabidopsis provides an integrated view of molecular regulation and growth control
auteur
Yassin Refahi, Argyris Zardilis, Gaël Michelin, Raymond Wightman, Bruno Leggio, Jonathan Legrand, Emmanuel Faure, Laetitia Vachez, Alessia Armezzani, Anne-Evodie Risson, Feng Zhao, Pradeep Das, Nathanaël Prunet, Elliot Meyerowitz, Christophe Godin, Grégoire Malandain, Henrik Jönsson, Jan Traas
article
Developmental Cell, Elsevier, 2021, 56 (4), pp.540-556.e8. ⟨10.1016/j.devcel.2021.01.019⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-03299500/file/2020.09.25.313312v1.full.pdf BibTex
titre
Cauliflower fractal forms arise from perturbations of floral gene networks
auteur
Eugenio Azpeitia, Gabrielle Tichtinsky, Marie Le Masson, Antonio Serrano-Mislata, Jérémy Lucas, Veronica Gregis, Carlos Gimenez, Nathanaël Prunet, Etienne Farcot, Martin Kater, Desmond Bradley, Francisco Madueño, Christophe Godin, Francois Parcy
article
Science, American Association for the Advancement of Science (AAAS), 2021, 373 (6551), pp.192-197. ⟨10.1126/science.abg5999⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03291136/file/Azpeitia%20et%20al_main_final.pdf BibTex
titre
Organ geometry channels reproductive cell fate in the Arabidopsis ovule primordium
auteur
Elvira Hernandez-Lagana, Gabriella Mosca, Ethel Mendocilla-Sato, Nuno Pires, Anja Frey, Alejandro Giraldo-Fonseca, Caroline Michaud, Ueli Grossniklaus, Olivier Hamant, Christophe Godin, Arezki Boudaoud, Daniel Grimanelli, Daphné Autran, Célia Baroux
article
eLife, eLife Sciences Publication, 2021, 10, pp.e66031. ⟨10.7554/eLife.66031⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03533741/file/elife-66031-v2.pdf BibTex
titre
A network of transcriptional repressors modulates auxin responses.
auteur
Jekaterina Truskina, Jingyi Han, Elina Chrysanthou, Carlos Galvan-Ampudia, Stéphanie Lainé, Geraldine Brunoud, Julien Macé, Simon Bellows, Jonathan Legrand, Anne-Maarit Bågman, Margot Smit, Ondrej Smetana, Arnaud Stigniani, Silvana Porco, Malcom J. Bennett, Ari Pekka Mähönen, Francois Parcy, Etienne Farcot, François Roudier, Siobhan M Brady, Anthony Bishopp, Teva Vernoux
article
Nature, Nature Publishing Group, 2021, 589 (7840), pp.116-119. ⟨10.1038/s41586-020-2940-2⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03021204/file/Truskina_%20main_text_all-rev6_CorrLegendFig3_withallFig.pdf BibTex

Preprints, Working Papers, ...

titre
Endosperm turgor pressure both promotes and restricts seed growth and size
auteur
Audrey Creff, Olivier Ali, Vincent Bayle, Gwyneth Ingram, Benoit Landrein
article
2021
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BibTex
titre
A quantitative gibberellin signalling biosensor reveals a role for gibberellins in internode specification at the shoot apical meristem
auteur
Teva Vernoux, Bihai Shi, Amelia Felipo-Benavent, Guillaume Cerutti, Carlos Galvan-Ampudia, Lucas Jilli, Geraldine Brunoud, Jérome Mutterer, Lali Sakvarelidze-Achard, Jean-Michel Davière, Alejandro Navarro-Galiano, Ankit Walia, Shani Lazary, Jonathan Legrand, Roy Weinstein, Alexander Jones, Salomé Prat, Patrick Achard
article
2021
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BibTex
titre
Maximum likelihood estimation for spinal-structured trees
auteur
Romain Azaïs, Benoît Henry
article
2021
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https://arxiv.org/pdf/2101.05099 BibTex

2020

Journal articles

titre
Phyllotaxis as geometric canalization during plant development
auteur
Christophe Godin, Christophe Golé, Stéphane Douady
article
Development (Cambridge, England), Company of Biologists, 2020, 147 (19), pp.1-45. ⟨10.1242/dev.165878⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03014239/file/Manuscript%20%2B%20suppmat.pdf BibTex
titre
Contact area-dependent cell communication and the morphological invariance of ascidian embryogenesis
auteur
Léo Guignard, Ulla-Maj Fiuza, Bruno Leggio, Julien Laussu, Emmanuel Faure, Gaël Michelin, Kilian Biasuz, Lars Hufnagel, Grégoire Malandain, Christophe Godin, Patrick Lemaire
article
Science, American Association for the Advancement of Science (AAAS), 2020, 369 (6500), pp.158. ⟨10.1126/science.aar5663⟩
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BibTex
titre
Skeletonization of Plant Point Cloud Data Using Stochastic Optimization Framework
auteur
Ayan Chaudhury, Christophe Godin
article
Frontiers in Plant Science, Frontiers, 2020, 11, ⟨10.3389/fpls.2020.00773⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03029993/file/2020_Chaudhury_Front_Plant_Sci.pdf BibTex
titre
Temporal integration of auxin information for the regulation of patterning
auteur
Carlos Galvan-Ampudia, Guillaume Cerutti, Jonathan Legrand, Geraldine Brunoud, Raquel Martin Arevalillo, Romain Azaïs, Vincent Bayle, Steven Moussu, Christian Wenzl, yvon Jaillais, Jan U Lohmann, Christophe Godin, Teva Vernoux
article
eLife, eLife Sciences Publication, 2020, 9, ⟨10.7554/eLife.55832⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02368529/file/elife-55832-v1%20%283%29.pdf BibTex
titre
Cellular Heterogeneity in Pressure and Growth Emerges from Tissue Topology and Geometry
auteur
Yuchen Long, Ibrahim Cheddadi, Gabriella Mosca, Vincent Mirabet, Mathilde Dumond, Annamaria Kiss, Jan Traas, Christophe Godin, Arezki Boudaoud
article
Current Biology - CB, Elsevier, 2020, 30 (8), pp.1504-1516.e8. ⟨10.1016/j.cub.2020.02.027⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03029965/file/S0960982220302001.pdf BibTex
titre
The Weight Function in the Subtree Kernel is Decisive
auteur
Romain Azaïs, Florian Ingels
article
Journal of Machine Learning Research, Microtome Publishing, 2020, 21, pp.1-36
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02097593/file/main.pdf BibTex
titre
Sugar availability suppresses the auxin-induced strigolactone pathway to promote bud outgrowth
auteur
Jessica Bertheloot, Francois Barbier, Fréderic Boudon, Maria Dolores Perez-Garcia, Thomas Peron, Sylvie Citerne, Elizabeth Dun, Christine Beveridge, Christophe Godin, Soulaiman Sakr
article
New Phytologist, Wiley, 2020, 225 (2), pp.866-879. ⟨10.1111/nph.16201⟩
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https://hal-agrocampus-ouest.archives-ouvertes.fr/hal-02402977/file/Bertheloot_et_al-2019-New_Phytologist%281%29.pdf BibTex
titre
Cortical tension overrides geometrical cues to orient microtubules in confined protoplasts
auteur
Leia Colin, Antoine Chevallier, Satoru Tsugawa, Florian Gacon, Christophe Godin, Virgile Viasnoff, Timothy Saunders, Olivier Hamant
article
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, National Academy of Sciences, 2020, 117 (51), pp.32731-32738. ⟨10.1073/pnas.2008895117⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03063893/file/Colin%20PNAS%202020.pdf BibTex
titre
Microtubule-Mediated Wall Anisotropy Contributes to Leaf Blade Flattening
auteur
Feng Zhao, Fei Du, Hadrien Oliveri, Lüwen Zhou, Olivier Ali, Wenqian Chen, Shiliang Feng, Qingqing Wang, Shouqin Lü, Mian Long, René Schneider, Arun Sampathkumar, Christophe Godin, Jan Traas, Yuling Jiao
article
Current Biology - CB, Elsevier, 2020, 30 (20), pp.3972. ⟨10.1016/j.cub.2020.07.076⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02370615/file/604710.full.pdf BibTex

2019

Journal articles

titre
Introduction
auteur
Mark Alber, Christophe Godin, Philip K. Maini, Roeland M.H. Merks, Eric Mjolsness
article
Bulletin of Mathematical Biology, Springer Verlag, 2019, pp.3214-3218. ⟨10.1007/s11538-019-00649-2⟩
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BibTex
titre
Treex : a Python package for manipulating rooted trees
auteur
Romain Azaïs, Guillaume Cerutti, Didier Gemmerlé, Florian Ingels
article
Journal of Open Source Software, Open Journals, 2019, 4 (38), pp.1-2. ⟨10.21105/joss.01351⟩
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BibTex
titre
Estimation of the average number of continuous crossings for non-stationary non-diffusion processes
auteur
Romain Azaïs, Alexandre Genadot
article
Journal of Statistical Planning and Inference, Elsevier, 2019, 198, pp.119-138. ⟨10.1016/j.jspi.2018.04.002⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01499914/file/crossings.pdf BibTex
titre
Regulation of plant cell wall stiffness by mechanical stress: a mesoscale physical model
auteur
Hadrien Oliveri, Jan J. Traas, Christophe Godin, Olivier Ali
article
Journal of Mathematical Biology, Springer Verlag (Germany), 2019, 78 (3), pp.625-653. ⟨10.1007/s00285-018-1286-y⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01691110/file/oliveri_et_al2018_regulation.pdf BibTex
titre
Simulating Turgor-Induced Stress Patterns in Multilayered Plant Tissues
auteur
Olivier Ali, Hadrien Oliveri, Jan Traas, Christophe Godin
article
Bulletin of Mathematical Biology, Springer Verlag, 2019, 81 (8), pp.1-23. ⟨10.1007/s11538-019-00622-z⟩
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https://hal.inria.fr/hal-02154814/file/alietal_2019_Author_proof.pdf BibTex
titre
Inference for conditioned Galton-Watson trees from their Harris path
auteur
Romain Azaïs, Alexandre Genadot, Benoît Henry
article
ALEA : Latin American Journal of Probability and Mathematical Statistics, Instituto Nacional de Matemática Pura e Aplicada, 2019, 16 (1), pp.1-45. ⟨10.30757/ALEA.v16-21⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01360650/file/main.pdf BibTex
titre
Nearest embedded and embedding self-nested trees
auteur
Romain Azaïs
article
Algorithms, MDPI, 2019, 12 (9), pp.1-16. ⟨10.3390/a12090180⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01584078/file/main.pdf BibTex
titre
Light Regulation of Axillary Bud Outgrowth Along Plant Axes: An Overview of the Roles of Sugars and Hormones
auteur
Anne Schneider, Christophe Godin, Frédéric Boudon, Sabine Demotes-Mainard, Soulaiman Sakr, Jessica Bertheloot
article
Frontiers in Plant Science, Frontiers, 2019, 10, pp.1-17. ⟨10.3389/fpls.2019.01296⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02327576/file/Schneider%20et%20al%202019%20Frontiers%20Pl%20Sci.pdf BibTex
titre
MorphoNet: an interactive online morphological browser to explore complex multi-scale data
auteur
Bruno Leggio, Julien Laussu, Axel Carlier, Christophe Godin, Patrick Lemaire, Emmanuel Faure
article
Nature Communications, Nature Publishing Group, 2019, 10 (2812), pp.1-8. ⟨10.1038/s41467-019-10668-1⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01938153/file/s41467-019-10668-1.pdf BibTex
titre
Coupling water fluxes with cell wall mechanics in a multicellular model of plant development
auteur
Ibrahim Cheddadi, Michel Génard, Nadia Bertin, Christophe Godin
article
PLoS Computational Biology, Public Library of Science, 2019, 15 (6), ⟨10.1371/journal.pcbi.1007121⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02166490/file/2019_Cheddadiet_plosOne.pdf BibTex

Preprints, Working Papers, ...

titre
Coupling water fluxes with cell wall mechanics in a multicellular model of plant development: Supplementary info for the main article
auteur
Ibrahim Cheddadi, Michel Génard, Nadia Bertin, Christophe Godin
article
2019
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https://hal.inrae.fr/hal-02788248/file/Cheddadi-Biorxiv-2019_1.pdf BibTex

2018

Journal articles

titre
Transcriptional induction of cell wall remodelling genes is coupled to microtubule-driven growth isotropy at the shoot apex in Arabidopsis
auteur
Alessia Armezzani, Ursula Abad, Olivier Ali, Amélie Andres Robin, Laetitia Vachez, Antoine Larrieu, Ewa Mellerowicz, Ludivine Taconnat, Virginie Battu, Thomas Stanislas, Mengying Liu, Teva Vernoux, Jan Traas, Massimiliano Sassi
article
Development (Cambridge, England), Company of Biologists, 2018, 145 (11), ⟨10.1242/dev.162255⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01894645/file/CA51A8F3-17C5-40B9-8066-171241C3A773.pdf BibTex
titre
Bark and Leaf Fusion Systems to Improve Automatic Tree Species Recognition
auteur
Sarah Bertrand, Rihab Ben Ameur, Guillaume Cerutti, Didier Coquin, Lionel Valet, Laure Tougne
article
Ecological Informatics, Elsevier, 2018, ⟨10.1016/j.ecoinf.2018.05.007⟩
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BibTex
titre
An image analysis pipeline to quantify emerging cracks in materials or adhesion defects in living tissues
auteur
Stéphane Verger, Guillaume Cerutti, Olivier Hamant
article
Bio-protocol , Bio-protocol LCC, 2018, 8 (19), pp.1-16. ⟨10.21769/BioProtoc.3036⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02171434/file/2018_Verger_Bio_Protoc.pdf BibTex
titre
An Image Analysis Pipeline to Quantify Emerging Cracks in Materials or Adhesion Defects in Living Tissues
auteur
Stéphane Verger, Guillaume Cerutti, Olivier Hamant
article
Bio-protocol , Bio-protocol LCC, 2018, 8 (19)
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https://hal.inria.fr/hal-01940178/file/Bio-protocol3036.pdf BibTex

Book sections

titre
Rupture detection in fatigue crack propagation
auteur
Romain Azaïs, Anne Gégout-Petit, Florine Greciet
article
Romain Azaïs; Florian Bouguet. Statistical Inference for Piecewise-deterministic Markov Processes, Wiley, pp.173-207, 2018, 978-1-786-30302-8. ⟨10.1002/9781119507338.ch6⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01862267/file/chapter_fcp.pdf BibTex
titre
Level Crossings and Absorption of an Insurance Model
auteur
Romain Azaïs, Alexandre Genadot
article
Romain Azaïs; Florian Bouguet. Statistical Inference for Piecewise-deterministic Markov Processes, Wiley, pp.65-105, 2018, 978-1-786-30302-8. ⟨10.1002/9781119507338.ch3⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01862266/file/chapter_ins.pdf BibTex

Preprints, Working Papers, ...

titre
From spatio-temporal morphogenetic gradients to rhythmic patterning at the shoot apex
auteur
Carlos Galvan-Ampudia, Guillaume Cerutti, Jonathan Legrand, Romain Azaïs, Geraldine Brunoud, Steven Moussu, Christian Wenzl, Jan U Lohmann, Christophe Godin, Teva Vernoux
article
2018
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-01937928/file/469718.full.pdf BibTex