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Signalisation hormonale et développement

Personnel du RDP


(33) 4 72 72 86 01


(33) 4 72 72 89 82


(33) 4 72 72 89 82

Géraldine BRUNOUD

(33) 4 72 72 86 04

Jonathan LEGRAND

(33)4 72 72 86 04

Stéphanie HALLET

(33) 4 72 72 86 03

Bihai SHI

(33) 4 72 72 86 14
Postdoc ANR


(33) 4 72 72 86 14
Postdoc CNRS


(33) 4 72 72 XX XX


(33) 4 72 72 XX XX

Justine BOITEL

(33) 4 72 72 XX XX


(33) 4 72 72 86 06



Thesis ENS

Wenqian CHEN

(33) 4 72 72 XX XX


Yassin Refahi, Argyris Zardilis, Gaël Michelin, Raymond Wightman, Bruno Leggio, Jonathan Legrand, Emmanuel Faure, Laetitia Vachez, Alessia Armezzani, Anne-Evodie Risson, Feng Zhao, Pradeep Das, Nathanaël Prunet, Elliot M Meyerowitz, Christophe Godin, Grégoire Malandain, Henrik Jönsson, Jan Traas "A multiscale analysis of early flower development in Arabidopsis provides an integrated view of molecular regulation and growth control". Dev. Cell 56 540-556.e8 (2021)
A multiscale analysis of early flower development in Arabidopsis provides an integrated view of molecular regulation and growth control


Galvan-Ampudia CS, Cerutti G, Legrand J, Brunoud G, Martin-Arevalillo R, Azais R, Bayle V, Moussu S, Wenzl C, Jaillais Y, Lohmann JU, Godin C, Vernoux T. "Temporal integration of auxin information for the regulation of patterning.". Elife 9:e55832 (2020)
PMID : 32379043

Fabrice Besnard, Joao Picao-Osorio, Clément Dubois, Marie-Anne Félix "A broad mutational target explains a fast rate of phenotypic evolution". eLife (2020)

Elsa Véron, Teva Vernoux, Yoan Coudert "Phyllotaxis from a Single Apical Cell". Trends in Plant Science Elsevier (2020)

Jekaterina Truskina, Jingyi Han, Elina Chrysanthou, Carlos S. Galvan-Ampudia, Stéphanie Lainé, Géraldine Brunoud, Julien Macé, Simon Bellows, Jonathan Legrand, Anne-Maarit Bågman, Margot E. Smit, Ondřej Smetana, Arnaud Stigliani, Silvana Porco, Malcolm J. Bennett, Ari Pekka Mähönen, François Parcy, Etienne Farcot, Francois Roudier, Siobhan M. Brady, Anthony Bishopp & Teva Vernoux "A network of transcriptional repressors modulates auxin responses". Nature (2020)


Maugarny-Calès A, Cortizo M, Adroher B, Borrega N, Gonçalves B, Brunoud G, Vernoux T, Arnaud N, Laufs P. "Dissecting the pathways coordinating patterning and growth by plant boundary domains.". PLoS Genetics 1 (2019)
PMID : 30677017

Yoan Coudert, Ondrej Novak, C. Jill Harrison "A KNOX-Cytokinin Regulatory Module Predates the Origin of Indeterminate Vascular Plants". Current Biology 29 1-8 Cell Press (2019)

Coudert Y, Harris S, Charrier B. "Design Principles of Branching Morphogenesis in Filamentous Organisms". Current biology 29 Elsevier (2019)

Delaux PM, Hetherington AJ, Coudert Y, Delwiche C, Dunand C, Gould S, Kenrick P, Li FW, Philippe H, Rensing SA, Rich M, Strullu-Derrien C, de Vries J. "Reconstructing trait evolution in plant evo-devo studies". Current biology 29 Elsevier (2019)


Moody LA, Kelly S, Coudert Y, Nimchuk ZL, Harrison CJ, Langdale JA. "Somatic hybridization provides segregating populations for the identification of causative mutations in sterile mutants of the moss Physcomitrella patens.". New Phytologist 3 (2018)
PMID : 29498048

Lopez-Obando M, de Villiers R, Hoffmann B, Ma L, de Saint Germain A, Kossmann J, Coudert Y, Harrison CJ, Rameau C, Hills P, Bonhomme S. "Physcomitrella patens MAX2 characterization suggests an ancient role for this F-box protein in photomorphogenesis rather than strigolactone signalling". New Phytologist 2 (2018)
PMID : 29781136

Stigliani A, Martin-Arevalillo R, Lucas J, Bessy A, Vinos-Poyo T, Mironova V, Vernoux T, Dumas R, Parcy F. "Capturing Auxin Response Factors Syntax Using DNA Binding Models". Molecular Plant Cell Press (2018)
PMID : 30336329

Raymond O, Gouzy J, Just J, Badouin H, Verdenaud M, Lemainque A, Vergne P, Moja S, Choisne N, Pont C, Carrère S, Caissard JC, Couloux A, Cottret L, Aury JM, Szécsi J, Latrasse D, Madoui MA, François L, Fu X, Yang SH, Dubois A, Piola F, Larrieu A, Perez M, Labadie K, Perrier L, Govetto B, Labrousse Y, Villand P, Bardoux C, Boltz V, Lopez-Roques C, Heitzler P, Vernoux T, Vandenbussche M, Quesneville H, Boualem A, Bendahmane A, Liu C, Le Bris M, Salse J, Baudino S, Benhamed M, Wincker P, Bendahmane M. "The Rosa genome provides new insights into the domestication of modern roses.". Nature Genetics 6 772-777 (2018)
PMID : 29713014

Orosa-Puente B, Leftley N, von Wangenheim D, Banda J, Srivastava AK, Hill K, Truskina J, Bhosale R, Morris E, Srivastava M, Kümpers B, Goh T, Fukaki H, Vermeer JEM, Vernoux T, Dinneny JR, French AP, Bishopp A, Sadanandom A, Bennett MJ. "Root branching toward water involves posttranslational modification of transcription factor ARF7.". Science 6421 1407-1410 (2018)
PMID : 30573626

Armezzani A, Abad U, Ali O, Andres Robin A, Vachez L, Larrieu A, Mellerowicz EJ, Taconnat L, Battu V, Stanislas T, Liu M, Vernoux T, Traas J, Sassi M. "Transcriptional induction of cell wall remodelling genes is coupled to microtubule-driven growth isotropy at the shoot apex in Arabidopsis.". Development (2018)
PMID : 29739839

Shin JH, Mila I, Liu M, Rodrigues MA, Vernoux T, Pirrello J, Bouzayen M. "The RIN-regulated Small Auxin-Up RNA SAUR69 is involved in the unripe-to-ripe phase transition of tomato fruit via enhancement of the sensitivity to ethylene.". New Phytologist 820-836 (2018)
PMID : 30511456

Bhosale R, Giri J, Pandey BK, Giehl RFH, Hartmann A, Traini R, Truskina J, Leftley N, Hanlon M, Swarup K, Rashed A, Voß U, Alonso J, Stepanova A, Yun J, Ljung K, Brown KM, Lynch JP, Dolan L, Vernoux T, Bishopp A, Wells D, von Wirén N, Bennett MJ, Swarup R. "A mechanistic framework for auxin dependent Arabidopsis root hair elongation to low external phosphate.". Nature Communications (2018)
PMID : 29651114

Reeb C, Kaandorp J, Jansson F, Puillandre N, Dubuisson JY, Cornette R, Jabbour F, Coudert Y, Patiño J, Flot JF, Vanderpoorten A. "Quantification of complex modular architecture in plants". New Phytologist 2 (2018)
PMID : 29468683

Verger S*, Cerutti G, Hamant O "An Image Analysis Pipeline to Quantify Emerging Cracks in Materials or Adhesion Defects in Living Tissues". Bio Protoc. 8(19):e3036 (2018)
PMID : 30406157

Armezzani A, Abad U, Ali O, Andres Robin A, Vachez L, Larrieu A, Mellerowicz EJ, Taconnat L, Battu V, Stanislas T, Liu M, Vernoux T, Traas J*, Sassi M "Transcriptional induction of cell wall remodelling genes is coupled to microtubule-driven growth isotropy at the shoot apex in Arabidopsis". Development 145(11) (2018)
PMID : 29739839

Stanislas T, Platre MP, Liu M, Rambaud-Lavigne LES, Jaillais Y, Hamant O* "A phosphoinositide map at the shoot apical meristem in Arabidopsis thaliana". BMC Biol. 16(1):20 (2018)
PMID : 29415713


Besnard, F., Koutsovoulos, G., Dieudonné, S., Blaxter, M., and Félix, M.-A. "Toward Universal Forward Genetics : Using a Draft Genome Sequence of the Nematode Oscheius tipulae To Identify Mutations Affecting Vulva Development.". Genetics 206, 1747–1761. (2017)

Vernoux T & Robert S "Auxin 2016 : A burst of auxin in the warmth south of China". Development 533-540 (2017)

Martin-Arevalillo R, Nanao MH, Larrieu A, Vinos-Poyo T, Mast D, Galvan-Ampudia C, Brunoud G, Vernoux T, Dumas R, Parcy F. "The structure of the Arabidopsis TOPLESS corepressor provides insight into the evolution of transcriptional repression". Proceedings of the National Academy of Sciences 30 8107-8112 (2017)
PMID : 28698367

Coudert Y, Bell NE, Edelin C & Harrison CJ "Multiple innovations underpinned branching form diversification in mosses". New Phytologist 2 840-850 (2017)
PMID : 28470778

Truskina J, Vernoux T "The growth of a stable stationary structure : coordinating cell behavior and patterning at the shoot apical meristem". Current Opinion in Plant Biology 41 83-88 (2017)

Coudert Y. "The evolution of branching in land plants : between conservation and diversity". Evolutionary Developmental Biology. Springer, Cham (2017)
Evolutionary Developmental Biology - A Reference Guide, L. Nuño de la Rosa, G.B. Müller


Lauxmann M. A., Annunziata M. G., Brunoud G., Wahl V., Koczut A., Burgos A., Olas J.J., Maximova E., Abel C., Schlereth A., Soja A.M., Bläsing O.E. and Lunn J.E. and Vernoux T., & Stitt M. "Reproductive failure in Arabidopsis thaliana under transient carbohydrate limitation : Flowers and very young siliques are jettisoned and the meristem is maintained to allow successful resumption of reproductive growth". Plant, Cell and Environment 4 745-767 (2016)

Legrand J., Léger J.-B., Robin S., Vernoux T. & Guédon Y. "Modelling the influence of dimerisation sequence dissimilarities on the auxin signalling network". BMC Systems Biology 1 (2016)

Parcy F., Vernoux T. & Dumas R. "A Glimpse beyond Structures in Auxin-Dependent Transcription". Trends in Plant Science 7 574–583 (2016)

Galvan-Ampudia C. S., Chaumeret A. M., Godin C. & Vernoux T. "Phyllotaxis : from patterns of organogenesis at the meristem to shoot architecture". Wiley Interdisciplinary Reviews: Developmental Biology 5 460-473 (2016)

Refahi, Y., Brunoud, G., Farcot, E., Jean-Marie, A., Pulkkinen, M., Vernoux, T., & Godin, C. "A stochastic multicellular model identifies biological watermarks from disorders in self-organized patterns of phyllotaxis". eLife 5 231–244 (2016)
Featured in Labtimes (p. 34-35), CNRS national website, ENS Lyon website.

Larrieu, A., & Vernoux, T. "Q&A : How does jasmonate signaling enable plants to adapt and survive ?". BMC Biology 1 79 (2016)


Landrein B, Refahi Y, Besnard F, Hervieux N, Mirabet V, Boudaoud A, Vernoux T, Hamant O. "Meristem size contributes to the robustness of phyllotaxis in Arabidopsis.". Journal of Experimental Botany 66 1317-24 (2015)
PMID : 25504644

Larrieu A., Champion A., Legrand J., Lavenus J., Mast D., Brunoud G., Oh J., Guyomarc’h S., Pizot M., Farmer E.E., Turnbull C., Vernoux T.*, Bennett M.*, & Laplaze L.* "A fluorescent hormone biosensor reveals the dynamics of jasmonate signalling in plants". Nature Communications 6 (2015)
Featured in Nature Plants, Science & Avenir (French science magazine for general public), Le Monde (Blog Passeur de Sciences), Libération (Blog Sciences2) and CNRS, INRA, ENS Lyon and Nottingham University websites

Liao, C.-Y., Smet, W., Brunoud, G., Yoshida, S., Vernoux, T., & Weijers, D. "Reporters for sensitive and quantitative measurement of auxin response". Nature Methods 3 207-210 (2015)

Larrieu, A., & Vernoux, T. "Comparison of plant hormone signalling systems". Essays in Biochemistry 165-181 (2015)

Farcot E, Lavedrine C, & Vernoux T "A modular analysis of the auxin signalling network". PLoS ONE 10 (2015)
PMID : 25807071

Colling, J., Tohge, T., De Clercq, R., Brunoud, G., Vernoux, T., Fernie, A. R., Makunga, N.P., Goossens, A., & Pauwels, L. "Overexpression of the Arabidopsis thaliana signalling peptide TAXIMIN1 affects lateral organ development". Journal of Experimental Botany 66 5337–5349 (2015)

Lavedrine, C., Farcot, E., & Vernoux, T. "Modeling plant development : From signals to gene networks". Current Opinion in Plant Biology 148–153 (2015)
PMID : 26247125

Cerutti, G., Ribes, S., Godin, C., Galvan-Ampudia, C., & Vernoux, T. "3-d Tessellation of Plant Tissue-A Dual Optimization Approach to Cell-Level Meristem Reconstruction from Microscopy Images". IEEE - 2015 International Conference on 3D Vision 443–451 (2015)

Moreno-Risueno, M. A., Sozzani, R., Yardımcı, G. G., Petricka, J. J., Vernoux, T., Blilou, I., Alonso, J., Winter, C.M., Ohler, U., Scheres, B., & Benfey, P. N. "Transcriptional control of tissue formation throughout root development". Science 6259 426–30 (2015)

Landrein B, Kiss A, Sassi M, Chauvet A, Das P, Cortizo M, Laufs P, Takeda S, Aida M, Traas J, Vernoux T, Boudaoud A, Hamant O. "Mechanical stress contributes to the expression of the STM homeobox gene in Arabidopsis shoot meristems.". Elife 4 (2015)
PMID : 26623515
Featured in F1000 (2★)


Sassi M, Ali O, Boudon F, Cloarec G, Abad U, Cellier C, Chen X, Gilles B, Milani P, Friml J, Vernoux T, Godin C, Hamant O, Traas J "An auxin-mediated shift toward growth isotropy promotes organ formation at the shoot meristem in Arabidopsis". Curr Biol. 24(19):2335-42 (2014)
PMID : 25264254

Landrein B, Vernoux T "Auxin, chief architect of the shoot Apex". Auxin and its role in plant development pp 191-212 Zazimalova et al., eds (Springer-Verlag Wien) (2014)
Besnard, F., Refahi, Y., Morin, V., Marteaux, B., Brunoud, G., Chambrier, P., Rozier F., Mirabet V., Legrand J., Lainé S., Thévenon E., Farcot E., Cellier C., Das P., Bishopp A., Dumas R., Parcy F., Helariutta Y., Boudaoud A., Godin C., Traas J., Guédon Y., & Vernoux, T. "Cytokinin signalling inhibitory fields provide robustness to phyllotaxis.". Nature. 505 417-21 (2014)
PMID : 24336201
Featured in F1000 (2★)

Galvan-Ampudia, C. S., & Vernoux, T. "Signal integration by GSK3 kinases in the root". Nature Cell Biology 1 21-23 (2014)

Band, L. R., Wells, D. M., Fozard, J. A., Ghetiu, T., French, A. P., Pound, M. P., Wilson M. H., Yu L., Li W., Hijazi H.I., Oh J., Pearce S.P., Perez-Amador M.A., Yun J., Kramer E., Alonso J.M., Godin C., Vernoux T., Hodgman T.C., Pridmore T.P., Swarup R., King J.R., & Bennett, M. J "Systems analysis of auxin transport in the Arabidopsis root apex". Plant Cell 3 862–875 (2014)
Featured in F1000 (2★)

Nanao, M. H., Vinos-Poyo, T., Brunoud, G., Thévenon, E., Mazzoleni, M., Mast, D., Lainé S., Wang S., Hagen G., Li H., Guilfoyle T.J., Parcy F., Vernoux T., & Dumas, R. "Structural basis for oligomerization of auxin transcriptional regulators". Nature Communications 5 (2014)
PMID : 24710426
Featured in F1000 (2★)

Besnard F., Rozier F., & Vernoux T. "The AHP6 cytokinin signaling inhibitor mediates an auxin-cytokinin crosstalk that regulates the timing of organ initiation at the shoot apical meristem". Plant Signaling & Behavior 9 4-7 (2014)

Wang, Q., Kohlen, W., Rossmann, S., Vernoux, T., & Theres, K. "Auxin Depletion from the Leaf Axil Conditions Competence for Axillary Meristem Formation in Arabidopsis and Tomato". Plant Cell 5 2068–2079 (2014)
Featured in F1000 (2★)

Bao, Y., Aggarwal, P., Robbins, N. E., Sturrock, C. J., Thompson, M. C., Tan, H. Q., Tham C., Duan L., Rodriguez P.L., Vernoux T., Mooney S.J., Bennett M.J. & Dinneny, J. R. "Plant roots use a patterning mechanism to position lateral root branches toward available water". Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 25 9319–24 (2014)
Featured in F1000 (3★)

Rozier, F., Mirabet, V., Vernoux, T., & Das, P. "Analysis of 3D gene expression patterns in plants using whole-mount RNA in situ hybridization". Nature Protocols 10 2464-2475 (2014)

Sassi, M., Ali, O., Boudon, F., Cloarec, G., Abad, U., Cellier, C., Milani P., Chen X., Friml J., Vernoux T., Godin C., Hamant O., & Traas, J. "An Auxin-Mediated Shift toward Growth Isotropy Promotes Organ Formation at the Shoot Meristem in Arabidopsis". Current Biology 19 2335-2342 (2014)

Hohm, T., Demarsy, E., Quan, C., Allenbach Petrolati, L., Preuten, T., Vernoux, T., Bergmann S., & Fankhauser, C. "Plasma membrane H+ -ATPase regulation is required for auxin gradient formation preceding phototropic growth". Molecular Systems Biology 9 751 (2014)

Qi, J., Wang, Y., Yu, T., Cunha, A., Wu, B., Vernoux, T., Meyerowitz E.M., & Jiao, Y. "Auxin depletion from leaf primordia contributes to organ patterning". Proceedings of the National Academy of Sciences 52 18769–18774 (2014)


Wells, D. M., Laplaze, L., Bennett, M. J., & Vernoux, T. "Biosensors for phytohormone quantification : Challenges, solutions, and opportunities". Trends in Plant Science 5 244-249 (2013)

Sassi, M., Wang, J., Ruberti, I., Vernoux, T., & Xu, J. "Shedding light on auxin movement : light-regulation of polar auxin transport in the photocontrol of plant development". Plant Signaling & Behavior 3 (2013)

Sassi, M., & Vernoux, T. "Auxin and self-organization at the shoot apical meristem". Journal of Experimental Botany 9 2579-2592 (2013)

Oliva, M., Farcot, E., & Vernoux, T. "Plant hormone signaling during development : insights from computational models". Current Opinion in Plant Biology 1 19-24 (2013)
Guédon, Y., Refahi, Y., Besnard, F., Farcot, E., Godin, C., & Vernoux, T. "Pattern identification and characterization reveal permutations of organs as a key genetically controlled property of post-meristematic phyllotaxis". Journal of Theoretical Biology 338 94-110 (2013)

Galvan-Ampudia, C. S., Julkowska, M. M., Darwish, E., Gandullo, J., Korver, R. A., Brunoud, G., Haring M.A., Munnik T., Vernoux T., & Testerink, C. "Halotropism is a response of plant roots to avoid a saline environment". Current Biology 20 2044-2050 (2013)
Featured in F1000 (9★), Nature Structural and Molecular Biology and The Scientist.


Mirabet, V., Besnard, F., Vernoux, T.*, & Boudaoud, A.* "Noise and robustness in phyllotaxis". PLoS Computational Biology 2 (2012)

Brunoud, G., Wells, D. M., Oliva, M., Larrieu, A., Mirabet, V., Burrow, A. H., Beeckman T., Kepinski S., Traas J., Bennett M.J., Vernoux, T. "A novel sensor to map auxin response and distribution at high spatio-temporal resolution". Nature 103–6 (2012)
Featured in F1000 (14★), Nature Methods, ACS Chemical Biology (p.2), The Scientist.

Band, L. R., Wells, D. M., Larrieu, A., Sun, J., Middleton, A. M., French, A. P., Brunoud G., Sato E.M., Wilson M.H., Peret B., Oliva M., Swarup R., Sairanen I., Parry G., Ljung K., Beeckman T., Garibaldi J.M., Estelle M., Owen M.R., Vissenberg K., Hodgman T.C., Pridmore T.P., King J.R., Vernoux T.*, Bennett M.J.* "Root gravitropism is regulated by a transient lateral auxin gradient controlled by a tipping-point mechanism". Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 12 4668–4673 (2012)
PMID : 22393022

Reymond, M. C., Brunoud, G., Chauvet, A., Martinez-Garcia, J. F., Martin-Magniette, M.-L., Moneger, F., & Scutt, C. P. "A Light-Regulated Genetic Module Was Recruited to Carpel Development in Arabidopsis following a Structural Change to SPATULA". The Plant Cell 7 2812–2825 (2012)

Sassi, M., Lu, Y., Zhang, Y., Wang, J., Dhonukshe, P., Blilou, I., Dai M., Li J., Gong X., Jaillais Y., Yu X., Traas J., Ruberti I., Wang H., Scheres B., Vernoux T.*, & Xu, J.* "COP1 mediates the coordination of root and shoot growth by light through modulation of PIN1- and PIN2-dependent auxin transport in Arabidopsis". Development 18 3402-12 (2012)

Middleton, A. M., Farcot, E., Owen, M. R., & Vernoux, T. "Modeling Regulatory Networks to Understand Plant Development : Small Is Beautiful". Plant Cell 10 3876–3891 (2012)


Besnard F., Vernoux T., & Hamant O. "Organogenesis from stem cells in planta : Multiple feedback loops integrating molecular and mechanical signals". Cellular and Molecular Life Sciences 17 2885–2906 (2011)

Refahi, Y., Farcot, E., Guédon, Y., Besnard, F., Vernoux, T., & Godin, C. "A Combinatorial Model of Phyllotaxis Perturbations in Arabidopsis thaliana". Lecture Notes in Computer Science 323–335 Springer, Berlin, Heidelberg. (2011)

Vernoux, T., Brunoud, G., Farcot, E., Morin, V., Van den Daele, H., Legrand, J., Oliva M., Das P., Larrieu A., Wells D., Guedon Y., Armitage L., Picard F., Guyomarc'h S., Cellier C., Parry G., Koumproglou R., Doonan J.H., Estelle M., Godin C., Kepinski S., Bennett M., De Veylder L., & Traas, J. "The auxin signalling network translates dynamic input into robust patterning at the shoot apex". Molecular Systems Biology 1 508 (2011)
Featured in F1000 (2★)

Santuari, L., Scacchi, E., Rodriguez-Villalon, A., Salinas, P., Dohmann, E. M. N., Brunoud, G., Vernoux T., Smith R.S., & Hardtke, C. S. "Positional Information by Differential Endocytosis Splits Auxin Response to Drive Arabidopsis Root Meristem Growth". Current Biology 22 1918–1923 (2011)


Vernoux, T., Besnard, F., & Traas, J. "Auxin at the shoot apical meristem". Cold Spring Harbor Perspectives in Biology 4 (2010)

Gaamouche, T., Manes, C.-L. de O., Kwiatkowska, D., Berckmans, B., Koumproglou, R., Maes, S., Beeckman T., Vernoux T., Doonan J.H., Traas J., Inze D., & De Veylder, L. "Cyclin-dependent kinase activity retains the shoot apical meristem cells in an undifferentiated state". The Plant Journal 1 26-37 (2010)

Bashandy, T., Guilleminot, J., Vernoux, T., Caparros-Ruiz, D., Ljung, K., Meyer, Y., & Reichheld, J.-P. "Interplay between the NADP-Linked Thioredoxin and Glutathione Systems in Arabidopsis Auxin Signaling". Plant Cell 2 376–391 (2010)
(2010). . The Plant Cell, 22(2), 376–391.

De Rybel, B., Vassileva, V., Parizot, B., Demeulenaere, M., Grunewald, W., Audenaert, D., Van Campenhout J., Overvoorde P., Jansen L., Vanneste S., Moller B., Wilson M., Holman T., Van Isterdael G., Brunoud G., Vuylsteke M., Vernoux T., De Veylder L., Inze D., Weijers D., Bennett M.J., & Beeckman, T. "A Novel Aux/IAA28 Signaling Cascade Activates GATA23-Dependent Specification of Lateral Root Founder Cell Identity". Current Biology 19 1697–1706 (2010)

Traas, J., & Vernoux, T. "Oscillating Roots". Science 5997 1290–1291 (2010)

Sozzani, R., Cui, H., Moreno-Risueno, M. a, Busch, W., Van Norman, J. M., Vernoux, T., Brady S.M., Dewitte W., Murray J.A., & Benfey, P. N. "Spatiotemporal regulation of cell-cycle genes by SHORTROOT links patterning and growth". Nature 7302 128–132 (2010)


Das P, Ito T, Wellmer F, Vernoux T, Dedieu A, Traas J, Meyerowitz EM "Floral stem cell termination involves the direct regulation of AGAMOUS by PERIANTHIA". Development 10 1605-1611 (2009)
PMID : 19395638


Djian-Caporalino C, Fazari A, Arguel MJ, Vernie T, VandeCasteele C, Faure I, Brunoud G, Pijarowski L, Palloix A, Lefebvre V, Abad P "Root-knot nematode (Meloidogyne spp.) Me resistance genes in pepper (Capsicum annuum L.) are clustered on the P9 chromosome". Theoretical and Applied Genetics 3 473-486 (2007)
PMID : 17136373

Cui H, Levesque MP*, Vernoux T*, Jung JW, Paquette AJ, Gallagher KL, Wang JY, Blilou I, Scheres B, Benfey PN "An evolutionarily conserved mechanism delimiting SHR movement defines a single layer of endodermis in plants". Science 421-425 (2007)
PMID : 17446396
* co-2nd author
Featured in F1000 (6 : Exceptional)


Levesque MP*, Vernoux T*, Busch W, Cui H, Wang JY, Blilou I, Hassan H, Nakajima K, Matsumoto N, Lohmann JU, Scheres B, Benfey PN "Whole-genome analysis of the SHORT-ROOT developmental pathway in Arabidopsis". PLoS Biology 5 (2006)
PMID : 16640459
* co-1st author
Featured in F1000 (4 : Exceptional)


Vernoux T, Benfey PN "Signals that regulate stem cell activity during plant development". Current Opinion in Genetics & Development 4 388-394 (2005)
PMID : 15967658


Guyomarc'h S, Vernoux T, Traas J, Zhou DX, Delarue M "MGOUN3, an Arabidopsis gene with TetratricoPeptide-Repeat-related motifs, regulates meristem cellular organization". Journal of Experimental Botany 397 673-684 (2004)
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Furutani M, Vernoux T, Traas J, Kato T, Tasaka M, Aida M "PIN-FORMED1 and PINOID regulate boundary formation and cotyledon development in Arabidopsis embryogenesis". Development 20 5021-5030 (2004)
PMID : 15371311

Grandjean O, Vernoux T, Laufs P, Belcram K, Mizukami Y, Traas J "In vivo analysis of cell division, cell growth, and differentiation at the shoot apical meristem in Arabidopsis". Plant Cell 1 74-87 (2004)
PMID : 14671026
Featured in F1000 (4 : Exceptional)


Traas J, Vernoux T. "The shoot apical meristem : the dynamics of a stable structure". Philosophical Transactions of the Royal Society of London. Series B, Biological sciences 1422 737-747 (2002)
PMID : 12079669

Aida M*, Vernoux T*, Furutani M, Traas J, Tasaka M "Roles of PIN-FORMED1 and MONOPTEROS in pattern formation of the apical region of the Arabidopsis embryo". Development 17 3965-3974 (2002)
PMID : 12163400
* co-1st author


Vernoux T, Wilson RC, Seeley KA, Reichheld JP, Muroy S, Brown S, Maughan SC, Cobbett CS, Van Montagu M, Inze D, May MJ, Sung ZR "The ROOT MERISTEMLESS1/CADMIUM SENSITIVE2 gene defines a glutathione-dependent pathway involved in initiation and maintenance of cell division during postembryonic root development". Plan Cell 1 97-110 (2000)
PMID : 10634910

Vernoux T, Kronenberger J, Grandjean O, Laufs P, Traas J " PIN-FORMED 1 regulates cell fate at the periphery of the shoot apical meristem". Development 23 5157-5165 (2000)
PMID : 11060241
(2000b). 127 : 5157-5165.

Vernoux T, Autran D, Traas J "Developmental control of cell division patterns in the shoot apex". Plant Molecular Biology 5-6 569-581 (2000)
PMID : 11089861


Reichheld J-P, Vernoux T, Lardon F, Van Montagu M, Inzé D "Specific checkpoints regulate plant cell cycle progression in response to oxidative stress". The Plant Journal 6 647-656 (1999)


May MJ, Vernoux T, Leaver C, Montagu MV, Inzé D "Glutathione homeostasis in plants : implications for environmental sensing and plant development". Journal of Experimental Botany 321 649-667 (1998)

May MJ, Vernoux T, Sanchez-Fernandez R, Van Montagu M, Inze D "Evidence for posttranscriptional activation of gamma-glutamylcysteine synthetase during plant stress responses". PNAS 20 12049-12054 (1998)
PMID : 9751788

Contexte scientifique

Comprendre les principes de construction de l’architecture des plantes : des molécules à l’organisme.

La recherche dans l’équipe SIGNAL touche à une question centrale en biologie du développement : comment des interactions non linéaires à des échelles multiples (molécule, cellule, tissu, organisme) produisent-elles des comportement cellulaires coordonnés et l’émergence de formes précises chez les organismes multicellulaires ? Plusieurs de nos projets sont connectés à la phyllotaxie, cette organisation élégante des feuilles, branches ou fleurs autour des tiges qui montre une régularité frappante et des propriétés mathématiques intrigantes (voir cet article pour plus de détails : Pour la Science).

Pour appréhender cette question, nous utilisons des espèces modèles bien connues : une plante à fleurs (Arabidopsis thaliana) et des mousses (notamment Physcomitrella patens). Pour comprendre comment les dynamiques développementales sont conditionnées par le génotype et conditionne le phénotype, nous combinons des approches issues de différentes disciplines : génétique fonctionnelle, phénotypage quantitatif à différentes échelles (par ex. l’imagerie par microscopie confocale), observations en temps réel et modélisation informatique.

Plus spécifiquement, nos thèmes de recherche portent sur :
- Les signaux hormonaux et leur rôles dans les dynamiques développementales dans le méristème apical caulinaire
-  Le contrôle génétique et la robustesse de l’architecture de l’inflorescence
-  Le contrôle hormonal et l’évolution des formes ramifiées
- Le développement de solutions d’imagerie multi-échelles pour l’analyse quantitative des formes

Signaux hormonaux et dynamiques développementales dans le méristème apical de la tige

Responsable de projet : Teva Vernoux
Personnes impliquées : Géraldine Brunoud (Ingénieure de Recherche CNRS), Carlos Galván-Ampudia (Postdoc senior), Raquel Martin-Arevalillo (Postdoc), Estefania Pavesi (Doctorante ; co-superviseur : Matias Zurbriggen, Université de Düsseldorf), Marketa Pernisova (Postdoc), Bihai Shi (Postdoc).

Nous analysons comment les distributions spatio-temporelles de signaux hormonaux et l’activité de signalisation hormonale des cellules contribuent à la formation récurrente de motifs développementaux au niveau du méristème apical caulinaire (le tissu contenant les cellules souches à l’origine des nouveaux organes aériens).

Pour cela, nous suivons plusieurs voies de recherche complémentaires visant à :
- Visualiser de manière quantitative la distribution spatio-temporelle de l’auxine pour mieux comprendre la façon dont elle est est contrôlée ;
- Analyser le réseau de gènes qui contrôle la réponse à l’auxine dans le temps et l’espace ;
- Comprendre comment les connexions symplastiques contribuent à la distribution des hormones et la formation des motifs développementaux ;
- Comprendre comment les hormones contrôlent la croissance au niveau du méristème apical de tige et comment cela contribue à la dynamique de mise en place des motifs développementaux ;
- Comprendre les mécanismes moléculaires permettant à l’auxine de déterminer les identités cellulaires ;
- Décrypter la base moléculaire des interactions auxine-cytokinine pendant la mise en place des organes dans le méristème apical caulinaire.

Nous utilisons des approches allant de l’imagerie quantitative, la génomique, la génétique à la biologie synthétique et la modélisation informatique.

Principales collaborations : Patrick Achard (IBMP Strasbourg), Malcolm Bennett (University of Nottingham), Anthony Bishopp (University of Nottingham), Siobhan Brady (UC Davis), Renaud Dumas (LPCV Grenoble), Christophe Godin (RDP), Jan Lohman (Université d’Heidelberg), François Parcy (LPCV Grenoble), François Roudier (RDP), Lyuba Ryabova (IBMP Strasbourg), Dolf Weijers (Université de Wageningen), Matias Zurbriggen (Université de Düsseldorf)

Contrôle génétique et robustesse de l’architecture de l’inflorescence

Responsables de projets : Fabrice Besnard and Teva Vernoux
Personnes impliquées : Sana Dieudonné (Doctorante), Stéphanie Lainé (Technicienne de Recherche INRA)

Cet axe de recherche vise à identifier de nouveaux mécanismes génétiques contrôlant l’architecture de la partie aérienne des plantes sans a priori. Pour cela, nous recherchons d’abord des plantes avec des phénotypes altérés provenant de différents fonds génétiques, indiquant soit une perturbation du méristème apical caulinaire et/ou un changement de la robustesse du caractère (la variance du caractère est alors modifiée). Ensuite, nous cherchons à identifier la base génétique expliquant ces phénotypes altérés. Nous espérons soit découvrir de nouveaux gènes, soit jeter un regard neuf sur la façon dont des gènes connus agissent dans la mise en place de l’architecture de la tige. Lorsque cela est possible, nous travaillons avec des variants génétiques naturels. En effet, ceux-ci nous permettent de questionner l’universalité des mécanismes identifiés chez les lignées cultivées en laboratoire. De plus, ils indiquent de manière plus réaliste comment des changements phénotypiques ont effectivement lieu dans des populations naturelles, voire à plus long terme au cours de l’évolution entre espèces.

Nos projets en cours sont :
-  Génétique directe de mutants d’Arabidopsis thaliana affectés dans l’organogenèse et la phyllotaxie
Nous étudions actuellement des mutants non caractérisés affectés dans l’organogenèse et la phyllotaxie. Ces mutants ont été isolés dans la collection de Versailles et sont dans un fonds génétique différent de celui habituellement utilisé (Columbia‑0).

-  Variation naturelle de la robustesse de la phyllotaxie
Malgré son apparence régulière, nos travaux ont montré que la phyllotaxie de l’inflorescence montre des variations substantielles dans différents fonds génétiques. L’étude de ces variations peut révéler en filigrane les "règles" de formation de la phyllotaxie et indiquer comment les comportements cellulaires sont coordonnés dans l’espace et le temps pour générer des motifs développementaux réguliers. Nous analysons actuellement différentes accessions naturelles pour caractériser les niveaux de perturbations de leur phyllotaxie.

-  Coordination entre identités d’organes dans une transition de phase rapide
Les plantes à fleurs passent rapidement d’un état végétatif à floral quand elles commencent à produire des fleurs. Chez les Brassicaceae, comme la plante modèle Arabidopsis thaliana, les tiges arrêtent de produire des unités de base comprenant une feuille et une branche pour faire seulement des fleurs. Aucune forme intermédiaire n’est produite. Un faisceau d’éléments suggère que la feuille (aussi appelée bractée) est inhibée lorsque la fleur se met en place, via des mécanismes inconnus ayant évolués chez les Brassicaceae.
Nous avons identifié un fonds génétique chez Arabidopsis chez qui certaines bractées sont associées à des fleurs lors de la transition florale. Nous caractérisons actuellement les variations génétiques qui perturbent la coordination robuste entre bractées et fleurs au cours de la transition florale.

Contrôle hormonal et évolution des formes ramifiées

Responsable de projet : Yoan Coudert
Personnes impliquées : Elsa Véron (Doctorante), Stéphanie Laine (Technicienne de recherche INRA), Moira Courseaux (Étudiante M2)

Un objectif central en biologie est de comprendre quels changements développementaux et génétiques ont contribué à l’évolution des formes dans le temps. Chez les plantes, les diverses positions des branches, résultant de l’activité coordonnée des méristèmes aux extrémités des pointes de tiges, constituent un facteur déterminant de la diversité des formes. Il a été démontré que des signaux hormonaux jouent un rôle majeur dans le contrôle de la ramification dans différentes lignées de plantes. Ici, nous cherchons à comprendre (1) comment l’interaction entre les signaux hormonaux régule la distribution des branches et (2) la manière dont cette interaction a été remodelée pendant l’évolution afin de générer la diversité architecturale observée chez les plantes. Nous utilisons les mousses comme organismes modèles.

-  Transport apolaire de l’auxine chez la mousse Physcomitrella patens
La distribution des branches sur les tiges est coordonnée à l’échelle de la plante entière par trois signaux hormonaux : auxine, cytokinine et strigolactone. Ces molécules existaient avant la divergence évolutive des mousses et des plantes à fleurs, et ont été recrutées indépendamment dans les deux lignées végétales pour contrôler la ramification des tiges feuillées. Chez les plantes vasculaires, comme Arabidopsis thaliana, le transport longue distance de l’auxine est médié par les protéines PINs et est un régulateur clef de la ramification. Chez la mousse Physcomitrella, des expériences utilisant inhibiteurs pharmacologiques et mutants ont montré que les homologues aux gènes PINs ont un rôle mineur dans la ramification des tiges. En revanche, le transport d’auxine apolaire et diffusif a été proposé comme un régulateur de la ramification chez la mousse. Ce mécanisme pourrait être médié par les plasmodesmes, dont l’ouverture est activement régulée par des dépôts de callose. Nous étudions actuellement la base génétique de ce mécanisme chez la mousse.

-  Développement et évolution des formes ramifiées chez la mousse
Notre recherche a montré que trois signaux hormonaux régulent la ramification des tiges et ont un rôle conservé chez des espèces évolutivement distantes. Cependant, on ne sait toujours pas comment les mêmes signaux peuvent générer la diversité des formes ramifiées observées dans la nature. Nous cherchons à résoudre ce problème biologique fondamental en utilisant la lignée évolutive des mousses comme modèle, et une approche multidisciplinaire combinant modélisation informatique et génétique du développement.

Solutions d’imagerie multi-échelles pour l’analyse quantitative des formes

Responsable de projet : Fabrice Besnard, Yoan Coudert, Teva Vernoux
Personnes impliquées : Géraldine Brunoud (Ingénieure de Recherche CNRS), Julie Charlaix (Ingénieure), Jonathan Legrand (Ingénieur de Recherche CNRS), Carlos Galván-Ampudia (Postdoc sénior), Bihai Shi (Postdoc)

Un facteur limitant pour comprendre la dynamique de l’émergence des formes est la capacité à quantifier des paramètres développementaux dans le temps et l’espace à différentes échelles. Pour lever cette limitation, l’équipe SIGNAL a développé et continue à concevoir :
- Des biosenseurs hormonaux ;
- Une solution robotique open-source pour automatiser le phénotypage des parties aériennes des plantes (comme Arabidopsis) avec une haute précision, et un débit raisonnable
- Des solutions informatiques pour l’analyse quantitative d’images

Principales collaborations : Patrick Achard (IBMP Strasbourg), Christophe Godin (RDP), Peter Hannappe (Sony CSL Paris), Verena Hafner (HU Berlin), Jonathan Michin (IAAC Barcelona), Matias Zurbriggen (Université de Düsseldorf)

Financements :