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Le CollaborationFest, ou CoFest en abrégé, est une session de travail collaboratif qui se tient chaque année en tant qu’événement satellite de la Bioinformatics Open Source Conference.
Le CoFest 2023 s’est déroulé pendant les deux jours précédant BOSC, dans le cadre de la conférence ISMB/ECCB 2023, à l’ENS de Lyon et en ligne, avec le soutien de l’IXXI, de l’IFB et du PSMN. Il a rassemblé 29 participants sur place ainsi que de nombreux participants en ligne, experts dans des domaines aussi divers que la biologie végétale ou la médecine personnalisée.
Comme les années précédentes, les participants du CoFest ont planché sur des projets variés : documentation de logiciels existants, étude de nouvelles technologies, amélioration d’outils, application des principes FAIR...
Les amateurs trouveront un compte-rendu détaillé sur le site web de l’OBF.
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English version :
CollaborationFest, CoFest for short, is a collaborative work event that has been held each of the past 13 years as a satellite event of the Bioinformatics Open Source Conference.
CoFest 2023 took place during the two days just before BOSC, which was part of ISMB/ECCB 2023 in Lyon and online, with funding from Complex Systems Institute, the French Institute for Bioinformatics and the Pôle scientifique de modélisation numérique.
It brought together 29 in-person participants as well as numerous online participants, experts in fields as diverse as plant biology or personalized medicine.
As in previous years, CoFest participants engaged in a wide variety of projects focused on topics such as the documentation of existing software, the review and discussion of novel technologies, the improvement of existing tools, and several FAIR-related projects.
A more detailed report is available on OBF website.
#FDS2023
En octobre, les membres du laboratoire RDP ont participé à la Fête de la Science, un évènement national. Nous avons organisé des ateliers pour les élèves des écoles primaires et secondaires afin d’encourager l’exploration pratique, de favoriser l’esprit d’enquête et de susciter une passion pour la science.
Les plus jeunes élèves ont été initiés aux secrets de la pollinisation et à l’interaction entre les insectes et les fleurs. Un autre atelier a réuni des biologistes et des physiciens pour démontrer comment sont produits les sons et construire une flûte de Pan avec de la renouée, sensibilisant ainsi à cette espèce végétale envahissante. Nous avons expliqué comment les robots peuvent nous aider à mesurer les caractéristiques des plantes en laboratoire, et nous avons également observé des pétunias mutants pour discuter de génétique avec les élèves les plus âgés.
Cet événement est une opportunité idéale pour interagir entre chercheurs et étudiants. Nous sommes toujours ravis de l’émerveillement et des questions des élèves.
In October, members of the RDP laboratory participated in the Fête de la Science, the yearly national science festival. We organized workshops for primary and secondary school pupils in order to encourage hands-on exploration, foster a spirit of inquiry, and spark a passion for science.
The youngest students were introduced to the secrets of pollination and the interplay between insects and flowers. Another workshop joined biologists and physicists to demonstrate how sounds are made, and to build a Pan flute with knotweed, thus raising awareness about this invasive plant species. We explained how robots can help us phenotype plants in the lab, and we also observed mutant petunias to talk about genetics with the oldest students.
This event is an ideal opportunity for researchers and students to interact. We are always delighted by the pupils’ wonder and their questions.
LA RONDE DU POLLEN, BUTINE LES FLEURS ET DÉCOUVRE LEUR FRUIT !
Bioviva lance un nouveau jeu coopératif pour les enfants dès 4 ans.
Disponible dès septembre 2023.
Dans ce jeu coopératif, les joueurs dès 4 ans découvrent comment les fleurs donnent des fruits, grâce à la pollinisation ! Pour cela, ils promènent les insectes de fleur en fleur et doivent éviter les dangers naturels et les pesticides. Les joueurs parviendront-ils à polliniser toutes les fleurs pour donner de bons fruits ?
Observation et motricité seront leurs meilleures alliées pour remporter, tous ensemble, la partie.
De 2 à 4 joueurs.
Dès 4 ans.
Prix de vente conseillé à partir de : 21,99 €.
Fabriqué en France et éco-conçu.
Un jeu pour polliniser toutes les fleurs avec les insectes, en évitant les dangers !
Que les prairies fleuries et les jardins sont beaux ! Avec les insectes, les joueurs vont transporter tous les grains de pollen vers les fleurs à polliniser pour leur permettre de donner de jolis fruits. Dans leur voyage, ils devront se méfier des nombreux dangers qui les guettent : oiseau, grenouille, araignée et même les bourrasques de vent vont les mettre au défi ! Mais attention, ce sont surtout les pesticides que les insectes doivent redouter...
Comment jouer ?
À tour de rôle, les joueurs lancent le dé pour récupérer un insecte pollinisateur, puis un pion de pollen. Une fois qu’ils ont réussi à transporter le pollen sur la bonne fleur, ils peuvent retourner le pion pour dévoiler le fruit que donne la fleur.
Mais attention, de nombreux dangers les guettent ! L’araignée, la grenouille, l’oiseau ou la bourrasque de vent peuvent empêcher les insectes d’atteindre les fleurs. Les joueurs doivent alors relever tous ensemble des défis de motricité pour éviter que les insectes ne soient éliminés. Et gare au « Pesticide » qui s’approche petit à petit de l’hôtel à insectes !
Tous les joueurs gagnent la partie si toutes les fleurs sont pollinisées avant que l’ensemble des insectes ne soient éliminés de la partie ou avant que le pion « Pesticide » ne soit arrivé à l’hôtel à insectes.
Un jeu né du partenariat entre l’éditeur de jeux BIOVIVA, l’École Normale Supérieure de Lyon et la SATT PULSALYS. Ce jeu, initialement créé par des chercheuses en Biologie spécialistes de la biologie végétale, a été retravaillé par Bioviva afin de sensibiliser les enfants dès 4 ans à l’importance de la biodiversité, de la préservation de l’environnement et plus spécifiquement à la protection des insectes pollinisateurs. Un projet facilité par la SATT PULSALYS.
Co-autrices du jeu initial : Alice Hugues, Jeanne Loue-Manifel et Aurélie Vialette, chercheuses en Biologie du laboratoire « Reproduction et Développement des Plantes » (RDP) et du département de Biologie de l’École Normale Supérieure de Lyon (ENS de Lyon).
À propos de Bioviva, créateur de jeux qui font du bien à Soi, aux Autres, au Monde !
Depuis plus de 25 ans, Bioviva conçoit, produit et commercialise des jeux sur la Nature et l’épanouissement de l’enfant, exclusivement fabriqués en France selon une démarche respectueuse des hommes et de l’environnement. En 2020, Bioviva devient la première entreprise à Mission de la filière jeux/jouets et réaffirme, à travers les objectifs de son nouveau statut, les engagements qu’elle mène depuis 1996.
Drôles, éducatifs, et appréciés par toute la famille, les jeux Bioviva contribuent à ce que chacun s’émerveille en jouant et apprenne à préserver notre belle planète. De belles parties en perspective !
Plus d’informations sur : www.bioviva.com www.linkedin.com/company/bioviva
www.facebook.com/biovivaeditions www.twitter.com/BiovivaEditions
www.instagram.com/biovivaeditions https://www.youtube.com/biovivaeditions
Yoan Coudert (textes) - Louise Joor (dessins)
La fabrique des plantes – Tome 2
Éditeur : Pourpenser
Parution : Septembre 2023
https://www.pourpenser.fr/livres-jeux/la-fabrique-des-plantes-tome-2-9782371761445/
L’auteur :
Yoan Coudert, fasciné par le monde vivant depuis l’enfance, a choisi de faire de la biologie une activité à plein-temps. Il est chercheur au CNRS et spécialiste de l’étude du développement et de l’évolution des plantes. Dans son laboratoire, il cherche avec son équipe à comprendre comment poussent les plantes et à identifier les mécanismes qui ont permis la diversification de leur forme depuis leur apparition sur Terre il y a presque 500 millions d’années…
L’histoire :
Les plantes sont omniprésentes autour de nous, elles sont essentielles à la vie humaine et, pourtant, nous ignorons presque tout d’elles.
Pour mieux comprendre le fonctionnement de ces êtres fascinants, un chercheur en botanique, spécialisé dans l’étude des gènes, vous emmène
en balade dans son jardin presque ordinaire, en compagnie de la gourmande et coquine Samara. Ensemble, ils vous révèlent les secrets bien gardés des végétaux qu’ils y croisent, grâce à des expériences scientifiques originales. Soyez assurés qu’après avoir lu ce livre vous verrez les fleurs, les fruits et les racines d’un œil nouveau !
Public :
Pour tous, réellement !
Olivier Hamant
Antidote au culte de la performance. La robustesse du vivant
Collection Tracts (n° 50), Gallimard
Parution : 31-08-2023
https://www.gallimard.fr/Catalogue/GALLIMARD/Tracts/Antidote-au-culte-de-la-performance
« La nature menacée devient menaçante : notre excès de contrôle nous a fait perdre le contrôle. Il va maintenant falloir vivre dans un monde fluctuant, c’est-à-dire inventer la civilisation de la robustesse, contre la performance. » Olivier Hamant
Face aux bouleversements du monde en cours et à venir, le développement durable, entre géo-ingénierie contreproductive et tout-électrique mal pensé, crée de nombreux futurs obsolètes. Émergent alors les contremodèles de la décroissance et de la sobriété heureuse, nettement mieux alignés avec le monde qui vient. Mais la frugalité peut-elle réellement mobiliser ? Ne risque-t-elle pas non plus de se réduire à d’autres formes d’optimisation ? Et si, pour être sobre et durable, il fallait d’abord questionner une valeur nettement plus profonde : l’efficacité. Le monde très fluctuant qui vient appelle un changement de civilisation. Ce chemin demande surtout de valoriser nos points faibles et inverse toutes les recettes.
Résumé du projet :
La croissance des organes végétaux dépend d’interactions mécaniques entre les cellules et les tissus et est régulée par une combinaison de signaux biochimiques et mécaniques. En utilisant la graine d’Arabidopsis comme système modèle, le projet MECHASEED vise à étudier la contribution des propriétés mécaniques cellulaires et de la réponse aux forces au contrôle de la taille et de la forme des graines.
Project summary :
Plant organ growth depends on mechanical interactions between cells and tissues, and is regulated by a combination biochemical and by mechanical signals. Using the seed of Arabidopsis as a model system, the MECHASEED project aims at studying the contribution of cell mechanical properties and response to forces to the control of seed size and shape.
Le projet CoReFlow (COordinated REgulation of rose FLOWer development and petal secondary metabolism) porté par Olivier Raymond est financé par l’ANR (AAPG 2023).
CoReFlow vise à comprendre comment le développement des fleurs et le métabolisme spécialisé sont coordonnés. Les recherches seront axées sur les pétales et utiliseront les roses comme modèles expérimentaux. Un atlas dynamique de l’expression des gènes des pétales sera obtenu au niveau cellulaire, et des régulateurs putatifs qui coordonnent le développement des pétales avec la synthèse des métabolites clés dans l’épiderme seront identifiés. Afin de caractériser les fonctions de ces candidats régulateurs, une boîte à outils moléculaire pour la génétique fonctionnelle des pétales de rose sera établie (expression génique inductible, promoteurs spécifiques de l’épiderme des pétales et expression génique transitoire). Les cibles des régulateurs candidats seront identifiées à l’aide d’un test de liaison TF-ADN. Un modèle intégré combinant le transcriptome, le métabolome et les informations fonctionnelles acquises sur des régulateurs clés sera produit afin de décrire comment les pétales de rose synchronisent leur développement et la synthèse de métabolites spécialisés.
Le projet TCTPATH (Investigation of the TCTP pathway controlling cell proliferation and organ growth) porté Mohammed Bendahmane est financé par l’ANR (AAPG 2023).
Nous avons montré que la protéine TCTP est un régulateur majeur de la prolifération cellulaire et de la croissance végétale, et que TCTP interagit avec CSN4, une sous-unité du signalosome COP9, pour favoriser la progression du cycle cellulaire via la modulation de l’ubiquitination/dégradation des protéines. Nous avons également montré que ces rôles sont conservés chez les animaux, en prenant comme modèle la drosophile. L’objectif de ce projet est de mieux comprendre les événements moléculaires et cellulaires en amont et en aval du TCTP qui contrôlent la prolifération et la croissance cellulaire chez les plantes, et de tester la conservation des mécanismes découverts entre plantes et animaux en utilisant le modèle de la drosophile.
English version :
The CoReFlow project (COordinated REGulation of rose FLOWer development and petal secondary metabolism) led by Olivier Raymond was funded by the ANR AAPG 2023.
CoReFlow aims at understanding how flower development and specialized metabolism are coordinated. Research will be focused on petal and will use roses as experimental models. A dynamic atlas of petal genes expression will be obtained at the cellular level, and putative regulators that coordinate petal development with the synthesis of key metabolites in the epidermis will be identified. In order to characterize the functions of these candidate regulators, a molecular toolbox for functional genetics in rose petals will be established (inducible gene expression, petal epidermis specific promoters and transient gene expression). The targets of candidate regulators will be identified using TF-DNA binding assay. An integrated model combining transcriptome, metabolome and functional informations gained on key regulators will be produced in order to describe how rose petals synchronize their development and the synthesis of specialized metabolites.
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The TCTPATH project (Investigation of the TCTP pathway controlling cell proliferation and organ growth) led by Mohammed Bendahmane is funded by the ANR AAPG 2023.
We showed that the protein TCTP is a major regulator of cell proliferation and plant growth, and that TCTP interacts with CSN4, a subunit of the COP9 signalosome, to promote cell cycle progression through modulation of protein ubiquitination/degradation. We have also shown that these roles are conserved in animals, using Drosophila as a model. The aim of this project is to better understand the molecular and cellular events upstream and downstream of TCTP that control cell proliferation and growth in plants, and to test the conservation of the discovered mechanisms between plants and animals using the Drosophila model.
Un travail collaboratif dirigé par Dr Marie-Cécile Caillaud de l’équipe SICE de notre laboratoire ont mis en évidence une signature lipidique singulière guidant la cytokinèse des cellules végétales
La cytokinèse dans les organismes multicellulaires dicte la façon dont les cellules sont organisées dans un tissu, leurs identités et leurs fonctions. Une étude publiée dans Science Advances présente une analyse quantitative des étapes de cytokinèse chez la plant modèle Arabidopsis en utilisant des approches de microscopie à haute résolution. Ce travail a permis de décrire le mécanisme moléculaire par lequel la signature lipidique à la membrane agit comme signal pour le recrutement du cytosquelette de microtubules lors de la division cellulaire chez les plantes.
Pour en savoir plus en français sur le site CNRS, cliquez ici
Félicitations à Alice Malivert pour la reconnaissance de son travail de doctorat, sous la direction d’Olivier Hamant, par la Société Française de Biologie du Développement !
Le comité du prix de thèse de la SFBD a décidé de décerner son prix 2023 à Julien LECLERC (Institut des Neurosciences Paris-Saclay) pour son travail sur les mécanismes génétiques qui contrôlent la formation de l’œil chez différents morphotypes du poisson Astyanax mexicanus. Par ailleurs, la qualité des dossiers de deux autres candidats, Alice MALIVERT (Laboratoire ‘Reproduction et Développement des Plantes’ de l’ENS-Lyon) et Alexis VILLARS (Institut Pasteur, Paris), était telle que le jury a décidé de les récompenser par deux accessits officiels.
Alice Malivert poursuit aujourd’hui ses activités de recherche dans le laboratoire de Naomi NAKAYAMA à l’Imperial College de Londres.
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Congratulations to Alice Malivert for the recognition of her doctoral work, under the supervision of Olivier Hamant, by the French Society of Developmental Biology !
The SFBD thesis prize committee has decided to award its 2023 prize to Julien LECLERC (Institut des Neurosciences Paris-Saclay) for his work on the genetic mechanisms that control the formation of the eye in different morphotypes of the fish Astyanax mexicanus . In addition, the quality of the files of two other candidates, Alice MALIVERT (Laboratory ’Reproduction and Development of Plants’ of ENS-Lyon) and Alexis VILLARS (Institut Pasteur, Paris), was such that the jury decided to reward them by two official accessits.
Alice Malivert now continues her research activities in the laboratory of Naomi NAKAYAMA at Imperial College London.
Le Conseil européen de la recherche (ERC) vient de communiquer la liste des bénéficiaires des prestigieuses bourses « Advanced ». Les projets retenus dans le cadre de ce financement disposent en moyenne d’un budget de 2,5 M€ sur cinq ans.
Projet TEMPO* : Comment les cellules donnent le tempo de la construction rythmique de la tige chez les plantes
Avec Teva Vernoux, directeur de recherche CNRS au laboratoire Reproduction et Développement des Plantes (RDP, CNRS / INRAE / ENS de Lyon*)
Quelles règles régissent la temporalité de notre croissance, et plus largement celle de tout être vivant pluri-cellulaire ? Cette question est essentielle pour comprendre comment animaux et plantes construisent leur forme. Nous observons en effet, chez plantes et animaux, des mécanismes de production rhythmique des tissus et organes, qui dessinent le plan d’organisation suivant un tempo précis. Chez les plantes, cette construction rhythmique ne se cantonne pas à l’embryogenèse qui mène à la germination d’une graine : elle repose notamment sur un mécanisme original qui contrôle le tempo de la production des feuilles et des fleurs. Ce mécanisme permet la création rythmée des organes (feuilles, fleurs), avec une fréquence bien définie, grâce à une redistribution dynamique d’une hormone végétale appelée « auxine » à l’extrémité des tiges. Et cela tout au long de la vie d’une plante. Des niveaux élevés d’auxine déclenchent l’organogenèse mais, contrairement à la théorie généralement admise, la période de production des feuilles et fleurs ne peut pas simplement être le résultat d’oscillations périodiques de l’auxine, ces oscillations étant fortement bruitées. En combinant imagerie sur tissus vivants, génomique sur cellules uniques, biologie synthétique, optogénétique et modélisation computationnelle, le projet TEMPO explorera une hypothèse alternative. L’idée : les cellules mémoriseraient dans leur chromatine l’historique de leur exposition à l’auxine, afin de filtrer le bruit présent dans cette information et de déterminer de façon robuste le tempo de l’organogenèse. Par ces approches, les scientifiques cherchent à modifier les mécanismes de l’enregistrement épigénétique de l’information donnée par l’auxine afin de démontrer que le tempo de la construction des tiges peut être manipulé de manière prédictive.
* TEMPO : How plant cells set the tempo of rhythmic shoot construction