Il est théoriquement possible de choisir des oligonucléotides pour
détecter les séquences promotrices, les transgènes ou les séquences de terminaison.
La plupart des séquences promotrices ainsi que des séquences de terminaisons utilisables
pour réaliser des OGM sont connues Sauf cas particulier, il est donc raisonnable de rechercher
ces séquences plutôt qu'un transgène particulier. Deux exemples : la séquence
promotrice CaMV 35S issue de l'ARN 35S de Caulimovirus (virus phytopathogène), la séquence
de terminaison NOS dérivée du gène de la nopaline synthétase du plasmide Ti
de Agrobacterium tumefaciens (bactérie phytopathogène). Un inconvénient, cependant
à l'utilisation de ces séquences "génériques" : la possibilité
d'obtenir des faux positifs à partir de plantes effectivement infectées par ces microorganismes.
Inversement, un résultat négatif doit être interprété en fonction de
la sensibilité de la PCR effectuée.
Pour en savoir plus : des sociétés comme Promega
commercialisent déjà des kits de détection de ces séquences dans l'alimentation.
La plupart de ces kits recherchent les séquences promotrices ou de terminaison caractéristiques
des plantes transgéniques.
Des informations plus précises seront prochainement disponibles sur le site.
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mai - décembre 2001
Techniques dérivées de la PCR.
Serait-il possible d'avoir des explications (simples) sur des termes comme RT-PCR, nested-PCR ? C'est
comme si c'était fait ! Une rubrique "techniques dérivées et techniques concurrentes"
a d'ailleurs été prévue dès la création du site ...
Voici, dans un premier temps, une courte présentation de la PCR
inverse.
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Téléchargement du site.
Certaines pages ont un temps de téléchargement particulièrement long ...
Est-il possible de télécharger tout le site ...
[...] D'éventuels problèmes de réseau, des temps de
chargement longs pour ceux qui ne disposent que de modem nous incitent à vous proposer le site
sous forme de CDRom envoyé ... par la poste. Resterait alors le problème des mises à
jour. Que celles et ceux qui seraient éventuellement intéressés
par une telle procédure se fassent connaître.
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Archives décembre 2000 - mai 2001
PCR et ADN recombinant.
Qu'est-ce que la mutagénèse par PCR? La première chose à
laquelle on pense est l'utilisation d'amorces
mutées qui permet de modifier les bornes du segment d'ADN à amplifier (ajout de sites
de restrictions, marquage etc.). Le principe a été poussé plus loin
avec l'utilisation successive de plusieurs
jeux d'amorces permettant d'introduire des modifications (mutations ponctuelles, délétions,
insertions) à l'intérieur même d'une séquence d'ADN.
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PCR et bactériologie.
Pourquoi vouloir utiliser la PCR pour la recherche de bactéries ? La PCR
présente un certain nombre d'avantages ... et un certain nombre d'inconvénients par rapport
aux techniques classiques (et de référence), utilisées dans la recherche et l'identification
des bactéries. Que ce soit en milieu hospitalier, en écologie des sols etc., il ne s'agit
pas de "vouloir" absolument utiliser la PCR, ni même remplacer les techniques traditionnelles.
Il s'agit simplement d'effectuer quelques
comparaisons très théoriques afin d'expliquer pourquoi, dans certains cas la PCR peut
compléter très efficacement les techniques classiques. N'hésitez pas à vous
exprimer sur le sujet.
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Logiciels.
Je suis à la recherche de logiciels gratuits faciltant la conception des PCR, permettant
le calcul des Tm, voir même des logiciels de simulation. L'idéal serait qu'ils soient en
français. Merci d'avance. Nous avons mis en place une page sur les logiciels
gratuits dédiés à la PCR. Nous allons aussi essayer de traduire en français
(notice et ressources), ceux que nous pourrons essayer et que nous trouverons intéressants (soit
par leurs fonctionnalités, soit par leur simplicité d'utilisation). Merci de nous signaler
les logiciels (gratuits) que vous utilisez.
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Comment font les hyperthermophiles
? Une personne qui
a regardé attentivement le site nous a posé une question très intéressante
sur les bactéries hyperthermophiles. Pourquoi l’ADN de ces bactéries n’est-il pas dénaturé
à haute température, comme l’est l’ADN à chaque cycle de PCR ?
Une idée qui semble assez répandue veut que l’ADN de ces bactéries
possède un certain nombre de surenroulements positifs susceptibles de le stabiliser en resserrant
la double hélice sur elle même (Inversement, l’ADN des organismes mésophiles comporte
un plus grand nombre de tours négatifs introduits pour ouvrir la double hélice, lors de
la transcritpion par exemple).
C’est un sujet délicat qui mérite sans doute un plus long développement
: j’essaie de me renseigner auprès de personnes compétentes (... / ...). Plus particulièrement,
la relation directe entre la superhélicité
de l'ADN des hyperthermophiles et leur résistance à la chaleur, n'est pas absolument
établie.
Cette résistance à la chaleur ne vient elle pas des protéines hsp (heat schock
protéine) qui protègent l'ADN tout comme la tac polymérase résiste à la chaleur pendant la PCR. Xavier
SOUSSAN Biochimie STL Lycée Germaine Coty Le Havre
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Délais de détection de virus infectieux par PCR ?
Bonjour,
J'ai juste une question pratique à vous poser.
Quelle est la fenêtre pendant laquelle le VIH n'est pas décelable par la PCR. Idem pour l'Hépatite
C.
Merci beaucoup.
Séverine
Bonjour,
Concernant le VHC
A ma connaissance la technique de PCR était employée pour confirmer une sérologie
positive. Son utilisation était aussi recommandée pour le suivi de la charge virale pendant
un traitement (le virus se réplique-t'il ou pas ?). La technique de PCR doit aussi pouvoir être
utilisée pour déterminer avec précision le génotype du virus infectant.
Je n'ai aucune idée de la période pendant laquelle il est possible de détecter l'ARN
viral par PCR.
Concernant le HIV
Le délai de positivation des sérologies HIV est habituellement de 1 à 3 mois, exceptionnellement
jusqu'à 6 mois. Pendant cette période, les PCR peuvent effectivement être positives,
mais je ne sais pas à partir de quand.
Mais pour une réponse aussi précise et actualisée je vous conseille vivement de contacter
directement l'ANRS http://igs-server.cnrs-mrs.fr/anrs/index.html.
Cordialement.
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Qui veut gagner des thermocycleurs ?
Une collègue nous a questionné sur la façon de se procurer (gratuitement) un thermocycleur
pour l’utiliser en travaux pratiques.
S’il s’agit d’un galop d’essai avant investissement il se peut que des sociétés vendant
de la Taq et/ou des thermocycleurs acceptent de venir faire une démonstration dans votre établissement.
Les laboratoires dotés par l’état ne peuvent pas céder leur matériel, même
à d’autres établissments publics. Tout doit passer par les domaines, chargés d’en
organiser la vente aux enchères. Par contre, rien n’interdit a priori qu’un laboratoire dépose
un appareil à dans un établissement scolaire pour une durée déterminée
à l’avance (par la signature d’une convention par exemple).
Nous nous proposons d’utiliser le site pour organiser une foire aux thermocycleurs afin de mettre en contact
les organismes prêteurs avec les demandeurs; qu’en pensez-vous ?
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Appel à contributions
Nous cherchons des collaborateurs implantés en lycées en SVT, STL et SMS, BTS, IUT...
pour participer à la construction du fichier de recherche d’après les programmes d’enseignement.
C’est une des fonctionnalités initialement prévues sur le site, qui n’est toujours pas opérationnelle.
Il s’agit essentiellement de réfléchir aux corrélations entre les différents
programmes et le site PCR et de les organiser pour rendre la recherche la plus efficace possible.
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Projet de structuration du forum
Dès que le volume de ce forum atteindra une certaine masse nous vous proposons de l’organiser (dans
un premier temps) selon 4 rubriques princpales :
1) Identité biologique et génétique de l’homme
Exemples : utilisation du polymorphisme génétique par la police scientifique, maladies génétiques,
aspects éthiques etc.
2) Écologie moléculaire, évolution, aspects fondamentaux
Exemples : archéologie moléculaire, biodiversités etc.
3) Diagnostic moléculaire
Exemples d’applications aux bactéries, virus, champignons etc.
4) Aspects techniques et légaux
Exemples : technique de la PCR, techniques dérivées, techniques concurrentes, thermocycleurs,
protection industrielle de la PCR etc.
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