Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.
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documentation:examples:tutorials_scripts [2015/02/23 13:02] – ltaulell | documentation:examples:tutorials_scripts [2018/01/08 15:16] – ltaulell | ||
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Ligne 18: | Ligne 18: | ||
# | # | ||
### variables SGE | ### variables SGE | ||
- | # | ||
### shell du job | ### shell du job | ||
#$ -S /bin/tcsh | #$ -S /bin/tcsh | ||
Ligne 30: | Ligne 29: | ||
#$ -V | #$ -V | ||
### mails en debut et fin d' | ### mails en debut et fin d' | ||
- | #$ -m be | + | #$ -m b |
+ | #$ -m e | ||
# aller dans le repertoire de travail/ | # aller dans le repertoire de travail/ | ||
Ligne 37: | Ligne 37: | ||
### configurer l' | ### configurer l' | ||
- | source /usr/local/modeles/set_debian7-clean.csh | + | source /usr/share/lmod/lmod/init/tcsh |
- | source / | + | |
- | module use / | + | |
- | module load Base/psmn | + | |
- | module load intel/ | + | |
### execution du programme | ### execution du programme | ||
- | ###set EXECDIR=${HOME}/ | + | ##set EXECDIR=${HOME}/ |
- | ### | + | ## |
./ | ./ | ||
+ | |||
# fin | # fin | ||
</ | </ | ||
Ligne 58: | Ligne 55: | ||
# | # | ||
### variables SGE | ### variables SGE | ||
- | # | ||
### shell du job | ### shell du job | ||
#$ -S /bin/bash | #$ -S /bin/bash | ||
Ligne 70: | Ligne 66: | ||
#$ -V | #$ -V | ||
### mails en debut et fin d' | ### mails en debut et fin d' | ||
- | #$ -m be | + | #$ -m b |
+ | #$ -m e | ||
# aller dans le repertoire de travail/ | # aller dans le repertoire de travail/ | ||
Ligne 77: | Ligne 74: | ||
### configurer l' | ### configurer l' | ||
- | source /usr/local/modeles/set_debian7-clean.sh | + | source /usr/share/lmod/lmod/init/bash |
- | source / | + | |
- | module use / | + | |
- | module load Base/psmn | + | |
- | module load intel/ | + | |
### execution du programme | ### execution du programme | ||
## | ## | ||
## | ## | ||
- | ./ | + | ./ |
# fin | # fin | ||
</ | </ | ||
Ligne 93: | Ligne 87: | ||
==== Script de soumission tcsh parallèle ==== | ==== Script de soumission tcsh parallèle ==== | ||
+ | |||
+ | |||
+ | <note warning> | ||
+ | |||
<code bash> qsub batch.csh</ | <code bash> qsub batch.csh</ | ||
Ligne 100: | Ligne 98: | ||
# | # | ||
### variables SGE | ### variables SGE | ||
- | # | ||
### shell du job | ### shell du job | ||
#$ -S /bin/tcsh | #$ -S /bin/tcsh | ||
Ligne 114: | Ligne 111: | ||
#$ -V | #$ -V | ||
### mails en debut et fin d' | ### mails en debut et fin d' | ||
- | #$ -m be | + | #$ -m b |
+ | #$ -m e | ||
# donné par le système de batch | # donné par le système de batch | ||
Ligne 124: | Ligne 122: | ||
### configurer l' | ### configurer l' | ||
- | source /usr/local/modeles/set_debian7-clean.csh | + | source /usr/share/lmod/lmod/init/tcsh |
- | source / | + | |
- | module use / | + | |
- | module load Base/psmn | + | |
- | #module load intel/ | + | |
- | module load openmpi/ | + | |
### au besoin, forcer l'env OpenMPI | ### au besoin, forcer l'env OpenMPI | ||
Ligne 137: | Ligne 130: | ||
### execution du programme | ### execution du programme | ||
+ | ###set EXECDIR=${HOME}/ | ||
##${MPIRUN} -v -prefix ${PREFIX} -mca btl sm, | ##${MPIRUN} -v -prefix ${PREFIX} -mca btl sm, | ||
mpirun -v -np ${NSLOTS} ./ | mpirun -v -np ${NSLOTS} ./ | ||
Ligne 143: | Ligne 137: | ||
</ | </ | ||
- | * variante, usage des modeles (deprecated) | ||
- | < | + | ==== Script de soumission |
- | # | + | |
- | # | + | |
- | ### variables SGE | + | |
- | # | + | |
- | ### shell du job | + | |
- | #$ -S /bin/tcsh | + | |
- | ### nom du job (a changer) | + | |
- | #$ -N test_par | + | |
- | ### file d' | + | |
- | #$ -q E5-2670_test | + | |
- | ### parallel environment & nb cpu (NSLOTS) | + | |
- | #$ -pe test_debian 2 | + | |
- | ### charger l' | + | |
- | #$ -cwd | + | |
- | ### exporter les variables d' | + | |
- | #$ -V | + | |
- | ### mails en debut et fin d' | + | |
- | #$ -m be | + | |
- | # donné par le système de batch | + | <note warning> |
- | set HOSTFILE=$TMPDIR/ | + | |
- | + | ||
- | # aller dans le repertoire de travail/ | + | |
- | # important, sinon, le programme est lancé depuis ~/ | + | |
- | cd ${SGE_O_WORKDIR} | + | |
- | + | ||
- | ### configurer l' | + | |
- | source / | + | |
- | + | ||
- | set PREFIX="/ | + | |
- | set MPIRUN=${PREFIX}/ | + | |
- | + | ||
- | ### execution du programme | + | |
- | ${MPIRUN} -v -prefix ${PREFIX} -mca btl sm, | + | |
- | #mpirun -v -np ${NSLOTS} ./ | + | |
- | + | ||
- | # fin | + | |
- | </code> | + | |
- | + | ||
- | ==== Script de soumission bash parallèle ==== | + | |
<code bash> qsub batch.sh</ | <code bash> qsub batch.sh</ | ||
Ligne 193: | Ligne 148: | ||
# | # | ||
### variables SGE | ### variables SGE | ||
- | # | ||
### shell du job | ### shell du job | ||
#$ -S /bin/bash | #$ -S /bin/bash | ||
Ligne 207: | Ligne 161: | ||
#$ -V | #$ -V | ||
### mails en debut et fin d' | ### mails en debut et fin d' | ||
- | #$ -m be | + | #$ -m b |
+ | #$ -m e | ||
# donné par le système de batch | # donné par le système de batch | ||
Ligne 217: | Ligne 172: | ||
### configurer l' | ### configurer l' | ||
- | source /usr/local/modeles/set_debian7-clean.sh | + | source /usr/share/lmod/lmod/init/bash |
- | source / | + | |
- | module use / | + | |
- | module load Base/psmn | + | |
- | #module load intel/ | + | |
- | module load openmpi/ | + | |
### au besoin, forcer l'env OpenMPI | ### au besoin, forcer l'env OpenMPI | ||
Ligne 229: | Ligne 179: | ||
### execution du programme | ### execution du programme | ||
+ | ### | ||
##${MPIRUN} -v -prefix ${PREFIX} -mca btl sm, | ##${MPIRUN} -v -prefix ${PREFIX} -mca btl sm, | ||
mpirun -v -np ${NSLOTS} ./ | mpirun -v -np ${NSLOTS} ./ | ||
Ligne 234: | Ligne 185: | ||
# fin | # fin | ||
</ | </ | ||
- | |||
===== Langage C, Séquentiel ===== | ===== Langage C, Séquentiel ===== | ||
Ligne 246: | Ligne 196: | ||
# | # | ||
### variables SGE | ### variables SGE | ||
- | # | ||
### shell du job | ### shell du job | ||
#$ -S /bin/tcsh | #$ -S /bin/tcsh | ||
Ligne 258: | Ligne 207: | ||
#$ -V | #$ -V | ||
### mails en debut et fin d' | ### mails en debut et fin d' | ||
- | #$ -m be | + | #$ -m b |
+ | #$ -m e | ||
# aller dans le repertoire de travail/ | # aller dans le repertoire de travail/ | ||
Ligne 265: | Ligne 215: | ||
### configurer l' | ### configurer l' | ||
- | source /usr/local/modeles/set_debian7-clean.csh | + | source /usr/share/lmod/lmod/init/tcsh |
- | source / | + | |
- | module use / | + | |
- | module load Base/psmn | + | |
- | module load intel/ | + | |
### execution du programme | ### execution du programme | ||
- | ###set EXECDIR=${HOME}/ | + | ##set EXECDIR=${HOME}/ |
- | ### | + | ## |
./ | ./ | ||
+ | |||
# fin | # fin | ||
</ | </ | ||
Ligne 286: | Ligne 233: | ||
# | # | ||
### variables SGE | ### variables SGE | ||
- | # | ||
### shell du job | ### shell du job | ||
#$ -S /bin/bash | #$ -S /bin/bash | ||
Ligne 298: | Ligne 244: | ||
#$ -V | #$ -V | ||
### mails en debut et fin d' | ### mails en debut et fin d' | ||
- | #$ -m be | + | #$ -m b |
+ | #$ -m e | ||
# aller dans le repertoire de travail/ | # aller dans le repertoire de travail/ | ||
Ligne 305: | Ligne 252: | ||
### configurer l' | ### configurer l' | ||
- | source /usr/local/modeles/set_debian7-clean.sh | + | source /usr/share/lmod/lmod/init/bash |
- | source / | + | |
- | module use / | + | |
- | module load Base/psmn | + | |
- | module load intel/ | + | |
### execution du programme | ### execution du programme | ||
## | ## | ||
## | ## | ||
- | ./ | + | ./ |
# fin | # fin | ||
</ | </ | ||
Ligne 342: | Ligne 286: | ||
#$ -V | #$ -V | ||
### mails en debut et fin d' | ### mails en debut et fin d' | ||
- | #$ -m be | + | #$ -m b |
+ | #$ -m e | ||
# donné par le système de batch | # donné par le système de batch | ||
Ligne 352: | Ligne 297: | ||
### configurer l' | ### configurer l' | ||
- | source /usr/local/modeles/set_debian7-clean.csh | + | source /usr/share/lmod/lmod/init/tcsh |
- | source / | + | |
- | module use / | + | |
- | module load Base/psmn | + | |
- | #module load intel/ | + | |
- | module load openmpi/ | + | |
### au besoin, forcer l'env OpenMPI | ### au besoin, forcer l'env OpenMPI | ||
Ligne 365: | Ligne 305: | ||
### execution du programme | ### execution du programme | ||
+ | ##set EXECDIR=${HOME}/ | ||
##${MPIRUN} -v -prefix ${PREFIX} -mca btl sm, | ##${MPIRUN} -v -prefix ${PREFIX} -mca btl sm, | ||
mpirun -v -np ${NSLOTS} ./ | mpirun -v -np ${NSLOTS} ./ | ||
Ligne 370: | Ligne 311: | ||
# fin | # fin | ||
</ | </ | ||
- | |||
==== Script de soumission bash parallèle ==== | ==== Script de soumission bash parallèle ==== | ||
Ligne 393: | Ligne 333: | ||
#$ -V | #$ -V | ||
### mails en debut et fin d' | ### mails en debut et fin d' | ||
- | #$ -m be | + | #$ -m b |
+ | #$ -m e | ||
# donné par le système de batch | # donné par le système de batch | ||
Ligne 403: | Ligne 344: | ||
### configurer l' | ### configurer l' | ||
- | source /usr/local/modeles/set_debian7-clean.sh | + | source /usr/share/lmod/lmod/init/bash |
- | source / | + | |
- | module use / | + | |
- | module load Base/psmn | + | |
- | #module load intel/ | + | |
- | module load openmpi/ | + | |
### au besoin, forcer l'env OpenMPI | ### au besoin, forcer l'env OpenMPI | ||
Ligne 415: | Ligne 351: | ||
### execution du programme | ### execution du programme | ||
+ | ## | ||
##${MPIRUN} -v -prefix ${PREFIX} -mca btl sm, | ##${MPIRUN} -v -prefix ${PREFIX} -mca btl sm, | ||
mpirun -v -np ${NSLOTS} ./ | mpirun -v -np ${NSLOTS} ./ | ||
Ligne 420: | Ligne 357: | ||
# fin | # fin | ||
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