Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.
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documentation:examples:tutorials_scripts [2018/01/08 15:11] – [Script de soumission bash] ltaulell | documentation:examples:tutorials_scripts [2018/01/08 15:12] – [Script de soumission tcsh parallèle] ltaulell | ||
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Ligne 87: | Ligne 87: | ||
==== Script de soumission tcsh parallèle ==== | ==== Script de soumission tcsh parallèle ==== | ||
+ | |||
+ | |||
+ | <note warning> | ||
+ | |||
<code bash> qsub batch.csh</ | <code bash> qsub batch.csh</ | ||
Ligne 117: | Ligne 121: | ||
### configurer l' | ### configurer l' | ||
- | source /usr/share/modules/init/tcsh | + | source /usr/share/lmod/lmod/init/tcsh |
- | module use / | + | |
- | module load Base/psmn | + | |
- | #module load intel/ | + | |
- | module load openmpi/ | + | |
### au besoin, forcer l'env OpenMPI | ### au besoin, forcer l'env OpenMPI | ||
Ligne 136: | Ligne 136: | ||
</ | </ | ||
- | * variante, usage des modeles (deprecated) | ||
- | <code bash batch.csh> | ||
- | #!/bin/tcsh | ||
- | # | ||
- | ### variables SGE | ||
- | ### shell du job | ||
- | #$ -S /bin/tcsh | ||
- | ### nom du job (a changer) | ||
- | #$ -N test_par | ||
- | ### file d' | ||
- | #$ -q E5-2670_test | ||
- | ### parallel environment & nb cpu (NSLOTS) | ||
- | #$ -pe test_debian 2 | ||
- | ### charger l' | ||
- | #$ -cwd | ||
- | ### exporter les variables d' | ||
- | #$ -V | ||
- | ### mails en debut et fin d' | ||
- | #$ -m be | ||
- | |||
- | # donné par le système de batch | ||
- | set HOSTFILE=$TMPDIR/ | ||
- | |||
- | # aller dans le repertoire de travail/ | ||
- | # important, sinon, le programme est lancé depuis ~/ | ||
- | cd ${SGE_O_WORKDIR} | ||
- | |||
- | ### configurer l' | ||
- | source / | ||
- | source / | ||
- | |||
- | set PREFIX="/ | ||
- | set MPIRUN=${PREFIX}/ | ||
- | |||
- | ### execution du programme | ||
- | set EXECDIR=${HOME}/ | ||
- | ${MPIRUN} -v -prefix ${PREFIX} -mca btl sm, | ||
- | #mpirun -v -np ${NSLOTS} ./ | ||
- | |||
- | # fin | ||
- | </ | ||
==== Script de soumission bash parallèle ==== | ==== Script de soumission bash parallèle ==== | ||