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documentation:tutorials:build:fortran_parallele [2016/05/23 13:46] – [Exécution du programme :] cicaluga | documentation:tutorials:build:fortran_parallele [2018/02/15 08:26] – [Exécution du programme :] cicaluga |
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=== Définition de l'environnement : === | === Définition de l'environnement : === |
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| * définition de l'environnement |
* définition de l'environnement **pour tcsh** //(méthode "modules")// | |
<code bash> | <code bash> |
source /usr/share/modules/init/csh | module avail |
module use /applis/PSMN/Modules | module load GCC/7.2.0/OpenMPI/3.0.0 |
module load Base/psmn | |
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module load openmpi/1.6.4-intel-14.0.1 | |
</code> | </code> |
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* définition de l'environnement **pour bash** //(méthode "modules")// | |
<code bash> | |
source /usr/share/modules/init/sh | |
module use /applis/PSMN/Modules | |
module load Base/psmn | |
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module load openmpi/1.6.4-intel-14.0.1 | |
</code> | |
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* définition de l'environnement //(méthode "modeles")// | |
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source /usr/local/modeles/openmpi-1.4.5-gnu-4.6.3 (avec gnu) | |
</code> | |
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<code> | |
source /usr/local/modeles/openmpi-1.6.4-intel-14.0.1-debian7.csh (avec intel) //(méthode "modeles")// | |
</code> | |
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* définition de l'environnement pour bash //(méthode "modeles")// | |
<code bash> | |
source /usr/local/modeles/openmpi-1.4.5-gnu-4.6.3.sh | |
</code> | |
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* Vérification | * Vérification |
<code> | <code> |
mpif90 -showme | mpifort -showme |
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ifort -I/softs/openmpi-1.6.4-intel-14.0.1-debian7/include -I/softs/openmpi-1.6.4-intel-14.0.1-debian7/lib -L/softs/openmpi-1.6.4-intel-14.0.1-debian7/lib -lmpi_f90 -lmpi_f77 -lmpi -lrdmacm -libverbs -lrt -lnsl -lutil -ldl -lm -lnuma -lrt -lnsl -lutil | gfortran ..... |
</code> | </code> |
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<code> | <code> |
mpif90 -o SommeVecVecPAR.f90.exe SommeVecVecPAR.f90 (avec intel) | mpifort -o SommeVecVecPAR.exe SommeVecVecPAR.f90 |
</code> | |
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<code> | |
mpif90 -o SommeVecVecPAR.f90.exe SommeVecVecPAR.f90 (avec gnu) | |
</code> | </code> |
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Le fichier binaire (exécutable) ''SommeVecVecPAR.f90.exe'' est généré. | Le fichier binaire (exécutable) ''SommeVecVecPAR.exe'' est généré. |
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====Exécution du programme :==== | ====Exécution du programme :==== |
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<code> | <code> |
mpirun -np 2 ./SommeVecVecPAR.f90.exe | mpirun -np 2 ./SommeVecVecPAR.exe |
</code> | </code> |
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On utilise un script de soumission [[documentation:tutorials:submit:jobparalleleshellcsh#job_parallele_shell_csh|batch.csh]] (ou [[documentation:tutorials:submit&#job_parallele_shell_bash)|batch.sh]] pour le shell bash) pour soumettre le job sur les clusters de calcul. | On utilise un script de soumission [[documentation:tutorials:submit&#job_parallele_shell_bash)|batch.sh]] pour le shell bash (ou [[documentation:tutorials:submit:jobparalleleshellcsh|batch.csh]] ) pour soumettre le job sur les clusters de calcul. |
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C'est le script de soumission qui configure l'environnement puis appelle votre binaire (avec ses options, s'il en a) sur les noeuds d'execution. | C'est le script de soumission qui configure l'environnement puis appelle votre binaire (avec ses options, s'il en a) sur les noeuds d'execution. |
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''SGE -> batch.csh -> binaire'' | ''SGE -> batch.sh -> binaire'' |
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<code> | <code> |
qsub batch.csh | qsub batch.sh |
Your job 772030 ("SommeVecVecPAR") has been submitted | Your job 336000 ("SommeVecVecPAR") has been submitted |
</code> | </code> |
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job-ID prior name user state submit/start at queue slots ja-task-ID | job-ID prior name user state submit/start at queue slots ja-task-ID |
----------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------- |
772030 0.00000 SommeVecVecPAR Login qw 06/18/2012 07:41:51 2 | 336000 0.00000 SommeVecVecPAR Login qw 02/14/2018 10:53:51 2 |
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qstat | qstat |
job-ID prior name user state submit/start at queue slots ja-task-ID | job-ID prior name user state submit/start at queue slots ja-task-ID |
----------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------- |
772030 0.05000 SommeVecVecPAR Login r 06/18/2012 07:42:16 r410B_ib_test@r410lin57.ens-ly 2 | 336000 0.05000 SommeVecVecPAR Login r 02/14/2018 10:54:16 r410B_ib_test@r410lin57.ens-ly 2 |
</code> | </code> |
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La sortie de l'écran (sortie standard) est redirigée dans le fichier ''SommeVecVecPAR.o772030'' et la sortie erreur est redirigée dans le fichier ''SommeVecVecPAR.e772030''. | La sortie de l'écran (sortie standard) est redirigée dans le fichier ''SommeVecVecPAR.o336000'' et la sortie erreur est redirigée dans le fichier ''SommeVecVecPAR.e336000''. |
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<code> | <code> |
cat SommeVecVecPAR.o772030 | cat SommeVecVecPAR.o336000 |
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/home/cicaluga/Support/FormationPSMN/SommeVecVecPar | /home/ccalugar/Support/FormationPSMN/SommeVecVecPar |
LES DEUX VECTEURS : | LES DEUX VECTEURS : |
A = 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 | A = 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 |