Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.
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documentation:tutorials:submit:jobsequentieltcsh [2016/05/23 13:33] – [job séquentiel (shell tcsh)] cicaluga | documentation:tutorials:submit:jobsequentieltcsh [2021/08/31 09:38] (Version actuelle) – cicaluga | ||
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Ligne 72: | Ligne 72: | ||
### configurer l' | ### configurer l' | ||
- | source / | + | ### source / |
- | source / | + | ### module use / |
- | module use / | + | ### module load Base/psmn |
- | module load Base/psmn | + | module load IntelComp/2017.4 |
- | module load intel/14.0.1 | + | |
### execution du programme | ### execution du programme | ||
##set EXECDIR=${HOME}/ | ##set EXECDIR=${HOME}/ | ||
## | ## | ||
- | ./ | + | ./ |
# fin | # fin | ||
</ | </ | ||
+ | |||
+ | Travailler dans le /scratch | ||
+ | |||
+ | <code bash batch.csh> | ||
+ | #!/bin/tcsh | ||
+ | # | ||
+ | ### variables SGE | ||
+ | ### shell du job | ||
+ | #$ -S /bin/tcsh | ||
+ | ### nom du job (a changer) | ||
+ | #$ -N SommeVecVecSEQ | ||
+ | ### file d' | ||
+ | #$ -q E5-2670_test | ||
+ | ### charger l' | ||
+ | #$ -cwd | ||
+ | ### exporter les variables d' | ||
+ | #$ -V | ||
+ | ### mails en debut et fin d' | ||
+ | #$ -m be | ||
+ | |||
+ | # aller dans le repertoire de travail/ | ||
+ | # important, sinon, le programme est lancé depuis ~/ | ||
+ | cd ${SGE_O_WORKDIR} | ||
+ | |||
+ | ### configurer l' | ||
+ | ### source / | ||
+ | ### source / | ||
+ | ### module use / | ||
+ | ### module load Base/psmn | ||
+ | module load IntelComp/ | ||
+ | |||
+ | set SCRATCHDIR = `echo $SGE_O_WORKDIR | awk -F "/" | ||
+ | /bin/mkdir -p $SCRATCHDIR | ||
+ | |||
+ | /bin/cp -rf SommeVecVecSEQ.f90.exe $SCRATCHDIR/ | ||
+ | ###/bin/cp -rf $INPUT $SCRATCHDIR/ | ||
+ | |||
+ | # go to scratch (instead of workdir) before running binary | ||
+ | cd ${SCRATCHDIR} | ||
+ | |||
+ | ### execution du programme | ||
+ | ###### | ||
+ | set EXECDIR=${SCRATCHDIR} | ||
+ | ${EXECDIR}/ | ||
+ | #### | ||
+ | |||
+ | # copy results from scratch to home | ||
+ | /bin/cp -r $SCRATCHDIR/ | ||
+ | |||
+ | rm -fr ${SCRATCHDIR}/ | ||
+ | |||
+ | # fin | ||
+ | </ | ||
+ | |||
+ | |||
====== Surveiller un job ====== | ====== Surveiller un job ====== | ||
Voir [[documentation: | Voir [[documentation: |