Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.
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documentation:tutorials:submit [2018/01/17 18:30] – [Scripts de soumission] cicaluga | documentation:tutorials:submit [2024/02/22 13:12] (Version actuelle) – supprimée ltaulell | ||
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- | Le système de batch actuellement utilisé par le PSMN est Sun Grid Engine (SGE). Sa documentation se trouve [[documentation: | ||
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- | ====== Soumettre un job ====== | ||
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- | On utilise la commande '' | ||
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- | <code bash> | ||
- | qsub script_soumission | ||
- | </ | ||
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- | ====== Scripts de soumission ====== | ||
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- | Voici quelques scripts de soumission d'un job au système de batch du PSMN. | ||
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- | <note warning> | ||
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- | ======job parallèle ====== | ||
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- | On peut soumettre son job en utilisant la commande suivante : | ||
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- | <code bash> qsub script</ | ||
- | |||
- | <code bash script> | ||
- | #!/bin/bash | ||
- | # | ||
- | ### variables SGE | ||
- | ### shell du job | ||
- | #$ -S /bin/bash | ||
- | ### nom du job (a changer) | ||
- | #$ -N SommeVecVecPAR | ||
- | ### file d' | ||
- | #$ -q E5_test | ||
- | ### parallel environment & nb cpu (NSLOTS) | ||
- | #$ -pe test_debian 2 | ||
- | ### charger l' | ||
- | #$ -cwd | ||
- | ### exporter les variables d' | ||
- | #$ -V | ||
- | ### mails en debut et fin d' | ||
- | #$ -m be | ||
- | |||
- | # donné par le système de batch | ||
- | HOSTFILE=${TMPDIR}/ | ||
- | |||
- | # aller dans le repertoire de travail/ | ||
- | # important, sinon, le programme est lancé depuis ~/ | ||
- | cd ${SGE_O_WORKDIR} | ||
- | |||
- | # init env (should be in ~/.profile) | ||
- | source / | ||
- | |||
- | ### configurer l' | ||
- | module load iccifort/ | ||
- | module load intel/ | ||
- | |||
- | ### au besoin, forcer l'env OpenMPI | ||
- | PREFIX="/ | ||
- | MPIRUN=${PREFIX}/ | ||
- | |||
- | ### execution du programme | ||
- | ### | ||
- | ### | ||
- | #mpirun -v -np ${NSLOTS} ${EXECDIR}/ | ||
- | ${MPIRUN} -v -prefix ${PREFIX} -mca btl vader, | ||
- | |||
- | # fin | ||
- | </ | ||
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- | |||
- | <note important>: | ||
- | ATTENTION au hostfile : | ||
- | ====== Surveiller un job ====== | ||
- | |||
- | Voir [[documentation: |