Différences

Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.

--- en:documentation:tools:modules [2020/08/25 15:58] – modification externe 127.0.0.1
+++ en:documentation:tools:modules [2023/01/12 09:49] (Version actuelle) – supprimée ltaulell
@@ Ligne 1: / Ligne 1: @@
-====== Environment Modules ======
-''Environment Modules'' is used to **configure the execution environment** of a program (shell, job, interactive and non-interactive), it is now managed by lmod and EasyBuild.
-Each program requires an environment (see the ''env'' command in a shell) properly configured to work optimally.
-<note tip>**Reminder** :\\
-\\
-''allo-psmn'' is a connection server; it allows you to access and transfer your files, and **that's all**.
-To work, you have to connect, from ''allo-psmn'', to  **[[documentation:clusters:services#serveurs_de_compilation_frontales|one of the compilation servers]]**.\\
-See how [[documentation:tutorials:ssh:accueil|connect to clusters]].
-</note>
-===== Modèles =====
-Some **examples** of initialization for PSMN users are available in the following files :
-  * ''/applis/PSMN/debian9/skels/modeles/Profile''
-  * ''/applis/PSMN/debian9/skels/modeles/Bashrc''
-  * ''/applis/PSMN/debian9/skels/modeles/Bash_aliases''
-  * ''/applis/PSMN/debian9/skels/modeles/Cshrc''
-You can copy them, or include them in your own initialization files.
-<code bash>
-cp /applis/PSMN/debian9/skels/modeles/Profile ~/.profile
-cp /applis/PSMN/debian9/skels/modeles/Bashrc ~/.bashrc
-cp /applis/PSMN/debian9/skels/modeles/Bash_aliases ~/.bash_aliases
-or
-cp /applis/PSMN/debian9/skels/modeles/Cshrc ~/.cshrc
-</code>
-Reconnect to take into account the changes.
-===== interactive use =====
-==== Load "Environment Modules" ====
-   * for bash
-<code bash>
-source /usr/share/lmod/lmod/init/bash
-</code>
-Can be added in  ''~/.profile''.
-  * for csh/tcsh
-<code bash>
-source /usr/share/lmod/lmod/init/tcsh
-</code>
-Can be added in  ''~/.cshrc''.
-  * for zsh
-<code bash>
-source /usr/share/lmod/lmod/init/zsh
-</code>
-PCan be added in  ''~/.zshenv'' (ou ''~/.zshrc'').
-==== pour tous les shell ====
-   * see the available modules (it may take a few minutes before being displayed, it's normal !)
-<code bash>
-# list all modules
-module avail
-# list the modules related to OpenMPI
-module avail openmpi
-</code>
-   * module loading :
-<code bash>
-module load <compilateur>/<version>/<software>/<version>
-# for exemple load OpenMPI 2.1.1 (compilé avec GCC 6.4.0)
-module load GCC/6.4.0/OpenMPI/2.1.1
-# then load GCC 6.4.0
-module load GCC/6.4.0
-</code>
-  * Getting help from a module
-<code bash>
-module help <software>/<version>
-# ou
-module help <compilateur>/<version>/<software>/<version>
-</code>
-  * Show loaded modules
-<code bash>
-module list
-</code>
-  * Unloading a module
-<code bash>
-module unload <software>/<version>
-</code>
-===== In a script =====
-exemple for bash (script excerpt) :
-<code bash>
-# init env (should be in ~/.profile)
-source /usr/share/lmod/lmod/init/bash
-# easybuild modules do not load dependencies
-module load GCC/6.4.0/OpenMPI/2.1.1
-module load GCC/6.4.0
-# tests
-env > resultat.txt
-gcc -v >> resultat.txt
-which mpirun >> resultat.txt
-</code>
-===== References =====
-  * https://www.tacc.utexas.edu/research-development/tacc-projects/lmod
-  * http://modules.sourceforge.net/index.html
-  * http://modules.sourceforge.net/man/modulefile.html
-<hidden>
----------------------------------------------------
-==== pour csh/tcsh ====
-  * Load the environment of the PSMN (**shell csh/tcsh**)
-<code bash>
-source /usr/share/modules/init/tcsh
-module use /applis/PSMN/Modules
-module load Base/psmn
-</code>
-You can add in your ''~/.cshrc'', the following lines :
-<code bash>
-source /usr/share/modules/init/tcsh
-module use /applis/PSMN/Modules
-module load Base/psmn
-</code>
-==== for bash ====
-  * Load the environment of the PSMN (**shell bash**)
-<code bash>
-source /usr/share/modules/init/bash
-module use /applis/PSMN/Modules
-module load Base/psmn
-</code>
-You can add in your ''~/.profile'', the following lines :
-<code bash>
-source /usr/share/modules/init/bash
-module use /applis/PSMN/Modules
-module load Base/psmn
-</code>
-==== for all shells ====
-  * List available modules
-<code bash>
-module avail
-</code>
-  * Get the description of a module
-<code bash>
-module whatis <software>/<version>
-module whatis openmpi/1.6.4-gnu-4.7.2
-openmpi/1.6.4-gnu-4.7.2: loads openmpi 1.6.4 (gnu-4.7.2/Debian7) environment
-</code>
-  * Obtenir l'aide d'un module
-<code bash>
-module help <software>/<version>
-module help Base/psmn
------------ Module Specific Help for 'Base/psmn' ------------------
-	loads the modules software & base application environment for PSMN
-	This adds specifics to several of the environment variables.
-        automatically load Base/debian7 and Base/sge modulefiles
-	Compatible with Modules version 3.2.9
-</code>
-  * Charger un module pour un logiciel
-<code bash>
-module load <software>/<version>
-</code>
-  * Afficher les modules chargés
-<code bash>
-module list
-</code>
-  * Décharger un module
-<code bash>
-module unload <software>/<version>
-</code>
-  * Décharger l'environnement du PSMN
-<code bash>
-module unuse /applis/PSMN/Modules
-</code>
-:!: Certains modules chargent automatiquement leurs dépendances, ce qui peut engendrer des conflits.
-===== Usage dans les scripts (non-interactif) =====
-:!: Certains modules chargent automatiquement leurs dépendances, ce qui peut engendrer des conflits.
-==== pour csh/tcsh ====
-  * ajouter dans le début des scripts :
-<code bash>
-source /usr/share/modules/init/tcsh
-module use /applis/PSMN/Modules
-module load Base/psmn
-</code>
-Ajoutez ensuite les modules dont vous avez besoin (voir ''module avail'').
-==== pour bash ====
-  * ajouter dans le début des scripts :
-<code bash>
-source /usr/share/modules/init/bash
-module use /applis/PSMN/Modules
-module load Base/psmn
-</code>
-Ajoutez ensuite les modules dont vous avez besoin (voir ''module avail'').
-:!: Certains modules chargent automatiquement leurs dépendances, ce qui peut engendrer des conflits.
-===== Modules disponibles (avril 2016) =====
-Cette liste **n'est pas à jour**, utilisez la commande ''module avail'' pour avoir la liste en cours.
-<code>
-~$ module avail
------------------------------------------------ /applis/PSMN/Modules -----------
-ADF/2010.02                                    Molden/5.0.6
-ADF/2012.01                                    Molden/5.4
-ADF/2013.01                                    Molpro/2010.1-intel-14.0.1
-ADF/2013.01.platformmpi                        Molpro/2010.1-intel-14.0.1-openmp
-ADF/2014.02                                    MrBayes/3.2.1-intel-mpi
-ADF/2014.10                                    MrBayes/3.2.1-intel-seq
-Abinit/7.2.1-gnu-4.7.2-x86_64                  NAMD/2.11-ibverbs
-Abinit/7.6.4                                   NAMD/2.11-ibverbs-smp
-AllPathsLG/r42874-gnu-4.7.1                    NAMD/2.11-ibverbs-smp-CUDA
-Amber/12-20150109-intel-14.0.1-openmp          NAMD/2.11-multicore
-Amber/12-20150109-intel-14.0.1-openmpi-1.8.4   NAMD/2.11-multicore-CUDA
-Amber/12-20150109-intel-14.0.1-seq             NAMD/2.9-ibverbs
-Amber/12-20150109-intel-14.0.1-seq-K20-DPDP    NAMD/2.9-ibverbs-smp
-Amber/12-20150109-intel-14.0.1-seq-K20-SPFP    NAMD/2.9-ibverbs-smp-CUDA
-Amber/12-20150109-intel-14.0.1-seq-M2090-DPDP  NAMD/2.9-multicore
-Amber/12-20150109-intel-14.0.1-seq-M2090-SPFP  NAMD/2.9-multicore-CUDA
-Amber/12-intel-14.0.1-openmp                   NucleoMiner/1.0
-Amber/12-intel-14.0.1-openmpi-1.6.4            Oases/0.2.8
-Amber/12-intel-14.0.1-openmpi-1.6.4-K20-DPDP   OpenAlea/2016
-Amber/12-intel-14.0.1-openmpi-1.6.4-K20-SPFP   OpenAlea/svn-r4239
-Amber/12-intel-14.0.1-openmpi-1.6.4-M2070-DPDP PBSuite/15.2.20
-Amber/12-intel-14.0.1-openmpi-1.6.4-M2070-SPFP ParaView/3.12.0
-Amber/12-intel-14.0.1-seq                      ParaView/4.0.1
-Amber/12-intel-14.0.1-seq-K20-DPDP             ParaView/4.4.0
-Amber/12-intel-14.0.1-seq-K20-SPFP             PhyML/20120412
-Amber/12-intel-14.0.1-seq-M2070-DPDP           PhyML/20140223
-Amber/12-intel-14.0.1-seq-M2070-SPFP           PhyML/3.0
-Augustus/3.1                                   PhyloMerge/0.2
-Avogadro/1.1.1                                 Phylobayes/3.3b
-BCFtools/1.1                                   Phylobayes/3.3e
-BEDTools/2.24.0                                Povray/3.7
-BLAT/35                                        Prank/140603
-Base/FR.UTF-8                                  Primer3/2.3.4
-Base/debian7                                   Qbox/1.62.3
-Base/psmn                                      Quast/3.2
-Base/sge                                       R/2.15.1
-Base/test                                      R/3.0.2
-Base/test.tcl                                  R/3.2.0
-Bismark/0.15.0                                 R/3.2.4
-Blender/2.76b                                  RSEM/1.2.19
-Bowtie/0.12.7                                  RSeQC/2.3.1
-Bowtie/1.1.1                                   RSeQC/2.3.3
-Bowtie/2.0.2                                   SAMtools/0.1.19
-Bowtie/2.2.4                                   SAMtools/1.1
-Bwakit/0.7.12                                  SPAdes/3.6.2
-CAFS/1.0                                       SRAToolkit/2.3.3-2
-CP2K/2.2.426                                   SRAToolkit/2.3.4-2
-CP2K/2.5.1                                     STAR/2.4.1d
-CP2K/2.5.1-complete                            Sage/7.0
-CP2K/2.5.1-minimal                             Spinevolution/3.4.4
-Cassandra/2.5.4                                Spinevolution/3.4.5
-Celera/WGS-7.0                                 StringTie/1.0.1
-Celera/WGS-8.3rc2                              StringTie/1.2.0
-ClonalFrameML/1.25                             TopHat/2.0.13
-Corset/1.03                                    Trimmomatic/0.36
-Crystal/2.0.1                                  Trinity/2.0.6
-Cufflinks/2.2.1                                Trinity/2.1.1
-DMAP/20151019                                  Trinity/r2012-06-08
-Dalton/2016.0                                  Trinity/r20140413
-DiscoSNP/2.2.4                                 Trinity/r20140717
-FastQC/0.11.2                                  Trinotate/2.0.2
-FastTree/2.1.7                                 UCSC/287
-FreeFem++/3.42-seq                             VASP/4.6.36-gnu-4.7.2
-GATK/3.4-46                                    VASP/5.3.2-intel-11.1-debian7
-GDL/1.0                                        VASP/5.3.3-gnu-4.7.2
-GFOLD/1.1.4                                    VASP/5.3.3-intel-14.0.1-debian7
-GMAP/2014-10-22                                VASP/5.3.5-intel-14.0.1-debian7
-Gaussian/g03-lasim                             VESTA/3.1.7
-Gaussian/g09-chimie                            VMD/1.9.2
-Gaussian/g09-geol                              Velvet/1.2.10
-Gaussian/g09c01-chimie                         ViennaRNA/2.1.9
-Gaussian/g09c01-geol                           aTRAM/1.01
-Gaussian/g09c01-icbms                          breseq/0.26.1
-Gaussian/g09d01-chimie                         fftw/3.3.3-intel-14.0.1-openmp
-Gaussian/g09d01-geol                           fftw/3.3.3-intel-14.0.1-openmpi-1.6.4
-Gaussian/g09d01-icbms                          fftw/3.3.3-intel-14.0.1-openmpi-1.8.4
-Gaussian/g09d01-lasim                          fftw/3.3.3-intel-14.0.1-seq
-HDF5/1.8.15-p1-mpi                             fftw/3.3.4-intel-14.0.1-openmp-dp
-HDF5/1.8.15-p1-seq                             fftw/3.3.4-intel-14.0.1-openmp-sp
-HDF5/1.8.16-mpich2                             fftw/3.3.4-intel-14.0.1-openmpi-1.6.4-dp
-HDF5/1.8.16-openmpi                            fftw/3.3.4-intel-14.0.1-openmpi-1.6.4-sp
-HDF5/1.8.16-seq                                fftw/3.3.4-intel-14.0.1-openmpi-1.8.4-dp
-HISAT/0.1.5b                                   fftw/3.3.4-intel-14.0.1-openmpi-1.8.4-sp
-HISAT/2.0.0b                                   fftw/3.3.4-intel-14.0.1-seq-dp
-HMMER/3.1b1                                    fftw/3.3.4-intel-14.0.1-seq-sp
-HTSeq/0.5.3p3                                  gromacs/5.0.5
-HTSeq/0.5.3p9                                  intel/11.1.069
-HTSeq/0.6.1                                    intel/12.0.084
-HTSlib/1.1                                     intel/14.0.1
-Java/1.6d7                                     intel/15.0.2
-Java/1.7d7                                     modules.psmn
-Java/1.8.0u77                                  openmpi/1.4.1-intel-11.1.069
-Jellyfish/2.2.5                                openmpi/1.4.5-gnu-4.7.2
-Jmol/14.4.0                                    openmpi/1.5.4-gnu-4.7.2
-LSDalton/2016.0                                openmpi/1.5.4-intel-12.0.084
-Lammps/11Nov13-mpi-1.6.4-intel-14.0.1          openmpi/1.6.4-gnu-4.7.2
-Lammps/15May15-mpi-1.8.4-intel-14.0.1          openmpi/1.6.4-intel-12.0.084
-Lammps/28Jun14-mpi-1.6.4-intel-14.0.1          openmpi/1.6.4-intel-14.0.1
-Lammps/28Jun14-mpi-1.8.4-intel-14.0.1          openmpi/1.8.4-intel-14.0.1
-Lammps/7Dec15-mpi-1.8.4-intel-14.0.1           picard/1.140
-MAFFT/7.187                                    prinseq/lite-0.20.4
-MAPS/3.4.2                                     python/2.7
-MEME/4.10.2                                    python/3.2
-MIRA/4.0.2                                     tablemaker/2.1.1
-Matlab/R2011b
-</code>
-</hidden>

en/documentation/tools/modules.1598371112.txt.gz · Dernière modification : 2020/08/25 15:58 de 127.0.0.1

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