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https://www.psmn.ens-lyon.fr/tikiwiki4/tiki-index.php?page=Pour%20compiler&bl=y

+ https://www.psmn.ens-lyon.fr/tikiwiki4/tiki-index.php?page=ExFortran90gnu&bl=y

+ https://www.psmn.ens-lyon.fr/tikiwiki4/tiki-index.php?page=ExCgnu&bl=y

Exemple de compilation et d'exécution d'un programme écrit en Fortran 90 (séquentiel)

Le programme ¹⁾ effectue la somme des deux vecteurs A et B. Le résultat est mis dans C.

Compilation du programme (après définition du l'environnement) :

$ source /usr/local/modeles/gnu-4.6.3 $ gfortran –version GNU Fortran (GCC) 4.6.3 $ gfortran -o SommeVecVec.f90.exe SommeVecVec.f90

⇒ Le fichier binaire (exécutable) SommeVecVec.f90.exe a été généré.

* Exécution sur le serveur de compilation :

$ ./SommeVecVec.f90.exe

⇒ Le résultat est affiche a l'écran :

Les deux vecteurs :

A = 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10

B = 9 8 7 6 5 4 3 2 1 0

Le vecteur somme :

C = 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10

* Exécution sur les nœuds

Il faut savoir qu'on a un script de soumission ²⁾ , pour SHELL tcsh) et un script d'exécution ³⁾, pour SHELL tcsh) (ou ⁴⁾ et ⁵⁾, pour SHELL : bash).

C'est le script de soumission qui doit être lance et c'est lui qui appelle le script d'exécution.

::batch.csh → batchrun.csh → binaire::

$ ./batch.csh Your job 769504 (“batchrun.csh”) has been submitted $ qstat job-ID prior name user state submit/start at queue slots ja-task-ID

769504 0.00000 batchrun.csh cicaluga qw 06/12/2012 07:21:46

⇒ - La sortie de l'écran (sortie standard) est redirectionee dans le fichier “batchrun.csh.o769504”

et - La sortie erreurs est redirigéee dans le fichier “batchrun.csh.e769504”

~pp~ $ cat batchrun.csh.o769504

Les deux vecteurs : A = 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 B = 9 8 7 6 5 4 3 2 1 0 Le vecteur somme : C = 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10

~/pp~

!!!!::~~#00c:2. Exemple de compilation et d'exécution d'un programme écrit en Fortran 90 (parallèle)~~ ::

Le programme ⁶⁾ effectue la somme des deux vecteurs A et B. Le résultat est mis dans C. Chaque étape est effectuée sur 2 processus. Si le programme est exécuté sur plusieurs cœurs, seuls les deux cœurs seront effectivement utilises.

Compilation du programme (après définition du l'environnement) : ~pp~ $ source /usr/local/modeles/openmpi-1.4.5-gnu-4.6.3 $ mpif90 -showme gfortran -I/softs/openmpi-1.4.5-gcc-4.6.3/include -pthread -I/softs/openmpi-1.4.5-gcc-4.6.3/lib -L/softs/openmpi-1.4.5-gcc-4.6.3/lib -lmpi_f90 -lmpi_f77 -lmpi -lopen-rte -lopen-pal -lrdmacm -libverbs -ldl -lnsl -lutil -lm

$ mpif90 -o SommeVecVec.exe SommeVecVec.f90 ~/pp~

⇒ Le fichier binaire (exécutable) SommeVecVec.exe a été généré.

* Exécution sur le serveur de compilation :

~pp~ $ mpirun -np 2 ./SommeVecVec.exe ~/pp~

⇒ Le résultat est affiche a l'écran :

~pp~ LES DEUX VECTEURS : A = 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 B = 9 8 7 6 5 4 3 2 1 0 LES DEUX VECTEURS LOCAUX : Je suis le proc 0 parmi 2 processus A local ( proc 0 ) = 1 2 3 4 5 B local ( proc 0 ) = 9 8 7 6 5 Je suis le proc 1 parmi 2 processus A local ( proc 1 ) = 6 7 8 9 10 B local ( proc 1 ) = 4 3 2 1 0 LE VECTEUR SOMME LOCAL : C local ( proc 1 ) = 10 10 10 10 10 C local ( proc 0 ) = 10 10 10 10 10 LE VECTEUR SOMME : C = 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 ~/pp~

* Exécution sur les nœuds

Il faut savoir qu'on a un script de soumission ⁷⁾) et un script d'exécution ⁸⁾).

C'est le script de soumission qui doit être lance et c'est lui qui appelle le script d'exécution.

::batch → batchrun → binaire::

~pp~ $ ./batch Your job 772030 (“batchrun”) has been submitted

$ qstat job-ID prior name user state submit/start at queue slots ja-task-ID

772030 0.00000 batchrun cicaluga qw 06/18/2012 07:41:51 2 $ qstat job-ID prior name user state submit/start at queue slots ja-task-ID

772030 0.05000 batchrun cicaluga r 06/18/2012 07:42:16 r410B_ib_test@r410lin57.ens-ly 2

~/pp~

⇒ La sortie de l'écran (sortie standard) est redirectionee dans le fichier ~pp~“batchrun.o772030” ~/pp~

et La sortie erreurs est redirectionee dans le fichier ~pp~“batchrun.e772030” ~/pp~

~pp~ $ cat batchrun.o772030 /home/cicaluga/Support/FormationPSMN/SommeVecVecPar LES DEUX VECTEURS : A = 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 B = 9 8 7 6 5 4 3 2 1 0 LES DEUX VECTEURS LOCAUX : Je suis le proc 0 parmi 2 processus A local ( proc 0 ) = 1 2 3 4 5 B local ( proc 0 ) = 9 8 7 6 5 LE VECTEUR SOMME LOCAL : C local ( proc 0 ) = 10 10 10 10 10 LE VECTEUR SOMME : C = 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 Je suis le proc 1 parmi 2 processus A local ( proc 1 ) = 6 7 8 9 10 B local ( proc 1 ) = 4 3 2 1 0 C local ( proc 1 ) = 10 10 10 10 10

~/pp~ {HTML()} <p></p> <hr /> <center> <h5>Pôle Scientifique de Modélisation Numérique</h5> </center> <hr /> {HTML}