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https://www.psmn.ens-lyon.fr/tikiwiki4/tiki-index.php?page=Pour%20compiler&bl=y
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+ https://www.psmn.ens-lyon.fr/tikiwiki4/tiki-index.php?page=ExCgnu&bl=y
Exemple de compilation et d'exécution d'un programme écrit en Fortran 90 (séquentiel)
Le programme SommeVecVec.f90 effectue la somme des deux vecteurs A et B. Le résultat est mis dans C.
Compilation du programme (après définition du l'environnement) :
$ source /usr/local/modeles/gnu-4.6.3 $ gfortran --version GNU Fortran (GCC) 4.6.3 $ gfortran -o SommeVecVec.f90.exe SommeVecVec.f90
Le fichier binaire (exécutable) SommeVecVec.f90.exe a été généré.
Exécution sur le serveur de compilation :
$ ./SommeVecVec.f90.exe
Le résultat est affiché a l'écran :
Les deux vecteurs : A = 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 B = 9 8 7 6 5 4 3 2 1 0 Le vecteur somme : C = 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10
Exécution sur les nœuds
Il y a un script de soumission (batch.csh) et un script d'exécution (batchrun.csh) ou batch.sh et batchrun.sh, pour le shell bash.
C'est le script de soumission qui doit être lancé et c'est lui qui appelle le script d'exécution.
batch.csh → batchrun.csh → binaire
$ ./batch.csh
Your job 769504 ("batchrun.csh") has been submitted
$ qstat
job-ID prior name user state submit/start at queue slots ja-task-ID
-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------
769504 0.00000 batchrun.csh cicaluga qw 06/12/2012 07:21:46
- La sortie de l'écran (sortie standard) est redirigée dans le fichier
batchrun.csh.o769504 - La sortie erreur est redirigée dans le fichier
batchrun.csh.e769504
$ cat batchrun.csh.o769504 Les deux vecteurs : A = 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 B = 9 8 7 6 5 4 3 2 1 0 Le vecteur somme : C = 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10
Exemple de compilation et d'exécution d'un programme écrit en Fortran 90 (parallèle) :
Le programme SommeVecVecPAR.f90 effectue la somme des deux vecteurs A et B. Le résultat est mis dans C. Chaque étape est effectuée sur 2 processus. Si le programme est exécuté sur plusieurs cœurs, seuls deux cœurs seront réellement utilisés.
Compilation du programme (après définition du l'environnement) :
$ source /usr/local/modeles/openmpi-1.4.5-gnu-4.6.3 $ mpif90 -showme gfortran -I/softs/openmpi-1.4.5-gcc-4.6.3/include -pthread -I/softs/openmpi-1.4.5-gcc-4.6.3/lib -L/softs/openmpi-1.4.5-gcc-4.6.3/lib -lmpi_f90 -lmpi_f77 -lmpi -lopen-rte -lopen-pal -lrdmacm -libverbs -ldl -lnsl -lutil -lm $ mpif90 -o SommeVecVec.exe SommeVecVec.f90
Le fichier binaire (exécutable) SommeVecVec.exe a été généré.
Exécution sur le serveur de compilation :
$ mpirun -np 2 ./SommeVecVec.exe
Le résultat est affiché a l'écran :
LES DEUX VECTEURS : A = 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 B = 9 8 7 6 5 4 3 2 1 0
LES DEUX VECTEURS LOCAUX : Je suis le proc 0 parmi 2 processus A local ( proc 0 ) = 1 2 3 4 5 B local ( proc 0 ) = 9 8 7 6 5 Je suis le proc 1 parmi 2 processus A local ( proc 1 ) = 6 7 8 9 10 B local ( proc 1 ) = 4 3 2 1 0 LE VECTEUR SOMME LOCAL : C local ( proc 1 ) = 10 10 10 10 10 C local ( proc 0 ) = 10 10 10 10 10 LE VECTEUR SOMME : C = 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10
Exécution sur les nœuds
Il y a un script de soumission (batch.csh) et un script d'exécution (batchrun.csh).
C'est le script de soumission qui doit être lancé et c'est lui qui appelle le script d'exécution.
batch → batchrun → binaire
$ ./batch
Your job 772030 ("batchrun") has been submitted
$ qstat job-ID prior name user state submit/start at queue slots ja-task-ID ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------- 772030 0.00000 batchrun cicaluga qw 06/18/2012 07:41:51 2 $ qstat job-ID prior name user state submit/start at queue slots ja-task-ID ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------- 772030 0.05000 batchrun cicaluga r 06/18/2012 07:42:16 r410B_ib_test@r410lin57.ens-ly 2
La sortie de l'écran (sortie standard) est redirigée dans le fichier batchrun.o772030 et la sortie erreur est redirigée dans le fichier batchrun.e772030.
$ cat batchrun.o772030 /home/cicaluga/Support/FormationPSMN/SommeVecVecPar LES DEUX VECTEURS : A = 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 B = 9 8 7 6 5 4 3 2 1 0 LES DEUX VECTEURS LOCAUX : Je suis le proc 0 parmi 2 processus A local ( proc 0 ) = 1 2 3 4 5 B local ( proc 0 ) = 9 8 7 6 5 LE VECTEUR SOMME LOCAL : C local ( proc 0 ) = 10 10 10 10 10 LE VECTEUR SOMME : C = 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 Je suis le proc 1 parmi 2 processus A local ( proc 1 ) = 6 7 8 9 10 B local ( proc 1 ) = 4 3 2 1 0 C local ( proc 1 ) = 10 10 10 10 10