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allo-psmn
, sur l'un des serveurs de compilation
Le système de batch actuellement utilisé par le PSMN est Sun Grid Engine (SGE). Sa documentation se trouve à cette page ainsi que dans la F.A.Q..
On utilise la commande qsub
pour soumettre un job au système de batch du PSMN. Exemple :
qsub programme <input >output
Il est possible de rajouter des options :
qsub -V -m b -m e -e /path/to/workdir -o /path/to/workdir -q $QUEUE programme > output.log
avec :
-V : export environment variables -m b : mail @begin -m e : mail @end -e : where to put error files -o : where to put output files -q : file d'attente
Il est plus simple de soumettre simplement un (ou plusieurs) script contenant plus d'options :
qsub -m b -m e monscript
Voici quelques scripts de soumission d'un job au système de batch du PSMN.
D'autres exemples de scripts (soumission, exécution), exemples de scripts de soumission ainsi que des tutoriaux.
On peut soumettre son job en utilisant la commande suivante :
qsub script
#!/bin/bash # ### variables SGE ### shell du job #$ -S /bin/bash ### nom du job (a changer) #$ -N SommeVecVecPAR ### file d'attente (a changer) #$ -q E5_test ### parallel environment & nb cpu (NSLOTS) #$ -pe test_debian 2 ### charger l'environnement utilisateur pour SGE #$ -cwd ### exporter les variables d'environnement sur tous les noeuds d'execution #$ -V ### mails en debut et fin d'execution #$ -m be # donné par le système de batch HOSTFILE=${TMPDIR}/machines # aller dans le repertoire de travail/soumission # important, sinon, le programme est lancé depuis ~/ cd ${SGE_O_WORKDIR} # init env (should be in ~/.profile) source /usr/share/lmod/lmod/init/bash ### configurer l'environnement module load iccifort/2017.4 module load intel/2017.4/OpenMPI/3.0.0 ### au besoin, forcer l'env OpenMPI PREFIX="/applis/PSMN/debian9/software/Compiler/intel/2017.4/OpenMPI/3.0.0/" MPIRUN=${PREFIX}/bin/mpirun ### execution du programme ###EXECDIR=${HOME}/Formations/Parallel ###${MPIRUN} -v -prefix ${PREFIX} -mca btl sm,openib,self -hostfile ${HOSTFILE} -np ${NSLOTS} ${EXECDIR}/SommeVecVecPAR.exe #mpirun -v -np ${NSLOTS} ${EXECDIR}/SommeVecVecPAR.exe ${MPIRUN} -v -prefix ${PREFIX} -mca btl vader,openib,self -np ${NSLOTS} SommeVecVecPAR.f90.exe # fin
Voir la documentation qui correspond et les exemples.