Différences
Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.
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| documentation:examples:tutorials_scripts [2015/02/23 13:04] – [Script de soumission bash parallèle] ltaulell | documentation:examples:tutorials_scripts [2018/01/08 15:12] – [Script de soumission tcsh parallèle] ltaulell | ||
|---|---|---|---|
| Ligne 29: | Ligne 29: | ||
| #$ -V | #$ -V | ||
| ### mails en debut et fin d' | ### mails en debut et fin d' | ||
| - | #$ -m be | + | #$ -m b |
| + | #$ -m e | ||
| # aller dans le repertoire de travail/ | # aller dans le repertoire de travail/ | ||
| Ligne 36: | Ligne 37: | ||
| ### configurer l' | ### configurer l' | ||
| - | source /usr/local/modeles/set_debian7-clean.csh | + | source /usr/share/lmod/lmod/init/tcsh |
| - | source / | + | |
| - | module use / | + | |
| - | module load Base/psmn | + | |
| - | module load intel/ | + | |
| ### execution du programme | ### execution du programme | ||
| - | ###set EXECDIR=${HOME}/ | + | ##set EXECDIR=${HOME}/ |
| - | ### | + | ## |
| ./ | ./ | ||
| Ligne 69: | Ligne 66: | ||
| #$ -V | #$ -V | ||
| ### mails en debut et fin d' | ### mails en debut et fin d' | ||
| - | #$ -m be | + | #$ -m b |
| + | #$ -m e | ||
| # aller dans le repertoire de travail/ | # aller dans le repertoire de travail/ | ||
| Ligne 76: | Ligne 74: | ||
| ### configurer l' | ### configurer l' | ||
| - | source /usr/local/modeles/set_debian7-clean.sh | + | source /usr/share/lmod/lmod/init/bash |
| - | source / | + | |
| - | module use / | + | |
| - | module load Base/psmn | + | |
| - | module load intel/ | + | |
| ### execution du programme | ### execution du programme | ||
| Ligne 93: | Ligne 87: | ||
| ==== Script de soumission tcsh parallèle ==== | ==== Script de soumission tcsh parallèle ==== | ||
| + | |||
| + | |||
| + | <note warning> | ||
| + | |||
| <code bash> qsub batch.csh</ | <code bash> qsub batch.csh</ | ||
| Ligne 123: | Ligne 121: | ||
| ### configurer l' | ### configurer l' | ||
| - | source /usr/local/modeles/set_debian7-clean.csh | + | source /usr/share/lmod/lmod/init/tcsh |
| - | source / | + | |
| - | module use / | + | |
| - | module load Base/psmn | + | |
| - | #module load intel/ | + | |
| - | module load openmpi/ | + | |
| ### au besoin, forcer l'env OpenMPI | ### au besoin, forcer l'env OpenMPI | ||
| Ligne 136: | Ligne 129: | ||
| ### execution du programme | ### execution du programme | ||
| + | ###set EXECDIR=${HOME}/ | ||
| ##${MPIRUN} -v -prefix ${PREFIX} -mca btl sm, | ##${MPIRUN} -v -prefix ${PREFIX} -mca btl sm, | ||
| mpirun -v -np ${NSLOTS} ./ | mpirun -v -np ${NSLOTS} ./ | ||
| Ligne 142: | Ligne 136: | ||
| </ | </ | ||
| - | * variante, usage des modeles (deprecated) | ||
| - | |||
| - | <code bash batch.csh> | ||
| - | #!/bin/tcsh | ||
| - | # | ||
| - | ### variables SGE | ||
| - | ### shell du job | ||
| - | #$ -S /bin/tcsh | ||
| - | ### nom du job (a changer) | ||
| - | #$ -N test_par | ||
| - | ### file d' | ||
| - | #$ -q E5-2670_test | ||
| - | ### parallel environment & nb cpu (NSLOTS) | ||
| - | #$ -pe test_debian 2 | ||
| - | ### charger l' | ||
| - | #$ -cwd | ||
| - | ### exporter les variables d' | ||
| - | #$ -V | ||
| - | ### mails en debut et fin d' | ||
| - | #$ -m be | ||
| - | |||
| - | # donné par le système de batch | ||
| - | set HOSTFILE=$TMPDIR/ | ||
| - | |||
| - | # aller dans le repertoire de travail/ | ||
| - | # important, sinon, le programme est lancé depuis ~/ | ||
| - | cd ${SGE_O_WORKDIR} | ||
| - | |||
| - | ### configurer l' | ||
| - | source / | ||
| - | |||
| - | set PREFIX="/ | ||
| - | set MPIRUN=${PREFIX}/ | ||
| - | |||
| - | ### execution du programme | ||
| - | ${MPIRUN} -v -prefix ${PREFIX} -mca btl sm, | ||
| - | #mpirun -v -np ${NSLOTS} ./ | ||
| - | |||
| - | # fin | ||
| - | </ | ||
| ==== Script de soumission bash parallèle ==== | ==== Script de soumission bash parallèle ==== | ||
| Ligne 214: | Ligne 168: | ||
| ### configurer l' | ### configurer l' | ||
| - | source / | ||
| source / | source / | ||
| module use / | module use / | ||
| Ligne 226: | Ligne 179: | ||
| ### execution du programme | ### execution du programme | ||
| + | ### | ||
| ##${MPIRUN} -v -prefix ${PREFIX} -mca btl sm, | ##${MPIRUN} -v -prefix ${PREFIX} -mca btl sm, | ||
| mpirun -v -np ${NSLOTS} ./ | mpirun -v -np ${NSLOTS} ./ | ||
| Ligne 231: | Ligne 185: | ||
| # fin | # fin | ||
| </ | </ | ||
| - | |||
| ===== Langage C, Séquentiel ===== | ===== Langage C, Séquentiel ===== | ||
| Ligne 243: | Ligne 196: | ||
| # | # | ||
| ### variables SGE | ### variables SGE | ||
| - | # | ||
| ### shell du job | ### shell du job | ||
| #$ -S /bin/tcsh | #$ -S /bin/tcsh | ||
| Ligne 262: | Ligne 214: | ||
| ### configurer l' | ### configurer l' | ||
| - | source / | ||
| source / | source / | ||
| module use / | module use / | ||
| Ligne 269: | Ligne 220: | ||
| ### execution du programme | ### execution du programme | ||
| - | ###set EXECDIR=${HOME}/ | + | ##set EXECDIR=${HOME}/ |
| - | ### | + | ## |
| ./ | ./ | ||
| + | |||
| # fin | # fin | ||
| </ | </ | ||
| Ligne 283: | Ligne 235: | ||
| # | # | ||
| ### variables SGE | ### variables SGE | ||
| - | # | ||
| ### shell du job | ### shell du job | ||
| #$ -S /bin/bash | #$ -S /bin/bash | ||
| Ligne 302: | Ligne 253: | ||
| ### configurer l' | ### configurer l' | ||
| - | source / | ||
| source / | source / | ||
| module use / | module use / | ||
| Ligne 311: | Ligne 261: | ||
| ## | ## | ||
| ## | ## | ||
| - | ./ | + | ./ |
| # fin | # fin | ||
| </ | </ | ||
| Ligne 349: | Ligne 300: | ||
| ### configurer l' | ### configurer l' | ||
| - | source / | ||
| source / | source / | ||
| module use / | module use / | ||
| Ligne 362: | Ligne 312: | ||
| ### execution du programme | ### execution du programme | ||
| + | ##set EXECDIR=${HOME}/ | ||
| ##${MPIRUN} -v -prefix ${PREFIX} -mca btl sm, | ##${MPIRUN} -v -prefix ${PREFIX} -mca btl sm, | ||
| mpirun -v -np ${NSLOTS} ./ | mpirun -v -np ${NSLOTS} ./ | ||
| Ligne 367: | Ligne 318: | ||
| # fin | # fin | ||
| </ | </ | ||
| - | |||
| ==== Script de soumission bash parallèle ==== | ==== Script de soumission bash parallèle ==== | ||
| Ligne 400: | Ligne 350: | ||
| ### configurer l' | ### configurer l' | ||
| - | source / | ||
| source / | source / | ||
| module use / | module use / | ||
| Ligne 412: | Ligne 361: | ||
| ### execution du programme | ### execution du programme | ||
| + | ## | ||
| ##${MPIRUN} -v -prefix ${PREFIX} -mca btl sm, | ##${MPIRUN} -v -prefix ${PREFIX} -mca btl sm, | ||
| mpirun -v -np ${NSLOTS} ./ | mpirun -v -np ${NSLOTS} ./ | ||
| Ligne 417: | Ligne 367: | ||
| # fin | # fin | ||
| </ | </ | ||
| - | |||