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documentation:tutorials:build:c

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documentation:tutorials:build:c [2017/01/24 08:43] – [Exécution sur les nœuds] cicalugadocumentation:tutorials:build:c [2021/06/04 12:35] – cicaluga
Ligne 9: Ligne 9:
  
 **Définition de l'environnement** :  **Définition de l'environnement** : 
- 
-  * définition de l'environnement **pour tcsh** 
-<code bash> 
-source /usr/share/modules/init/csh 
-module use /applis/PSMN/Modules 
-module load Base/psmn 
-module load intel/14.0.1  
-</code> 
  
  
   * définition de l'environnement **pour bash**    * définition de l'environnement **pour bash** 
 <code bash> <code bash>
-source /usr/share/modules/init/sh + 
-module use /applis/PSMN/Modules +module load IntelComp/2017.4 
-module load Base/psmn + 
-module load intel/14.0.1 +ou  
 + 
 +module load intel/2019.5  
 </code> </code>
  
Ligne 30: Ligne 24:
 <code> <code>
 icc --version icc --version
-icc (ICC) 14.0.1 20131008+icc (ICC) 17.0.4 20170411 
 +Copyright (C) 1985-2017 Intel Corporation.  All rights reserved.
 </code> </code>
  
Ligne 36: Ligne 31:
  
 <code> <code>
-icc -o SommeVecVecSEQ.c.exe SommeVecVecSEQ.c (avec intel)+icc -o SommeVecVecSEQ.exe SommeVecVecSEQ.c (avec intel)
 </code> </code>
  
  
  
-Le fichier binaire (exécutable) ''SommeVecVecSEQ.c.exe'' a été généré.+Le fichier binaire (exécutable) ''SommeVecVecSEQ.exe'' a été généré.
  
 ==== Exécution sur le serveur de compilation : ==== ==== Exécution sur le serveur de compilation : ====
  
 <code> <code>
-./SommeVecVecSEQ.c.exe+./SommeVecVecSEQ.exe
 </code> </code>
  
Ligne 66: Ligne 61:
  
  
-On utilise un script de soumission [[documentation:tutorials:submit:jobsequentieltcsh|batch.csh]] (ou [[documentation:tutorials:submit:jobsequentielbash|batch.sh]], pour le shell bash) pour soumettre le job sur les clusters de calcul.+On utilise un script de soumission [[documentation:tutorials:submit:jobsequentielbash|batch.sh]] pour le shell bash (ou [[documentation:tutorials:submit:jobsequentieltcsh|batch.csh]], pour le shell tcsh) pour soumettre le job sur les clusters de calcul.
  
 C'est le script de soumission qui configure l'environnement puis appelle votre binaire (avec ses options, s'il en a) sur le noeud d'execution. C'est le script de soumission qui configure l'environnement puis appelle votre binaire (avec ses options, s'il en a) sur le noeud d'execution.
  
-''SGE -> batch.csh -> binaire''+''SGE -> batch.sh -> binaire''
  
 <code> <code>
-qsub batch.csh+qsub batch.sh
  
-Your job 769504 ("batch.csh") has been submitted+Your job 769504 ("batch.sh") has been submitted
  
 qstat qstat
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-  * définition de l'environnement **pour tcsh** +  * définition de l'environnement  
 <code bash> <code bash>
-source /usr/share/modules/init/csh +module load IntelComp/2017.4 (ou module load intel/2019.5 )    
-module use /applis/PSMN/Modules +module load IntelComp/2017.4/OpenMPI/3.0.0 (ou intel/2019.5/impi/2019.5.281)
-module load Base/psmn +
- +
-module load openmpi/1.6.4-intel-14.0.1 +
-</code> +
- +
-  * définition de l'environnement **pour bash**  +
-<code bash> +
-source /usr/share/modules/init/sh +
-module use /applis/PSMN/Modules +
-module load Base/psmn +
- +
-module load openmpi/1.6.4-intel-14.0.1+
 </code> </code>
  
Ligne 129: Ligne 112:
 mpicc -showme mpicc -showme
  
-icc -I/softs/openmpi-1.6.4-intel-14.0.1-debian7/include -I/softs/openmpi-1.6.4-intel-14.0.1-debian7/lib -L/softs/openmpi-1.6.4-intel-14.0.1-debian7/lib -lmpi_f90 -lmpi_f77 -lmpi -lrdmacm -libverbs -lrt -lnsl -lutil -ldl -lm -lnuma -lrt -lnsl -lutil+icc -I/applis/PSMN/debian9/software/Compiler/IntelComp/2017.4/Core/OpenMPI/3.0.0/include -pthread -Wl,-rpath -Wl,/applis/PSMN/debian9/software/Compiler/IntelComp/2017.4/Core/OpenMPI/3.0.0/lib -Wl,--enable-new-dtags -L/applis/PSMN/debian9/software/Compiler/IntelComp/2017.4/Core/OpenMPI/3.0.0/lib -lmpi
 </code> </code>
  
Ligne 136: Ligne 119:
  
 <code> <code>
-mpicc -o SommeVecVecPAR.c.exe SommeVecVecPAR.c+mpicc -o SommeVecVecPAR.exe SommeVecVecPAR.c
 </code> </code>
  
  
-Le fichier binaire (exécutable) ''SommeVecVecPAR.c.exe'' a été généré.+Le fichier binaire (exécutable) ''SommeVecVecPAR.exe'' a été généré.
  
 ==== Exécution sur le serveur de compilation ==== ==== Exécution sur le serveur de compilation ====
  
 <code> <code>
-mpirun -np 2 ./SommeVecVecPAR.c.exe+mpirun -np 2 ./SommeVecVecPAR.exe
 </code> </code>
  
Ligne 170: Ligne 153:
 ==== Exécution sur les nœuds ==== ==== Exécution sur les nœuds ====
  
-On utilise un script de soumission [[documentation:tutorials:submit:jobparalleleshellcsh|batch.csh]] (ou [[documentation:tutorials:submit&#job_parallele|batch.sh]] pour le shell bash) pour soumettre le job sur les clusters de calcul.+On utilise un script de soumission [[documentation:tutorials:submit:accueil&#job_parallele|batch.sh]] pour le shell bash (ou [[documentation:tutorials:submit:jobparalleleshellcsh|batch.csh]] pour le shell tcsh) pour soumettre le job sur les clusters de calcul.
  
 C'est le script de soumission qui configure l'environnement puis appelle votre binaire (avec ses options, s'il en a) sur les noeuds d'execution. C'est le script de soumission qui configure l'environnement puis appelle votre binaire (avec ses options, s'il en a) sur les noeuds d'execution.
  
-''SGE -> batch.csh -> binaire''+''SGE -> batch.sh -> binaire''
  
 <code> <code>
-qsub batch.csh+qsub batch.sh
  
-Your job 772030 ("batch.csh") has been submitted+Your job 772030 ("batch.sh") has been submitted
  
 qstat qstat
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