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- | Le système de batch actuellement utilisé par le PSMN est Sun Grid Engine (SGE). Sa documentation se trouve [[documentation: | + | Le système de batch actuellement utilisé par le PSMN est Sun Grid Engine (SGE). Sa documentation se trouve [[documentation: |
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<code bash> | <code bash> | ||
- | qsub programme <input >output | + | qsub script_paralelle |
</ | </ | ||
- | Il est possible de rajouter des options : | ||
- | <code bash> | ||
- | qsub -V -m b -m e -e / | ||
- | </ | ||
- | |||
- | avec : | ||
- | < | ||
- | -V : export environment variables | ||
- | -m b : mail @begin | ||
- | -m e : mail @end | ||
- | -e : where to put error files | ||
- | -o : where to put output files | ||
- | -q : file d' | ||
- | </ | ||
- | |||
- | **Il est plus simple de soumettre simplement un (ou plusieurs) script contenant plus d' | ||
- | |||
- | < | ||
- | qsub -m b -m e monscript | ||
- | </ | ||
====== Scripts de soumission ====== | ====== Scripts de soumission ====== | ||
Ligne 40: | Ligne 20: | ||
<note warning> | <note warning> | ||
- | D' | ||
- | ======job parallèle | + | |
+ | ======job parallèle ====== | ||
On peut soumettre son job en utilisant la commande suivante : | On peut soumettre son job en utilisant la commande suivante : | ||
- | <code bash> qsub batch.csh</ | + | <code bash> qsub script</ |
- | <code bash batch.csh> | + | <code bash script> |
- | #!/bin/tcsh | + | #!/bin/bash |
# | # | ||
### variables SGE | ### variables SGE | ||
### shell du job | ### shell du job | ||
- | #$ -S /bin/tcsh | + | #$ -S /bin/bash |
### nom du job (a changer) | ### nom du job (a changer) | ||
#$ -N SommeVecVecPAR | #$ -N SommeVecVecPAR | ||
### file d' | ### file d' | ||
- | #$ -q E5-2670_test | + | #$ -q E5_test |
### parallel environment & nb cpu (NSLOTS) | ### parallel environment & nb cpu (NSLOTS) | ||
#$ -pe test_debian 2 | #$ -pe test_debian 2 | ||
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#$ -V | #$ -V | ||
### mails en debut et fin d' | ### mails en debut et fin d' | ||
- | #$ -m be | + | #$ -m b |
+ | #$ -m e | ||
# donné par le système de batch | # donné par le système de batch | ||
Ligne 76: | Ligne 58: | ||
cd ${SGE_O_WORKDIR} | cd ${SGE_O_WORKDIR} | ||
- | ### configurer l' | + | # init env (should be in ~/ |
+ | source / | ||
- | module load intel/2017.4/impi/2017.3.196 | + | ### configurer l' |
+ | module purge | ||
+ | module load GCC/7.2.0/OpenMPI/3.0.0 | ||
### au besoin, forcer l'env OpenMPI | ### au besoin, forcer l'env OpenMPI | ||
- | PREFIX="/ | + | PREFIX="/ |
MPIRUN=${PREFIX}/ | MPIRUN=${PREFIX}/ | ||
### execution du programme | ### execution du programme | ||
- | ### | + | |
- | ### | + | ### |
- | #mpirun -v -np ${NSLOTS} ${EXECDIR}/ | + | |
- | ${MPIRUN} -v -prefix | + | $MPIRUN -v -x LD_LIBRARY_PATH -hostfile |
# fin | # fin |