Différences
Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.
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| documentation:tutorials:submit [2018/01/17 12:38] – cicaluga | documentation:tutorials:submit [2020/08/25 15:58] – créée - modification externe 127.0.0.1 | ||
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| Ligne 2: | Ligne 2: | ||
| - | Le système de batch actuellement utilisé par le PSMN est Sun Grid Engine (SGE). Sa documentation se trouve [[documentation: | + | Le système de batch actuellement utilisé par le PSMN est Sun Grid Engine (SGE). Sa documentation se trouve [[documentation: |
| Ligne 10: | Ligne 10: | ||
| <code bash> | <code bash> | ||
| - | qsub programme <input >output | + | qsub script_paralelle |
| </ | </ | ||
| - | Il est possible de rajouter des options : | ||
| - | <code bash> | ||
| - | qsub -V -m b -m e -e / | ||
| - | </ | ||
| - | |||
| - | avec : | ||
| - | < | ||
| - | -V : export environment variables | ||
| - | -m b : mail @begin | ||
| - | -m e : mail @end | ||
| - | -e : where to put error files | ||
| - | -o : where to put output files | ||
| - | -q : file d' | ||
| - | </ | ||
| - | |||
| - | **Il est plus simple de soumettre simplement un (ou plusieurs) script contenant plus d' | ||
| - | |||
| - | < | ||
| - | qsub -m b -m e monscript | ||
| - | </ | ||
| ====== Scripts de soumission ====== | ====== Scripts de soumission ====== | ||
| Ligne 40: | Ligne 20: | ||
| <note warning> | <note warning> | ||
| - | D' | + | |
| Ligne 59: | Ligne 39: | ||
| #$ -N SommeVecVecPAR | #$ -N SommeVecVecPAR | ||
| ### file d' | ### file d' | ||
| - | #$ -q E5-2670_test | + | #$ -q E5_test |
| ### parallel environment & nb cpu (NSLOTS) | ### parallel environment & nb cpu (NSLOTS) | ||
| #$ -pe test_debian 2 | #$ -pe test_debian 2 | ||
| Ligne 67: | Ligne 47: | ||
| #$ -V | #$ -V | ||
| ### mails en debut et fin d' | ### mails en debut et fin d' | ||
| - | #$ -m be | + | #$ -m b |
| + | #$ -m e | ||
| # donné par le système de batch | # donné par le système de batch | ||
| Ligne 80: | Ligne 62: | ||
| ### configurer l' | ### configurer l' | ||
| - | module | + | module |
| - | module load intel/2017.4/ | + | module load GCC/7.2.0/ |
| ### au besoin, forcer l'env OpenMPI | ### au besoin, forcer l'env OpenMPI | ||
| - | PREFIX="/ | + | PREFIX="/ |
| MPIRUN=${PREFIX}/ | MPIRUN=${PREFIX}/ | ||
| ### execution du programme | ### execution du programme | ||
| - | ### | + | |
| - | ### | + | ### |
| - | #mpirun -v -np ${NSLOTS} ${EXECDIR}/ | + | |
| - | ${MPIRUN} -v -prefix | + | $MPIRUN -v -x LD_LIBRARY_PATH -hostfile |
| # fin | # fin | ||