Différences

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documentation:tutorials:submit:accueil [2020/04/16 12:52] – [job parallèle] ltaulelldocumentation:tutorials:submit:accueil [2020/08/25 15:58] – modification externe 127.0.0.1
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 On peut soumettre son job en utilisant la commande suivante : On peut soumettre son job en utilisant la commande suivante :
  
-<code bash> qsub script</code>+<code bash> qsub submit_script.sh</code>
  
-<code bash script>+<code bash submit_script.sh>
 #!/bin/bash #!/bin/bash
 # #
Ligne 51: Ligne 51:
 #$ -m e #$ -m e
  
-      
 # donné par le système de batch # donné par le système de batch
-HOSTFILE=${TMPDIR}/machines+HOSTFILE="${TMPDIR}/machines"
  
 # aller dans le repertoire de travail/soumission # aller dans le repertoire de travail/soumission
 # important, sinon, le programme est lancé depuis ~/ # important, sinon, le programme est lancé depuis ~/
-cd ${SGE_O_WORKDIR}+cd "${SGE_O_WORKDIR}" || { echo "cannot cd to ${SGE_O_WORKDIR}"; exit 1; }
  
 # init env (should be in ~/.profile) # init env (should be in ~/.profile)
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 ### au besoin, forcer l'env OpenMPI ### au besoin, forcer l'env OpenMPI
 PREFIX="/applis/PSMN/debian9/software/Compiler/GCC/7.2.0/OpenMPI/3.0.0/" PREFIX="/applis/PSMN/debian9/software/Compiler/GCC/7.2.0/OpenMPI/3.0.0/"
-MPIRUN=${PREFIX}/bin/mpirun+MPIRUN="${PREFIX}/bin/mpirun"
  
 ### execution du programme ### execution du programme
  
-###${MPIRUN} -v -prefix ${PREFIX} -mca btl vader,openib,self -hostfile ${HOSTFILE} -np ${NSLOTS} ${EXECDIR}/SommeVecVecPAR.exe+###"${MPIRUN}-v -prefix "${PREFIX}-mca btl vader,openib,self -hostfile "${HOSTFILE}-np "${NSLOTS}" "${EXECDIR}/"SommeVecVecPAR.exe
  
-$MPIRUN -v -x LD_LIBRARY_PATH -hostfile ${HOSTFILE} -np ${NSLOTS} SommeVecVecPAR.exe +"${MPIRUN}" -v -x LD_LIBRARY_PATH -hostfile "${HOSTFILE}-np "${NSLOTS}SommeVecVecPAR.exe 
  
 # fin # fin