Différences
Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.
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| en:documentation:tutorials:submit:jobsequentielbash [2018/11/20 10:33] – [for sequential programs (shell bash)] cicaluga | en:documentation:tutorials:submit:jobsequentielbash [2020/08/25 15:58] – modification externe 127.0.0.1 | ||
|---|---|---|---|
| Ligne 2: | Ligne 2: | ||
| - | The batch system currently used at the PSMN is Sun Grid Engine (SGE). Its documentation is [[documentation: | + | The batch system currently used at the PSMN is Sun Grid Engine (SGE). Its documentation is [[documentation: |
| Ligne 58: | Ligne 58: | ||
| ./ | ./ | ||
| - | # fin | + | # end |
| </ | </ | ||
| Ligne 69: | Ligne 69: | ||
| ### variables SGE | ### variables SGE | ||
| # | # | ||
| - | ### shell du job | + | ### shell of the job |
| #$ -S /bin/bash | #$ -S /bin/bash | ||
| - | ### nom du job (a changer) | + | ### job name (to change): |
| #$ -N SommeVecVecSEQ | #$ -N SommeVecVecSEQ | ||
| - | ### file d' | + | ### queue (to change) |
| #$ -q E5-2670_test | #$ -q E5-2670_test | ||
| - | ### charger l' | + | ### load the user environment for SGE |
| #$ -cwd | #$ -cwd | ||
| - | ### exporter les variables | + | ### export environment |
| #$ -V | #$ -V | ||
| - | ### mails en debut et fin d'execution | + | ### start and end of execution |
| #$ -m be | #$ -m be | ||
| - | # aller dans le repertoire de travail/soumission | + | # go to the work / submission directory |
| - | # important, | + | # important, |
| cd ${SGE_O_WORKDIR} | cd ${SGE_O_WORKDIR} | ||
| - | ### configurer l' | + | ### configure the environment |
| module load GCC/ | module load GCC/ | ||
| - | ### definition | + | ### SCRATCHDIR |
| SCRATCHDIR=/ | SCRATCHDIR=/ | ||
| - | ### verif SCRATCHDIR | + | ### SCRATCHDIR |
| echo " | echo " | ||
| - | ### creation | + | ### creation |
| if [[ ! -d " | if [[ ! -d " | ||
| then | then | ||
| Ligne 99: | Ligne 99: | ||
| fi | fi | ||
| - | ### copie des fichiers sources dans le /scratch | + | ### copy source files to /scratch |
| /bin/cp ${SGE_O_WORKDIR}/ | /bin/cp ${SGE_O_WORKDIR}/ | ||
| - | ### se placer dans le repertoire d'execution | + | ### move into the execution |
| cd ${SCRATCHDIR} | cd ${SCRATCHDIR} | ||
| - | ### execution | + | ### program |
| ###### | ###### | ||
| EXECDIR=${SCRATCHDIR} | EXECDIR=${SCRATCHDIR} | ||
| Ligne 116: | Ligne 116: | ||
| # rm -fr ${SCRATCHDIR}/ | # rm -fr ${SCRATCHDIR}/ | ||
| - | # fin | + | # end |
| </ | </ | ||
| ====== Surveiller un job ====== | ====== Surveiller un job ====== | ||
| Voir [[documentation: | Voir [[documentation: | ||