2023

titre

Characterization of random walks on space of unordered trees using efficient metric simulation

auteur

Farah Ben-Naoum, Christophe Godin, Romain Azaïs

article

Discrete Applied Mathematics, 2023, 341, pp.290-307

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2022

titre

Introduction to to Computational Modeling of Multicellular Tissues

auteur

Jean-Louis Dinh, Christophe Godin, Eugenio Azpeitia

article

Plant Systems Biology, 2395, Springer New York, pp.107-145, 2022, Methods in Molecular Biology, ⟨10.1007/978-1-0716-1816-5_7⟩

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titre

A Graph-Based Approach for Simultaneous Semantic and Instance Segmentation of Plant 3D Point Clouds

auteur

Katia Mirande, Christophe Godin, Marie Tisserand, Julie Charlaix, Fabrice Besnard, Franck Hétroy-Wheeler

article

Frontiers in Plant Science, 2022, 13, pp.1-20. ⟨10.3389/fpls.2022.1012669⟩

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titre

Phenotyping and modeling of root hydraulic architecture reveal critical determinants of axial water transport

auteur

Yann Boursiac, Christophe Pradal, Fabrice Bauget, Mikaël Lucas, Stathis Delivorias, Christophe Godin, Christophe Maurel

article

Plant Physiology, 2022, 190 (2), pp.1289-1306. ⟨10.1093/plphys/kiac281⟩

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titre

Benchmarking of deep learning algorithms for 3D instance segmentation of confocal image datasets

auteur

Anuradha Kar, Manuel Petit, Yassin Refahi, Guillaume Cerutti, Christophe Godin, Jan Traas

article

PLoS Computational Biology, 2022, 18 (4), pp.e1009879. ⟨10.1371/journal.pcbi.1009879⟩

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titre

Post-transcriptional regulation of transcription factor codes in immature neurons drives neuronal diversity

auteur

Wenyue Guan, Stéphanie Bellemin, Mathilde Bouchet, Lalanti Venkatasubramanian, Camille Guillermin, Anne Laurençon, Chérif Kabir, Aurélien Darnas, Christophe Godin, Séverine Urdy, Richard Mann, Jonathan Enriquez

article

Cell Reports, 2022, 39 (13), pp.110992. ⟨10.1016/j.celrep.2022.110992⟩

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2021

titre

What shoots can teach about theories of plant form

auteur

Teva Vernoux, Fabrice Besnard, Christophe Godin

article

Nature Plants, 2021, 7 (6), pp.716-724. ⟨10.1038/s41477-021-00930-0⟩

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titre

BVPy: A FEniCS-based Python package to ease the expression and study of boundary value problems in Biology.

auteur

Florian Gacon, Christophe Godin, Olivier Ali

article

Journal of Open Source Software, 2021, 6 (59), pp.1-6. ⟨10.21105/joss.02831⟩

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titre

A multiscale analysis of early flower development in Arabidopsis provides an integrated view of molecular regulation and growth control

auteur

Yassin Refahi, Argyris Zardilis, Gaël Michelin, Raymond Wightman, Bruno Leggio, Jonathan Legrand, Emmanuel Faure, Laetitia Vachez, Alessia Armezzani, Anne-Evodie Risson, Feng Zhao, Pradeep Das, Nathanaël Prunet, Elliot Meyerowitz, Christophe Godin, Grégoire Malandain, Henrik Jönsson, Jan Traas

article

Developmental Cell, 2021, 56 (4), pp.540-556.e8. ⟨10.1016/j.devcel.2021.01.019⟩

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titre

Cauliflower fractal forms arise from perturbations of floral gene networks

auteur

Eugenio Azpeitia, Gabrielle Tichtinsky, Marie Le Masson, Antonio Serrano-Mislata, Jérémy Lucas, Veronica Gregis, Carlos Gimenez, Nathanaël Prunet, Etienne Farcot, Martin Kater, Desmond Bradley, Francisco Madueño, Christophe Godin, Francois Parcy

article

Science, 2021, 373 (6551), pp.192-197. ⟨10.1126/science.abg5999⟩

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titre

Organ geometry channels reproductive cell fate in the Arabidopsis ovule primordium

auteur

Elvira Hernandez-Lagana, Gabriella Mosca, Ethel Mendocilla-Sato, Nuno Pires, Anja Frey, Alejandro Giraldo-Fonseca, Caroline Michaud, Ueli Grossniklaus, Olivier Hamant, Christophe Godin, Arezki Boudaoud, Daniel Grimanelli, Daphné Autran, Célia Baroux

article

eLife, 2021, 10, pp.e66031. ⟨10.7554/eLife.66031⟩

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2020

titre

Phyllotaxis as geometric canalization during plant development

auteur

Christophe Godin, Christophe Golé, Stéphane Douady

article

Development (Cambridge, England), 2020, 147 (19), pp.1-45. ⟨10.1242/dev.165878⟩

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titre

Contact area-dependent cell communication and the morphological invariance of ascidian embryogenesis

auteur

Léo Guignard, Ulla-Maj Fiuza, Bruno Leggio, Julien Laussu, Emmanuel Faure, Gaël Michelin, Kilian Biasuz, Lars Hufnagel, Grégoire Malandain, Christophe Godin, Patrick Lemaire

article

Science, 2020, 369 (6500), pp.158. ⟨10.1126/science.aar5663⟩

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titre

Skeletonization of Plant Point Cloud Data Using Stochastic Optimization Framework

auteur

Ayan Chaudhury, Christophe Godin

article

Frontiers in Plant Science, 2020, 11, ⟨10.3389/fpls.2020.00773⟩

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titre

Temporal integration of auxin information for the regulation of patterning

auteur

Carlos Galvan-Ampudia, Guillaume Cerutti, Jonathan Legrand, Geraldine Brunoud, Raquel Martin Arevalillo, Romain Azaïs, Vincent Bayle, Steven Moussu, Christian Wenzl, Yvon Jaillais, Jan U Lohmann, Christophe Godin, Teva Vernoux

article

eLife, 2020, 9, ⟨10.7554/eLife.55832⟩

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titre

Cellular Heterogeneity in Pressure and Growth Emerges from Tissue Topology and Geometry

auteur

Yuchen Long, Ibrahim Cheddadi, Gabriella Mosca, Vincent Mirabet, Mathilde Dumond, Annamaria Kiss, Jan Traas, Christophe Godin, Arezki Boudaoud

article

Current Biology - CB, 2020, 30 (8), pp.1504-1516.e8. ⟨10.1016/j.cub.2020.02.027⟩

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titre

Sugar availability suppresses the auxin-induced strigolactone pathway to promote bud outgrowth

auteur

Jessica Bertheloot, Francois Barbier, Fréderic Boudon, Maria Dolores Perez-Garcia, Thomas Peron, Sylvie Citerne, Elizabeth Dun, Christine Beveridge, Christophe Godin, Soulaiman Sakr

article

New Phytologist, 2020, 225 (2), pp.866-879. ⟨10.1111/nph.16201⟩

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titre

Cortical tension overrides geometrical cues to orient microtubules in confined protoplasts

auteur

Leia Colin, Antoine Chevallier, Satoru Tsugawa, Florian Gacon, Christophe Godin, Virgile Viasnoff, Timothy Saunders, Olivier Hamant

article

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2020, 117 (51), pp.32731-32738. ⟨10.1073/pnas.2008895117⟩

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titre

Microtubule-Mediated Wall Anisotropy Contributes to Leaf Blade Flattening

auteur

Feng Zhao, Fei Du, Hadrien Oliveri, Lüwen Zhou, Olivier Ali, Wenqian Chen, Shiliang Feng, Qingqing Wang, Shouqin Lü, Mian Long, René Schneider, Arun Sampathkumar, Christophe Godin, Jan Traas, Yuling Jiao

article

Current Biology - CB, 2020, 30 (20), pp.3972. ⟨10.1016/j.cub.2020.07.076⟩

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2019

titre

Geometry Reconstruction of Plants

auteur

Ayan Chaudhury, Christophe Godin

article

2019

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titre

Phyllotaxis: a remarkable example of developmental canalization in plants

auteur

Christophe Godin, Christophe Golé, Stéphane Douady

article

2019

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titre

Multiscale mechanical model for cell division orientation in developing biological systems

auteur

Bruno Leggio, Julien Laussu, Emmanuel Faure, Patrick Lemaire, Christophe Godin

article

2019

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titre

Introduction

auteur

Mark Alber, Christophe Godin, Philip K. Maini, Roeland M.H. Merks, Eric Mjolsness

article

Bulletin of Mathematical Biology, 2019, pp.3214-3218. ⟨10.1007/s11538-019-00649-2⟩

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titre

Coupling water fluxes with cell wall mechanics in a multicellular model of plant development

auteur

Ibrahim Cheddadi, Michel Génard, Nadia Bertin, Christophe Godin

article

PLoS Computational Biology, 2019, 15 (6), pp.e1007121. ⟨10.1371/journal.pcbi.1007121⟩

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titre

Simulating Turgor-Induced Stress Patterns in Multilayered Plant Tissues

auteur

Olivier Ali, Hadrien Oliveri, Jan Traas, Christophe Godin

article

Bulletin of Mathematical Biology, 2019, 81 (8), pp.1-23. ⟨10.1007/s11538-019-00622-z⟩

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titre

Regulation of plant cell wall stiffness by mechanical stress: a mesoscale physical model

auteur

Hadrien Oliveri, Jan J. Traas, Christophe Godin, Olivier Ali

article

Journal of Mathematical Biology, 2019, 78 (3), pp.625-653. ⟨10.1007/s00285-018-1286-y⟩

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titre

Light Regulation of Axillary Bud Outgrowth Along Plant Axes: An Overview of the Roles of Sugars and Hormones

auteur

Anne Schneider, Christophe Godin, Frédéric Boudon, Sabine Demotes-Mainard, Soulaiman Sakr, Jessica Bertheloot

article

Frontiers in Plant Science, 2019, 10, pp.1-17. ⟨10.3389/fpls.2019.01296⟩

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titre

Coupling water fluxes with cell wall mechanics in a multicellular model of plant development: Supplementary info for the main article

auteur

Ibrahim Cheddadi, Michel Génard, Nadia Bertin, Christophe Godin

article

2019

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titre

MorphoNet: an interactive online morphological browser to explore complex multi-scale data

auteur

Bruno Leggio, Julien Laussu, Axel Carlier, Christophe Godin, Patrick Lemaire, Emmanuel Faure

article

Nature Communications, 2019, 10 (2812), pp.1-8. ⟨10.1038/s41467-019-10668-1⟩

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2018

titre

From spatio-temporal morphogenetic gradients to rhythmic patterning at the shoot apex

auteur

Carlos Galvan-Ampudia, Guillaume Cerutti, Jonathan Legrand, Romain Azaïs, Geraldine Brunoud, Steven Moussu, Christian Wenzl, Jan U Lohmann, Christophe Godin, Teva Vernoux

article

2018

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2017

titre

DRACO-STEM: An Automatic Tool to Generate High-Quality 3D Meshes of Shoot Apical Meristem Tissue at Cell Resolution

auteur

Guillaume Cerutti, Olivier Ali, Christophe Godin

article

Frontiers in Plant Science, 2017, 8, pp.353. ⟨10.3389/fpls.2017.00353⟩

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2016

titre

Integrating Physiology and Architecture in Models of Fruit Expansion

auteur

Mikolaj Cieslak, Ibrahim Cheddadi, Frédéric Boudon, Valentina Baldazzi, Michel Génard, Christophe Godin, Nadia Bertin

article

Frontiers in Plant Science, 2016, 7, pp.19. ⟨10.3389/fpls.2016.01739⟩

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titre

A stochastic multicellular model identifies biological watermarks from disorders in self-organized patterns of phyllotaxis

auteur

Yassin Refahi, Géraldine Brunoud, Etienne Farcot, Alain Jean-Marie, Minna Pulkkinen, Teva Vernoux, Christophe Godin

article

eLife, 2016, 71, pp.50. ⟨10.7554/eLife.14093.001⟩

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titre

Phyllotaxis: from patterns of organogenesis at the meristem to shoot architecture

auteur

Carlos S Galvan-­‐ampudia, Anaïs M Chaumeret, Christophe Godin, Teva Vernoux

article

Wiley Interdisciplinary Reviews: Developmental Biology, 2016, 5 (4), pp.460 - 473. ⟨10.1002/wdev.231⟩

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titre

A multi-scale model of the interplay between cell signalling and hormone transport in specifying the root meristem of Arabidopsis thaliana

auteur

Daniele Muraro, Antoine Larrieu, M. Lucas, J Chopard, H Byrne, Christophe Godin, J King

article

Journal of Theoretical Biology, 2016, 404, pp.182 - 205. ⟨10.1016/j.jtbi.2016.04.036⟩

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titre

Algorithmic Height Compression of Unordered Trees

auteur

Farah Ben-Naoum, Christophe Godin

article

Journal of Theoretical Biology, 2016, 389, pp.237 - 252. ⟨10.1016/j.jtbi.2015.10.030⟩

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2015

titre

An introduction to modelling flower primordium initiation

auteur

Christophe Godin, Eugenio Azpeitia, Etienne Farcot

article

From Molecules to Living Organisms: An Interplay Between Biology and Physics, 102, 2015, Lecture Notes of the Les Houches School of Physics

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titre

L'importance capitale du travail de fourmi des chercheurs

auteur

Christophe Godin

article

1024 : Bulletin de la Société Informatique de France, 2015, 5, pp.10

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titre

A Computational Framework for 3D Mechanical Modeling of Plant Morphogenesis with Cellular Resolution

auteur

Frédéric Boudon, Jérôme Chopard, Olivier Ali, Benjamin Gilles, Olivier Hamant, Arezki Boudaoud, Jan Traas, Christophe Godin

article

PLoS Computational Biology, 2015, 11 (1), pp.1-16. ⟨10.1371/journal.pcbi.1003950⟩

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titre

Root System Markup Language: toward a unified root architecture description language

auteur

Guillaume Lobet, Michael P. Pound, Julien Diener, Christophe Pradal, Xavier Draye, Christophe Godin, Mathieu Javaux, Daniel Leitner, Félicien Meunier, Philippe Nacry, Tony P. Pridmore, Andrea Schnepf

article

Plant Physiology, 2015, 167 (3), pp.617-627. ⟨10.1104/pp.114.253625⟩

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2014

titre

Physical Models of Plant Development

auteur

Olivier Ali, Vincent Mirabet, Christophe Godin, Jan Traas

article

Annual Review of Cell and Developmental Biology, 2014, 30 (1), pp.59 - 78. ⟨10.1146/annurev-cellbio-101512-122410⟩

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titre

An Auxin-Mediated Shift toward Growth Isotropy Promotes Organ Formation at the Shoot Meristem in Arabidopsis

auteur

Massimiliano Sassi, Olivier Ali, Frédéric Boudon, Gladys Cloarec, Ursula Abad, Coralie Cellier, Xu Chen, Benjamin Gilles, Pascale Milani, Jìrí Friml, Teva Vernoux, Christophe Godin, Olivier Hamant, Jan Traas

article

Current Biology - CB, 2014, 24 (19), pp.2335-2342. ⟨10.1016/j.cub.2014.08.036⟩

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titre

In vivo quantitative NMR imaging of fruit tissues during growth using Spoiled Gradient Echo sequence

auteur

Samir Kenouche, Marine Perrier, Nadia Bertin, Joulia Larionova, Abderrahmanne Ayadi, Michel Zanca, Jérôme Long, Nacer Bezzi, Paul C. Stein, Yannick Guari, Mikolaj Cieslak, Christophe Godin, Christophe Goze-Bac

article

Magnetic Resonance Imaging, 2014, 32 (32), pp.1418-1427. ⟨10.1016/j.mri.2014.08.005⟩

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titre

Quantitative assessment of automatic reconstructions of branching systems obtained from laser scanning.

auteur

Frédéric Boudon, Chakkrit Preuksakarn, Pascal Ferraro, Julien Diener, Philippe Nacry, Eero Nikinmaa, Christophe Godin

article

Annals of Botany, 2014, 114 (4), epub ahead of print. ⟨10.1093/aob/mcu062⟩

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titre

Systems analysis of auxin transport in the Arabidopsis root apex

auteur

Leah R. Band, Darren M. Wells, John A. Fozard, Teodor Ghetiu, Andrew P. French, Michael P. Pound, Michael H. Wilson, Lei Yu, Wenda Li, Hussein I. Hijazi, Jaesung Oh, Simon P. Pearce, Miguel A. Perez-Amador, Jeonga Yun, Eric Kramer, Jose M. Alonso, Christophe Godin, Teva Vernoux, T. Charlie Hodgman, Tony P. Pridmore, Ranjan Swarup, John R. King, Malcolm J. Bennett

article

The Plant cell, 2014, 26 (3), pp.862-875. ⟨10.1105/tpc.113.119495⟩

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titre

Functional – structural plant models: a growing paradigm for plant studies

auteur

Risto Sievänen, Christophe Godin, Ted de Jong, Eero Nikinmaa

article

Annals of Botany, 2014, 114 (4), pp.599-603. ⟨10.1093/aob/mcu175⟩

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titre

Cytokinin signalling inhibitory fields provide robustness to phyllotaxis

auteur

Fabrice Besnard, Yassin Refahi, Valérie Morin, Benjamin Marteaux, Géraldine Brunoud, Pierre Chambrier, Frédérique Rozier, Vincent Mirabet, Jonathan Legrand, Stéphanie Lainé, Emmanuel Thévenon, Etienne Farcot, Coralie Cellier, Pradeep Das, Anthony Bishopp, Renaud Dumas, François Parcy, Ykä Helariutta, Arezki Boudaoud, Christophe Godin, Jan Traas, Yann Guédon, Teva Vernoux

article

Nature, 2014, 505 (7483), pp.417-421. ⟨10.1038/nature12791⟩

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titre

Integration of hormonal signaling networks and mobile microRNAs is required for vascular patterning in Arabidopsis roots

auteur

Daniele Muraro, Nathan Mellor, Michael P. Pound, Hanna Help, Mikaël Lucas, Jérôme Chopard, Helen M. Byrne, Christophe Godin, T. Charlie Hodgman, John R. King, Tony P. Pridmore, Ykä Helariutta, Malcolm J. Bennett, Anthony Bishopp

article

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2014, 111 (2), pp.857-862. ⟨10.1073/pnas.1221766111⟩

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2013

titre

Lateral root morphogenesis is dependent on the mechanical properties of the overlaying tissues

auteur

Mikaël Lucas, Kim Kenobi, Daniel von Wangenheim, Ute Voss, Kamal Swarup, Ive de Smet, Daniël van Damme, Tara Lawrence, Benjamin Péret, Eric Moscardi, Daniel Barbeau, Christophe Godin, David Salt, Soazig Guyomarc'H, Ernst H K Stelzer, Alexis Maizel, Laurent Laplaze, Malcolm J Bennett

article

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2013, 110 (13), pp.5229-5234. ⟨10.1073/pnas.1210807110⟩

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titre

Du jardin au modèle informatique : la phyllotaxie

auteur

Christophe Godin, Joanna Jongwane

article

Interstices, 2013

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titre

Flexible Tactile Sensors for Multidigital Dexterous In-hand Manipulation

auteur

M. Boukallel, H. Yousef, Christophe Godin, C. Coutier

article

Flexible Robotics: Applications to Multiscale Manipulations, wiley, pp.181-242, 2013, 9781118572016; 9781848215207. ⟨10.1002/9781118572016.ch6⟩

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titre

The Flux-Based PIN Allocation Mechanism Can Generate Either Canalyzed or Diffuse Distribution Patterns Depending on Geometry and Boundary Conditions

auteur

Michael L. Walker, Etienne Farcot, Jan Traas, Christophe Godin

article

PLoS ONE, 2013, 8 (1), pp.1-16. ⟨10.1371/journal.pone.0054802⟩

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titre

Pattern identification and characterization reveal permutations of organs as a key genetically controlled property of post-meristematic phyllotaxis

auteur

Yann Guédon, Yassin Refahi, Fabrice Besnard, Etienne Farcot, Christophe Godin, Teva Vernoux

article

Journal of Theoretical Biology, 2013, 338, pp.94-110. ⟨10.1016/j.jtbi.2013.07.026⟩

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2012

titre

L-Py: an L-system simulation framework for modeling plant architecture development based on a dynamic language

auteur

Frédéric Boudon, Christophe Pradal, Thomas Cokelaer, Przemyslaw Prusinkiewicz, Christophe Godin

article

Frontiers in Plant Science, 2012, 3 (76), doi: 10.3389/fpls.2012.00076. ⟨10.3389/fpls.2012.00076⟩

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titre

Understanding patchy landscape dynamics: Towards a landscape language

auteur

Cédric Gaucherel, Frédéric Boudon, Thomas Houet, Mathieu Castets, Christophe Godin

article

PLoS ONE, 2012, 7 (9), pp.16. ⟨10.1371/journal.pone.0046064⟩

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titre

Modeling of light transmission under heterogeneous forest canopy: an appraisal of the effect of the precision level of crown description

auteur

David da Silva, Philippe Balandier, Frédéric Boudon, André Marquier, Christophe Godin

article

Annals of Forest Science, 2012, 69 (2), pp.181-193. ⟨10.1007/s13595-011-0139-2⟩

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titre

Multiscale systems analysis of root growth and development: modeling beyond the network and cellular scales

auteur

Leach R. Band, John A. Fozard, Christophe Godin, Olivier E. Jensen, Tony Pridmore, Malcolm Bennett, John King

article

The Plant cell, 2012, 14 (10), pp.3892-3906. ⟨10.1105/tpc.112.101550⟩

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titre

Simple envelope-based reconstruction methods can infer light partitioning among individual plants in sparse and dense herbaceous canopies

auteur

Gaëtan Louarn, David da Silva, Christophe Godin, Didier Combes

article

Agricultural and Forest Meteorology, 2012, 166-167, pp.98-112. ⟨10.1016/j.agrformet.2012.06.014⟩

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titre

Systems analysis of shoot apical meristem growth and development: integrating hormonal and mechanical signaling

auteur

James A.H. Murray, Angharad Jones, Christophe Godin, Jan Traas

article

The Plant cell, 2012, 24 (10), pp.3907 - 3919. ⟨10.1105/tpc.112.102194⟩

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2011

titre

How young trees cope with the removal of whole or part of shoots: an analysis of local and distant responses to pruning in 1-year-old apple (Malus × domestica; Rosaceae) trees

auteur

Damien Fumey, Pierre-Eric Lauri, Yann Guédon, Christophe Godin, Evelyne Costes

article

American Journal of Botany, 2011, 98 (11), pp.1737--1751. ⟨10.3732/ajb.1000231⟩

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titre

A novel profile based model for virtual representation of quasi-symmetric plant organs

auteur

H. K. Mebatsion, Frédéric Boudon, Christophe Godin, Christophe Pradal, M. Genard, Christophe Goze-Bac, N. Bertin

article

Computers and Electronics in Agriculture, 2011, 75 (1), pp.113-124. ⟨10.1016/j.compag.2010.10.006⟩

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titre

The auxin signalling network translates dynamic input into robust patterning at the shoot apex

auteur

Teva Vernoux, Géraldine Brunoud, Etienne Farcot, Valérie Morin, Hilde van Den Daele, Jonathan Legrand, Marina Oliva, Pradeep Das, Antoine Larrieu, Darren Wells, Yann Guédon, Lynne Armitage, Franck Picard, Soazig Guyomarch, Coralie Cellier, Geraint Parry, Rachil Koumproglou, John H. Doonan, Mark Estelle, Christophe Godin, Stefan Kepinski, Malcolm Bennett, Lieven De Veylder, Jan Traas

article

Molecular Systems Biology, 2011, 7 (508), ⟨10.1038/msb.2011.39⟩

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titre

A data-driven integrative model of sepal primordium polarity in Arabidopsis

auteur

Camillo La Rota, Jérôme Chopard, Pradeep Das, Sandrine Paindavoine, Frédérique Rozier, Etienne Farcot, Christophe Godin, Jan Traas, Françoise Monéger

article

The Plant cell, 2011, 23 (12), pp.4318-433. ⟨10.1105/tpc.111.092619⟩

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2010

titre

Quantifying the degree of self-nestedness of trees. Application to the structural analysis of plants

auteur

Christophe Godin, Pascal Ferraro

article

IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, 2010, 7 (4), pp.688--703

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titre

Du gène à la fleur

auteur

Christophe Godin, Jan Traas

article

Les Cahiers de l'INRIA - La Recherche, 2010, Les 10 découvertes de l'année, 437 janvier 2010

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titre

Imaging plant growth in 4D : robust tissue reconstruction and lineaging at cell resolution.

auteur

R. Fernandez, Pradeep Das, V. Mirabet, E. Moscardi, Jan Traas, J.-L. Verdeil, Grégoire Malandain, Christophe Godin

article

Nature Methods, 2010, 7, pp.547-553. ⟨10.1038/NMETH.1472⟩

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titre

Quantifying the degree of self-nestedness of trees: application to the structural analysis of plants

auteur

Christophe Godin, Pascal P. Ferraro

article

IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, 2010, 7 (4), pp.688-703. ⟨10.1109/tcbb.2009.29⟩

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2009

titre

Structure from silhouettes: a new paradigm for fast sketch-based design of trees

auteur

Jamie Wither, Frédéric Boudon, Marie-Paule Cani, Christophe Godin

article

Computer Graphics Forum, 2009, 28 (2), pp.541-550. ⟨10.1111/j.1467-8659.2009.01394.x⟩

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titre

PlantGL: A Python-based geometric library for 3D plant modelling at different scales

auteur

Christophe Pradal, Frédéric Boudon, Christophe Nouguier, Jérôme Chopard, Christophe Godin

article

Graphical Models, 2009, 71 (1), 1--21, posted-at = 2008-11-04 14:10:07. ⟨10.1016/j.gmod.2008.10.001⟩

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2008

titre

Auxin fluxes in the root apex co-regulate gravitropism and lateral root initiation

auteur

Mikaël Lucas, Christophe Godin, Christian Jay-Allemand, Laurent Laplaze

article

Journal of Experimental Botany, 2008, 59 (1), pp.55-66

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titre

MAppleT : simulation of apple tree development using mixed stochastic and biomechanical models

auteur

Evelyne E. Costes, Colin Smith, Michael Renton, Yann Guédon, Prusinkiewicz Przemyslaw, Christophe Godin

article

Functional Plant Biology, 2008, 35 (10), pp.936-950. ⟨10.1071/FP08081⟩

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titre

Flux based transport enhancement as a plausible unifying mechanism for Auxin transport in meristem development

auteur

Szymon Stoma, M. Lucas, Jérôme Chopard, Marianne Schaedel, Jan Traas, Christophe Godin

article

PLoS Computational Biology, 2008, 4 (10), pp.1000207. ⟨10.1371/journal.pcbi.1000207⟩

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titre

MAppleT: simulation of apple tree development using mixed stochastic and biomechanical models

auteur

Evelyne Costes, Colin Smith, Michael Renton, Yann Guédon, Premyslaw Prusinkiewicz, Christophe Godin

article

Functional Plant Biology, 2008, 35 (10), pp.936-950

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titre

OpenAlea: A visual programming and component-based software platform for plant modeling

auteur

Christophe Pradal, Samuel Dufour-Kowalski, Frédéric Boudon, Christian Fournier, Christophe Godin

article

Functional Plant Biology, 2008, 35 (10), pp.751-760. ⟨10.1071/FP08084⟩

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titre

An auxin transport-based model of root branching in Arabidopsis thaliana

auteur

Mikaël Lucas, Yann Guédon, Christian Jay-Allemand, Christophe Godin, Laurent Laplaze

article

PLoS ONE, 2008, 3 (11), ⟨10.1371/journal.pone.0003673⟩

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titre

Modéliser les plantes et leurs utilisations

auteur

Fabien Campillo, Christophe Godin, Alain Rapaport

article

LISA (Lettre de l'INRIA Sophia Antipolis), 12, n.p., 2008

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titre

Multiscale Framework for Modeling and Analyzing Light Interception by Trees

auteur

David da Silva, Frédéric Boudon, Christophe Godin, Hervé Sinoquet

article

Multiscale Modeling and Simulation: A SIAM Interdisciplinary Journal, 2008, 7 (2), pp.910-933. ⟨10.1137/08071394X⟩

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titre

Auxin fluxes in the root apex co-regulate gravitropism and lateral root initiation

auteur

Michaël Lucas, Christophe Godin, C. Jay-Allemand, Laurent Laplaze

article

Journal of Experimental Botany, 2008, 59 (1), pp.55-66. ⟨10.1093/jxb/erm171⟩

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2006

titre

Definition of Architectural Ideotypes for Good Yield Capacity in Coffea canephora

auteur

C. Cilas, Avner Bar-Hen, C. Montagnon, Christophe Godin

article

Annals of Botany, 2006, 97 (3) (3), pp.405-411. ⟨10.1093/aob/mcj053⟩

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titre

Estimating the fractal dimension of plants using the two-surface method: An analysis based on 3D-digitized tree foliage

auteur

Frédéric Boudon, Christophe Godin, Christophe Pradal, Olivier Puech, Hervé Sinoquet

article

Fractals, 2006, 14 (3), pp.149-163. ⟨10.1142/S0218348X06003179⟩

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titre

Genetic study on the physical properties of Coffea arabica L. wood

auteur

C. Cilas, Christophe Godin, B. Bertrand, H. Baillères

article

Trees - Structure and Function, 2006, 20 (5), pp.587-592. ⟨10.1007/s00468-006-0073-3⟩

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titre

Computer simulations reveal novel properties of the cell-cell signaling network at the shoot apex in /Arabidopsis

auteur

Pierre Barbier de Reuille, Isabelle Bohn-Courseau, Karen Ljung, Halima Morin, Nicola Carraro, Christophe Godin, Jan Traas

article

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2006, 103 (5) (5), p. 1627-1632. ⟨10.1073/pnas.0510130103⟩

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titre

Similarities and gradients in growth unit branching patterns during ontogeny in "Fuji" apple trees: a stochastic approach

auteur

M. Renton, Yann Guédon, Christophe Godin, Evelyne Costes

article

Journal of Experimental Botany, 2006, 57 (2), pp.3131-3143. ⟨10.1093/jxb/erl075⟩

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titre

Des plantes virtuelles pour comprendre les plantes réelles

auteur

Christophe Godin, Hervé Sinoquet, Evelyne Costes, Jan Traas

article

Pour la science, 2006, 52, pp.76-81

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titre

Estimating the fractal dimension of plants using the two-surface method: An analysis based on 3D-digitized tree foliage

auteur

Frédéric Boudon, Christophe Godin, Christophe Pradal, Olivier Puech, Hervé Sinoquet

article

Fractals, 2006, 14 (3), pp.149-163

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titre

La modélisation comme outils d'analyse pour la biologie du développement

auteur

Pierre Barbier de Reuille, Isabelle Bohn-Courseau, Christophe Godin, Jan Traas

article

Médecine/Sciences, 2006, 22 (10), pp.814-816. ⟨10.1051/medsci/20062210814⟩

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titre

Modelling of complex biological systems in the context of genomics: an account of a multidisciplinary thematic seminar held in Montpellier (France) in April 2005

auteur

Alain Thierry, François Képès, Patrick Amar, Georgia Barlovatz-Meimon, Gilles Bernot, Marie Beurton-Aimar, Marie Dutreix, Jean-Louis Giavitto, Janine Guespin, Jean-Pierre Mazat, Vic Norris, Vincent Schafter, Philippe Tracqui, Christophe Godin, Franck Molina

article

Journal of Biological Physics and Chemistry, 2006, 6, pp.103-107

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2005

titre

Modéliser le vivant : créer des plantes virtuelles pour comprendre, simuler, tester

auteur

Christophe Godin, Hervé Sinoquet, Evelyne Costes, Jan Traas

article

Interstices, 2005

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titre

Functional-structural plant modelling

auteur

Christophe Godin, Hervé Sinoquet

article

New Phytologist, 2005, 166, pp.705-708

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titre

A protocol to analyse cellular dynamics during plant development

auteur

Pierre Barbier de Reuille, Isabelle Bohn-Courseau, Christophe Godin, Jan Trass

article

Plant Journal, 2005, 44 (6) (6), pp.1045-1053. ⟨10.1111/j.1365-313X.2005.02576.x⟩

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titre

Toward a quantification of self-similarity in plants

auteur

Pascal Ferraro, Christophe Godin, Przemylaw Prusinkiewicz

article

Fractals, 2005, 13, pp.91-109. ⟨10.1142/S0218348X05002805⟩

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titre

Plant architecture modelling - virtual plants, dynamic and complex systems

auteur

Christophe Godin, Evelyne Costes, Hervé Sinoquet

article

Turnbull, C. Plant architecture and its manipulation, Blackwell Publishing, pp.238-287, 2005, Annual Plant Reviews

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titre

Foliage randomness and light interception in 3D digitized trees:an analysis of 3D discretization of the canopy

auteur

Hervé Sinoquet, Gabriela Sonohat, Jessada Phattaralerphong, Christophe Godin

article

Plant, Cell and Environment, 2005, 29 (9), pp.1158-1170. ⟨10.1111/j.1365-3040.2005.01353.x⟩

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titre

Plant architecture modelling. Virtual plants and complex systems

auteur

Christophe Godin, Evelyne Costes, Hervé Sinoquet

article

Plant architecture and its manipulation, 17, CRC Press, 2005, Annual Plant Reviews, 978-1-4051-2128-6

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titre

Functional-Structural Plant modelling

auteur

Christophe Godin, Hervé Sinoquet

article

New Phytologist, 2005, 166 (3), pp.705-708. ⟨10.1111/j.1469-8137.2005.01445.x⟩

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2003

titre

Interactive design of bonsai tree models

auteur

Frédéric Boudon, Premyslaw Prusinkiewicz, Pavol Federl, Christophe Godin, Radoslaw Karwowski

article

Computer Graphics Forum, 2003, 22 (3), pp.591-599. ⟨10.1111/1467-8659.t01-2-00707⟩

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titre

Modelling and simulation of biological processes in the context of genomics

auteur

Victor Norris, Patrick Amar, Gilles Bernot, Jean-Louis Giavitto, Christophe Godin, Janine Guespin, Hélène Pollard, Philippe Tracqui, François Képès

article

Journal of Biological Physics and Chemistry, 2003, 3, pp.106-110

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titre

Exploring within-tree architectural development of two apple tree cultivars over 6 years.

auteur

Evelyne Costes, Hervé Sinoquet, J.J. Kelner, Christophe Godin

article

Annals of Botany, 2003, 91, pp.91-104. ⟨10.1093/aob/mcg010⟩

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titre

Optimal mappings with minimun number of connected components in tree-to-tree comparison problems

auteur

Pascal Ferraro, Christophe Godin

article

Journal of Algorithms in Cognition, Informatics and Logic, 2003, 48, pp.385-406

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titre

An edit distance between quotiented trees

auteur

Pascal Ferraro, Christophe Godin

article

Algorithmica, 2003, 36, pp.1-39

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2002

titre

Hyperstructures, genome analysis and i-cell

auteur

V. Norris, P. Amar, P. Ballet, G. Bernot, Y. Bouligand, P. Bourguine, J.-M. Delosme, M. Demarty, I. Fishov, J. Fralick, J.-L. Giavitto, B. Gleyse, Christophe Godin, R. Incitti, C. Lange, L. Le Sceller, C. Loutellier, O. Michel, F. Molina, C. Monnier, C. Moreno, N. Orange, H. Pollard, D. Raine, A. Rambourg, J. Ramsden, C. Ripoll, J. Rouviere-Yaniv, M. Saier Jnr., P. Soler, M. Thellier, Ph. Tracqui, D. Ussery, J.-M. Valleton, J.-P. Vannier, P. Wiggins, A. Zemirline, F. Képès

article

Acta Biotheoretica, 2002, 50, pp.357-373

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titre

Hyperstructures, genome analysis and I-Cells

auteur

Patrick Amar, Pascal Ballet, Georgia Barlovatz-Meimon, Arndt Benecke, Gilles Bernot, Yves Bouligand, Paul Bourguine, Franck Delaplace, Jean-Marc Delosme, Maurice Demarty, Itzhak Fishov, Jean Fourmentin-Guilbert, Joe Fralick, Jean-Louis Giavitto, Bernard Gleyse, Christophe Godin, Roberto. Incitti, François Képès, Catherine Lange, Lois Le Sceller, Corinne Loutellier, Franck Molina, Chantal Monnier, René Natowicz, Vic Norris, Nicole Orange, Hélène Pollard, Derek Raine, Camille Ripoll, Josette Rouviere-Yaniv, Milton Saier, Paul Soler, Pierre Tambourin, Michel Thellier, Philippe Tracqui, Dave Ussery, Jean-Claude Vincent, Jean-Pierre Vannier, Philippa Wiggins, Abdallah Zemirline, Olivier Michel

article

Acta Biotheoretica, 2002, 50 (4), pp.357-373. ⟨10.1023/A:1022629004589⟩

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titre

Variability in the rigidity of Coffea canephora Pierre stems determined by acoustic analysis

auteur

Christian Cilas, Christophe Godin, David Grenier, Christophe Montagnon, Henri Baillères

article

Trees - Structure and Function, 2002, 16 (1), pp.23-37. ⟨10.1007/s00468-001-0140-8⟩

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2000

titre

Representing and encoding plant architecture: a review

auteur

Christophe Godin

article

Annals of Forest Science, 2000, 57 (5-6), pp.413-438. ⟨10.1051/forest:2000132⟩

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titre

Wood elasticity of several Coffea canephora Pierre clones. A new trait to be included in selection schemes

auteur

Christian Cilas, Christophe Montagnon, Benoit Bertrand, Christophe Godin

article

Agronomie, 2000, 20 (4), pp.439-444. ⟨10.1051/agro:2000140⟩

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titre

A distance measure between plant architectures

auteur

Pascal Ferraro, Christophe Godin

article

Annals of Forest Science, 2000, 57 (5/6), pp.445-461. ⟨10.1051/forest:2000134⟩

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titre

A distance measure between plant architectures

auteur

Pascal Ferraro, Christophe Godin

article

Annals of Forest Science, 2000, 57 (5), pp.445-461. ⟨10.1051/forest:2000134⟩

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titre

Representing and encoding plant architecture: A review

auteur

Christophe Godin

article

Annals of Forest Science, 2000, 57 (5), pp.413-438. ⟨10.1051/forest:2000132⟩

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titre

Wood elasticity of several Coffea canephora Pierre clones. A new trait to be included in selection schemes

auteur

Christian Cilas, Christophe Montagnon, Benoit Bertrand, Christophe Godin

article

Agronomie, 2000, 20 (4), pp.439-444. ⟨10.1051/agro:2000140⟩

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1999

titre

Exploration of a plant architecture database with the AMAPmod software illustrated on an apple tree hybrid family

auteur

Christophe Godin, Yann Guédon, Evelyne Costes

article

Agronomie, 1999, 19 (3-4), pp.163-184

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titre

Exploration of plant architecture databases with the AMAPmod software illustrated on an apple-tree hybrid family

auteur

Christophe Godin, Yann Guédon, Evelyne Costes

article

Agronomie, 1999, 19 (3-4), pp.163-184. ⟨10.1051/agro:19990301⟩

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titre

Characterisation of structural tree root architecture using 3D digitising and AMAPmod software.

auteur

Frédéric Danjon, Hervé Sinoquet, Christophe Godin, F. Colin, Michael Drexhage

article

Plant and Soil, 1999, 211 (2), pp.241-258. ⟨10.1023/A:1004680824612⟩

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titre

A method for describing plant architecture which integrates topology and geometry

auteur

Christophe Godin, Evelyne Costes, Hervé Sinoquet

article

Annals of Botany, 1999, 84 (3), pp.343-357. ⟨10.1006/anbo.1999.0923⟩

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1998

titre

A multiscale model of plant topological structures

auteur

Christophe Godin, Yves Caraglio

article

Journal of Theoretical Biology, 1998, 191 (1), pp.1-46. ⟨10.1006/jtbi.1997.0561⟩

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titre

Interactions between light and plant architecture in an agroforestry walnut tree

auteur

Hervé Sinoquet, A. Adam, Pierre Rivet, Christophe Godin

article

Agroforestry Forum, 1998, 8 (2), pp.37-40

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1997

titre

Measuring and analyzing plants with the AMAPmod software

auteur

Christophe Godin, Yann Guédon, Evelyne Costes, Yves Caraglio

article

Michalewicz, M.T. Plants to ecosystems - Advances in Computational Life Sciences, 2nd International Symposium on Computer Challenges in Life Science, CSIRO Australia, pp.53-84, 1997

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titre

Assessment of the three-dimensional architecture of walnut trees using digitising

auteur

Hervé Sinoquet, Pierre Rivet, Christophe Godin

article

Silva Fennica, 1997, 31 (3), pp.265-273

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titre

Exploring plant topology structure with the AMAPmod software : an outline

auteur

Christophe Godin, Evelyne Costes, Yves Caraglio

article

Silva Fennica, 1997, 31 (3), pp.355-366

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1996

titre

Ivermectin-based control of onchocerciasis in northern Cameroon: individual factors influencing participation in community treatment.

auteur

J. Gardon, J. M. Macé, Emmanuelle Cadot, C. Ogil, Christophe Godin, Michel Boussinesq

article

Transactions of The Royal Society of Tropical Medicine and Hygiene, 1996, 90 (3), pp.218-22

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