2024

titre

PRC2 facilitates the transition from heterotrophy to photoautotrophy during seedling emergence

auteur

Naseem Samo, María Guadalupe Trejo-Arellano, Lenka Gahurová, Alexander Erban, Alina Ebert, Quentin Rivière, Jiří Kubásek, Fatemeh Aflaki, Helena Hönig Mondeková, Armin Schlereth, Annick Dubois, Mingxi Zhou, Ondřej Novák, Jiří Šantrůček, Daniel Bouyer, Franҫois Roudier, Joachim Kopka, Iva Mozgová

article

2024

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titre

MIR164B ensures robust Arabidopsis leaf development by compensating for compromised POLYCOMB REPRESSIVE COMPLEX2 function

auteur

Aude Maugarny, Aurélie Vialette, Bernard Adroher, Anne-Sophie Sarthou, Nathalie Mathy-Franchet, Marianne Azzopardi, Antoine Nicolas, François Roudier, Patrick Laufs

article

The Plant cell, 2024, ⟨10.1093/plcell/koae260⟩

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2023

titre

The Arabidopsis transcription factor NLP2 regulates early nitrate responses and integrates nitrate assimilation with energy and carbon skeleton supply

auteur

Mickaël Durand, Virginie Brehaut, Gilles Clement, Zsolt Kelemen, Julien Macé, Regina Feil, Garry Duville, Alexandra Launay-Avon, Christine Paysant-Le Roux, John Lunn, François Roudier, Anne Krapp

article

The Plant cell, 2023, 35 (5), pp.1429-1454. ⟨10.1093/plcell/koad025⟩

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2021

titre

Deciphering Plant Chromatin Regulation via CRISPR/dCas9-Based Epigenome Engineering

auteur

Annick Dubois, François Roudier

article

Epigenomes, 2021, 5 (3), pp.17. ⟨10.3390/epigenomes5030017⟩

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titre

A network of transcriptional repressors modulates auxin responses.

auteur

Jekaterina Truskina, Jingyi Han, Elina Chrysanthou, Carlos Galvan-Ampudia, Stéphanie Lainé, Geraldine Brunoud, Julien Macé, Simon Bellows, Jonathan Legrand, Anne-Maarit Bågman, Margot Smit, Ondrej Smetana, Arnaud Stigniani, Silvana Porco, Malcom J. Bennett, Ari Pekka Mähönen, Francois Parcy, Etienne Farcot, François Roudier, Siobhan M Brady, Anthony Bishopp, Teva Vernoux

article

Nature, 2021, 589 (7840), pp.116-119. ⟨10.1038/s41586-020-2940-2⟩

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2020

titre

Mitotic Inheritance of PRC2-Mediated Silencing: Mechanistic Insights and Developmental Perspectives

auteur

Alice Hugues, Chean Sern Jacobs, François Roudier

article

Frontiers in Plant Science, 2020, 11, ⟨10.3389/fpls.2020.00262⟩

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titre

ChIP-seq and RNA-seq for complex and low-abundance tree buds reveal chromatin and expression co-dynamics during sweet cherry bud dormancy

auteur

Noémie Vimont, Fu Xiang Quah, David Guillaume Schöpfer, François Roudier, Elisabeth Dirlewanger, Philip A. Wigge, Bénédicte Wenden, Sandra Cortijo

article

Tree Genetics and Genomes, 2020, 16 (1), pp.9. ⟨10.1007/s11295-019-1395-9⟩

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2019

titre

The m 6 A pathway protects the transcriptome integrity by restricting RNA chimera formation in plants

auteur

Dominique Pontier, Claire Picart, Moaine El Baidouri, François Roudier, Tao Xu, Sylvie Lahmy, Christel Llauro, Jacinthe Azevedo, Michèle Laudié, Aurore Attina, Christophe Hirtz, Marie-Christine Carpentier, Lisha Shen, Thierry Lagrange

article

Life Science Alliance, 2019, 2 (3), pp.e201900393. ⟨10.26508/lsa.201900393⟩

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titre

Histone acetylation orchestrates wound-induced transcriptional activation and cellular reprogramming in Arabidopsis

auteur

Bart Rymen, Ayako Kawamura, Alice Lambolez, Soichi Inagaki, Arika Takebayashi, Akira Iwase, Yuki Sakamoto, Kaori Sako, David Favero, Momoko Ikeuchi, Takamasa Suzuki, Motoaki Seki, Tetsuji Kakutani, François Roudier, Keiko Sugimoto

article

Communications Biology, 2019, 2, ⟨10.1038/s42003-019-0646-5⟩

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titre

ChIP-seq and RNA-seq for complex and low-abundance tree buds reveal chromatin and expression co-dynamics during sweet cherry bud dormancy

auteur

Noémie Vimont, Fu Xiang Quah, David Guillaume-Schöpfer, François Roudier, Elisabeth Dirlewanger, Philip A. Wigge, Bénédicte Wenden, Sandra Cortijo

article

2019

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2018

titre

Genome-wide identification of RETINOBLASTOMA RELATED 1 binding sites in Arabidopsis reveals novel DNA damage regulators

auteur

Daniel Bouyer, Maren Heese, Poyu Chen, Hirofumi Harashima, François Roudier, Christian Grüttner, Arp Schnittger

article

PLoS Genetics, 2018, 14 (11), pp.e1007797. ⟨10.1371/journal.pgen.1007797⟩

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titre

Genome-wide identification of RETINOBLASTOMA RELATED 1 binding sites in Arabidopsis reveals novel DNA damage regulators

auteur

Daniel Bouyer, Maren Heese, Poyu Chen, Hirofumi Harashima, François Roudier, Christian Grüttner, Arp Schnittger

article

PLoS Genetics, 2018, 14 (11), pp.e1007797. ⟨10.1371/journal.pgen.1007797⟩

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titre

Cell Type-Specific Profiling of Chromatin Modifications and Associated Proteins

auteur

Ana Karina Morao, Erwann E. Caillieux, Vincent Colot, François Roudier

article

Plant Chromatin Dynamics, pp.111-130, 2018, ⟨10.1007/978-1-4939-7318-7_8⟩

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titre

Chromatin Immunoprecipitation Sequencing (ChIP-Seq) for Transcription Factors and Chromatin Factors in Arabidopsis thaliana Roots: From Material Collection to Data Analysis

auteur

Sandra S. Cortijo, Varodom Charoensawan, François Roudier, Philip A. Wigge

article

Root Development, pp.231-248, 2018, ⟨10.1007/978-1-4939-7747-5_18⟩

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titre

Genome-wide identification of RETINOBLASTOMA RELATED 1 binding sites in Arabidopsis reveals novel DNA damage regulators

auteur

Daniel Bouyer, Maren Heese, Poyu Chen, Hirofumi Harashima, François Roudier, Christian Grüttner, Arp Schnittger

article

PLoS Genetics, 2018, 14 (11), pp.e1007797. ⟨10.1371/journal.pgen.1007797⟩

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titre

Polycomb Repressive Complex 2 attenuates the very high expression of the Arabidopsis gene NRT2.1.

auteur

Fanny Bellegarde, Léo Herbert, David Séré, Erwann E. Caillieux, Jossia Boucherez, Cécile Fizames, François Roudier, Alain Gojon, Antoine Martin

article

Scientific Reports, 2018, ⟨10.1038/s41598-018-26349-w⟩

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titre

Genome-wide identification of RETINOBLASTOMA RELATED 1 binding sites in Arabidopsis reveals novel DNA damage regulators

auteur

Daniel Bouyer, Maren Heese, Poyu Chen, Hirofumi Harashima, François Roudier, Christian Grüttner, Arp Schnittger

article

PLoS Genetics, 2018, 14 (11), pp.e1007797. ⟨10.1371/journal.pgen.1007797⟩

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2017

titre

Comparative epigenomics in the Brassicaceae reveals two evolutionarily conserved modes of PRC2-mediated gene regulation

auteur

Claudia Chica, Alexandra Louis, Hugues Roest Crollius, Vincent Colot, François Roudier

article

Genome Biology, 2017, 18 (1), pp.1-15. ⟨10.1186/s13059-017-1333-9⟩

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titre

DNA methylation dynamics during early plant life

auteur

Daniel Bouyer, Amira Kramdi, Mohamed Kassam, Maren Heese, Arp Schnittger, François Roudier, Vincent Colot

article

Genome Biology, 2017, 18 (1), pp.1-12. ⟨10.1186/s13059-017-1313-0⟩

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titre

Epigenetic memory and cell fate reprogramming in plants

auteur

Kenneth D. Birnbaum, François Roudier

article

Regeneration, 2017, 4 (1), pp.15-20. ⟨10.1002/reg2.73⟩

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titre

DNA methylation dynamics during early plant life

auteur

D. Bouyer, A. Kramdi, M. Kassam, M. Heese, A. Schnittger, François Roudier, V. Colot

article

Genome Biology, 2017

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titre

DNA methylation dynamics during early plant life.

auteur

Daniel Johannes Bouyer, A Kramdi, M Kassam, Maren Heese, Arp Schnittger, François Roudier, V Colot

article

Genome Biology, 2017, 18 (1), pp.179-179

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titre

Direct conversion of root primordium into shoot meristem relies on timing of stem cell niche development

auteur

Olga Rosspopoff, Liudmila Chelysheva, Julie Saffar, Lena Lecorgne, Delphine Gey, Erwann Caillieux, Vincent Colot, François Roudier, Pierre Hilson, Richard Berthomé, Marco da Costa, Philippe Rech

article

Development (Cambridge, England), 2017, 144 (7), pp.1187-1200. ⟨10.1242/dev.142570⟩

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2016

titre

Emerging concepts in chromatin-level regulation of plant cell differentiation: timing, counting, sensing and maintaining

auteur

Daniel Bouyer, Ana Karina Morao, François Roudier

article

Current Opinion in Plant Biology, 2016, 34, pp.27 - 34. ⟨10.1016/j.pbi.2016.07.010⟩

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titre

A versatile Multisite Gateway-compatible promoter and transgenic line collection for cell type-specific functional genomics in Arabidopsis

auteur

Maria Mar Marquès-Bueno, Ana K. Morao, Anne Cayrel, Matthieu P. Platre, Marie Barberon, Erwann Caillieux, Vincent Colot, Yvon Jaillais, François Roudier, Grégory Vert

article

The Plant Journal, 2016, 85 (2), pp.320--333. ⟨10.1111/tpj.13099⟩

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titre

Transcriptional Regulation of Arabidopsis Polycomb Repressive Complex 2 Coordinates Cell-Type Proliferation and Differentiation

auteur

Miguel De Lucas, Li Pu, Gina Turco, Allison Gaudinier, Ana Karina Morao, Hirofumi Harashima, Dahae Kim, Mily Ron, Keiko Sugimoto, François Roudier, Siobhan M. Brady

article

The Plant cell, 2016, 28 (10), pp.2616-2631. ⟨10.1105/tpc.15.00744⟩

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titre

Emerging concepts in chromatin-level regulation of plant cell differentiation: timing, counting, sensing and maintaining

auteur

Ana Karina Morao, Daniel Bouyer, François Roudier

article

Current Opinion in Plant Biology, 2016, 34, pp.27-34. ⟨10.1016/j.pbi.2016.07.010⟩

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2015

titre

Genome expansion of Arabis alpina linked with retrotransposition and reduced symmetric DNA methylation

auteur

Eva-Maria Willing, Vimal Rawat, Terezie Mandáková, Florian Maumus, Geo Velikkakam James, Karl J.V. Nordström, Claude Becker, Norman Warthmann, Claudia Chica, Bogna Szarzynska, Matthias Zytnicki, Maria C. Albani, Christiane Kiefer, Sara Bergonzi, Loren Castaings, Julieta L. Mateos, Markus C. Berns, Nora Bujdoso, Thomas Piofczyk, Laura de Lorenzo, Cristina Barrero-Sicilia, Isabel Mateos, Mathieu Piednoël, Jörg Hagmann, Romy Chen-Min-Tao, Raquel Iglesias-Fernández, Stephan C. Schuster, Carlos Alonso-Blanco, François Roudier, Pilar Carbonero, Javier Paz-Ares, Seth J. Davis, Ales Pecinka, Hadi Quesneville, Vincent Colot, Martin A. Lysak, Detlef Weigel, George Coupland, Korbinian Schneeberger

article

Nature Plants, 2015, 1 (2), pp.14023-14028. ⟨10.1038/nplants.2014.23⟩

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2014

titre

Mapping the epigenetic basis of complex traits

auteur

Sandra Cortijo, Rene Wardenaar, Maria Colomé-Tatché, Arthur Gilly, Mathilde Etcheverry, Karine Labadie, Erwann Caillieux, Frédéric Hospital, Jean-Marc Aury, Patrick Wincker, François Roudier, Ritsert C. Jansen, Vincent Colot, Frank Johannes

article

Science, 2014, 343 (6175), pp.1145-1148. ⟨10.1126/science.1248127⟩

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titre

The plant RWP-RK transcription factors: key regulators of nitrogen responses and of gametophyte development

auteur

Camille Chardin, Thomas Girin, François Roudier, Christian Meyer, Annemarie Krapp

article

Journal of Experimental Botany, 2014, 65 (19), pp.5577-5587. ⟨10.1093/jxb/eru261⟩

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2013

titre

Nuclear retention of the transcription factor NLP7 orchestrates the early response to nitrate in plants

auteur

Chloé Marchive, François Roudier, Loren Castaings, Virginie Bréhaut, Eddy Blondet, Vincent Colot, Christian Meyer, Annemarie Krapp

article

Nature Communications, 2013, 4, pp.1713. ⟨10.1038/ncomms2650⟩

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titre

Epigenetics and Development in Plants: Green Light to Convergent Innovations

auteur

Daniel Grimanelli, François Roudier

article

Current Topics in Developmental Biology: Epigenetics and Development, pp.189-222, 2013, ⟨10.1016/B978-0-12-416027-9.00006-1⟩

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2012

titre

Histone H2B monoubiquitination facilitates the rapid modulation of gene expression during Arabidopsis photomorphogenesis

auteur

Clara Bourbousse, Ikhlak Ahmed, François Roudier, Gerald Zabulon, Eddy Blondet, Sandrine Balzergue, Vincent Colot, Chris Bowler, Fredy Barneche

article

PLoS Genetics, 2012, 8 (7), pp.e1002825. ⟨10.1371/journal.pgen.1002825⟩

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titre

NERD, a Plant-Specific GW Protein, Defines an Additional RNAi-Dependent Chromatin-Based Pathway in Arabidopsis

auteur

D. Pontier, C. Picart, François Roudier, David Garcia, S. Lahmy, J. Azevedo, E. Alart, M. Laudié, W.M. Karlowski, R. Cooke, V. Colot, O. Voinnet, T. Lagrange

article

Molecular Cell, 2012, 48 (1), pp.121-132. ⟨10.1016/j.molcel.2012.07.027⟩

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2011

titre

Integrative epigenomic mapping defines four main chromatin states in Arabidopsis

auteur

François Roudier, Ikhlak I. Ahmed, Caroline C. Berard, Alexis A. Sarazin, Tristan Mary-Huard, Sandra S. Cortijo, Daniel D. Bouyer, Erwann E. Caillieux, Evelyne E. Duvernois-Berthet, Al-Shikhley A.-S. Liza, Laurene L. Giraut, Barbara B. Després, Stéphanie S. Drevensek, Frédy F. Barneche, Sandra S. Derozier, Veronique V. Brunaud, Sebastien S. Aubourg, Arp A. Schnittger, Chris C. Bowler, Marie-Laure M.-L. Magniette, Stephane S. Robin, Michel M. Caboche, Vincent V. Colot

article

EMBO Journal, 2011, 30 (10), pp.1928 - 1938. ⟨10.1038/emboj.2011.103⟩

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titre

Polycomb Repressive Complex 2 Controls the Embryo-to-Seedling Phase Transition

auteur

Daniel Bouyer, François Roudier, Maren Heese, Ellen Andersen, Delphine Gey, Moritz Nowack, Justin Goodrich, Jean-Pierre Renou, Paul Grini, Vincent Colot, Arp Schnittger

article

PLoS Genetics, 2011, 7 (3), pp.e1002014. ⟨10.1371/journal.pgen.1002014⟩

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titre

Polycomb Repressive Complex 2 Controls the Embryo-to-Seedling Phase Transition

auteur

Daniel Bouyer, François Roudier, Maren Heese, Ellen D. Andersen, Delphine Gey, Moritz K. Nowack, Justin Goodrich, Jean-Pierre J.-P. Renou, Paul E. Grini, Vincent Colot, Arp Schnittger

article

PLoS Genetics, 2011, 7 (3), pp.e1002014. ⟨10.1371/journal.pgen.1002014⟩

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titre

Additive inheritance of histone modifications in Arabidopsis thaliana intra-specific hybrids

auteur

Ali M. Banaei Moghaddam, François Roudier, Michael Seifert, Caroline Bérard, Marie-Laure Martin-Magniette, Raheleh Karimi Ashtiyani, Andreas Houben, Vincent Colot

article

The Plant Journal, 2011, 67 (4), pp.691-700. ⟨10.1111/j.1365-313X.2011.04628.x⟩

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titre

Transcriptional regulation of Arabidopsis LEAFY COTYLEDON2 involves RLE,a cis-element that regulates Trimethylation of Histone H3 at Lysine-27

auteur

Nathalie Berger, Bertrand B. Dubreucq, François Roudier, Christian C. Dubos, Loic L. Lepiniec

article

The Plant cell, 2011, 23 (11), pp.4065-4078. ⟨10.1105/tpc.111.087866⟩

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2010

titre

Very-long-chain fatty acids are involved in polar auxin transport and developmental patterning in Arabidopsis.

auteur

François Roudier, Lionel Gissot, Frédéric Beaudoin, Richard Haslam, Louise Michaelson, Jessica Marion, Diana Molino, Amparo Lima, Liên Bach, Halima Morin, Frédérique Tellier, Jean-Christophe Palauqui, Yannick Bellec, Charlotte Renne, Martine Miquel, Marco Dacosta, Julien Vignard, Christine Rochat, Jonathan E Markham, Patrick Moreau, Johnathan Napier, Jean-Denis Faure

article

The Plant cell, 2010, 22 (2), pp.364-75. ⟨10.1105/tpc.109.071209⟩

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2009

titre

A Role for RNAi in the Selective Correction of DNA Methylation Defects

auteur

Felipe Karam Teixeira, Fabiana Heredia, Alexis Sarazin, François Roudier, Martine Boccara, Constance Ciaudo, Corinne Cruaud, Julie Poulain, María Berdasco, Mario F. Fraga, Olivier Voinnet, Patrick Wincker, Manel Esteller, Vincent Colot

article

Science, 2009, 323 (5921), pp.1600-1604. ⟨10.1126/science.1165313⟩

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titre

Mélanges gaussiens bidimensionnels pour la comparaison de deux échantillons de chromatine immunoprécipitée

auteur

Caroline Berard, Marie-Laure Martin-Magniette, Alexandra To, François Roudier, Vincent Colot, Stephane Robin

article

La revue MODULAD, 2009, 40, pp.53-68

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2007

titre

Arabidopsis TFL2/LHP1 Specifically Associates with Genes Marked by Trimethylation of Histone H3 Lysine 27

auteur

Franziska Turck, François Roudier, Sara Farrona, Marie-Laure Martin-Magniette, Elodie Guillaume, Nicolas Buisine, Séverine Gagnot, Robert A. Martienssen, George Coupland, Vincent Colot

article

PLoS Genetics, 2007, 3 (6), pp.855-866. ⟨10.1371/journal.pgen.0030086⟩

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2006

titre

Alterations in sphingolipid synthesis in the model plant Arabidopsis thaliana is associated with cell polarity and developmental defects

auteur

François Roudier, Lionel L. Gissot, Julien Vignard, Christine Rochat, P. Moreau, Jonathan Napier, Halima H. Morin, Yannick Bellec, Jean-Christophe J.-C. Palauqui, Jean Denis Faure

article

Chemistry and Physics of Lipids, 2006, 143 (1-2), pp.100

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titre

The C terminus of the immunophilin PASTICCINO1 is required for plant development and for interaction with a NAC-like transcription factor

auteur

Cybelle Smyczynski, François Roudier, Lionel L. Gissot, Emilie Vaillant, Olivier Grandjean, Halima H. Morin, Timothé Masson, Yannick Bellec, Danny Geelen, Jean Denis Faure

article

Journal of Biological Chemistry, 2006, 281 (35), pp.25475-25484. ⟨10.1074/jbc.M601815200⟩

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2003

titre

Endoreduplication mediated by the anaphase-promoting complex activator CCS52A is required for symbiotic cell differentiation in Medicago truncatula nodules.

auteur

Jose Maria Vinardell, Elena Fedorova, Angel Cebolla, Zoltan Kevei, Gabor Horvath, Zsolt Kelemen, Sylvie Tarayre, François Roudier, Peter Mergaert, Adam Kondorosi, Eva Kondorosi

article

The Plant cell, 2003, 15 (9), pp.2093-2105

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titre

The Medicago species A2-type cyclin is auxin regulated and involved in meristem formation but dispensable for endoreduplication-associated developmental programs.

auteur

François Roudier, Elena Fedorova, Manuel Lebris, Phillippe Lecomte, Janos Györgyey, Daniele Vaubert, Gabor Horvath, Pierre Abad, Adam Kondorosi, Eva Kondorosi

article

Plant Physiology, 2003, 131 (3), pp.1091-103. ⟨10.1104/pp.102.011122⟩

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titre

The Medicago species A2-type cyclin is auxin regulated and involved in meristem formation but dispensable for endoreduplication-associated developmental programs

auteur

François Roudier, E. Fedorova, M. Lebris, Philippe Lecomte, J. Györgyey, D. Vaubert, G. Horvath, Pierre Abad, A. Kondorosi, Eva Kondorosi

article

Plant Physiology, 2003, 131, pp.1091-1103

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2002

titre

Endoreduplication is essential for symbiotic cell differentiation in Medicago truncatula

auteur

E. Kondorosi, J.M. Vinardell, E. Fedorova, A. Cebolla, François Roudier, S. Tarayre, G. Horvath, K. Fulop, D. Vaubert, A. Kondorosi

article

Nitrogen fixation, global perspective, CABI Publishing, pp.142-145, 2002

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titre

Control of root nodule organogenesis

auteur

A. Kondorosi, C. Charon, A. Cebolla, J.M. Vinardell, F. Frugier, François Roudier, C. Sousa, M. Crespi, E. Kondorosi

article

Biology of Plant-Microbe Interactions, IS-MPMI International Society for Molecular Plant-Microbe Interactions, pp.158-163, 2002

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2000

titre

Plant cell-size control: growing by ploidy?

auteur

E. Kondorosi, François Roudier, E. Gendreau

article

Current Opinion in Plant Biology, 2000, 3 (6), pp.488-92. ⟨10.1016/S1369-5266(00)00118-7⟩

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titre

Cell cycle function of a Medicago sativa A2-type cyclin interacting with a PSTAIRE-type cyclin-dependent kinase and a retinoblastoma protein.

auteur

François Roudier, E. Fedorova, J. Györgyey, A. Feher, S. Brown, A. Kondorosi, E. Kondorosi

article

The Plant Journal, 2000, 23 (1), pp.73-83. ⟨10.1046/j.1365-313x.2000.00794.x⟩

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titre

Cell cycle control in root nodule organogenesis

auteur

A. Kondorosi, A. Cebolla, C. Charon, F. Foucher, J. Gyorgyey, C. Johansson, François Roudier, C. Sousa, J.M. Vinardell, M. Crespi, E. Kondorosi

article

F. O. Pedrosa M. Hungria G. Yates W. E. Newton. Nitrogen Fixation: From Molecules to Crop Productivity, Kluwer Academic Publishers, pp.223-226, 2000, CURRENT PLANT SCIENCE AND BIOTECHNOLOGY IN AGRICULTURE Volume 38

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1999

titre

The mitotic inhibitor ccs52 is required for endoreduplication and ploidy-dependent cell enlargement in plants.

auteur

A. Cebolla, J. M. Vinardell, E. Kiss, B. Oláh, François Roudier, A. Kondorosi, E. Kondorosi

article

EMBO Journal, 1999, 18 (16), pp.4476-84. ⟨10.1093/emboj/18.16.4476⟩

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