ASPECTS TECHNIQUES ET JURIDIQUES
Questions d'actualité Aspects technologiques (thermocyleurs, échanges d'informations etc.) Évolutions de la PCR et techniques concurrentes Aspects juridiques : protection de la PCR
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	QUESTIONS D'ACTUALITE Organismes Génétiquement Modifiés. Sauf erreur de ma part , je n'ai pas trouvé dans le site l'utilisation de la PCR pour la recherche d'aliments contenant des OGM .Pourriez-vous donner des infos sur ce sujet. Premiers éléments de réponse. La recherche d'aliments transgéniques se réduit pour l'instant essentiellement à la détection de plantes trangéniques dans l'alimentation (maïs et soja). Les plantes transgéniques possèdent un transgène ainsi que des séquences promotrices en amont et des séquences de terminaison en aval du transgène. Le transgène est le gène est le gène "étranger" destiné à modifier le phénotype de la plante. Les séquences promotrices servent à contrôler l'expression du transgène dans la plante. Les séquences de terminaison assurent que le produit du transgène est bien terminé au "bon endroit". Il est théoriquement possible de choisir des oligonucléotides pour détecter les séquences promotrices, les transgènes ou les séquences de terminaison. La plupart des séquences promotrices ainsi que des séquences de terminaisons utilisables pour réaliser des OGM sont connues Sauf cas particulier, il est donc raisonnable de rechercher ces séquences plutôt qu'un transgène particulier. Deux exemples : la séquence promotrice CaMV 35S issue de l'ARN 35S de Caulimovirus (virus phytopathogène), la séquence de terminaison NOS dérivée du gène de la nopaline synthétase du plasmide Ti de Agrobacterium tumefaciens (bactérie phytopathogène). Un inconvénient, cependant à l'utilisation de ces séquences "génériques" : la possibilité d'obtenir des faux positifs à partir de plantes effectivement infectées par ces microorganismes. Inversement, un résultat négatif doit être interprété en fonction de la sensibilité de la PCR effectuée. Pour en savoir plus : des sociétés comme Promega commercialisent déjà des kits de détection de ces séquences dans l'alimentation. La plupart de ces kits recherchent les séquences promotrices ou de terminaison caractéristiques des plantes transgéniques. Des informations plus précises seront prochainement disponibles sur le site. Répondre   PCR et bactériologie. Pourquoi vouloir utiliser la PCR pour la recherche de bactéries ? La PCR présente un certain nombre d'avantages ... et un certain nombre d'inconvénients par rapport aux techniques classiques (et de référence), utilisées dans la recherche et l'identification des bactéries. Que ce soit en milieu hospitalier, en écologie des sols, en archéologie etc., il ne s'agit pas de "vouloir" absolument utiliser la PCR, ni même remplacer les techniques traditionnelles. Il s'agit simplement d'effectuer quelques comparaisons très théoriques afin d'expliquer pourquoi, dans certains cas la PCR peut compléter très efficacement les techniques classiques. N'hésitez pas à vous exprimer sur le sujet.
	ASPECTS TECHNOLOGIQUES Techniques dérivées de la PCR. Serait-il possible d'avoir des explications (simples) sur des termes comme RT-PCR, nested-PCR ? C'est comme si c'était fait ! Une rubrique "techniques dérivées et techniques concurrentes" a d'ailleurs été prévue dès la création du site ... Voici, dans un premier temps, une courte présentation de la PCR inverse. Téléchargement du site. Certaines pages ont un temps de téléchargement particulièrement long ... Est-il possible de télécharger tout le site ... [...] D'éventuels problèmes de réseau, des temps de chargement longs pour ceux qui ne disposent que de modem nous incitent à vous proposer le site sous forme de CDRom envoyé ... par la poste. Resterait alors le problème des mises à jour. Que celles et ceux qui seraient éventuellement intéressés par un tel envoi se fassent connaître. PCR et ADN recombinantPCR et dépistage de l'hépatite C (En complément à une question déjà posée sur le site). Pour l'hépatite C, le risque lié à une transfusion pendant la fenêtre de détection sérologique (délai de détection des anticorps anti VHC) est de 1/220 000 dons sanguins. Dans ces conditions, la question de la détection systématique des génomes viraux (VIH, VHB, VHC ...) par PCR peut être discutée. C'est l'objet d'un article discussion / débat dans médecine / sciences : Sandrine Loubière, Michel Rotily, Isabelle Durand-Zaleski, Dominique Costagliola, Jean-Paul Moatti L'introduction de la PCR dans le dépistage du virus de l'hépatite C dans les dons de sang : du mésusage du principe de précaution, m/s n°3, vol. 17, mars 2001, pp. 345-349. PCR et ADN recombinant. Qu'est-ce que la mutagénèse par PCR? La première chose à laquelle on pense est l'utilisation d'amorces mutées qui permet de modifier les bornes du segment d'ADN à amplifier (ajout de sites de restrictions, marquage etc.). Le principe a été poussé plus loin avec l'utilisation successive de plusieurs jeux d'amorces permettant d'introduire des modifications (mutations ponctuelles, délétions, insertions) à l'intérieur même d'une séquence d'ADN. Logiciels. Je suis à la recherche de logiciels gratuits faciltant la conception des PCR, permettant le calcul des Tm, voir même des logiciels de simulation. L'idéal serait qu'ils soient en français. Merci d'avance. Nous avons mis en place une page sur les logiciels gratuits dédiés à la PCR. Nous allons aussi essayer de traduire en français (notice et ressources), ceux que nous pourrons essayer et que nous trouverons intéressants (soit par leurs fonctionnalités, soit par leur simplicité d'utilisation). Merci de nous signaler les logiciels (gratuits) que vous utilisez.
	EVOLUTIONS DE LA PCR ET TECHNIQUES CONCURRENTES PCR Multiplexe..Que signifie le terme "multiplexe" parfois rencontré au sujet des PCR réalisées par la police scientifique pour effectuer les empreintes génétiques? Le terme de "PCR multiplexe" désigne une mise au point de la technique PCR autorisant l'amplification, en une seule réaction, de plusieurs segments d'ADN distincts. Les couples d'amorces correspondant aux différents locus à analyser sont introduits dans le même tube réactionnel. Les conditions d'amplification étant fixées pour un même tube dans lequel ont lieu plusieurs réactions différentes, le choix de ces conditions résulte d'une mise au point poussée. En particulier, le choix des couple d'amorces doit être rigoureux pour pouvoir trouver un compromis entre les températures d'annelage et les durées d'élongation optimales de chacune des réactions de PCR. Ce choix n'est pas aisé, d'autant plus que d'autres contraintes (d'ordre éthique ou simplement liées à la pertinence des informations obtenues), existent sur la nature des locus à amplifier. Le premier avantage de cette adaptation technique est la réduction du coût et la diminution du temps de réalisation et, éventuellement, d'analyse des résultats. Pour la police scientifique elle permet aussi l'analyse de plusieurs locus en même temps. Elle est donc de nature à réduire aussi la quantité d'ADN nécessaire à ces analyses. Répondre PCR Multiplexe. Si à la fin d'une PCR multiplexe les produits correspondant aux différents couples d'amorces sont mélangés, comment l'analyse peut-elle être réalisée sans risque d'erreur? A la fin de la réaction, les différents produits d'amplification sont effectivement mélangés dans le tube réactionnel. Il est possible de les séparer par électrophorèse. Mais il est vrai que pour un certain nombre de raisons (essentiellement d'ordre technique), les segments coamplifiés ne peuvent que se situer dans une gamme restreinte de tailles et il est à craindre que, pour certains d'entre-eux, ces tailles soient très proches ou même, se chevauchent. Pour les distinguer facilement, les techniciens de la police scientifique (ou des laboratoires agréés) utilisent en fait des amorces couplées à des fluorochromes de couleurs d'émission différentes. Les résultats sont alors présentés, non pas sous la forme bien connue de codes-barres, mais sous la forme d'une succession de "pics" de couleurs différentes. Répondre Techniques dérivées de la PCR. Serait-il possible d'avoir des explications (simples) sur des termes comme RT-PCR, nested-PCR ? C'est comme si c'était fait ! Une rubrique "techniques dérivées et techniques concurrentes" a d'ailleurs été prévue dès la création du site ... Voici, dans un premier temps, une courte présentation de la PCR inverse.
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