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documentation:tools:library:petsc [2015/04/29 20:53] – [Etape de build] cicaluga | documentation:tools:library:petsc [2020/08/25 15:58] – créée - modification externe 127.0.0.1 | ||
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Ligne 2: | Ligne 2: | ||
^ Version | ^ Version | ||
- | | petsc-3.1-p5 | intel 11.1.069 | Infiniband | + | | petsc-3.1-p5 |
- | | petsc-3.1-p5 | gnu 4.2.1 | Infiniband | + | | petsc-3.1-p5 |
- | | petsc-3.1-p5 | pgi 11.0 | Infiniband | + | | petsc-3.1-p5 |
- | | petsc-3.3.p0 | openmpi-1.4.5/ | + | | petsc-3.3.p0 |
- | | petsc-3.1-p5 | openmpi-1.4.1 / intel 11.1.069 | Infiniband |/ | + | | petsc-3.1-p5 |
- | | petsc-3.1-p5 | openmpi-1.4.3 / pgi 11.0 | Infiniband | + | | petsc-3.1-p5 |
====== Installations optimisées de PETSc ====== | ====== Installations optimisées de PETSc ====== | ||
{{INLINETOC}} | {{INLINETOC}} | ||
- | ===== Version | + | ===== Version |
==== Environnement de travail ==== | ==== Environnement de travail ==== | ||
- | Il faut d' | + | Il faut d' |
<code bash> | <code bash> | ||
- | $ source / | + | $ module use / |
- | $ source / | + | |
- | $ module use / | + | |
$ module load Base/psmn | $ module load Base/psmn | ||
- | $ module load openmpi/ | + | $ unsetenv PETSC_ARCH PETSC_DIR |
+ | $ setenv PETSC_DIR $PWD | ||
+ | $ module load openmpi/ | ||
</ | </ | ||
- | |||
==== Download PETSc ==== | ==== Download PETSc ==== | ||
<code bash> | <code bash> | ||
- | ... | + | |
</ | </ | ||
+ | EN LOCAL (login) | ||
+ | <code bash> | ||
+ | $ cd / | ||
+ | $ cd Sources/ | ||
+ | $ gunzip -c ../ | ||
+ | $ cd petsc-3.5.0/ | ||
+ | </ | ||
==== Etape de " | ==== Etape de " | ||
<code bash> | <code bash> | ||
- | $ ... | + | $ ./configure --prefix=/ |
</ | </ | ||
- | |||
- | |||
==== Etape de " | ==== Etape de " | ||
<code bash> | <code bash> | ||
- | $ ... | + | |
- | | + | $ make install |
</ | </ | ||
- | ==== Test de l' | ||
- | |||
- | On peut lancer un test rapide fourni dans CP2K directement sur le serveur de compilation : | ||
- | |||
- | <code bash> | ||
- | $ cd ../ | ||
- | $ mpirun -np 2 $HOME/ | ||
- | </ | ||
- | |||
- | Regarder par exemple le temps total (2.9 s pour le cas présent) | ||
- | |||
- | ==== Test en conditions de production ==== | ||
- | |||
- | Plusieurs jobs ont été exécutés sur des configurations fournies par des utilisateurs PSMN en utilisant les queues de production E5-2670. Les résultats ont montré un gain du temps de calcul par un facteur entre 5 et 6 par rapport aux installations génériques. |