New Documentation (Debian 11 / Slurm)
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Les Logiciels scientifiques
Pour des petits tests, vous pouvez utiliser les logiciels ci-dessous en interactif, sur les frontales. Sinon, utilisez le système de batch.
N'oubliez pas de configurer votre environnement :
- En utilisant les modulefiles, consulter Environment Modules,
- En “sourçant” les modèles, soit dans votre
~/.cshrc,~/.bashrc, soit dans vos scripts.
Les librairies sont décrites sur cette page.
Quelques trucs et astuces pour les langages interprétés.
Un grand nombre des logiciels déjà installés ne sont pas listés ici.
Cherchez d'abord dans /usr/bin/ (standard),
et /applis/PSMN/generic/ ou /applis/PSMN/debian9/software (new 2018)
Les Langages / Logiciels Généralistes
Imagerie et Visualisation
Un serveur dédié à la visualisation (OpenGL/Mesa/CUDA) est disponible au PSMN : r740visu
Les Logiciels Spécialisés
(classés par science d'origine… ou pas.)
Chimie / Physique / Géologie / Astrophysique
Bio-Informatique
Une liste de discussion dédiée aux usages bio-info sur la plate-forme du PSMN est disponible : bioinfo.psmn @ listes.ens-lyon.fr.
Voir un tri par mots clés des logiciels bioinformatiques.
aTRAMapytram
caars
Guidance,Guidance2
HOMER
MaLTA
NucleoMiner
Oases
PHYLDOG
SiLiXSNPScannerSpinevolution