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documentation:tools:modules

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documentation:tools:modules [2017/04/28 11:39] – [Modules disponibles (avril 2016)] cpetitdocumentation:tools:modules [2023/03/09 14:31] – ltaulell
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-{{INLINETOC}}+<WRAP center round important 60%>
  
-''Environment Modules'' sert à **configurer l'environnement d'exécution** d'un programme (shell, job, interactif et non-interactif). Chaque programme nécessite un environnement (voir la commande ''env'' dans un shell) correctement configuré pour fonctionner de manière optimale. +**[[http://www.ens-lyon.fr/PSMN/Documentation/|New Documentation (Debian 11 / Slurm)]]**
  
-<note tip>**Rappel** :\\ +See also our [[news:blog|Fil des news]] for up-to-date informations 
-''allo-psmn'' est un serveur de connexion; il vous permet d'avoir accès à vos fichiers et de les transférer, et **c'est tout**.+</WRAP>
  
-Pour travailler, il faut se connecter, depuis ''allo-psmn'', sur l'un des serveurs de compilation.+Voir [[http://www.ens-lyon.fr/PSMN/Documentation/environment_and_tools/modular_environment.html|Environment Modules]].
  
-Voir [[documentation:tutorials:ssh:accueil|Se connecter aux clusters]]. +See [[http://www.ens-lyon.fr/PSMN/Documentation/modules_list.html|Available Modules]] for a list of all available modules, by partition.
-</note> +
-===== Modèles ===== +
- +
-Des **exemples** d'initialisation pour les utilisateurs du PSMN sont disponibles dans les fichiers suivant : +
-  * ''/applis/PSMN/modeles/Cshrc'' +
-  * ''/applis/PSMN/modeles/Bashrc'' +
-  * ''/applis/PSMN/modeles/Profile'' +
- +
-===== Usage interactif ===== +
- +
-==== pour csh/tcsh ==== +
- +
-  * Charger l'environnement du PSMN (**shell csh/tcsh**) +
-<code bash> +
-source /usr/share/modules/init/tcsh +
-module use /applis/PSMN/Modules +
-module load Base/psmn +
-</code> +
- +
-Vous pouvez ajouter dans votre ''~/.cshrc'', les lignes suivantes : +
- +
-<code bash> +
-source /usr/share/modules/init/tcsh +
-module use /applis/PSMN/Modules +
-module load Base/psmn +
-</code> +
- +
-==== pour bash ==== +
- +
-  * Charger l'environnement du PSMN (**shell bash**) +
-<code bash> +
-source /usr/share/modules/init/bash +
-module use /applis/PSMN/Modules +
-module load Base/psmn +
-</code> +
- +
-Vous pouvez ajouter dans votre ''~/.profile'', les lignes suivantes : +
- +
-<code bash> +
-source /usr/share/modules/init/bash +
-module use /applis/PSMN/Modules +
-module load Base/psmn +
-</code> +
- +
-==== pour tous les shell ==== +
- +
-  * Lister les modules disponibles +
-<code bash> +
-module avail +
-</code> +
- +
-  * Obtenir la description d'un module +
-<code bash> +
-module whatis <software>/<version> +
- +
-module whatis openmpi/1.6.4-gnu-4.7.2  +
-openmpi/1.6.4-gnu-4.7.2: loads openmpi 1.6.4 (gnu-4.7.2/Debian7) environment +
-</code> +
- +
-  * Obtenir l'aide d'un module +
-<code bash> +
-module help <software>/<version> +
- +
-module help Base/psmn +
- +
------------ Module Specific Help for 'Base/psmn' ------------------ +
- +
- loads the modules software & base application environment for PSMN +
- +
- This adds specifics to several of the environment variables. +
-        automatically load Base/debian7 and Base/sge modulefiles +
- +
- Compatible with Modules version 3.2.9 +
- +
-</code> +
- +
-  * Charger un module pour un logiciel +
-<code bash> +
-module load <software>/<version> +
-</code> +
- +
-  * Afficher les modules chargés  +
-<code bash> +
-module list +
-</code> +
- +
-  * Décharger un module +
-<code bash> +
-module unload <software>/<version> +
-</code> +
- +
-  * Décharger l'environnement du PSMN +
-<code bash> +
-module unuse /applis/PSMN/Modules +
-</code> +
- +
- +
-:!: Certains modules chargent automatiquement leurs dépendances, ce qui peut engendrer des conflits. +
- +
- +
-===== Usage dans les scripts (non-interactif) ===== +
- +
-:!: Certains modules chargent automatiquement leurs dépendances, ce qui peut engendrer des conflits. +
- +
-==== pour csh/tcsh ==== +
- +
-  * ajouter dans le début des scripts : +
-<code bash> +
-source /usr/share/modules/init/tcsh +
-module use /applis/PSMN/Modules +
-module load Base/psmn +
-</code> +
- +
-Ajoutez ensuite les modules dont vous avez besoin (voir ''module avail''). +
- +
-==== pour bash ==== +
- +
- +
-  * ajouter dans le début des scripts : +
- +
-<code bash> +
-source /usr/share/modules/init/bash +
-module use /applis/PSMN/Modules +
-module load Base/psmn +
-</code> +
- +
-Ajoutez ensuite les modules dont vous avez besoin (voir ''module avail''). +
- +
- +
-:!: Certains modules chargent automatiquement leurs dépendances, ce qui peut engendrer des conflits. +
- +
- +
-===== Modules disponibles (avril 2016) ===== +
- +
-Cette liste **n'est pas à jour**, utilisez la commande ''module avail'' pour avoir la liste en cours. +
- +
- +
-<code> +
-~$ module avail +
- +
------------------------------------------------ /applis/PSMN/Modules ----------- +
-ADF/2010.02                                    Molden/5.0.6 +
-ADF/2012.01                                    Molden/5.4 +
-ADF/2013.01                                    Molpro/2010.1-intel-14.0.1 +
-ADF/2013.01.platformmpi                        Molpro/2010.1-intel-14.0.1-openmp +
-ADF/2014.02                                    MrBayes/3.2.1-intel-mpi +
-ADF/2014.10                                    MrBayes/3.2.1-intel-seq +
-Abinit/7.2.1-gnu-4.7.2-x86_64                  NAMD/2.11-ibverbs +
-Abinit/7.6.4                                   NAMD/2.11-ibverbs-smp +
-AllPathsLG/r42874-gnu-4.7.1                    NAMD/2.11-ibverbs-smp-CUDA +
-Amber/12-20150109-intel-14.0.1-openmp          NAMD/2.11-multicore +
-Amber/12-20150109-intel-14.0.1-openmpi-1.8.4   NAMD/2.11-multicore-CUDA +
-Amber/12-20150109-intel-14.0.1-seq             NAMD/2.9-ibverbs +
-Amber/12-20150109-intel-14.0.1-seq-K20-DPDP    NAMD/2.9-ibverbs-smp +
-Amber/12-20150109-intel-14.0.1-seq-K20-SPFP    NAMD/2.9-ibverbs-smp-CUDA +
-Amber/12-20150109-intel-14.0.1-seq-M2090-DPDP  NAMD/2.9-multicore +
-Amber/12-20150109-intel-14.0.1-seq-M2090-SPFP  NAMD/2.9-multicore-CUDA +
-Amber/12-intel-14.0.1-openmp                   NucleoMiner/1.0 +
-Amber/12-intel-14.0.1-openmpi-1.6.4            Oases/0.2.8 +
-Amber/12-intel-14.0.1-openmpi-1.6.4-K20-DPDP   OpenAlea/2016 +
-Amber/12-intel-14.0.1-openmpi-1.6.4-K20-SPFP   OpenAlea/svn-r4239 +
-Amber/12-intel-14.0.1-openmpi-1.6.4-M2070-DPDP PBSuite/15.2.20 +
-Amber/12-intel-14.0.1-openmpi-1.6.4-M2070-SPFP ParaView/3.12.0 +
-Amber/12-intel-14.0.1-seq                      ParaView/4.0.1 +
-Amber/12-intel-14.0.1-seq-K20-DPDP             ParaView/4.4.0 +
-Amber/12-intel-14.0.1-seq-K20-SPFP             PhyML/20120412 +
-Amber/12-intel-14.0.1-seq-M2070-DPDP           PhyML/20140223 +
-Amber/12-intel-14.0.1-seq-M2070-SPFP           PhyML/3.0 +
-Augustus/3.1                                   PhyloMerge/0.2 +
-Avogadro/1.1.1                                 Phylobayes/3.3b +
-BCFtools/1.1                                   Phylobayes/3.3e +
-BEDTools/2.24.0                                Povray/3.7 +
-BLAT/35                                        Prank/140603 +
-Base/FR.UTF-8                                  Primer3/2.3.4 +
-Base/debian7                                   Qbox/1.62.3 +
-Base/psmn                                      Quast/3.2 +
-Base/sge                                       R/2.15.1 +
-Base/test                                      R/3.0.2 +
-Base/test.tcl                                  R/3.2.0 +
-Bismark/0.15.0                                 R/3.2.4 +
-Blender/2.76b                                  RSEM/1.2.19 +
-Bowtie/0.12.7                                  RSeQC/2.3.1 +
-Bowtie/1.1.1                                   RSeQC/2.3.3 +
-Bowtie/2.0.2                                   SAMtools/0.1.19 +
-Bowtie/2.2.4                                   SAMtools/1.1 +
-Bwakit/0.7.12                                  SPAdes/3.6.2 +
-CAFS/1.0                                       SRAToolkit/2.3.3-2 +
-CP2K/2.2.426                                   SRAToolkit/2.3.4-2 +
-CP2K/2.5.1                                     STAR/2.4.1d +
-CP2K/2.5.1-complete                            Sage/7.0 +
-CP2K/2.5.1-minimal                             Spinevolution/3.4.4 +
-Cassandra/2.5.4                                Spinevolution/3.4.5 +
-Celera/WGS-7.0                                 StringTie/1.0.1 +
-Celera/WGS-8.3rc2                              StringTie/1.2.0 +
-ClonalFrameML/1.25                             TopHat/2.0.13 +
-Corset/1.03                                    Trimmomatic/0.36 +
-Crystal/2.0.1                                  Trinity/2.0.6 +
-Cufflinks/2.2.1                                Trinity/2.1.1 +
-DMAP/20151019                                  Trinity/r2012-06-08 +
-Dalton/2016.0                                  Trinity/r20140413 +
-DiscoSNP/2.2.4                                 Trinity/r20140717 +
-FastQC/0.11.2                                  Trinotate/2.0.2 +
-FastTree/2.1.7                                 UCSC/287 +
-FreeFem++/3.42-seq                             VASP/4.6.36-gnu-4.7.2 +
-GATK/3.4-46                                    VASP/5.3.2-intel-11.1-debian7 +
-GDL/1.0                                        VASP/5.3.3-gnu-4.7.2 +
-GFOLD/1.1.4                                    VASP/5.3.3-intel-14.0.1-debian7 +
-GMAP/2014-10-22                                VASP/5.3.5-intel-14.0.1-debian7 +
-Gaussian/g03-lasim                             VESTA/3.1.7 +
-Gaussian/g09-chimie                            VMD/1.9.2 +
-Gaussian/g09-geol                              Velvet/1.2.10 +
-Gaussian/g09c01-chimie                         ViennaRNA/2.1.9 +
-Gaussian/g09c01-geol                           aTRAM/1.01 +
-Gaussian/g09c01-icbms                          breseq/0.26.1 +
-Gaussian/g09d01-chimie                         fftw/3.3.3-intel-14.0.1-openmp +
-Gaussian/g09d01-geol                           fftw/3.3.3-intel-14.0.1-openmpi-1.6.4 +
-Gaussian/g09d01-icbms                          fftw/3.3.3-intel-14.0.1-openmpi-1.8.4 +
-Gaussian/g09d01-lasim                          fftw/3.3.3-intel-14.0.1-seq +
-HDF5/1.8.15-p1-mpi                             fftw/3.3.4-intel-14.0.1-openmp-dp +
-HDF5/1.8.15-p1-seq                             fftw/3.3.4-intel-14.0.1-openmp-sp +
-HDF5/1.8.16-mpich2                             fftw/3.3.4-intel-14.0.1-openmpi-1.6.4-dp +
-HDF5/1.8.16-openmpi                            fftw/3.3.4-intel-14.0.1-openmpi-1.6.4-sp +
-HDF5/1.8.16-seq                                fftw/3.3.4-intel-14.0.1-openmpi-1.8.4-dp +
-HISAT/0.1.5b                                   fftw/3.3.4-intel-14.0.1-openmpi-1.8.4-sp +
-HISAT/2.0.0b                                   fftw/3.3.4-intel-14.0.1-seq-dp +
-HMMER/3.1b1                                    fftw/3.3.4-intel-14.0.1-seq-sp +
-HTSeq/0.5.3p3                                  gromacs/5.0.5 +
-HTSeq/0.5.3p9                                  intel/11.1.069 +
-HTSeq/0.6.1                                    intel/12.0.084 +
-HTSlib/1.1                                     intel/14.0.1 +
-Java/1.6d7                                     intel/15.0.2 +
-Java/1.7d7                                     modules.psmn +
-Java/1.8.0u77                                  openmpi/1.4.1-intel-11.1.069 +
-Jellyfish/2.2.5                                openmpi/1.4.5-gnu-4.7.2 +
-Jmol/14.4.0                                    openmpi/1.5.4-gnu-4.7.2 +
-LSDalton/2016.0                                openmpi/1.5.4-intel-12.0.084 +
-Lammps/11Nov13-mpi-1.6.4-intel-14.0.1          openmpi/1.6.4-gnu-4.7.2 +
-Lammps/15May15-mpi-1.8.4-intel-14.0.1          openmpi/1.6.4-intel-12.0.084 +
-Lammps/28Jun14-mpi-1.6.4-intel-14.0.1          openmpi/1.6.4-intel-14.0.1 +
-Lammps/28Jun14-mpi-1.8.4-intel-14.0.1          openmpi/1.8.4-intel-14.0.1 +
-Lammps/7Dec15-mpi-1.8.4-intel-14.0.1           picard/1.140 +
-MAFFT/7.187                                    prinseq/lite-0.20.4 +
-MAPS/3.4.2                                     python/2.7 +
-MEME/4.10.2                                    python/3.2 +
-MIRA/4.0.2                                     tablemaker/2.1.1 +
-Matlab/R2011b +
- +
-</code> +
- +
------------------------------------------------------- +
-<code> +
----------------------------------------------------------------------------------------------- /applis/PSMN/Modules ---------------------------------------------------------------------------------------------- +
-ADF/2010.02                                    Canu/1.4                                       Molpro/2010.1-intel-14.0.1-openmp              Trinity/2.0.6 +
-ADF/2012.01                                    Cassandra/2.5.4                                MrBayes/3.2.1-intel-mpi                        Trinity/2.1.1 +
-ADF/2013.01                                    Celera/WGS-7.0                                 MrBayes/3.2.1-intel-seq                        Trinity/2.3.2 +
-ADF/2013.01.platformmpi                        Celera/WGS-8.3rc2                              NAMD/2.11-ibverbs                              Trinity/r2012-06-08 +
-ADF/2014.02                                    ClonalFrameML/1.25                             NAMD/2.11-ibverbs-smp                          Trinity/r20140413 +
-ADF/2014.10                                    ClustalOmega/1.2.1                             NAMD/2.11-ibverbs-smp-CUDA                     Trinity/r20140717 +
-ADF/2014.11                                    Corset/1.03                                    NAMD/2.11-multicore                            Trinotate/2.0.2 +
-ADF/2016.103                                   Crystal/2.0.1                                  NAMD/2.11-multicore-CUDA                       UCSC/287 +
-ADF/2017.103                                   Cufflinks/2.2.1                                NAMD/2.12-ibverbs                              VASP/4.6.36-gnu-4.7.2 +
-Abinit/7.2.1-gnu-4.7.2-x86_64                  DMAP/20151019                                  NAMD/2.12-ibverbs-smp                          VASP/5.3.2-intel-11.1-debian7 +
-Abinit/7.6.4                                   DROMPA/2.6.4                                   NAMD/2.12-ibverbs-smp-CUDA                     VASP/5.3.3-gnu-4.7.2 +
-AllPathsLG/r42874-gnu-4.7.1                    Dalton/2016.0                                  NAMD/2.12-multicore                            VASP/5.3.3-intel-14.0.1-debian7 +
-Amber/12-20150109-intel-14.0.1-openmp          DiscoSNP/2.2.4                                 NAMD/2.12-multicore-CUDA                       VASP/5.3.5-intel-14.0.1-debian7 +
-Amber/12-20150109-intel-14.0.1-openmpi-1.8.4   FastQC/0.11.2                                  NAMD/2.9-ibverbs                               VESTA/3.1.7 +
-Amber/12-20150109-intel-14.0.1-seq             FastTree/2.1.7                                 NAMD/2.9-ibverbs-smp                           VMD/1.9.2 +
-Amber/12-20150109-intel-14.0.1-seq-K20-DPDP    FastTree/2.1.9                                 NAMD/2.9-ibverbs-smp-CUDA                      Vapor/2.2.0 +
-Amber/12-20150109-intel-14.0.1-seq-K20-SPFP    FreeFem++/3.42-seq                             NAMD/2.9-multicore                             Velvet/1.2.10 +
-Amber/12-20150109-intel-14.0.1-seq-M2090-DPDP  GATK/3.4-46                                    NAMD/2.9-multicore-CUDA                        ViennaRNA/2.1.9 +
-Amber/12-20150109-intel-14.0.1-seq-M2090-SPFP  GATK/3.6                                       NovoCraft/3.04.04                              aTRAM/1.01 +
-Amber/12-intel-14.0.1-openmp                   GDL/1.0                                        NucleoMiner/1.0                                amalgam/dev +
-Amber/12-intel-14.0.1-openmpi-1.6.4            GFOLD/1.1.4                                    OCaml/4.04.0                                   apytram/1.0 +
-Amber/12-intel-14.0.1-openmpi-1.6.4-K20-DPDP   GMAP/2014-10-22                                Oases/0.2.8                                    breseq/0.26.1 +
-Amber/12-intel-14.0.1-openmpi-1.6.4-K20-SPFP   Gaussian/g03-lasim                             OpenAlea/2016                                  fastq-tools/0.8 +
-Amber/12-intel-14.0.1-openmpi-1.6.4-M2070-DPDP Gaussian/g09-chimie                            OpenAlea/svn-r4239                             fftw/3.3.3-intel-14.0.1-openmp +
-Amber/12-intel-14.0.1-openmpi-1.6.4-M2070-SPFP Gaussian/g09-geol                              PBSuite/15.2.20                                fftw/3.3.3-intel-14.0.1-openmpi-1.6.4 +
-Amber/12-intel-14.0.1-seq                      Gaussian/g09c01-chimie                         PHYLDOG/1.1.0                                  fftw/3.3.3-intel-14.0.1-openmpi-1.8.4 +
-Amber/12-intel-14.0.1-seq-K20-DPDP             Gaussian/g09c01-geol                           PLL/1.0.2-pt                                   fftw/3.3.3-intel-14.0.1-seq +
-Amber/12-intel-14.0.1-seq-K20-SPFP             Gaussian/g09c01-icbms                          PLL/1.0.2-seq                                  fftw/3.3.4-gcc-5.4.0-openmpi-2.0.1 +
-Amber/12-intel-14.0.1-seq-M2070-DPDP           Gaussian/g09d01-chimie                         ParaView/3.12.0                                fftw/3.3.4-gcc-5.4.0-seq +
-Amber/12-intel-14.0.1-seq-M2070-SPFP           Gaussian/g09d01-geol                           ParaView/4.0.1                                 fftw/3.3.4-intel-14.0.1-openmp-dp +
-Augustus/3.1                                   Gaussian/g09d01-icbms                          ParaView/4.4.0                                 fftw/3.3.4-intel-14.0.1-openmp-sp +
-Augustus/3.2.3                                 Gaussian/g09d01-lasim                          PhyML/20120412                                 fftw/3.3.4-intel-14.0.1-openmpi-1.6.4-dp +
-Avogadro/1.1.1                                 Gblocks/0.91b                                  PhyML/20140223                                 fftw/3.3.4-intel-14.0.1-openmpi-1.6.4-sp +
-BCFtools/1.1                                   GeneMark/4.32                                  PhyML/3.0                                      fftw/3.3.4-intel-14.0.1-openmpi-1.8.4-dp +
-BCFtools/1.3.1                                 HDF5/1.8.15-p1-mpi                             PhyML/3.1                                      fftw/3.3.4-intel-14.0.1-openmpi-1.8.4-sp +
-BEDTools/2.24.0                                HDF5/1.8.15-p1-seq                             PhyloMerge/0.2                                 fftw/3.3.4-intel-14.0.1-seq-dp +
-BLAT/35                                        HDF5/1.8.16-mpich2                             Phylobayes/3.3b                                fftw/3.3.4-intel-14.0.1-seq-sp +
-BamTools/2.4.0                                 HDF5/1.8.16-openmpi                            Phylobayes/3.3e                                gcc/4.9.3 +
-Base/FR.UTF-8                                  HDF5/1.8.16-seq                                Povray/3.7                                     gcc/5.4.0 +
-Base/debian7                                   HISAT/0.1.5b                                   Prank/140603                                   gromacs/2016.3 +
-Base/psmn                                      HISAT/2.0.0b                                   Primer3/2.3.4                                  gromacs/5.0.5 +
-Base/sge                                       HISAT/2.0.5                                    Qbox/1.62.3                                    gubbins/2.2.0 +
-Base/test                                      HMMER/3.1b1                                    QtCore/5.4.0                                   intel/11.1.069 +
-Base/test.tcl                                  HTSeq/0.5.3p3                                  Quast/3.2                                      intel/12.0.084 +
-Bio++/2.2.0-gcc-4.7.2                          HTSeq/0.5.3p9                                  R/2.15.1                                       intel/14.0.1 +
-Bio++/2.2.0-gcc-4.9.3                          HTSeq/0.6.1                                    R/3.0.2                                        intel/15.0.2 +
-Bismark/0.15.0                                 HTSlib/1.1                                     R/3.2.0                                        kallisto/0.43.0 +
-Blast/2.2.29                                   Java/1.6d7                                     R/3.2.4                                        modules.psmn +
-Blast/2.6.0                                    Java/1.7d7                                     RAxML/8.2.9                                    openmpi/1.4.1-intel-11.1.069 +
-Blender/2.76b                                  Java/1.8.0u77                                  RSEM/1.2.19                                    openmpi/1.4.5-gnu-4.7.2 +
-Boost/1.47.0                                   Jellyfish/2.2.5                                RSeQC/2.3.1                                    openmpi/1.5.4-gnu-4.7.2 +
-Boost/1.55.0-gcc-4.7.2                         Jmol/14.4.0                                    RSeQC/2.3.3                                    openmpi/1.5.4-intel-12.0.084 +
-Boost/1.55.0-gcc-4.9.3                         Julia/0.4.6                                    SAGA/3.0.0                                     openmpi/1.6.4-gnu-4.7.2 +
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